小保方晴子氏のSTAP細胞に関するNature誌のArticle論文とLetter論文の多数の実験画像において不適切なデータ処理・加工（改竄）・流用が疑われています。特に、STAP細胞の多能性を示す図（Fig.2d, Fig.2e）が、STAP細胞とは無関係の小保方氏の博士論文からの流用であることが発覚し、共著者の山梨大の若山教授が論文撤回を呼びかけることとなりました。
２） 剽窃・不実記載
STAP細胞論文には、Guo Jianliらの論文から「１７行」にわたる文章の剽窃や、Robert Blellochらの論文からの文章剽窃が認められ、「古い実験機器・試薬までコピペしているため、論文の記述通りに実験を行っていないのではないのか？」という疑惑も浮上しています。
３） 特許出願書類での画像流用
2012年4月の特許出願書類(STAP細胞関連）においても博士論文の画像からの不適切な流用が認められます。
４） 杜撰な実験・ES細胞混入疑惑
マウスの性別やstrainを統一せずに実験を実施していたのではないかという実験上の杜撰さが指摘されています。また、STAP幹細胞やFGF4誘導性幹細胞(FI-SC)が体細胞由来の幹細胞であることを示すデータは何一つありません。また、ES細胞がSTAP細胞とされているものに混入していたのではないかという疑惑も浮上しています。
５） 博士論文での不正
小保方晴子氏の博士論文の序章の"Background"のほとんどの文章や"References"の部分は剽窃（盗用）によるものです。さらに、実験画像の一部はバイオ系企業のホームページから盗用されたものであり、小保方氏は実験自体を行っておらずデータを捏造していたことが判明しています。また、この博士論文では多数の電気泳動画像の改竄・流用が認められ、同じ改竄データは、Tissue Eng Part A誌論文にも使用されています。
６） 利益相反事項の隠蔽
小保方晴子氏が第一著者のNature Protocol誌の論文と、第二著者のTissue Eng Part A誌の論文においては、利益相反事項の隠蔽が問題になっています。
７） 不十分な理研の調査
参考→ 理研が追加調査すべきSTAP論文疑惑まとめ
特定法人指定を目指して理研は調査項目を６項目だけに絞って早期解決を図ろうとしました。しかし、博士論文からのNature論文への悪質な画像流用（捏造）が暴露され最終調査報告により研究不正も認定されて観念するかと思われた小保方氏がまさかの逆切れ反撃。早期解決の目論見がはずれてしまった今となっては、理研は最早徹底的にNature論文の疑惑を調査して小保方氏の不正の証拠を積み上げるべきなのではないでしょうか。
８） 共著者（小島宏司）の論文にもデータ流用
脊髄損傷のサルをＳＴＡＰ細胞移植で治療したと発表したチャールズ・ヴァカンティ教授のグループの小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が３件も発覚しています。小島氏は小保方晴子氏の指導者でした。
９） ヴァカンティ教授の論文の画像にも盗用疑惑
小保方晴子氏の恩師であるヴァカンティ(Vacanti)教授らのSpore-like cellsの論文の画像５つにも盗用（剽窃）疑惑が浮上しています。借用元はSoftKey社の"BODYWORKS 5.0"の可能性。小保方氏の盗用癖はヴァカンティ直伝か？
１０） 早稲田大学の学位審査の欠陥
小保方晴子氏の博士論文を審査した常田聡氏や武岡真司氏の研究室の多数の博士論文において、コピペが認められます。
当記事の公益目的： 理化学研究所の調査委員会によりSTAP細胞論文における捏造・改ざんの研究不正や他者著作物からの文章のコピペが認定された小保方晴子氏は早稲田大学理工学術院の先進理工学研究科で学位を取得した後、理化学研究所研究員として採用されていました。小保方晴子氏の早稲田大学のおける博士論文についても、冒頭２０ページ近くの文章がNIHのサイトからのコピペであること、各章のリファレンスまでもがコピペであり本文と全く対応しておらず本文中にはリファレンス番号が記載されていないこと、複数の実験画像がバイオ系企業サイトに掲載されている実験画像と類似していることなどの多数の問題点が判明しています。これらの当然気付かれるべき問題点は早稲田大学における博士論文の審査では見過ごされていました。よって、小保方氏のSTAP細胞論文における様々な問題は、小保方氏個人が責められるべきものではなく、早稲田大学の教育環境や学位審査システムの特質性にもその要因が在ります。STAP細胞論文自体の研究や、その研究結果の再現性確認実験には多額の公的研究費や研究者の貴重な時間が費やされました。公益目的の観点から、二度と同様の問題が起こらないように対策をとるためには、早稲田大学の教育環境や学位審査システムを精査する必要があります。その手がかりを得るために、当記事では読者の調査協力の下に、自主的に網羅的調査をしようとしない早稲田大学に代わり、第三者の観点から「他者の著作物からのコピペが博士論文を効率的に書くための一方法として早稲田大学で普及していたのかどうか。」を網羅的に検討することにします。また、コピペが博士論文などの著作物を効率的に執筆するための一方法として認められるのかどうか、推奨されるべきかどうかの問題は社会一般公共の利害に関することから、専ら公益目的の観点から早稲田大学の事例をもとに考えていきたいと思います。
他者著作物との類似性が見られた博士論文 （計２３報）：
（コピペを効率的な博士論文執筆方法として取り入れた可能性のある賞されるべき事例）
常田聡 研究室： 小保方晴子、松本慎也、古川和寛、寺原猛、岸田直裕、副島孝一、寺田昭彦（ラボ内コピペ） （計７名）（コピペを効率的な博士論文執筆方法として取り入れた可能性のある賞されるべき事例）
西出宏之 研究室： 義原直、加藤文昭、高橋克行、伊部武史、田中学、小鹿健一郎 （計６名）
武岡真司 研究室： 藤枝俊宣、小幡洋輔、寺村裕治、岡村陽介（ラボ内コピペ） （計４名）
平田彰 研究室： 吉江幸子（ラボ内コピペ）、日比谷和明（ラボ内コピペ） （計２名）
黒田一幸 研究室： 藤本泰弘 （計１名）
(早稲田大学リポジトリ） （その他の早稲田理工の研究室も網羅的に調査中）
適切な引用（コピペ）とは？： 文化庁は、以下の７項目を、他人の主張や資料等を「引用」する場合の要件としています。
ア 既に公表されている著作物であること
イ 「公正な慣行」に合致すること
ウ 報道，批評，研究などの引用の目的上「正当な範囲内」であること
エ 引用部分とそれ以外の部分の「主従関係」が明確であること
オ カギ括弧などにより「引用部分」が明確になっていること
カ 引用を行う「必然性」があること
キ 「出所の明示」が必要（コピー以外はその慣行があるとき）
(文化庁長官官房著作権課 著作権テキスト 平成２２年度版 PDFファイル の 「§8. 著作物等の「例外的な無断利用」ができる場合 ⑧ ア、「引用」（第32条第1項」 より引用）
１１） 動物実験の倫理に関する疑義
PEACE (Put an End to Animal Cruelty and Exploitation)
STAP細胞の実験計画書について理研に質問書を送付
Ⅰ．承認された動物実験計画書が存在しない期間にSTAP細胞実験が行われていることについて
Ⅱ．理研の動物実験の機関管理について http://animals-peace.net/experiments/stap.html
STAP細胞論文に関する発生・再生科学総合研究センターの 動物実験計画書についての質問書(2014年5月9日) http://animals-peace.net/animalexperiments/stap
参考記事：
小保方晴子氏の騒動の経緯、ニュース報道まとめ、参考サイト、
若山教授インタビュー（2/27日付け）（by tomozouh)、若山教授インタビュー（3/11日付け、論文撤回提案について）
STAP細胞の非実在について＃1, #2, #3, #4, #5 (kahoの日記)
不自然なテラトーマ画像
ES細胞（接着細胞）を「浮遊細胞塊」（胚様体；EB）のようにして渡した？という議論
理研：STAP細胞作製に関する実験手技解説の発表について
2014年5月8日
STAP細胞論文に関する発生・再生科学総合研究センターの 動物実験計画書についての質問書(2014年5月9日) http://animals-peace.net/animalexperiments/stap
参考記事：
小保方晴子氏の騒動の経緯、ニュース報道まとめ、参考サイト、
若山教授インタビュー（2/27日付け）（by tomozouh)、若山教授インタビュー（3/11日付け、論文撤回提案について）
STAP細胞の非実在について＃1, #2, #3, #4, #5 (kahoの日記)
不自然なテラトーマ画像
ES細胞（接着細胞）を「浮遊細胞塊」（胚様体；EB）のようにして渡した？という議論
理研：STAP細胞作製に関する実験手技解説の発表について
2014年5月8日
不服申立ての審査結果
研究論文の疑義に関する調査委員会による調査結果に対する不服申立ての審査結果について（2014年5月8日）（写し）
不服申立てに関する審査の結果の報告（全文）（2014年5月9日修正※3）（写し）
理事長声明文
小保方晴子氏の不服申立書まとめ ＆ 問題点
小保方氏が理研に提出した不服申立書のスキャン画像 （毎日新聞）
不服申立書の全文 上 （写し）（読売新聞）
不服申立書の全文 下 （写し）（読売新聞）
理化学研究所・小保方晴子ユニットリーダーらによる記者会見(Ustream)
矛盾点１） 理研の最終報告書の７ページ目に、小保方氏らがNatureへ論文を初投稿した2012年4月の時点で既に博士論文のsphere細胞の in vitro分化免染画像３枚、テラトーマのH＆E画像３枚＋免染画像３枚が不正流用されていたとある。（この初投稿のものは、"細胞生物学の歴史を愚弄している"と批判されてRejectされた）
2014年4月8日
2014年4月4日
研究不正再発防止改革推進本部の設置について（写し）
2014年4月1日
STAP細胞の特許出願書類における不正疑惑（画像流用疑惑）
PDFファイル： 2012年4月の特許出願書類（US 61/637,631 24.04.2012 (Pr. Doc.))
Document details: Country/Office: US, Number: 61/637,631, Filing date: 24 April 2012 (24.04.2012)
（この特許出願書類は、STAP細胞の特許（WO2013163296: GENERATING PLURIPOTENT CELLS DE NOVO）に関するWIPOのサイトのDocumentのタブのページに掲載されている。）
小保方晴子氏の博士論文のChapter 3 (Fig.11とFig.14を含む）
小保方晴子氏の博士論文(2011年2月）のFig.11の骨髄sphere（機械的ストレス誘導）由来のin vitro分化画像と、2012年4月の特許出願書類のACCs(弱酸刺激誘導細胞）由来のin vitro分化画像(Fig.9A上段)が、同一で、不適切な流用です。
Animal Callus Cells (ACCs)のcallus は、”《植物》カルス、癒傷組織” にネーミングを由来しているようです（[00127]や[00132] にplant callus について言及してあります）。Fig.7cには色々な臓器由来なACCsが示されてあります。つまり、ACCsはSTAPの別名と考えればよさそうです。
また、[00137] には下記ののようにACCs のネーミングの由来が記載されています。
特許出願書類のFig.9(A)については書類の本文中において、下記のように説明されています。Fig.9(A)に用いられたACCsは、[00142]において、CD45 positive lymphocytes 由来と記載されています（CD45 positive lymphocytesがどの臓器由来かについては何も記載はないようです）。
特許出願書類のFig.9(A)については書類の本文中の[00148] において、下記のように説明されています。
小保方晴子氏の博士論文Fig.14からNature誌の論文に不適切に流用されていたテラトーマ画像が、2012年4月24日出願の特許書類のFig.9Bにも異なる実験画像として不適切に流用されていたことが発覚
Nature論文とは異なり特許出願書類では、蛍光写真（下段）だけでなく、Ｈ＆Ｅ染色画像（上段）も流用しています。特許で、Ｈ＆Ｅと蛍光の二つを丸ごと博士論文から流用しておいて、その後のNature誌論文では下段の蛍光写真だけを切り取って流用しています。取違えミスとは到底思えません。
Nature誌の論文の方では、博士論文や特許書類の別のテラトーマ画像の下段だけを切り取り、元の上段のＨ＆Ｅ画像は取り除いて、そこに、どこからか持ってきた不自然なＨ＆Ｅ染色画像を、組み合わせているのです。
疑惑論文１： Nature Article
差し替え予定画像の一つ
小保方晴子氏の博士論文からNature誌の論文に不正に流用されていたテラトーマ画像が、2012年4月24日出願の特許書類のFig.9Bにも異なる実験画像として不正に流用されていたことが発覚
Nature論文とは異なり特許出願書類では、蛍光写真（下段）だけでなく、Ｈ＆Ｅ染色画像（上段）も流用しています。特許で、Ｈ＆Ｅと蛍光の二つを丸ごと博士論文から流用しておいて、その後のNature誌論文では下段の蛍光写真だけを切り取って流用しています。取違えミスとは到底思えません。
Nature誌の論文の方では、博士論文や特許書類の別のテラトーマ画像の下段だけを切り取り、元の上段のＨ＆Ｅ画像は取り除いて、そこに、どこからか持ってきた不自然なＨ＆Ｅ染色画像を、組み合わせているのです。
疑惑画像２：小保方晴子氏のNature Article論文のFig.2d中央下段のSTAP細胞由来Mesoderm免疫染色画像と、小保方晴子氏の博士論文のFig.11中央の骨髄sphere由来Mesoderm免疫染色画像が、類似しており、不正な画像の流用が疑われます。
https://twitter.com/JuuichiJigen/status/442569716453105664
さらに、下記のような疑惑も上がっています。
疑惑論文２： Nature Letter
論文タイトル： "Bidirectional developmental potential in reprogrammed cells with acquired pluripotency"
疑惑画像５： Fig1b最右画像とFig2g下画像の胎盤部分だけが、なぜか互いに類似しています。しかも２つの画像の実験条件は互いに異なっています。前者はSTAP細胞のキメラマウス、後者はFI-SCのキメラマウスの写真です。両画像の解像度が異なるためもあり、完全には一致しませんが、二つの画像は異なる実験によって得られたものとされているため、極めて高い類似性を示すことは不自然です。これほどの高い類似性は、不注意ミスであるにせよ、意図的（故意）であるにせよ、同サンプルが複数回撮影されて別目的に使いまわされた可能性や、同一画像の胎盤部分を画像編集加工し流用した可能性などを示唆しています。いずれにしろ、生データ（実験ノート、写真のデジタルデータ、データの作成日や改変日）などを調査しないかぎり、真相は明らかにならないでしょう。
↓ Fig.1bと2gの胎盤画像を比較してください。高い類似性が確認できます。
問題1 （博士論文）：
小保方晴子氏の博士論文概要の学位申請研究業績書の欄に、”国際特許 Haruko Obokata, Charles A. Vacanti. Sub Population of Retained Embryonic Like Cells”の記載があるが、HARUKO OBOKATAで特許を検索しても、2013年公開のSTAP特許の１件だけ。
国際特許の検索
利益相反問題１
利益相反問題２
利益相反問題３
小保方晴子氏ら理研、チャールズ・バカンティ教授らのハーバード大学医学部ブリガム＆ウィメンズ病院、大和雅之氏の東京女子医科大学は、共同で、STAP細胞に関わる国際特許（WIPO Pub. No.: WO/2013/163296：HTML、PDF）を出願しています。
問題１で述べたように、特に、Natureグループの雑誌では、このような利益相反事項（論文掲載の可否によって価値が変わるような特許を出願している場合など）は、論文投稿の際に開示する義務があります。
しかしながら、小保方晴子氏らは、下記のように、Nature Articleの論文 （疑惑論文２）において、"金銭的利益相反（Competing financial interests）は無し"と明記しているのです。小保方氏らは、Natureが定義している”Personal financial interests（個人的な金銭的利益）”の項目に違反しています。一方、「職務発明の対価は法人が決めるので、本件は、Natureの規約の"個人の金銭的利益（Personal financial interests）"には該当しない」と擁護する意見もあります。しかしながら、東大理学部教授のRobert Geller氏は、「例えば投稿時に編者にそう説明したて編者がそれを認めたら問題ないですが、いまそれを言うなら詭弁でしょうね。」と述べています。
小保方晴子らのNature Article論文の”Methods”のセクションにおける”Karyotype analysis”の文章の一部は、ドイツの研究者（Jianli Guoら）が2005年にIn Vitro Cell Dev Biol Anim.誌で発表した論文の文章から拝借したものですが、拝借元の論文を引用していないことが明らかとなり、問題となっています。
下記の文章で、赤く太文字でハイライトされている部分がJianli Guoらの論文と同一の文章です。 さらに、青く太文字でハイライトされている部分が、Jonathan Landryの博士論文（Dissertation）と同一の文章です。
さらに、小保方氏らのNature Article論文、文章が類似していたGuo氏やLandry氏らの論文の、３つのいずれの論文も、下記のJentsch I氏らのCytogenet Genome Res.誌の論文を引用していましたので、Jentsch氏の論文と比較してみましたが、全く異なる文章でした。つまり、小保方氏らの論文は実験方法を開発したJentsch氏らの論文から文章をコピペしたのではなく、Jentsch氏らを参考にして実験を行ったGuo氏らが作成した文章を剽窃した可能性が高いと思われます。なぜ、Landry氏の博士論文がGuo氏の論文に類似しているかどうかについては不明です。
（以下検証用にMaterials and Methodsの部分だけを引用）
疑惑論文１： Nature Article における文章剽窃（盗用）疑惑 ２件目
小保方晴子氏らのNature誌のSTAP細胞に関する論文(Article）において、 ”新たな” 文章剽窃（盗用）が疑われています。 2006年にMerck Milliporeに買収されたChemicon社のURLや同社の古い試薬名（CpGenome DNA modification kit）までコピペしていたことが指摘されています。この試薬を使ったDNAメチル化の評価実験は、実際には行われていなかったのではないか？と疑われています。
匿名2014年2月28日 14:52
もう２か所の剽窃は問題になさらないのです？
Bisulphite sequencing
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16709876
Fluorescence-activated cell sorting and flow cytometry
RNA preparation and RT–PCR analysis
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867411005253
返信削除
11jigen2014年2月28日 15:19
Bisulphite sequencing のほうは、(Chemicon, http://www.chemicon.com) とメーカーのＵＲＬまで類似しており、小保方論文では、それ以外のメーカーにはＵＲＬを付加してないので、おそらく、仰るとおり、http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16709876 の論文を参考にして実験を行い文章も参考にしたのでしょう。Oct4とNanogのプライマーのデザインもこの論文を参考にしたのかもしれませんね。なぜ、元論文の接続詞and が、小保方論文では、Andと接頭に使われてしまっってるのでしょうね。謎です。
さらに、小保方論文では、"PCR was done using TaKaKa" となっています。正しくは、TaKaRaですね。これもＯＣＲで得られたデータをコピペしたためでしょうか。ただ、このTaKaKaの部分の文章がどこからコピペされたかはわかりません。
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867411005253
のほうは問題ないと思います。
Fluorescence-activated cell sorting and flow cytometry では、
7-AAD が Propidium iodide に変更されていますし、
RNA Preparation and RT-PCR Analysis は、
一般的な方法で、単純な短い文章ですので。
匿名2014年3月4日 3:36
文中に記載のChemiconは2006年にMerck Milliporeに買収されており
Chemiconブランドとしては残っているようですが、
CpGenome DNA modification kitは
CpGenome Universal DNA Modification Kitという製品名になっていると思われます。
2005年の説明書
http://search.cosmobio.co.jp/cosmo_search_p/search_gate2/docs/CMN_/S7820.20050610.pdf
現在の製品HP
CpGenome Universal DNA Modification Kit | S7820
http://www.millipore.com/catalogue/item/s7820
2006年に消滅した会社の名前、古い製品名、Milliporeにリダイレクトされるだけの
URLを記載しているのはコピペしたからだと思います。
門外漢ですが2006年以前に購入したDNAメチル化検出キットを
現在に至るまで大事に保管して使用するのもおかしくないでしょうか？
高価とはいえ数万円で購入できるもののようであり、
大切な研究であれば新しい試薬を使用するのが普通ではないでしょうか？
DNAメチル化検出キットはChemicon以外にも多くの会社から販売されているようです。
本当にこの製品を使用したのでしょうか？
Leicaの蛍光顕微鏡と同様、非常に疑わしい記述と思います。
理研の野依良治理事長からの戒めの言葉
カリフォルニア大学の幹細胞研究者ポール・クレプラー博士が運営しているSTAP細胞作製の再現性確認実験の結果を報告しあうためのブログ記事(Knoepfler Lab Stem Cell Blog) では、まだ再現に成功したという報告はありません。
現在の追試報告例（１０例）：未だ、再現成功例無し。
FASEB J.誌の2003年の論文のFig.5の左上画像(TETのH&E) と、Anat Rec (Hoboken)誌の 2014の Review論文のFig.2b画像が、実験条件が異なるにもかかわらず、同一であり、不適切な画像流用が疑われています。 FASEB誌のFig.5の画像(H&E染色）のTET（組織工学によって作製された気管）は、2月齢の羊の鼻中隔の 軟骨細胞と上皮細胞由来で、ヌードマウスの背中に移植した後、解析したもの。一方、Anat Rec誌のFig2bの画像(H&E染色）のTETは、6月齢の羊の骨髄由来で、免疫不全ラットに移植した後、解析したものです。このように実験条件が全く異なるのにTET（組織工学によって作製された気管）の画像が同一なのです。
小島 宏司 （こじま・こうじ）
1990年 聖マリアンナ医科大学医学部 卒業(14回生)
1997年 聖マリアンナ医科大学病院呼吸器外科 医長。
1999年 バイオ気管の研究をめざし、渡米。
マサチューセッツ州立大・チャールズ・バカンティ教授のもとで、気管再生の研究に取り組む。
2002年5月 羊の鼻の軟骨からのどの気道を再生させ移植することに世界で初めて成功。
2004年 ハーバード大学医学部組織工学・再生医療研究室ディレクター。
http://www.oit.ac.jp/bme/imagekojima.jpg
http://www.terumozaidan.or.jp/labo/interview/03/index.html （写し）
小保方晴子やチャール・バカンティ教授らは、共同で国際特許出願をしている。
（WIPO Pub. No.: WO/2013/163296： HTML、PDF）
（公開公報WO2013/163296 A1”Generating pluripotent cells de novo”）
● 大隅典子の仙台通信：
2014年3月12日： STAP細胞顛末
● 千日ブログ：
2014年3月13日： STAP細胞捏造疑惑問題、悪いのは誰？小保方晴子、理研、笹井芳樹など
2014年3月13日： STAP細胞関連の疑惑・問題点まとめと大手新聞紙の疑惑報道の違い
2014年3月13日： 小保方晴子早稲田大博士論文、大量の盗用コピペ 実験の実態なしか？
2014年3月14日： 小保方晴子博士や論文を擁護するマスコミ 嫉妬、佐村河内守とは違うなど
2014年3月14日： 博士論文画像流用疑惑知りながら、理研・笹井芳樹が1ヶ月も隠蔽
2014年3月14日： 小保方晴子博士や論文を擁護するマスコミ 嫉妬、佐村河内守とは違うなど
● 生きるすべ IKIRU-SUBE 柳田充弘ブログ：
2014年2月20日： STAP細胞の顛末のこれから（柳田氏は、当該研究者よりも当該研究機関が問題に対応する傾向になってきたことが芳しくない効果を生みだしている、と指摘しています。）
2014年3月5日： 日経「理研ＳＴＡＰ細胞の作製法公開」 論文への批判受け
小保方晴子の論文の疑惑に関するニュース報道
理化学研究所は、約１０年前に、別の研究不正事件があったが、不正調査や記者発表の仕方が杜撰であったため、論文撤回を強要されたり、不正に関与したかのようのに発表されたコレスポ含むその他の共著者によって訴えられたことがある。
STAP論文調査委員に対する調査妨害のための不当な告発文書
研究論文の疑義に関する調査委員会による調査結果に対する不服申立ての審査結果について（2014年5月8日）（写し）
不服申立てに関する審査の結果の報告（全文）（2014年5月9日修正※3）（写し）
理事長声明文
小保方晴子氏の不服申立書まとめ ＆ 問題点
小保方氏が理研に提出した不服申立書のスキャン画像 （毎日新聞）
不服申立書の全文 上 （写し）（読売新聞）
不服申立書の全文 下 （写し）（読売新聞）
理化学研究所・小保方晴子ユニットリーダーらによる記者会見(Ustream)
矛盾点１） 理研の最終報告書の７ページ目に、小保方氏らがNatureへ論文を初投稿した2012年4月の時点で既に博士論文のsphere細胞の in vitro分化免染画像３枚、テラトーマのH＆E画像３枚＋免染画像３枚が不正流用されていたとある。（この初投稿のものは、"細胞生物学の歴史を愚弄している"と批判されてRejectされた）
ちなみに、2013年3月10日に投稿され2014年1月29日に公開されたNature Article論文では、博士論文の in vitro分化免染画像1枚と、テラトーマの免染画像３枚だけが不正流用されており、理研により捏造と認定された.
つまり、Natureへの初投稿時には９枚の画像を博士論文から流用し、再投稿時にはそのうち４枚だけを選択し流用して、残り５枚は別の画像と入れ替えている（この点においても故意性が疑われる）。
さて、小保方氏は今回の不服申立にて、2012年6月9日に撮影した正しい画像が存在するから捏造ではないとした。しかし、2012年4月の初投稿時において既に９枚もの画像を博士論文から不正流用していたのであるから、この主張は認められない
ちなみに、前述のNature初投稿から再投稿にかけて、新しく入れ替えられた５枚の画像のうちのテラトーマH＆E画像は、綺麗すぎて（見事なほどに分化していて）不自然という指摘もある。つまり、綺麗にしようと入れ替えたが墓穴を掘った感じ。
矛盾点２） 小保方氏はNature Article論文での４枚の流用画像（テラトーマ画像３枚とin vitro分化画像１枚）は、2011年11月24日に作成したラボミーティング用パワーポイント資料から流用したとし、博士論文から流用したものではないと主張した。しかし、この主張にも矛盾点がある。
このパワポ資料の流用元画像が資料内でどのように説明されていたかは明らかにされていない。もし、2011年11月24日の流用元画像が脾臓由来STAP細胞として説明されていたならば、小保方らが2012年6月9日に正しい画像を撮影するまで、パワポ資料の流用元画像が捏造だったことになる。
一方、もし、2011年11月24日の流用元画像がパワポ資料内で骨髄由来 のsphere細胞 (博士論文と同じ機械的ストレスによるもの)として説明されていたならば、その画像をNature Article論文へ弱酸誘導STAP細胞として取り違えミスで流用するという状況は考えにくく不自然である。
矛盾点３） 2012年4月のNature初投稿時（細胞生物学の歴史を愚弄しているとしてRejectされた）に、博士論文と同じ９枚の画像を別の実験画像として不正流用していた。 その後、小保方は、2012年6月9日に正しい画像を撮影した。 しかし、小保方は、2013年3月10日の再投稿時点においても画像を一部流用したままにしていた。
実際に、不正流用されたままとなっていた４枚の画像を訂正したのは、調査委員会立ち上げ後の2014年2月17-19日頃である。なぜ2012年6月9日に正しい画像を撮影したのに2014年2月まで不適切な流用状態を放置していたのかについての合理的理由が、申立書内では説明されていない。
矛盾点４） 小保方氏は、不適切に博士論文から流用された画像を訂正（差し替え）するために、弱酸誘導STAP細胞のin vitro分化細胞の画像を2014年2月19日に撮影し直したと説明し、理研の修正前の中間報告書や最終報告書にその画像らしきものが掲載されていた。しかし、この差替用の画像と類似した画像が2012年4月の特許出願書類に掲載されており、小保方らの説明と齟齬があり、差替用の画像のタイムスタンプが改ざんされている可能性なども考えられる。
そもそも小保方氏の説明・提供する画像・データ等が、実験ノートや 実験の生データなどによって裏付けされた確かな証拠であるか否かが 申立書では言及されておらず、信憑性に疑問がある。
つまり、Natureへの初投稿時には９枚の画像を博士論文から流用し、再投稿時にはそのうち４枚だけを選択し流用して、残り５枚は別の画像と入れ替えている（この点においても故意性が疑われる）。
さて、小保方氏は今回の不服申立にて、2012年6月9日に撮影した正しい画像が存在するから捏造ではないとした。しかし、2012年4月の初投稿時において既に９枚もの画像を博士論文から不正流用していたのであるから、この主張は認められない
ちなみに、前述のNature初投稿から再投稿にかけて、新しく入れ替えられた５枚の画像のうちのテラトーマH＆E画像は、綺麗すぎて（見事なほどに分化していて）不自然という指摘もある。つまり、綺麗にしようと入れ替えたが墓穴を掘った感じ。
矛盾点２） 小保方氏はNature Article論文での４枚の流用画像（テラトーマ画像３枚とin vitro分化画像１枚）は、2011年11月24日に作成したラボミーティング用パワーポイント資料から流用したとし、博士論文から流用したものではないと主張した。しかし、この主張にも矛盾点がある。
このパワポ資料の流用元画像が資料内でどのように説明されていたかは明らかにされていない。もし、2011年11月24日の流用元画像が脾臓由来STAP細胞として説明されていたならば、小保方らが2012年6月9日に正しい画像を撮影するまで、パワポ資料の流用元画像が捏造だったことになる。
一方、もし、2011年11月24日の流用元画像がパワポ資料内で骨髄由来 のsphere細胞 (博士論文と同じ機械的ストレスによるもの)として説明されていたならば、その画像をNature Article論文へ弱酸誘導STAP細胞として取り違えミスで流用するという状況は考えにくく不自然である。
矛盾点３） 2012年4月のNature初投稿時（細胞生物学の歴史を愚弄しているとしてRejectされた）に、博士論文と同じ９枚の画像を別の実験画像として不正流用していた。 その後、小保方は、2012年6月9日に正しい画像を撮影した。 しかし、小保方は、2013年3月10日の再投稿時点においても画像を一部流用したままにしていた。
実際に、不正流用されたままとなっていた４枚の画像を訂正したのは、調査委員会立ち上げ後の2014年2月17-19日頃である。なぜ2012年6月9日に正しい画像を撮影したのに2014年2月まで不適切な流用状態を放置していたのかについての合理的理由が、申立書内では説明されていない。
矛盾点４） 小保方氏は、不適切に博士論文から流用された画像を訂正（差し替え）するために、弱酸誘導STAP細胞のin vitro分化細胞の画像を2014年2月19日に撮影し直したと説明し、理研の修正前の中間報告書や最終報告書にその画像らしきものが掲載されていた。しかし、この差替用の画像と類似した画像が2012年4月の特許出願書類に掲載されており、小保方らの説明と齟齬があり、差替用の画像のタイムスタンプが改ざんされている可能性なども考えられる。
2014年4月8日
「STAP細胞」検証計画について理化学研究所が会見
2014年4月4日
研究不正再発防止改革推進本部の設置について（写し）
2014年4月1日
研究論文（STAP細胞）の疑義に関する調査報告について（その2）（写し） （その１）（写し）
研究論文の疑義に関する調査報告書（全文）（写し）
研究論文の疑義に関する調査報告書（スライド）（2014年4月4日修正）（写し）
研究論文の疑義に関する調査報告書（スライド）（2014年4月1日オリジナル版）（写し：2014年4月1日）
修正版では、「１−５： Fig. 2d, 2e の画像の取り違え」 のところの写真（「2014年2月20日、正しいデータ （脾臓血液細胞を用いた）に差し替えたい テラトーマに関しては2012年7月 に得られたデータもあるが、 HE染色と同じテラトーマを用いてデータを取り直した」 の文章の右の画像）が消されています。この画像の一つ（in vitro分化の画像）は、特許に掲載されていた画像と同一でした。
野依良治理事長声明文（写し）
竹市雅俊センター長声明文（写し）
研究不正再発防止について（写し）
STAP現象の検証の実施について（写し）
小保方晴子研究ユニットリーダーコメント（写し）
若山照彦山梨大学教授コメント/理研客員主管研究員コメント（写し）
笹井芳樹副センター長コメント（写し）
丹羽仁史プロジェクトリーダーコメント（写し）
2014年4月1日：「会見動画 4/1 理化学研究所記者会見～STAP論文調査・最終報告～前編
2014年4月1日：「会見動画 4/1 理化学研究所記者会見～STAP論文調査・最終報告～後編
理研の調査報告まとめ ＆ 問題点
笹井芳樹氏は、STAP細胞のNature論文に不正流用されていた小保方氏の博士論文のテラトーマ画像が、実験条件の全く異なるものだと把握していたはずである。これほどの重要なことを、調査委員会に報告し忘れるという不手際が起こりうるだろうか？不正流用を小保方氏と結託して隠匿したのでは？
2014年3月14日
研究論文の疑義に関する調査報告書（全文）（写し）
研究論文の疑義に関する調査報告書（スライド）（2014年4月4日修正）（写し）
研究論文の疑義に関する調査報告書（スライド）（2014年4月1日オリジナル版）（写し：2014年4月1日）
修正版では、「１−５： Fig. 2d, 2e の画像の取り違え」 のところの写真（「2014年2月20日、正しいデータ （脾臓血液細胞を用いた）に差し替えたい テラトーマに関しては2012年7月 に得られたデータもあるが、 HE染色と同じテラトーマを用いてデータを取り直した」 の文章の右の画像）が消されています。この画像の一つ（in vitro分化の画像）は、特許に掲載されていた画像と同一でした。
野依良治理事長声明文（写し）
竹市雅俊センター長声明文（写し）
研究不正再発防止について（写し）
STAP現象の検証の実施について（写し）
小保方晴子研究ユニットリーダーコメント（写し）
若山照彦山梨大学教授コメント/理研客員主管研究員コメント（写し）
笹井芳樹副センター長コメント（写し）
丹羽仁史プロジェクトリーダーコメント（写し）
2014年4月1日：「会見動画 4/1 理化学研究所記者会見～STAP論文調査・最終報告～前編
2014年4月1日：「会見動画 4/1 理化学研究所記者会見～STAP論文調査・最終報告～後編
理研の調査報告まとめ ＆ 問題点
笹井芳樹氏は、STAP細胞のNature論文に不正流用されていた小保方氏の博士論文のテラトーマ画像が、実験条件の全く異なるものだと把握していたはずである。これほどの重要なことを、調査委員会に報告し忘れるという不手際が起こりうるだろうか？不正流用を小保方氏と結託して隠匿したのでは？
2014年3月14日
研究論文（STAP細胞）の疑義に関する調査中間報告について（写し）
野依良治理事長コメント（写し）
竹市雅俊センター長コメント（写し）
著者コメント（写し）
調査委員会調査中間報告書（全文）（写し）
調査委員会調査中間報告書（スライド資料）（2014年4月4日修正版）（写し）
竹市雅俊センター長コメント（写し）
著者コメント（写し）
調査委員会調査中間報告書（全文）（写し）
調査委員会調査中間報告書（スライド資料）（2014年4月4日修正版）（写し）
調査委員会調査中間報告書（スライド資料）（2014年3月31日修正版）（写し）
調査委員会調査中間報告書（スライド資料）（2014年3月14日未修正版）（写し）
修正版では、１−５： Fig. 2d, 2e の画像の取り違え のところの写真（「正しいデータ（脾臓血液細胞 を用いた）に差し替えたい」 の右の画像）が消されています。この画像の一つは、特許に掲載されていた画像と同一でした。
また、電気泳動ゲル画像の一部も消されています。削除された電気泳動ゲル画像の一部には、改竄と最終調査報告で認定された件とは別に、新たな改竄疑惑が浮上していました。
2014年3月14日 理研の調査委員会の中間報告発表動画：その１、その２、その３、その４、その５、その６、その７
FNNニュース動画：
2014年3月14日：「STAP細胞」論文 理研が中間報告会見 小保方さんらは謝罪文
2014年3月15日：「STAP細胞」論文 理研、重大な過誤があったとする中間報告
FNNニュース動画：
2014年3月14日：「STAP細胞」論文 理研が中間報告会見 小保方さんらは謝罪文
2014年3月15日：「STAP細胞」論文 理研、重大な過誤があったとする中間報告
STAP細胞の特許出願書類における不正疑惑（画像流用疑惑）
PDFファイル： 2012年4月の特許出願書類（US 61/637,631 24.04.2012 (Pr. Doc.))
Document details: Country/Office: US, Number: 61/637,631, Filing date: 24 April 2012 (24.04.2012)
（この特許出願書類は、STAP細胞の特許（WO2013163296: GENERATING PLURIPOTENT CELLS DE NOVO）に関するWIPOのサイトのDocumentのタブのページに掲載されている。）
小保方晴子氏の博士論文のChapter 3 (Fig.11とFig.14を含む）
不適切な画像流用１
Animal Callus Cells (ACCs)のcallus は、”《植物》カルス、癒傷組織” にネーミングを由来しているようです（[00127]や[00132] にplant callus について言及してあります）。Fig.7cには色々な臓器由来なACCsが示されてあります。つまり、ACCsはSTAPの別名と考えればよさそうです。
また、[00137] には下記ののようにACCs のネーミングの由来が記載されています。
[00137] Stress treated CD45 positive cells were cultured in B27-LIF medium, and within 5 days, GFP expressing spherical colonies were observed while no GFP expressing colonies were observed in the untreated control (Figure 1A). Sphereical colonies grew to approximately 70μm in diameter over the first 7 days, and spherical colonies could be maintained for another 7 days in that culture condition. The configuration of the colonies was slightly baroque, appearing more similar in shape to the callus seen in botany, rather than spheres. A cell colony generated by stress treatment was therefore referred to as an Animal Callus (AC). Cultured cells were dissociated and population analysis was then performed using FACS. The analysis revealed that the application of certain significant stimuli resulted in the generation of stress altered cells, now referred to as Animal Callus Cells (ACCs), that did not previously exist in the CD45 positive cell populations (Figure 1B). ・・・ （略）
特許出願書類のFig.9(A)については書類の本文中において、下記のように説明されています。Fig.9(A)に用いられたACCsは、[00142]において、CD45 positive lymphocytes 由来と記載されています（CD45 positive lymphocytesがどの臓器由来かについては何も記載はないようです）。
[0030] Figures 9A-9E depict differentiaion of ACCs. Figure 9A depicts an in vitro differentiation assay. ACCs were sorted and plated into differentiation medium. ACCs differentiated into cells from three germ layers, and expressed ectoderm specific marker βIII tubulin and GFAP, mesenchymal marker, α-smooth muscle actin, and endoderm marker, α-fetoprotein and cytokeratin 7. （以下略）
[00142] To assess the stemness of ACCs, their self-renewal potency and their differentiation potency were examined. To study their self-renewal potency, ACCs colonies derived from previously mature CD45 positive lymphocytes were dissociated into single cells, and plated into 96 well plates, with one cell per well in an effort to generate clonally derived populations. Ten days after plating, spherical colonies were seen in 12-16h and others divided in 30-34h. ACCs were passaged at least 5 times, with continued expression of Oct4 observed. Consequently, ACCs demonstrated a potential for self-renewal, and the potential to differentiate into cells from all three germ layers in vitro.
[00143] ACs derived from mature GOF lymphocytes were again dissociated into single cells, sorted to contain only a population of cells that expressed GFP and then cultured in differentiation media. At 14-21 days after plating, cells expressed the ectoderm marker, βIII-tubulin and GFAP, the mesoderm marker, α-smooth muscle actin, and the endoderm marker, αfetoprotein and Cytokeratin 7 (Figure 9A). Thus, ACCs differentiated into cells representative of the three germ layers in vitro.00135また、[00135]には、"Consequently, exposure to low pH was focused upon as the stress treatment of choice for the remainder of the study." という文章があることから、Fig.9(A)に用いられたACCsは、弱酸刺激(low pH)で誘導されたものであると考えれます。
不適切な画像流用２
特許出願書類のFig.9(A)については書類の本文中の[00148] において、下記のように説明されています。
[00148] Developmental potential of ACCs. Finally, it was assesed whether ACCs possessed a developmental potential similar to that of plant callus cells. As an initial test for developmental potency, ACCs implanted subcutaneously in immunodeficienct (SCID) mice were studied. Six wees after transplantation, ACCs generated tissues representing all three germ layers (Figure 9B)
小保方晴子氏の博士論文Fig.14からNature誌の論文に不適切に流用されていたテラトーマ画像が、2012年4月24日出願の特許書類のFig.9Bにも異なる実験画像として不適切に流用されていたことが発覚
Nature論文とは異なり特許出願書類では、蛍光写真（下段）だけでなく、Ｈ＆Ｅ染色画像（上段）も流用しています。特許で、Ｈ＆Ｅと蛍光の二つを丸ごと博士論文から流用しておいて、その後のNature誌論文では下段の蛍光写真だけを切り取って流用しています。取違えミスとは到底思えません。
Nature誌の論文の方では、博士論文や特許書類の別のテラトーマ画像の下段だけを切り取り、元の上段のＨ＆Ｅ画像は取り除いて、そこに、どこからか持ってきた不自然なＨ＆Ｅ染色画像を、組み合わせているのです。
疑惑論文１： Nature Article
論文タイトル： "Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency"
疑惑画像１： 小保方晴子氏のNature Article論文のFig.2e下段のSTAP細胞由来テラトーマ免疫染色画像と、小保方晴子氏の博士論文のFig.14下段の骨髄sphere由来テラトーマ免疫染色画像が、類似しており、不正な画像の流用が疑われます。
理研の調査委員会の中間報告の問題点 その１
小保方、笹井氏らが提出した差し替え予定画像のタイムスタンプに改ざん・捏造の可能性？ 石井調査委員長の発言では、差し替え画像のタイムスタンプは 「論文投稿（2013年3月10日）の数ヶ月前」 しかし、差し替え画像の一つが2012年4月の特許出願書類に含まれていることが発覚。
差し替え予定画像の一つ
→http://www.riken.jp/~/media/riken/pr/topics/2014/20130314_1/document-5.pdfの p15下段のα-SMA画像
2012年4月の特許出願書類（US 61/637,631 24.04.2012 (Pr. Doc.))
調査委員会に虚偽証言の可能性？
小保方晴子氏の博士論文からNature誌の論文に不正に流用されていたテラトーマ画像が、2012年4月24日出願の特許書類のFig.9Bにも異なる実験画像として不正に流用されていたことが発覚
Nature論文とは異なり特許出願書類では、蛍光写真（下段）だけでなく、Ｈ＆Ｅ染色画像（上段）も流用しています。特許で、Ｈ＆Ｅと蛍光の二つを丸ごと博士論文から流用しておいて、その後のNature誌論文では下段の蛍光写真だけを切り取って流用しています。取違えミスとは到底思えません。
Nature誌の論文の方では、博士論文や特許書類の別のテラトーマ画像の下段だけを切り取り、元の上段のＨ＆Ｅ画像は取り除いて、そこに、どこからか持ってきた不自然なＨ＆Ｅ染色画像を、組み合わせているのです。
理研の調査委員会の中間報告の問題点 その２
小保方晴子氏の博士論文から流用されたNature論文の画像Fig.2eを、pdfから抽出すると上部に博論画像を一部切りそこなった痕跡を確認でき、黒塗りで隠されていたことがわかります。これは、意図的な捏造、改竄を示唆しています。この加工の指摘に関して、先日の理研の記者会見で質問されましたが、調査委員会はよく把握していなかった様子でした。委員らは、世界変動展望 著者氏のブログ記事 ”小保方晴子が筆頭著者の論文の不適切さについて”の（２－５）の指摘を参照しましょう。
1) STAP細胞のNature Article論文のPDFをダウンロードする
http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/pdf/nature12968.pdf
2) Fig.2eの下段の画像をコピーし、WordやPower pointなどに貼り付ける。
3) 博士論文に記載の画像に類似した文字が確認できる。
4) 解説画像↓
5) 比較GIF
http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/pdf/nature12968.pdf
2) Fig.2eの下段の画像をコピーし、WordやPower pointなどに貼り付ける。
3) 博士論文に記載の画像に類似した文字が確認できる。
4) 解説画像↓
5) 比較GIF
疑惑画像２：小保方晴子氏のNature Article論文のFig.2d中央下段のSTAP細胞由来Mesoderm免疫染色画像と、小保方晴子氏の博士論文のFig.11中央の骨髄sphere由来Mesoderm免疫染色画像が、類似しており、不正な画像の流用が疑われます。
https://twitter.com/JuuichiJigen/status/442569716453105664
疑惑画像３： Figure1のi のレーン３と、レーン２，４の間に境界線が認められ、この電気泳動画像は複数のレーン画像を切り貼りして合成したものであることが示唆されます。
Natureの実験画像に関する規程（Image integrity）によると、「異なる時期、異なる場所で得られた画像は一つの画像として合成してはならない。もし、画像を対比させて並べる必要がある場合は、画像の間に明確に境界線を引き、図の説明文に記述しなければならない。」とあります。このImage integrityの規定に、小保方晴子氏のNature Article論文のFig.1iが違反している可能性があるわけですね。
以下、規定の一部を抜粋。
Images gathered at different times or from different locations should not be combined into a single image, unless it is stated that the resultant image is a product of time-averaged data or a time-lapse sequence. If juxtaposing images is essential, the borders should be clearly demarcated in the figure and described in the legend.
The use of touch-up tools, such as cloning and healing tools in Photoshop, or any feature that deliberately obscures manipulations, is to be avoided.
Processing (such as changing brightness and contrast) is appropriate only when it is applied equally across the entire image and is applied equally to controls.
Contrast should not be adjusted so that data disappear. Excessive manipulations, such as processing to emphasize one region in the image at the expense of others (for example, through the use of a biased choice of threshold settings), is inappropriate, as is emphasizing experimental data relative to the control.
さらに、下記のような疑惑も上がっています。
254 ：クロ：2014/02/23(日) 19:15:38.10
>>228免疫で遺伝子やってるやつならわかる。
ＴＣＲのDNA解析でレーン３のＧＬにバンドがない件は全然おかしい。
500bpほどのＤＮＡが増えるのに、同じmicrotube中で
2kB程度のTCRbeta-DJ断片が増えないんだよ。そんなＰＣＲはない。
ＰＣＲを経験した人なら、増えるべきＤＮＡに500bpと2.5kBの２本があるとき、
両方のバンドがでることはわかる。長い方が全然見えないって変。
おれも最初は長いＤＮＡ断片がＰＣＲで増えにくいからだと思ったよ。
だけど2.2kBとかそんな長さなんだから簡単にふえるよ。
ここでＪＥＭ論文中の例（ＧＬバンドが弱いケース）を示す人がいるが
そのＪＥＭ論文でもTCRbeta D-JはＧＬのバンドがよく出ていることを見てほしい。
一方、V-D-Jだというんと長いので（ゲノム上10kb以上は離れており）、
さすがにＧＬ型のところにno bandだが。
著者は意図的にGLがバンドがないように見せることによって、
分化後のＴ細胞を用いたことを示そうと細工したようだ。
しかし、ＴＣＲbetaでは対立遺伝子排除が働くので片方の相同染色体では
ＧＬ型の配列をもつはず（よってＪＥＭ論文のようにＧＬにバンドが出るはず）。それを知らずに馬脚を現した。
517 ：PCR：2014/02/23(日) 20:30:00.81
PCRをしたことがある人に質問だが、2.2kBと500bの断片が増幅する
（しかも長いほうがやや多く含まれている）系で、全く2.2kBのバンドが出ないとき
そのＰＣＲはうまくいっていると思おうか？
ましてやそれをNatureの図に使うか？しかもレーンの切り貼りをしてまで？
>>254にあるように、Nature論文ではTCR betaのD2 とJ2.6間でPCRしており、これは
GL型（つまりＴＣＲ再編成前の）ゲノムＤＮＡでは2kBちょっとしか離れていない。
それがＰＣＲで全く増えず全くバンドが見えない。
TCRのVとＪ間でのＰＣＲなら距離が遠すぎて増えないのはわかるが2Kbなら増えるはず。
しかもレーン３以外ではしっかり増えてる。
疑惑画像４： 図3bのコントロール（未刺激）細胞のOct4-GFP（緑色）の蛍光顕微鏡写真（左下）の下部中央になぜか赤い細胞が存在し、さらには、バックグラウンドもControl画像とLow-pH-treated cellsの画像との間で異なるため、ネガコン（陰性対照）画像として不適切という疑惑が浮上しています。
疑惑動画：
STAP細胞の動画 （Fis-dur日記帳）にて、Nature Article誌論文に掲載されているＳＴＡＰ細胞の動画２は、「細胞が、酸に暴露され、細胞質を噴出して、死細胞と化し、緑の自家蛍光を発し、マクロファージに食べられ引きずり回される動画」ではないのか？という指摘がなされています。
疑惑論文２： Nature Letter
論文タイトル： "Bidirectional developmental potential in reprogrammed cells with acquired pluripotency"
Nature 505, 676–680 (30 January 2014) doi:10.1038/nature12969
小保方晴子氏の学位取得申請に重要であったTissue Eng Part A（疑惑論文３）の実験画像においても、多数の類似性が認められており、加工（上下反転など）を行ったうえでの流用の可能性があったことも考慮すると、このNature Letterの論文の疑惑データについても、詳細な調査が求めらます。疑惑画像５： Fig1b最右画像とFig2g下画像の胎盤部分だけが、なぜか互いに類似しています。しかも２つの画像の実験条件は互いに異なっています。前者はSTAP細胞のキメラマウス、後者はFI-SCのキメラマウスの写真です。両画像の解像度が異なるためもあり、完全には一致しませんが、二つの画像は異なる実験によって得られたものとされているため、極めて高い類似性を示すことは不自然です。これほどの高い類似性は、不注意ミスであるにせよ、意図的（故意）であるにせよ、同サンプルが複数回撮影されて別目的に使いまわされた可能性や、同一画像の胎盤部分を画像編集加工し流用した可能性などを示唆しています。いずれにしろ、生データ（実験ノート、写真のデジタルデータ、データの作成日や改変日）などを調査しないかぎり、真相は明らかにならないでしょう。
↓ Fig.1bと2gの胎盤画像を比較してください。高い類似性が確認できます。
朝日新聞の記事→ 共著者の山梨大学の若山照彦教授は、「同じマウスで角度が違う写真を２回使ってしまい、一方の削除を忘れた単純ミス」と説明した。若山教授はＳＴＡＰ細胞を使いマウスを作製し撮影した。一つの胎児に対し向きを変えたりひっくり返したりして何枚も撮影。複数の胎児で計数百枚撮ったという。その結果、小保方さんが勘違いし同じ胎児の写真を使ってしまった。１人で追加実験をしながら図を作製するなど、忙しすぎたことも勘違いの要因の一つという。 加えて「論文を何度も書き直し、最終的に２枚目の写真は本文と関係がなくなっているが、削除を忘れた」と話している。（Nature誌記事における若山照彦教授のコメントも参考にしてください。）
疑惑画像６： Nature Letter論文のFig.1aの胎盤と羊膜のLong exposure（長時間露光）写真は、実際は通常露光写真と緑の蛍光強度が同じであることが判明し、長時間露光では無いのではないか？という疑われています。このバックグラウンドの緑蛍光が長時間露光でも変わっていないという問題は、PubPeerで指摘されています。 また、Fig.1bだけ胎盤の赤い自家蛍光が見えますね。一方、対照のFig.1aのESキメラの胎盤画像にはそのような赤い自家蛍光が見えません。また、胎児の緑の蛍光も、Fig.1aに比べ、Fig.2bが明るくなっています。つまり、両者でサンプルを準備するさいに、何かしらの人為的誤差があった可能性や撮影条件に違いがあった可能性もあり、両者を単純に比較することはできず、Fig.1bのSTAPキメラの胎盤・羊膜の緑蛍光も自家蛍光の可能性もあります。また、Fig.1aとFig.1bのLong exposureの画像は、胎児部分が除かれて胎盤と羊膜の部分だけが掲載されており、不自然という声が前々からあがっていました。論文内の記述によるとＳＴＡＰキメラは１０匹作製され、そのうち６匹に胎盤、羊膜に緑の蛍光が認められたようですので、著者らはそれらの画像を全て公開し、疑惑を晴らすべきでしょう。
疑惑画像７：
蛍光の漏れによる、偽陽性シグナルを取り除くため補正が必要です。
FACSの基本中の基本です。
ぼやきの吉村（TCR再構成(2)）： "また2報目のExtendedFig.5gのFACSは初心者の学生がやらかしがちな技術的な誤りがあるので注意を喚起しておきたい。単純なことなのでわからないかたはBDなどのメーカーに聞いて下さい。いずれも”酸処理で万能細胞が出来る”という論文の本質には関係ない些細なことかもしれないが、免疫の実験系を勉強してもらうにはよい機会ではないかと思う。"
Contributions
H.O. and Y.S. wrote the manuscript. H.O., Y.S., M.K., M.A., N.T., S.Y. and T.W. performed experiments, and M.T. and Y.T. assisted with H.O.’s experiments. H.O., Y.S., H.N., C.A.V. and T.W. designed the project.
なお、論文におけるContributionにおける記載内容から、
Mikiko Tokoro（野老美紀子）氏と、Yukari Terashita（寺下愉加里）氏が、小保方氏の実験補助をしていたと推測されます。
この論文については、下記アドレスのPubPeerサイトでも議論されています。
疑惑論文３： Tissue Eng Part A
（小保方晴子氏の学位取得申請において重要であった論文）
類似画像１０： Fig.2のKlf4の左から１，２列目のバンド画像が、Fig.3のSox2の左から３，４列目のバンド画像と類似しており、データの流用が疑われています。
（小保方晴子氏の学位取得申請において重要であった論文）
論文タイトル： "The potential of stem cells in adult tissues representative of the three germ layers"
類似画像９：
Fig.3のKlf4のバンド画像を上下反転させると、Fig.3のCriptoのバンドがに類似します。また、これらの画像の左から1列目と２列目のバンド画像は、Fig.4のNat1のバンドとも類似しています。上下反転という操作や、３つの実験画像にわたる類似性から、故意によるデータの流用が疑われています。
類似画像１０： Fig.2のKlf4の左から１，２列目のバンド画像が、Fig.3のSox2の左から３，４列目のバンド画像と類似しており、データの流用が疑われています。
追記（2014年02月18日）：2014年02月18日の朝日新聞報道によると、早大広報室は「仮に問題の画像が取り消されたとしても、博士論文の趣旨に影響しないと考えている」と発表したとあります。このような「データ流用はあったが論文の結論には影響しない」という趣旨のコメントを、研究不正を調査する立場にある研究機関（早稲田大学）が、調査着手前から、発表したのは異常です。これは調査機関自体が問題や不正を隠蔽する方向に動いていることを示唆しています。早稲田大は、生データを検証したり本人への聞取り調査もせずに、なぜ論文の趣旨に影響しないといえるのでしょうか？少なくとも４つの実験画像に亘ってデータ流用が認められる以上、意図的に行われた可能性や杜撰なデータ管理が推測され、論文の結論やその他データの信頼性も低いのです。
類似画像１１：
小保方晴子氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.1のFは、小保方晴子氏の博士論文のFig.6のFの画像と、互いに上下反転の関係にあります。不適切なデータ改ざんが疑われます。
↓ Tissue Eng Part A誌論文のFig.1
↓ 博士論文のFig.6
小保方晴子氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.1のFは、小保方晴子氏の博士論文のFig.6のFの画像と、互いに上下反転の関係にあります。不適切なデータ改ざんが疑われます。
↓ Tissue Eng Part A誌論文のFig.1
↓ 博士論文のFig.6
早稲田大学大学院 先進理工学研究科 博士論文概要
論文題目 Isolation of pluripotent adult stem cells discovered from tissues derived from all three germ layers （三胚葉由来組織に共通した 万能性体性幹細胞の探索）
小保方晴子氏の博士論文のpdfファイル（剽窃・盗用などの研究不正判明分や、Nature誌へ不正に流用された画像を含む第３章など検証・批評用）⇒ 表紙、目次、Background、References、第３章、Figures、Acknowledgements、Curriculum Vitae
博士論文審査報告書によると、この不正で溢れた博士論文を通した早稲田大学の審査員は、 常田聡 早稲田大学教授 武岡真司 早稲田大学教授 大和雅之 東京女子医科大学教授 Charles A. Vacanti （チャールズ・A・ヴァカンティ） ハーバード大学教授 の４人です。
論文題目 Isolation of pluripotent adult stem cells discovered from tissues derived from all three germ layers （三胚葉由来組織に共通した 万能性体性幹細胞の探索）
小保方晴子氏の博士論文のpdfファイル（剽窃・盗用などの研究不正判明分や、Nature誌へ不正に流用された画像を含む第３章など検証・批評用）⇒ 表紙、目次、Background、References、第３章、Figures、Acknowledgements、Curriculum Vitae
博士論文審査報告書によると、この不正で溢れた博士論文を通した早稲田大学の審査員は、 常田聡 早稲田大学教授 武岡真司 早稲田大学教授 大和雅之 東京女子医科大学教授 Charles A. Vacanti （チャールズ・A・ヴァカンティ） ハーバード大学教授 の４人です。
小保方晴子氏の博士論文：
"Background"のPdfファイル（表紙、目次含む）
http://stapcells.up.seesaa.net/image/Background.pdf
"Background"の文章のほとんどが http://ＮＩＨの下記サイト（Stem Cell Basics）からの剽窃（盗用）です。 http://stemcells.nih.gov/info/basics/pages/basics1.aspx
青くハイライトされていない部分が剽窃箇所。
最後のイントロ1.5節は自力で書いたように見える（青くハイライトされている）が、これも剽窃（盗用）です。1.5節の第2段落の上記NIHサイトからの剽窃で（文書の順番が変わっているだけ）、1.5節の第2段落は下記文献からの剽窃です。
http://www.docstoc.com/docs/129229958/Paul-her-is-a-little-story-that-mite-interest-you-its-how-cell
さらに、Figure 1も、NIHサイト（Appendix A: Early Development）の
Figure A5の図(© 2001 Terese Winslow, Caitlin Duckwall)から剽窃（盗用）されたものです。
下記の小保方氏の博士論文のFigure 1 を NIHサイトの元画像と比較してください。
↓
肝細胞研究会のホームページには、「Copyright (C) 2007-2009 The Japanese Society for the Research of Hepatic Cells. All Rights Reserved.」の記載があります。
問題2 （博士論文）：
小保方晴子氏の博士論文の第２，３，４，５章の各章にはReferencesの項目があり多数の論文を引用していますが、各章の本文自体にはReference番号が一つもなく、どの文章がどの論文を引用しているのか全く不明なのです。また、これらのReferencesは、全てが他の論文からの剽窃（盗用）であり、博士論文の本文とは一つ一つ対応していないと考えられます。
PDFファイル（博士論文の第２，３，４，５章の各章のReferences）
剽窃（盗用）元の論文
「3章」
「4章」
「5章」
さらに、小保方博士論文の Figure 10(p53)のMesoderm (Muscle)の実験画像は、
調査中
小保方晴子氏の博士論文の第２，３，４，５章の各章にはReferencesの項目があり多数の論文を引用していますが、各章の本文自体にはReference番号が一つもなく、どの文章がどの論文を引用しているのか全く不明なのです。また、これらのReferencesは、全てが他の論文からの剽窃（盗用）であり、博士論文の本文とは一つ一つ対応していないと考えられます。
PDFファイル（博士論文の第２，３，４，５章の各章のReferences）
↓
（第３章のReferencesは、コピペ操作によりページ範囲が文字化けし、盗用元と同じくABC順になってしまっている）
剽窃（盗用）元の論文
↓
「2章」
「2章」
1 ～ 23 は
っぽい? (要検証)
24 ～ は
「3章」
「4章」
1 ～ 49 は
50 ～ 52 は
「5章」
問題3 （博士論文）：
小保方博士論文の Figure 10(p53)のEctoderm (Hepatocyte)の実験画像は、
さらに、小保方博士論文の Figure 10(p53)のMesoderm (Muscle)の実験画像は、
ZenBioのホームページに掲載されている画像（Human skeletal myocytes in culture）から盗用されたものです。（写し）
http://uni.2ch.net/test/read.cgi/life/1394645669/87
http://uni.2ch.net/test/read.cgi/life/1394645669/87
論文本文中やレジェンド（小保方博士論文 pp.49-50, p.53）では、
3.3Results 3.3.1 Differentiation potential of cells in vitro When representative bone marrow derived spheres were dissociated into single cells and exposed to three different differentiation media, the cells differentiated to express specific genes of the three lineages, Map2 (ectoderm), MyoD (mesoderm) and alpha-fetoprotein (AFP, endoderm) (Fig. 10).
Figure 10 in vitro differentiation of bone marrow spheres After 6 weeks of culture, cells change their figurations into those of cells representative of three germ layers.
と記載されており、 Figure 10の画像は、小保方氏自身が実験を行って得られた実験画像であるとしています。よって、これは、実験画像の盗用だけでなく、実験データの捏造の研究不正にもあたります。
Fig.10のEctodermのNeuronの画像の出所を調査中です。
問題4 （博士論文）：
小保方博士論文のFigure 20のマウスの画像は、
Harlan Laboratories, Inc.のホームページに掲載されているC57BL/6 Albino Miceの画像を盗用したものです。（写し）
小保方博士論文のFigure 20のマウスの画像は、
Harlan Laboratories, Inc.のホームページに掲載されているC57BL/6 Albino Miceの画像を盗用したものです。（写し）
問題5 （博士論文）：
小保方晴子氏の博士論文概要の研究業績に、実際には存在しない国際特許が記載されていた疑惑が、上がっています（下記参照）。
小保方晴子氏の博士論文概要の学位申請研究業績書の欄に、”国際特許 Haruko Obokata, Charles A. Vacanti. Sub Population of Retained Embryonic Like Cells”の記載があるが、HARUKO OBOKATAで特許を検索しても、2013年公開のSTAP特許の１件だけ。
特許は出願して1年半で公開されるので、特許出願がなされていないか、 出願したが、公開される前に取り下げたかのどちらかだが、 同じ技術内容が、論文として公開されているので、取り下げる意味はない。詐欺商品の「特許出願中」のようなものかもしれない。通常、国際特許（PCT）は費用がかかるので、 まずは、アメリカに国内出願をして、それから大事だと思ったら、 追加修正を確認した上で、本命のＰＣＴを出願する。 ＳＴＡＰの特許出願はその手順に従っている。 博士論文においては、最初から国際特許と書いているのと、出願番号も書いていない時点で十分怪しい。
国際特許の検索
英語
日本語
同様に、 小保方晴子氏の博士論文のCurriculum Vitae（履歴書）の項目にも、存在が確認できない特許 (Haruko Obokata, Charles A. Vacanti. Sub Population of Retained Embryonic Like Cells) が記載されています。
問題6 （博士論文）：
小保方晴子氏の博士論文審査報告書に、審査員として記載されていたPhDを持っていないVacanti教授の肩書きが誤ってMD, PhDとなっていたことが問題となっていましたが、2014年2月19日に密かに訂正されたようです。しかしながら、訂正に関する告知がないことが、さらに批判を招いています。
旧 博士論文審査報告書→http://www.peeep.us/044e5d22
新（訂正後） 博士論文審査報告書→http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/bitstream/2065/36341/5/Shinsa-5627.pdf （写し）
問題7（博士論文）：
類似画像６： Fig.2のKlf4の左から１，２列目のバンド画像が、Fig.3のSox2の左から３，４列目のバンド画像と類似しており、データの流用が疑われています。http://blog.goo.ne.jp/lemon-stoism/e/008ac025ee1ccf4c694869f09b053ee7
小保方晴子氏の博士論文のFig.6のFの画像は、小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.1のFと、互いに上下反転の関係にあります。不適切なデータ改ざんが疑われます。
↓ 博士論文のFig.6
↓ Tissue Eng Part A誌論文のFig.1
↓ 博士論文のFig.19の「pneumosphere由来のテラトーマ様の塊」の画像
↓ 小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.6
問題12（博士論文）：
小保方晴子氏の博士論文のFig.11中央の骨髄sphere由来Mesoderm免疫染色画像が、小保方晴子氏のNature Article論文のFig.2d中央下段のSTAP細胞由来Mesoderm免疫染色画像に流用されています。
調査中
調査中
↓ Figure 12のレジェンドにおいて、(I) の図に関する説明分がなく、怪しい。
↓ Fig.8（博士論文）
↓ Fig.16（博士論文）
このTissue Eng Part Aの論文は、小保方晴子氏の博士論文概要の学位申請研究業績書にも記載されています。
類似画像５：
Tissue Eng Part Aの論文において、Fig.3のKlf4のバンド画像を上下反転させると、Fig.3のCriptoのバンドがに類似します。また、これらの画像の左から1列目と２列目のバンド画像は、Fig.4のNat1のバンドとも類似しています。上下反転という操作や、３つの実験画像にわたる類似性から、故意によるデータの流用が疑われています。http://blog.goo.ne.jp/lemon-stoism/e/008ac025ee1ccf4c694869f09b053ee7
類似画像６： Fig.2のKlf4の左から１，２列目のバンド画像が、Fig.3のSox2の左から３，４列目のバンド画像と類似しており、データの流用が疑われています。http://blog.goo.ne.jp/lemon-stoism/e/008ac025ee1ccf4c694869f09b053ee7
問題8（博士論文）：
小保方晴子氏の博士論文のFig.6のFの画像は、小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.1のFと、互いに上下反転の関係にあります。不適切なデータ改ざんが疑われます。
↓ 博士論文のFig.6
↓ Tissue Eng Part A誌論文のFig.1
問題9（博士論文）：
博士論文のFig.18の「spinalsphere由来のテラトーマ様の塊」の画像は、小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.6のDでは「pneumosphere由来のテラトーマ様の塊」の画像として異なる目的のために使用されており、不適切なデータであることが疑われます。
さらに、博士論文のFig.19の「pneumosphere由来のテラトーマ様の塊」の画像は、小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.6のBでは「spinalsphere由来のテラトーマ様の塊」の画像として異なる目的のために使用されており、不適切なデータであることが疑われます
↓ 博士論文のFig.18の「spinalsphere由来のテラトーマ様の塊」の画像
博士論文のFig.18の「spinalsphere由来のテラトーマ様の塊」の画像は、小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.6のDでは「pneumosphere由来のテラトーマ様の塊」の画像として異なる目的のために使用されており、不適切なデータであることが疑われます。
さらに、博士論文のFig.19の「pneumosphere由来のテラトーマ様の塊」の画像は、小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.6のBでは「spinalsphere由来のテラトーマ様の塊」の画像として異なる目的のために使用されており、不適切なデータであることが疑われます
↓ 博士論文のFig.18の「spinalsphere由来のテラトーマ様の塊」の画像
↓ 博士論文のFig.19の「pneumosphere由来のテラトーマ様の塊」の画像
↓ 小保方氏が第一著者のTissue Eng Part A誌論文のFig.6
FIG. 5. Differentiation assay of spheres derived from different adult tissue types into cells representative of the three germ layers. Differentiation assay from spinal spheres (A) into neural cells (i, ii, and iii), muscle cells (iv, v, and vi), and hepatocytes (vii, viii, and ix). bIII tubulin-expressing neurons are shown in green (i), GFAP-expressing glias are shown in red (ii), and O4- expressing oligodendrocytes are shown in red (iii). a-smooth muscle actin-expressing smooth muscle cells are shown in red (iv), myosin-expressing cells are shown in green (v), and desmin-expressing cells are shown in red (vi). AFP-expressing cells are shown in red (vii), albumin-expressing cells are shown in red (viii), and CK18 are shown in green (ix). Differentiation assay from pneumospheres (B) into neural cells (i, ii, and iii), muscle cells (iv, v, and vi), and hepatocytes (vii, viii, and ix). bIII tubulinexpressing neurons are shown in green (i), GFAP-expressing glias are shown in red (ii), and O4-expressing oligodendrocytes are shown in red (iii). a-smooth muscle actin-expressing smooth muscle cells are shown in red (iv), myosin-expressing cells are shown in green (v), and desmin-expressing cells are shown in red (vi). AFP-expressing cells are shown in red (vii), albuminexpressing cells are shown in red (viii), and CK18 are shown in green (ix). Differentiation assay from myospheres (C) into neural cells (i, ii, and iii), muscle cells (iv, v, and vi) cells, and hepatocytes (vii, viii, and ix). bIII tubulin-expressing neurons are shown in green (i), GFAP-expressing glias are shown in red (ii), and O4-expressing oligodendrocytes are shown in red (iii). a-smooth muscle actin-expressing smooth muscle cells are shown in red (iv), myosin-expressing cells are shown in green (v), and desminexpressing cells are shown in red (vi). AFP-expressing cells are shown in red (vii), albumin-expressing cells are shown in red (viii), and CK18 are shown in green (ix). Nuclei were stained with 40,6-diamidino-2-phenylindole (DAPI). Scale bars: 50mm.
問題11（博士論文）：
小保方晴子氏の博士論文のFig14下段の骨髄sphere由来テラトーマ免疫染色画像が、小保方晴子氏のNature Article論文のFig.2e下段のSTAP細胞由来テラトーマ免疫染色画像に流用されています。
問題12（博士論文）：
小保方晴子氏の博士論文のFig.11中央の骨髄sphere由来Mesoderm免疫染色画像が、小保方晴子氏のNature Article論文のFig.2d中央下段のSTAP細胞由来Mesoderm免疫染色画像に流用されています。
追記（2014年02月18日）：2014年02月18日の朝日新聞報道によると、早大広報室は「仮に問題の画像が取り消されたとしても、博士論文の趣旨に影響しないと考えている」と発表したとあります。このような「データ流用はあったが論文の結論には影響しない」という趣旨のコメントを、研究不正を調査する立場にある研究機関（早稲田大学）が、調査着手前から、発表したのは異常です。これは調査機関自体が問題や不正を隠蔽する方向に動いていることを示唆しています。早稲田大は、生データを検証したり本人への聞取り調査もせずに、なぜ論文の趣旨に影響しないといえるのでしょうか？少なくとも４つの実験画像に亘ってデータ流用が認められる以上、意図的に行われた可能性や杜撰なデータ管理が推測され、論文の結論やその他データの信頼性も低いのです。
調査中
Fig.3
本文中におけるFig.3に関する文章：
2. ISOLATION OF SMALL CELLS
2.1 Introduction
2.1.1 Stem cells and small cells
Generally speaking, stem cells are small. The ratio of cytoplasm and nuclear is one
of remarkable indexes of stem cells. However, the isolation method of only small
cells is yet established.
2.1.2 Stem cells and sphere formation
Sphere formation is recognized as one of the results of stem cell property since stem
cell is recognized that they have strong proliferative potential and self-renewal
potency. Recently, many reports demonstrated that various adult tissues
contained sphere forming cells. Cells derived from many adult tissues, including
retina, brain, cornea, olfactory neuroepithelium, pancreas, skin, muscle and bone
marrow have been propagated as non-adherent clusters or spheres, as have
embryonic stem cells. Cells contained within the spheres described in those reports,
exhibit neural lineage markers and appear to possess varying degrees of stem cell
potency. We believe that adult stem cells described in various reports represent the
same adult stem cells at different stages of development, expressing different
degrees of potency. Sphere forming cells are much more immature than previously
expected. We hypothesized that adult stem cells procured from any tissue,
endoderm, mesoderm or ectoderm, could demonstrate a wide multipotency and
cross germ layers when maintained in appropriate environments.
Therefore, we first investigated how to isolate small cells. And then we examined if
they had sphere forming potency in the serum-free condition.
2.2 Experimental
2.2.1 Isolation of small cells
Bone marrow, lung, muscle and spinal cord tissues were procured from 3- to
4-week-old C57BL/6J mice as described below. Bone marrow was acquired by
flushing femur and tibia with culture media using an insulin syringe. Cells
were plated at 1x10^ cells/cm" in F12/DMEM (1:1, v/v) supplemented with 2% B27,
20ng/ml bFGF and lOng/ml EGF
To isolate small cells from murin bone marrow, the following three types of methods
were examined.
A. Cell sorter
Forward scatter was calibrated by size-defined beads. Less
than 8 micro meters in diameter cells were isolated.
B. Optimistic pressure
Bone marrow cells were exposed to low optimistic pressure
liquid to destroy mature cells.
C. Trituration using thin-glass pipette
Standard glass pipettes were burned and stretched out to
make thin tips. Mature cells were passed through thin glass
pipettes many times and destroyed by mechanical stress.
Obtained small cells were cultured in serum free medium, and appeared spheres
were counted as a number of stem cells.
2.2.2 Characterization of small cells
Immunohistochemistry. Protein expression was assessed using
immunohistochemical techniques as described below. Each slide was incubated with
anti-c-kit rat monoclonal antibody, anti-Sca-1 rat monoclonal antibody or
anti-E-cadherin rat monoclonal antibody. After washing with PBS, the cells were
incubated with goat anti-rat IgG Texas Red-conjugated antibodies and goat anti-rat
IgG Fluorescein-conjugated antibodies. SSEA-1 and Alkaline phosphatase (AP)
staining was performed using the ES cell detection Kit
Single sphere RT-PCR. Single spheres were individually collected under the
microscope. Total RNA was extracted from each single sphere, and then subjected to
oligo-dT-primed reverse transcription (RT). RT-PCR was performed using TaqDNA
polymerase on an iCycler for 35 cycles.
2.3 Results
2.3.1 Sphere forming from isolated cells
Trituration and optimistic pressure produced spheres. Whereas, cell sorter did not
produced any spheres. Trituration produced most number of spheres. Therefore, we
utilized trituration as the isolation method of small cells.
2.3.2 Effect of trituration
After the trituration, the population of small cells was increased comparing to
native bone marrow cells (Fig. 3A and B). However not all of cells over 8 micro
meters in diameter disappeared. Triturated cells formed spheres during culture.
Interestingly, spheres were consisted of only small cells (Fig. 3C). Thus, it was
demonstrated that trituration enabled to culture and grow only small cells.
調査中
Fig.12
↓ Figure 12のレジェンドにおいて、(I) の図に関する説明分がなく、怪しい。
Figure 12 Mesenchymal lineage differentiation.
Dissociated spheres were plated into serum-containing medium and cultured for
14*21 days. Plated cells differentiated into mesenchymal lineage cells even plated
cells were from spheres derived from endoderm or ectoderm tissues.
Marrow spheres differentiated into condrocytes (A), adipocytes (B) and osteocytes
(C). Pnemospheres differentiated into condrocytes (D), adipocytes (E) and osteocytes
(F). Spinalspheres differentiated into condrocytes (G) and adipocytes (H).
利益相反問題１
小保方晴子氏の2011年のNature Protocol誌の論文は、（株）セルシード社の製品の細胞シートの性能に関するものでした。そして、論文の共著者である東京女子医大の岡野光夫教授や大和雅之教授は（株）セルシードの関係者であり、特に、岡野光夫教授は、有価証券報告書ではこの時点で同社株の大量保有者かつ役員でした。このように、金銭的利益相反問題が存在するにも関わらず、このNature Protocol誌の論文には、”金銭的利益相反は無い（The authors declare no competing financial interests.）”と宣言していました。これらの虚偽記載もまた、彼女らの信用を大きく損なう結果となりました。
ノバルティスのディオバン臨床研究不正事件でも問題になりましたが、このような利益相反事項（論文出版により金銭的利益を得たり失ったりする可能性のある企業の社債や株の保有など）は、論文投稿の際に開示するべきとされています。特にNature Publishing はこの点に厳しく、その規定（Nature journals' competing financial interests policy）で、投稿する際には、投稿論文に利益相反があるのか無いのか、明記することを義務付けています。
↓ Nature Protocolの論文より引用
Competing financial interests The authors declare no competing financial interests.
以下の３項目は、Natureの規定で、"金銭的利益相反（Competing financial interests）"として定義された具体的項目です。
1) Funding: Research support (including salaries, equipment, supplies, reimbursement for attending symposia, and other expenses) by organizations that may gain or lose financially through this publication.
2) Employment: Recent (while engaged in the research project), present or anticipated employment by any organization that may gain or lose financially through this publication.
3) Personal financial interests: Stocks or shares in companies that may gain or lose financially through publication; consultation fees or other forms of remuneration from organizations that may gain or lose financially; patents or patent applications whose value may be affected by publication.
（日本語訳）
１） 研究資金： 論文出版により利益を得たり失ったりする可能性のある組織（団体）からの研究補助（給与、装置、備品、シンポジウム出席のための支援、その他の経費）
２） 雇用： 論文出版により利益を得たり失ったりする可能性のある企業によって、最近（研究プロジェクトに従事している間）、現在、あるいは将来的に雇用されること
３） 個人的な金銭的利益： 論文出版により金銭的利益を得たり失ったりする可能性のある企業の社債や株、金銭的利益を得たり失ったりする可能性のあるコンサルタント費やその他の報酬、論文出版によってその価値が影響を受ける可能性のある特許、または特許申請。
利益相反問題２
Tissue Eng Part A. 2011 Jun;17(11-12):1507-15. doi: 10.1089/ten.TEA.2010.0470. Epub 2011 Apr 12.
Development of osteogenic cell sheets for bone tissue engineering applications.
Pirraco RP1, Obokata H （小保方晴子）, Iwata T, Marques AP, Tsuneda S, Yamato M （大和雅之）, Reis RL, Okano T （岡野光夫）.
- 1Institute of Advanced Biomedical Engineering and Science, Tokyo Women's Medical University, Tokyo, Japan.
東京女子医大の岡野光夫教授が責任著者の上記のTISSUE ENGINEERING誌論文（小保方晴子氏は第二著者）はセルシード社の関連の深い細胞シートに関する研究の報告をしています。
そして、論文出版当時、岡野教授はセルシード社大株主で役員でした。
しかしながら、岡野光夫教授らは論文中において、これらの事実に反して、金銭的利益相反を否定しています。
具体的に説明すると、Tissue Eng Part A誌（ 17(11-12), 1507-1515.）論文中の "Disclosure Statement"の項目に、 "No competing financial interests exist." との虚偽記載があります。
なお、セルシード社ホームページのBone marrow stromal cells（骨髄間質細胞）の項でも、このTissue Eng Part A誌（ 17(11-12), 1507-1515.）の論文は紹介されています。
そして、論文出版当時、岡野教授はセルシード社大株主で役員でした。
しかしながら、岡野光夫教授らは論文中において、これらの事実に反して、金銭的利益相反を否定しています。
具体的に説明すると、Tissue Eng Part A誌（ 17(11-12), 1507-1515.）論文中の "Disclosure Statement"の項目に、 "No competing financial interests exist." との虚偽記載があります。
なお、セルシード社ホームページのBone marrow stromal cells（骨髄間質細胞）の項でも、このTissue Eng Part A誌（ 17(11-12), 1507-1515.）の論文は紹介されています。
利益相反問題３
小保方晴子氏ら理研、チャールズ・バカンティ教授らのハーバード大学医学部ブリガム＆ウィメンズ病院、大和雅之氏の東京女子医科大学は、共同で、STAP細胞に関わる国際特許（WIPO Pub. No.: WO/2013/163296：HTML、PDF）を出願しています。
問題１で述べたように、特に、Natureグループの雑誌では、このような利益相反事項（論文掲載の可否によって価値が変わるような特許を出願している場合など）は、論文投稿の際に開示する義務があります。
しかしながら、小保方晴子氏らは、下記のように、Nature Articleの論文 （疑惑論文２）において、"金銭的利益相反（Competing financial interests）は無し"と明記しているのです。小保方氏らは、Natureが定義している”Personal financial interests（個人的な金銭的利益）”の項目に違反しています。一方、「職務発明の対価は法人が決めるので、本件は、Natureの規約の"個人の金銭的利益（Personal financial interests）"には該当しない」と擁護する意見もあります。しかしながら、東大理学部教授のRobert Geller氏は、「例えば投稿時に編者にそう説明したて編者がそれを認めたら問題ないですが、いまそれを言うなら詭弁でしょうね。」と述べています。
↓ Nature Articleの論文より引用
Competing financial interests
The authors declare no competing financial interests.
疑惑論文１： Nature Article や特許における文章剽窃（盗用）疑惑 １件目
小保方晴子らのNature Article論文の”Methods”のセクションにおける”Karyotype analysis”の文章の一部は、ドイツの研究者（Jianli Guoら）が2005年にIn Vitro Cell Dev Biol Anim.誌で発表した論文の文章から拝借したものですが、拝借元の論文を引用していないことが明らかとなり、問題となっています。
下記の文章で、赤く太文字でハイライトされている部分がJianli Guoらの論文と同一の文章です。 さらに、青く太文字でハイライトされている部分が、Jonathan Landryの博士論文（Dissertation）と同一の文章です。
Guo Jianliらの論文との比較
赤く太文字でハイライトされている部分が同一
小保方氏らのNature Article論文： "Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency"
Guo Jらの論文： Multicolor karyotype analyses of mouse embryonic stem cells.
- In Vitro Cell Dev Biol Anim. 2005 Sep-Oct;41(8-9):278-83.
- Guo J1, Jauch A, Heidi HG, Schoell B, Erz D, Schrank M, Janssen JW.
- 1Institute of Human Genetics, University of Heidelberg, D-69120 Heidelberg, Germany.
- Materials and Methods
- Chromosome preparation
- Metaphase spreads of the ES cells were performed as follows. Subconfluent ES cells were arrested in metaphase by adding colcemid (final concentration 0.270 μg/ml) to the culture medium for 2.5 h at 37° C in 5% CO2. Cells were washed with PBS, treated with trypsin-ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA), resuspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1200 rpm. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a prewarmed hypotonic 0.0375 M KCl solution was added. Cells were incubated for 20 min at 37° C. Cells were centrifuged for 5 min at 1200 rpm and the pellet was resuspended in 3–5 ml of 0.0375 M KCl solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3:1, vol:vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times prior to spreading the cells on glass slides.
- Multicolor FISH analysis (M-FISH)
For M-FISH analysis mouse chromosome–specific painting probes were combinatorially labeled using seven different fluorochromes and hybridized as previously described (Jentsch et al., 2003). For each cell line 9–15 metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH, Bensheim, Germany) equipped with a Sensys CCD camera (Photometrics, Tucson, AZ). Camera and microscope were controlled by the Leica Q-FISH software (Leica Microsystems Imaging solutions, Cambridge, United Kingdom). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolor karyograms.
なお、文章の拝借元における塩化カリウムを意味する"KCl"という正しい表記が、小保方論文では"KC1"という無意味な言葉になっています。さらに、小保方論文では、EDTA (EDTA) と、ethylenediaminetetraacetic acidの略称であるEDTAを誤って連続して記載しています。なぜ、このような初歩的ミスが起こったかは不明ですが、自分で文章を作成せず、他者論文の文章を拝借したことが一因であるかもしれません。
上記の拝借された文章の中には、ライカ社（Leica Mikrosysteme GmbH）の DM RXA RF8 落射蛍光顕微鏡（epifluorescence microscope ）と、フォトメトリクス社 (Photometrics)の Sensys CCD カメラの実験機器名も含まれています。小保方氏らは、実験方法の文章を拝借するだけでなく、わざわざ、Guo Jianliらドイツの研究者が用いた実験機器と同一のものを用いて実験をしたのでしょうか？そのようなことが果たして可能なのでしょうか？
このライカの DM RXA 顕微鏡も、フォトメトリクスの Sensys CCD カメラも、1990年代末から2000年代前半に販売されていたもので既に製造中止になっている機種です。 また、Sensys カメラのウェブサイトには、 「Then turn your computer back on and boot Windows 98/2000/ME/XP again.」と記載されており、Win 98が現役だったような時代の懐かしい製品です。よって、小保方氏らが研究室を立ち上げるときに、このような古い実験機器を新規に購入することは不可能であり、また中古品も出回っていません。
このライカの DM RXA 顕微鏡も、フォトメトリクスの Sensys CCD カメラも、1990年代末から2000年代前半に販売されていたもので既に製造中止になっている機種です。 また、Sensys カメラのウェブサイトには、 「Then turn your computer back on and boot Windows 98/2000/ME/XP again.」と記載されており、Win 98が現役だったような時代の懐かしい製品です。よって、小保方氏らが研究室を立ち上げるときに、このような古い実験機器を新規に購入することは不可能であり、また中古品も出回っていません。
(フォトメトリクスの パンフレットによると、このSensys CCD カメラ は専用PCIカードで画像を取り込むタイプで、 30～200万画素程度のものでカメラに放熱フィンが付いている非常に古いカメラです。)
小保方ら論文著者はKC1などのOCRの誤認識に基づく誤記をそのままにして剽窃していることから、ほとんど剽窃文章の中身を吟味していないことが推測され、実験機器名に関しても実際には使用していないにも関わらずそのまま剽窃して記載してしまった可能性があります。これらのことから、そもそも、このMaterials and Methodsに書かれているKaryotype analysis（核型分析）の実験は、論文の記述通りには行われていなかった可能性が推測されます。これらの疑惑を晴らすためには、小保方研究室、笹井研究室、若山研究室、ヴァカンティ研究室、あるいは理研などの彼らが所属する研究施設の共有実験機器のいずれかに上記の実験機器が存在し、これらの機器を使用して実際に実験を行ったことを生データにより示すしかありません。あるいは、論文内には外注したとは記載されていませんが、もし、この実験が外注により外部機関により行われていたとしたら、その外部機関から送られてきた報告書を確認する必要があるでしょう。
なお、Guo Jianli氏らの原論文では「DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH, B ensheim, Germany) equipped with a Sensys CCD camera (Photometrics, Tucson, AZ). 」 と書いてあったのを、小保方氏らの論文ではわざわざメーカーの所在地や国名を削除して書き換えています。 もし、実際はもっと新しい機種や他のメーカーの機種を使っていたのなら、わざわざ実際使ったのとは違う機種の名前を残しつつ国名だけ消すのではなく、実際に使用している機種に合わせて記述を直すはずです。（執筆者ではなくてコピーエディターが書き換えた可能性も否定できませんが）。
小保方氏らの特許： さらに、この文章は、小保方晴子氏らが出願した特許（原文ＰＤＦ）中の下記文章の一部においても拝借されています。特許においても、KC1という誤記が見られます。さらに、Guo論文における"imaging"が、特許においては"hanging"という文脈上間違った単語に変換されています。[00290] Karyotype analysis. Karyotype analysis was performed by Multicolor FISH analysis (M-FISH). Subconfluent STAPS cells were arrested in metaphase by colcemid (final concentration 0.270 μg/ml) to the culture medium for 2.5 h at 37°C in 5% CO2. Cells were washed with PBS, treated with trypsin/ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA), resuspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1200 rpm. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a prewarmed hypotonic 0.0375 M KC1 solution was added. Cells were incubated for 20 min at 37°C. Cells were centrifuged for 5 min at 1200 rpm and the pellet was resuspended in 3-5 ml of 0.0375 M KC1 solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3: 1; vol/vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times prior to spreading the cells on glass slides. For the FISH procedure, mouse chromosome-specific painting probes were combinatorially labeled using seven different fluorochromes and hybridized as previously described (Jentsch et al, 2003). For each cell line, 9-15 metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH, Bensheim, Germany) equipped with a Sensys CCD camera (Photometries, Tucson, AZ). Camera and microscope were controlled by the Leica Q-FISH software (Leica Microsystems hanging solutions, Cambridge, United Kingdom). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolor karyograms.
Jonathan Landryの博士論文（Dissertation）との比較
青く太文字でハイライトされている部分が同一
小保方氏らのNature Article論文： "Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency"
Karyotype analysisKaryotype analysis was performed by Multicolor FISH analysis (M-FISH). Subconfluent STAP stem cells were arrested in metaphase by colcemid (final concentration 0.270 µg ml−1) to the culture medium for 2.5 h at 37 °C in 5% CO2. Cells were washed with PBS, treated with trypsin and EDTA (EDTA), re-suspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1,200 r.p.m. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a pre-warmed hypotonic 0.0375 M KC1 solution was added. Cells were incubated for 20 min at 37 °C. Cells were centrifuged for 5 min at 1,200 r.p.m. and the pellet was re-suspended in 3–5 ml of 0.0375 M KC1 solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3:1; vol/vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times before spreading the cells on glass slides. For the FISH procedure, mouse chromosome-specific painting probes were combinatorially labelled using seven different fluorochromes and hybridized as previously described41. For each cell line, 9–15 metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH) equipped with a Sensys CCD camera (Photometrics). Camera and microscope were controlled by the Leica Q-FISH software (Leica Microsystems). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolour karyograms.
Jonathan Landryの博士論文（Dissertation by Jonathan Landry）：
(submitted to the Combined Faculties for the Natural Sciences and for Mathematics of the Ruperto-Carola University of Heidelberg, Germany for the degree of Doctor of Natural Sciences)
The genomic and transcriptomic landscape of HeLa cells.
- Presented by Jonathan Landry born in Lyon, France Oral examination: 06/12/2012
- 3.4.4 Multicolor fluorescent in situ hybridization (M-FISH)
- Metaphase spreads of HeLa cells were performed as follows. Subconfluent HeLa cells were arrested in metaphase by adding colcemid (final concentration 0.270 μg/ml) to the culture medium for 2.5 h at 37° C in 5% CO2. Cells were washed with PBS, treated with trypsin-ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA), resuspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1200 rpm. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a prewarmed hypotonic 0.0375 M KCl solution was added. Cells were incubated for 20 min at 37° C. Cells were centrifuged for 5 min at 1200 rpm and the pellet was resuspended in 3–5 ml of 0.0375 M KCl solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3:1, vol:vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times prior to spreading the cells on glass slides. For M-FISH analysis, chromosome–specific painting probes were labeled using DOP-PCR amplified DNA using 7 different fluorochromes in a combinatorial manner and hybridized as previously described [130]. Twelve metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH, Bensheim, Germany) equipped with a Sensys CCD camera (Photometrics, Tucson, AZ). Camera and microscope were controlled by the Leica MCK-FISH software (Leica Microsystems Imaging solutions, Cambridge, United Kingdom). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolor karyotypes.
さらに、小保方氏らのNature Article論文、文章が類似していたGuo氏やLandry氏らの論文の、３つのいずれの論文も、下記のJentsch I氏らのCytogenet Genome Res.誌の論文を引用していましたので、Jentsch氏の論文と比較してみましたが、全く異なる文章でした。つまり、小保方氏らの論文は実験方法を開発したJentsch氏らの論文から文章をコピペしたのではなく、Jentsch氏らを参考にして実験を行ったGuo氏らが作成した文章を剽窃した可能性が高いと思われます。なぜ、Landry氏の博士論文がGuo氏の論文に類似しているかどうかについては不明です。
Seven-fluorochrome mouse M-FISH for high-resolution analysis of interchromosomalrearrangements.
Jentsch I1, Geigl J, Klein CA, Speicher MR.
Institut für Humangenetik, Technische Universität München, München, Germany.（以下検証用にMaterials and Methodsの部分だけを引用）
Materials and methods
Preparation of mouse painting probes and of fluorochrome DNA pools The generation of mouse chromosome-specific painting probes (Rabbitts et al., 1995) and their amplification by “primary” and “secondary DOPPCR” was described previously (Jentsch et al., 2001). Similar to our human 7-Fluor M-FISH approach (Azofeifa et al., 2000) we generated a DNA pool for each fluorochrome according to the labeling scheme shown in Fig. 2. For example, the DEAC-pool consisted of painting probes for chromosomes 3, 5, 10, 11, 14, and Y; the FITC pool of chromosomes 3, 8, 13, 15, 19, and X, and so on. Each painting probe was carefully calibrated to have the same fluorescent intensity after FISH according to our previously described protocols (Eils et al., 1998). After PCR labeling, the length of the DNA was adjusted by DNase I digestion to a size of 300– 700 bp.
Preparation of the mouse M-FISH hybridization mix The hybridization mix was prepared by overnight ethanol precipitation of 6 Ìl of the DEAC-, 7 Ìl of the FITC-, 6 Ìl of the Cy3-, 2.5 Ìl of the Texas Red- (= Cy3.5), 6 Ìl of the Cy5-, 2.5 Ìl of the biotin- (= Cy5.5) and 3 Ìl of the digoxigenin- (= Cy7) labeled PCR product, together with 60 Ìl of mouse Cot-1 DNA and 20 Ìg salmon sperm DNA. After centrifugation at 13,000 rpm for 30 min at 4 ° C followed by a washing step with 70 % ethanol, the pellet was resuspended in the hybridization mix, consisting of 50 % formamide, 20% dextran sulfate, and 2× SSC.
Induction of chromosomal aberrations and preparation of mouse chromosomes The mouse chromosome preparations from mouse cell lines AG12 TUBO and TSA were done as described previously (Weaver et al., 1999) with some modifications. In brief, the spleen was isolated from mouse and transported in a tissue culture flask with RPMI/FBS. After homogenization with RPMI, the cells were incubated in a culture flask with RPMI, FBS, concanavalin A, LPS, ß-mercaptoethanol. After 48 h incubation, the cells were treated with colcemid and 0.075 M KCl and fixed in methanol/acetic acid.
Hybridization, post-hybridization washes and detection of indirectly labeled probes The probe mixture was denatured for 7 min at 78 ° C and then preannealed for about 20 min at 37 ° C. The slides were denatured in 70 % formamide, 2× SSC for about 2.5 min at 72 ° C. After passage through an ethanol series on ice, the slides were air-dried and the hybridization mixture was added to the slide. The hybridization field was sealed with a cover slip and rubber cement, and the slides were incubated for two nights at 37 ° C.
Following hybridization, the slides were washed in 4× SSC/Tween three times 5 min each at 42 ° C to remove the cover slip and then three times (5 min each) with 1× SSC at 60 ° C. The slides were blocked in 3% BSA in 4× SSC/Tween and incubated for 30 min at 37 ° C. After blocking, avidin Cy5.5 (1:100 in 4% SSC/Tween plus 1% BSA) and anti-digoxigenin-Cy7 (1:50 in 4× SSC/Tween plus 1% BSA) were added to the slides and incubated for at least 45 min in a moist chamber at 37 ° C. The slides were then washed three times (5 min each) in 4× SSC/Tween at 45 ° C, counterstained with DAPI (4),6-diamidino-2-phenylindole) and mounted in p-phenylenediamine dihydrochloride antifade solution.
Epifluorescence microscopy Slides were visualized using a Leica DMRXA-RF8 epifluorescence microscope equipped with special filter blocks (Chroma Technology, Brattleboro, VT) as described (Eils et al., 1998). For image acquisition, a Sensys CCD camera (Photometrics) with a Kodak KAF 1400 chip was used. Both the camera and microscope were controlled with Leica Q-FISH software (Leica Microsystems Imaging Solutions, Cambridge, UK). Images were analyzed using the Leica MCK-Software package (Leica Microsystems Imaging Solutions, Cambridge, UK/Eils et al., 1998).
疑惑論文１： Nature Article における文章剽窃（盗用）疑惑 ２件目
小保方晴子氏らのNature誌のSTAP細胞に関する論文(Article）において、 ”新たな” 文章剽窃（盗用）が疑われています。 2006年にMerck Milliporeに買収されたChemicon社のURLや同社の古い試薬名（CpGenome DNA modification kit）までコピペしていたことが指摘されています。この試薬を使ったDNAメチル化の評価実験は、実際には行われていなかったのではないか？と疑われています。
Robert Blellochらの論文との比較
赤く太文字で強調されている部分が同一
小保方氏らのNature Article論文： "Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency"
Robert Blellochらの論文： Reprogramming efficiency following somatic cell nuclear transfer is influenced by the differentiation and methylation state of the donor nucleus.
- Stem Cells. 2006 Sep;24(9):2007-13. Epub 2006 May 18.
- Blelloch R1, Wang Z, Meissner A, Pollard S, Smith A, Jaenisch R.
- 1Whitehead Instituteand Department of Biology, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, USA.
Northern and Bisulfite Sequencing
For Northern analysis, 10 μg per sample of total RNA isolated using Trizol (Invitrogen, Carlsbad, CA, http://www.invitrogen.com) was run in each lane and then transferred to Gene Screen (PerkinElmer Life and Analytical Sciences, Boston, http://www.perkinelmer.com). The resulting membranes were probed using cDNAs spanning the open reading frames of the corresponding genes and washed under high stringency conditions (0.2× standard saline citrate, 65°C for 45 minutes) before exposure to film. Bisulfite treatment of DNA was done using the CpGenome DNA Modification Kit (Chemicon, Temecula, CA, http://www.chemicon.com) following the manufacturer's instructions. The resulting modified DNA was amplified by nested polymerase chain reaction (PCR) using two forward (F) primers and one reverse (R) primer: Oct4 (F1, GTTGTTTTGTTTTGGTTTTGGATAT; F2, ATGGGTTGAAATATTGGGTTTATTTA; R, CCACCCTCTAACCTTAACCTCTAAC) and Nanog (F1, GAGGATGTTTTTTAAGTTTTTTTT; F2, AATGTTTATGGTGGATTTTGTAGGT; R, CCCACACTCATATCAATATAATAAC). The first round of PCR was done as follows: 94°C for 4 minutes; five cycles of 94°C for 30 seconds, 56°C for 1 minute (−1°C per cycle), 72°C for 1 minute; and 30 cycles of 94°C for 30 seconds, 51°C for 45 seconds, and 72°C for 1 minute, 20 seconds. The second round of PCR was 94°C for 4 minutes; 30 cycles of 94°C for 30 seconds, 53.5°C for 1 minute, and 72°C for 1 minute 20 seconds. The resulting amplified products were gel-purified (Zymogen, Zymo Research, Orange, CA, http://www.zymoresearch.com), subcloned into the TOPO TA vector (Invitrogen), and sequenced using the M13F&R primers.
理研の調査委員会の中間報告の問題点 その２
Bisulphite sequencingにおける文章類似の件は、「2006年に消滅した会社の古い実験試薬の名前までコピペしているため、論文の記述通りに実験を行っていないのではないのか？」ということが問題であるにも関わらず、調査委員会では、その問題を全く認識していないか、無視していました。実験試薬の購入記録、実験のノートにおける記録など、全て洗いざらい調査するべきです。
理研の調査委員会の中間報告の問題点 その２
Bisulphite sequencingにおける文章類似の件は、「2006年に消滅した会社の古い実験試薬の名前までコピペしているため、論文の記述通りに実験を行っていないのではないのか？」ということが問題であるにも関わらず、調査委員会では、その問題を全く認識していないか、無視していました。実験試薬の購入記録、実験のノートにおける記録など、全て洗いざらい調査するべきです。
Bisulphite sequencingの文章類似の件の問題点は、小保方研ができたのは2011年であるにも関わらず、2006年に消滅した会社の試薬を使用しているという点です。しかしながら、理研の調査委の中間報告では、その問題点に全く触れていません。
以下、参考コメントです。
匿名2014年2月28日 14:52
もう２か所の剽窃は問題になさらないのです？
Bisulphite sequencing
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16709876
Fluorescence-activated cell sorting and flow cytometry
RNA preparation and RT–PCR analysis
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867411005253
返信削除
11jigen2014年2月28日 15:19
Bisulphite sequencing のほうは、(Chemicon, http://www.chemicon.com) とメーカーのＵＲＬまで類似しており、小保方論文では、それ以外のメーカーにはＵＲＬを付加してないので、おそらく、仰るとおり、http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16709876 の論文を参考にして実験を行い文章も参考にしたのでしょう。Oct4とNanogのプライマーのデザインもこの論文を参考にしたのかもしれませんね。なぜ、元論文の接続詞and が、小保方論文では、Andと接頭に使われてしまっってるのでしょうね。謎です。
さらに、小保方論文では、"PCR was done using TaKaKa" となっています。正しくは、TaKaRaですね。これもＯＣＲで得られたデータをコピペしたためでしょうか。ただ、このTaKaKaの部分の文章がどこからコピペされたかはわかりません。
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867411005253
のほうは問題ないと思います。
Fluorescence-activated cell sorting and flow cytometry では、
7-AAD が Propidium iodide に変更されていますし、
RNA Preparation and RT-PCR Analysis は、
一般的な方法で、単純な短い文章ですので。
匿名2014年3月4日 3:36
文中に記載のChemiconは2006年にMerck Milliporeに買収されており
Chemiconブランドとしては残っているようですが、
CpGenome DNA modification kitは
CpGenome Universal DNA Modification Kitという製品名になっていると思われます。
2005年の説明書
http://search.cosmobio.co.jp/cosmo_search_p/search_gate2/docs/CMN_/S7820.20050610.pdf
現在の製品HP
CpGenome Universal DNA Modification Kit | S7820
http://www.millipore.com/catalogue/item/s7820
2006年に消滅した会社の名前、古い製品名、Milliporeにリダイレクトされるだけの
URLを記載しているのはコピペしたからだと思います。
門外漢ですが2006年以前に購入したDNAメチル化検出キットを
現在に至るまで大事に保管して使用するのもおかしくないでしょうか？
高価とはいえ数万円で購入できるもののようであり、
大切な研究であれば新しい試薬を使用するのが普通ではないでしょうか？
DNAメチル化検出キットはChemicon以外にも多くの会社から販売されているようです。
本当にこの製品を使用したのでしょうか？
Leicaの蛍光顕微鏡と同様、非常に疑わしい記述と思います。
なお、小保方晴子氏らが所属する理化学研究所の野依良治理事長はAdv. Synth. Catal.誌において、以下のように、研究・出版倫理と不正行為について論説しています。
研究・出版における不正行為には、明白なデータねつ造だけでなく、 別の実験で得たスペクトルデータを偽って載せる、反応収率を過大に 表現するなど細かいものもあります。また、論文の剽窃(plagiarism) にもさまざまな形態があり、参考にした文献を故意に引用しない、 他の著者の論文から表現の一部を借りながら自分のものとして発表 するなども含まれます。特に後者は、論文のintroductionで化合物や 反応の重要性を述べるなど誰が書いても似たような内容になるときに 起こりやすく、また英語を母国語としない研究者が他の著者のうまい 表現を借りたくなる気持ちは分かるが、あくまで許されることではないと 指摘します。
参考→ 理研・野依理事長が研究・出版倫理と不正行為についてAdv. Synth. Catal.誌に寄稿（ワイリー・サイエンスカフェ）
小保方氏が発表したSTAP細胞の作製には、Nature論文の共著者で共同研究者の若山照彦教授とその弟子(student)が、小保方氏指導のもとでの理研の実験では再現に成功していますが、若山教授が山梨大学のラボに移った後では未だ再現に成功していないことが判明しています（Nature誌記事より）
カリフォルニア大学の幹細胞研究者ポール・クレプラー博士が運営しているSTAP細胞作製の再現性確認実験の結果を報告しあうためのブログ記事(Knoepfler Lab Stem Cell Blog) では、まだ再現に成功したという報告はありません。
小保方晴子の論文では「生後7日新生児マウス」由来の細胞によってSTAP細胞を確立されていますが、現時点で上記サイトに報告されている追試では新生児マウスの細胞を用いているのはありません(生物種未記載にはある) 。よって、現時点で再現性がないと断定することはできません。
現在の追試報告例（１０例）：未だ、再現成功例無し。
Ethan: 失敗、細胞腫への言及なし
Ruben Rodriguez: 失敗、「ヒト」新生児繊維芽細胞使用
Elliott Schwartz: 失敗、「ヒト」繊維芽細胞
Subhash Kulkarni: 失敗、新生児全血、成体全血
Sasha: 失敗、マウス胎仔繊維芽細胞、マウス成体神経幹細胞、マウス胎児神経幹細胞
Hong: 失敗、マウスES細胞
Yoshiyuki Seki: 失敗、マウス胎仔繊維芽細胞
Andres: 失敗、「ヒト」胎仔繊維芽細胞
Dr. Pierre Debs: 微妙、成体ラット・マウス脾臓細胞
Ray and Sandy: 失敗、MEF（マウス胎児芽繊維細胞）
Ruben Rodriguez: 失敗、「ヒト」新生児繊維芽細胞使用
Elliott Schwartz: 失敗、「ヒト」繊維芽細胞
Subhash Kulkarni: 失敗、新生児全血、成体全血
Sasha: 失敗、マウス胎仔繊維芽細胞、マウス成体神経幹細胞、マウス胎児神経幹細胞
Hong: 失敗、マウスES細胞
Yoshiyuki Seki: 失敗、マウス胎仔繊維芽細胞
Andres: 失敗、「ヒト」胎仔繊維芽細胞
Dr. Pierre Debs: 微妙、成体ラット・マウス脾臓細胞
Ray and Sandy: 失敗、MEF（マウス胎児芽繊維細胞）
小保方さんの“新”発見は、特殊な細胞ではなく、ごく普通の「リンパ球」でこうした働きを見つけたことだ。だが、「論文からはその根拠がハッキリしない」と言うのは、理化学研究所やワシントン大で免疫学を研究したことのある明石市立市民病院研修担当部長の金川修身氏である。「細胞がリンパ球に分化すると『遺伝子再構成』という現象が起きる。ということは初期化（別の細胞に変化）した『ＳＴＡＰ細胞』でできたマウスのリンパ球にも『遺伝子再構成』が必ず見られるはずです。しかし、論文ではそこが分かりません。さらに（第三者も同様の研究結果を得る）『再現性』の報告も今のところ見当たらず、失敗報告ばかりです。断定的なことは言えませんが、もう一度（実証実験の）やり直しという可能性もあるでしょう」 （日刊ゲンダイの記事より）
慶應大学の吉村昭彦教授も、研究室ホームページ上の記事（TCR組み換えデータの重要性）にて、「私の関心はSTAP細胞が論文に書いてあるように『未分化細胞からのinductionであってもとからある幹細胞のselectionではない』という結論が妥当かどうかという点。繰り返しになるが、それをTCR-rearrangementで決着つけようとするならば、T細胞からできたSTAP細胞、STAP幹細胞、それにキメラマウス（4Nから作ったものが望ましい）のgenomic DNAのTCR rearrangementを調べる必要がある。」と指摘している。
小保方晴子氏のSTAP細胞に関するNature Letter論文（疑惑論文１）には、RNAseqとChiPseqの実験データに関してNCBI BioSample databases用のアクセスＩＤを下記のように記載していたが、実際は、SRAやGEOなどのデータベースには登録されていなかったことが判明し、問題となっている(2014年2月12日）。
↓ 論文中における記述
ネイチャーの規定では、論文を出版する際には、このような関連データを適切なデータベースに載せておかなければならないという義務がある。
↓ 論文中における記述
"RNA-seq and ChIP-seq files have been submitted to the NCBI BioSample databases under accessions SAMN02393426, SAMN02393427, SAMN02393428, SAMN02393429, SAMN02393430, SAMN02393431, SAMN02393432, SAMN02393433, SAMN02393434 and SAMN02393435."
ネイチャーの規定では、論文を出版する際には、このような関連データを適切なデータベースに載せておかなければならないという義務がある。
ネイチャーに問い合わせをした人物によると、ネイチャーは既にこの問題に気づいており、著者（小保方ら）に連絡を入れたらしいが、著者から返答があったかどうかについてはわかっていない。
追記(2014年2月21日）：米国時間で2014年2月19-20日頃にデータがようやく追加されたようです。
脊髄損傷のサルをＳＴＡＰ細胞移植で治療したと発表したチャールズ・ヴァカンティ教授のグループの小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が３件（流用画像１、流用画像２、流用画像３）発覚しました。小島氏は小保方晴子氏の指導教員でした。少なくとも３度にわたる不適切な実験画像流用が行われており、これらが意図的な不正であろうがそうでなかろうが彼らの研究は杜撰であると言え、到底、猿でのSTAP細胞治療の話も信憑性は低いでしょう。
流用画像１（小島宏司）
流用画像１（小島宏司）
下記のチャールズ・ヴァカンティ教授のグループの小島宏司氏のJ Thorac Cardiovasc Surg. 誌の論文のFig.6のNATIVEのSafranin-Oの顕微鏡画像と、同氏のFASEB J.誌の論文のFig.5のTETのSafranin-Oの画像が類似しており、同一個体由来の実験画像と推測されます。
つまり、二つの実験画像は論文中の説明によると異なる実験条件で異なる時期に異なる個体から得られたもののはずですが、互いに類似しており実際は同一個体由来の画像であることから、２つの論文をまたがって不適切な実験画像流用が行われたと考えられます。
小島疑惑論文１
J Thorac Cardiovasc Surg. 2002 Jun;123(6):1177-84.
Autologous tissue-engineered trachea with sheep nasal chondrocytes.
Kojima K1, Bonassar LJ, Roy AK, Vacanti CA, Cortiella J.
1Center for Tissue Engineering, University of Massachusetts Medical School, Worcester, 01603-3122, USA.
小島疑惑論文２
FASEB J. 2003 May;17(8):823-8.
A composite tissue-engineered trachea using sheep nasal chondrocyte and epithelial cells.
Kojima K1, Bonassar LJ, Roy AK, Mizuno H, Cortiella J, Vacanti CA.
1Center for Tissue Engineering, University of Massachusetts Medical School, Worcester, Massachusetts, USA.
流用画像２（小島宏司）
小島疑惑論文２
FASEB J. 2003 May;17(8):823-8.
A composite tissue-engineered trachea using sheep nasal chondrocyte and epithelial cells.
Kojima K1, Bonassar LJ, Roy AK, Mizuno H, Cortiella J, Vacanti CA.
1Center for Tissue Engineering, University of Massachusetts Medical School, Worcester, Massachusetts, USA.
小島疑惑論文３
Anat Rec (Hoboken). 2014 Jan;297(1):44-50. doi: 10.1002/ar.22799. Epub 2013 Dec 2.
Tissue engineering in the trachea.
Kojima K1, Vacanti CA. 1CLaboratory for Tissue Engineering and Regenerative Medicine
1Department of Anesthesiology, Harvard Medical School, Brigham and Women's Hospital, 75 Francis St., Thorn 703, Boston, Massachusetts, 02115. http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/ar.22799/full
FASEB J.誌の2003年の論文のFig.5の左上画像(TETのH&E) と、Anat Rec (Hoboken)誌の 2014の Review論文のFig.2b画像が、実験条件が異なるにもかかわらず、同一であり、不適切な画像流用が疑われています。 FASEB誌のFig.5の画像(H&E染色）のTET（組織工学によって作製された気管）は、2月齢の羊の鼻中隔の 軟骨細胞と上皮細胞由来で、ヌードマウスの背中に移植した後、解析したもの。一方、Anat Rec誌のFig2bの画像(H&E染色）のTETは、6月齢の羊の骨髄由来で、免疫不全ラットに移植した後、解析したものです。このように実験条件が全く異なるのにTET（組織工学によって作製された気管）の画像が同一なのです。
流用画像３（小島宏司）
FASEB J.誌の2003年の上記論文のFig.4d（右下）の画像と、Anat Rec (Hoboken)誌の上記論文のFig.2a画像が、実験条件が異なるにもかかわらず、同一であり、不適切な画像流用が疑われています。 FASEB誌のFig.4dの画像のTET（組織工学によって作製された気管）は、2月齢の羊の鼻中隔の 軟骨細胞と上皮細胞由来で、ヌードマウスの背中に移植した後、解析したもの。一方、Anat Rec誌のFig2aの画像のTETは、6月齢の羊の骨髄由来で、免疫不全ラットに移植した後、解析したものです。このように実験条件が全く異なるのにTET（組織工学によって作製された気管）の画像が同一なのです。
流用画像３（小島宏司）
小島 宏司 （こじま・こうじ）
1990年 聖マリアンナ医科大学医学部 卒業(14回生)
1997年 聖マリアンナ医科大学病院呼吸器外科 医長。
1999年 バイオ気管の研究をめざし、渡米。
マサチューセッツ州立大・チャールズ・バカンティ教授のもとで、気管再生の研究に取り組む。
2002年5月 羊の鼻の軟骨からのどの気道を再生させ移植することに世界で初めて成功。
2004年 ハーバード大学医学部組織工学・再生医療研究室ディレクター。
http://www.oit.ac.jp/bme/imagekojima.jpg
http://www.terumozaidan.or.jp/labo/interview/03/index.html （写し）
小保方晴子やチャール・バカンティ教授らは、共同で国際特許出願をしている。
（WIPO Pub. No.: WO/2013/163296： HTML、PDF）
（公開公報WO2013/163296 A1”Generating pluripotent cells de novo”）
・ チャールズ・バカンティ教授(Charles Alfred Vacanti)は、ハーバード大学の教授で、ハーバード大学付属病院(THe Brigham and Women's Hospital)の麻酔科に所属している。バカンティ教授は、 疑惑論文３： Tissue Eng Part A が掲載された雑誌の、Founding editor でもある。
参考→ Tissue Eng Part A誌のEditorial Boardのページ： http:/が/www.liebertpub.com/editorialboard/tissue-engineering-parts-a-b-and-c/595/
このように、当雑誌が彼の影響下にあるゆえ、チャールズ・バカンティ教授は、この問題のある小保方晴子の論文を撤回せず、データ流用が疑われている実験画像をミスによるものとし、強引に問題画像の削除だけで済まそうしているのかもしれない。
2014年3月12日： STAP細胞顛末
2014年3月13日： STAP細胞捏造疑惑問題、悪いのは誰？小保方晴子、理研、笹井芳樹など
2014年3月13日： STAP細胞関連の疑惑・問題点まとめと大手新聞紙の疑惑報道の違い
2014年3月13日： 小保方晴子早稲田大博士論文、大量の盗用コピペ 実験の実態なしか？
2014年3月14日： 小保方晴子博士や論文を擁護するマスコミ 嫉妬、佐村河内守とは違うなど
2014年3月14日： 博士論文画像流用疑惑知りながら、理研・笹井芳樹が1ヶ月も隠蔽
2014年3月14日： 小保方晴子博士や論文を擁護するマスコミ 嫉妬、佐村河内守とは違うなど
● 生きるすべ IKIRU-SUBE 柳田充弘ブログ：
2014年2月20日： STAP細胞の顛末のこれから（柳田氏は、当該研究者よりも当該研究機関が問題に対応する傾向になってきたことが芳しくない効果を生みだしている、と指摘しています。）
2014年3月5日： 日経「理研ＳＴＡＰ細胞の作製法公開」 論文への批判受け
2014年3月9日： おさまらないSTAP細胞作成手順のはなし
● STAP細胞追試報告ブログ記事の管理人、Knoepfler氏（カリフォルニア大学の幹細胞研究者ポール・ネフラー博士）のhttp://www.ipscell.com/ 上でのSTAP細胞関連記事リスト
2014年2月6日更新： STAP細胞への５つの疑問点：In a pickle over STAP stem cells: top 5 reasons for skepticism
● STAP細胞追試報告ブログ記事の管理人、Knoepfler氏（カリフォルニア大学の幹細胞研究者ポール・ネフラー博士）のhttp://www.ipscell.com/ 上でのSTAP細胞関連記事リスト
2014年2月6日更新： STAP細胞への５つの疑問点：In a pickle over STAP stem cells: top 5 reasons for skepticism
2014年2月23日： Nature ArticleのFig.1に関する疑問点：Are STAP Stem Cell Nature Papers Compromised?
2014年2月27日： 論文剽窃と小島氏の画像流用の件について：STAP stem cell new allegations: situation turns darker
2014年3月5日： 理研が追加発表したSTAP細胞作成方のプロトコルに対する反応：Key Initial Reactions to RIKEN’s detailed STAP stem cell protocol
2014年2月27日： 論文剽窃と小島氏の画像流用の件について：STAP stem cell new allegations: situation turns darker
2014年3月5日： 理研が追加発表したSTAP細胞作成方のプロトコルに対する反応：Key Initial Reactions to RIKEN’s detailed STAP stem cell protocol
2014年3月9日： Multiple sources say momentum for STAP paper retraction building in Japan & inside RIKEN
2014年3月10日： Beginning of End for STAP Cell Story? Possible Outcomes
2014年3月11日： STAP coverage ruffles some ‘elite’ stem cell feathers
2014年3月13日： Guest post: A seismologist from Japan looks at the STAP cells mess
● 一人抄読会 by md345797: （日本語による分かり易いりSTAP細胞論文解説です。）
2014年3月10日： Beginning of End for STAP Cell Story? Possible Outcomes
2014年3月11日： STAP coverage ruffles some ‘elite’ stem cell feathers
2014年3月13日： Guest post: A seismologist from Japan looks at the STAP cells mess
● 一人抄読会 by md345797: （日本語による分かり易いりSTAP細胞論文解説です。）
小保方事件の経緯
2014年1月29日 STAP論文が発表される。
2014年1月30日 ハーバード大ではサルの治療で実験中であることが発表される（産経記事）。
2014年2月5日（米国時間） Pubpeerで、 Nature Article論文の電気泳動画像の不正疑惑が浮上する。
2014年2月6日 ハーバード大が、初の人でのSTAP細胞とする、写真を公表する（日経記事）。
2014年2月7日 古舘伊知郎が京都大学iPS細胞研究所の山中伸弥教授にインタビュー
2014年2月8日（米国時間） STAP NEW DATA の掲示板（ブログ記事）が公開される。
2014年2月12-13日 Tissue Engineering誌の論文の不正流用画像が２ｃｈ生物版スレで指摘され、世界変動展望ブログに図がUPされる。
2014年2月12日 山中伸弥教授が、「iPS細胞とSTAP幹細胞に関する考察」を発表
2014年2月12日 小保方晴子氏、首相官邸で開かれる政府の総合科学技術会議（議長・首相）に出席表明する。
2014年2月12日 RNAseqとChiPseqのデータの未登録問題が明らかとなる。
2014年2月13日 理化学研究所の職員らの研究論文に疑義があるとの連絡を受けた研究所の職員から、役員を通じて監査・コンプライアンス室に相談があった。監査・コンプライアンス室長は、「科 学研究上の不正行為の防止等に関する規程（平成24 年9 月13 日規程第61 号）」第10 条第3 項に基づき、当該相談を通報に準じ て取扱うこととし、規程第11 条に基づき、同日より同年2 月17 日の間、予備調査 を実施した。予備調査に当たった者は、石井俊輔、岩間厚志、古関明彦、眞貝洋一、 田賀哲也の５名である。研究所は、予備調査の結果の報告を受け、平成26 年2 月 17 日、規程第12 条に基づき本調査を実施することを決定し、石井俊輔を委員長と する本調査委員会（以下、「委員会」という。）が本調査を行うこととなった。（調査報告より）
2014年2月13日 Twitter上で、 Nature Letter論文の胎盤画像の流用疑惑を公表。その後、PubPeerにも同内容を投稿。
2014年2月14日 小保方晴子氏、総合科学技術会議土壇場で欠席（時事通信）
2014年2月15日 理化学研究所が2月13-14日に小保方晴子氏に聞き取り調査を行ったと、毎日新聞により報道される。
2014年2月16日 慶應大学の吉村氏、TCR組み換えのデータの件を指摘
2014年2月17日 明石市立市民病院研修担当部長の金川氏も、TCRの件を指摘
2014年2月17日（米国時間） Natureが調査を開始する。
2014年2月17日 Nature論文の共著者で共同研究者の若山照彦教授も山梨大学のラボではSTAP細胞作製の再現に成功していないことが判明。
2014年2月18日 小保方氏に学位を与えた早稲田大も調査開始を表明するが（朝日新聞）、生データ調査などの不正調査前から擁護の動きを見せる。
2014年2月19日 米ハーバード大医学大学院広報が調査開始を表明する（毎日新聞）。
2014年2月19日 小保方晴子氏の博士論文におけるヴァカンティ教授の肩書に関する誤記が密かに訂正される（⇒参考記事）。
2014年2月19-20日（米国時間） RNAseqとChiPseqのデータがようやくデータベースに追加される。
2014年2月20日 理研の調査委員会が、笹井氏と小保方氏より、修正すべき点についての申し出とこれに関する資料の提出を受けた。申し出の内容は、論文１の脾臓の造血系細胞から作製 したSTAP 細胞からの分化細胞並びにテラトーマの免疫染色データ画像の一部 （Figure 2d 下段中央の１枚とFigure 2e下段の３枚）が、実際には骨髄の造血系 細胞から作製したSTAP 細胞を用いた画像であること、正しい画像に訂正することを考えているという２点であり、提出された資料はこれらの画像のファイルであった。小保方氏から、それぞれの実験の過程で、脾臓及び骨髄に由来する血液 細胞のサンプルに対し、いずれもhemato（hematopoietic：血液系の意味）というラベルを用いていたため混乱が生じ、同氏において画像の取り違えをしてしま ったとの説明を受けた。その後、論文１の画像は、小保方氏の早稲田大学における学位論文に掲載された画像と酷似することが判明した。上記の申し出の際、これらの図が小保方氏の学位論文に掲載されたデータから得られたものであるとの言及はなかった。（途中略）笹井氏は、2月20日の委員会のヒアリングの数日前に小保方氏から画像の取り違え等について知らされ、論文を訂正するための正しいデータを至急取り直すことを小保方氏に指示したと説明した。実際に、訂正のために提出されたテラトーマに関する画像の作成日の表示は2014年2月19日であった。（調査報告より）
2014年2月21日 WSJの取材に対し、理研CDBがSTAP細胞作製方法の詳細をいずれ公開すると回答。
2014年2月22日 利益相反事項の隠蔽が新たな問題として浮上する。
2014年2月22日 大和雅之・東京女子医大教授の3月4-6日の日本再生医療学会欠席が判明する。
2014年2月22日 小保方晴子氏の博士論文の学位申請研究業績書に実際には存在しない国際特許が記載されていた疑惑が浮上する。
2014年2月22日 Nature protocol誌（ 2011）の論文の Fig5a-Bcellとneutrophilのグラフの類似性に疑惑が浮上する。
2014年2月22日 Nature Article論文のFig3bの蛍光顕微鏡写真に疑惑が浮上する。
2014年2月26日 Nature Article論文で、他研究者の論文から引用無しで文章を剽窃したことが明らかとなる（一件目）。古い実験機記名まで剽窃していることから、記述通りに実験を行っていないのではないかという疑惑も浮上。
2014年2月26日 脊髄損傷のサルをＳＴＡＰ細胞移植で治療したと発表したチャールズ・ヴァカンティ教授のグループの小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が発覚（一件目）
2014年2月27日 Nature Letter論文のFig.1a,1bの胎盤・胎膜の画像の蛍光強度に関する疑惑が浮上する。
2014年2月28日 TISSUE ENGINEERING誌論文（小保方晴子氏は第二著者）でも利益相反事項の隠蔽が発覚する。
2014年3月3日 日本分子生物学会が、理事長声明『STAP細胞論文等への対応について』を発表する。
2014年3月4日 小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が発覚（二件目）
2014年3月4日 Nature Article論文で、新たな文章の剽窃が明らかとなる（二件目）。2006年に消滅したChemicon社のURLや同社の古い試薬まで剽窃していることから、記述通りに実験を行っていないのではないかという疑惑も浮上。
2014年3月5日 不自然なテラトーマ画像に関する疑惑が指摘される。
2014年3月5日 理研より、追加のSTAP細胞作製方法が公開される。STAP幹細胞にはTCR再構成の証拠がみつからなかったことが公表され、著者らの論文のストーリーが崩壊する。
2014年3月6日 マウスの性別を統一せずに実験を実施していたのではないかという実験上の杜撰さが指摘される。
2014年3月8日 小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が発覚（三件目）
2014年3月9日 Nature Article誌の論文におけるSTAP細胞の多能性を示す重要な図の多くが、小保方晴子氏の博士論文からの流用であることが発覚する。
2014年3月10日 山梨大の若山照彦教授が、理研の著者らに論文撤回を呼びかける。
2014年3月11日 小保方晴子氏の博士論文の序章のBackgroundのほとんどの文章が、NIHのサイトからの剽窃（盗用）であることが発覚する。
2014年3月12日 小保方晴子氏の博士論文のReferencesが他者論文からのコピペであることが発覚する。
2014年3月13日 小保方晴子氏の博士論文の実験画像の一部がバイオ企業のホームページに掲載されている画像からの盗用であることが指摘され、彼女が実験そのものをしておらず、データを捏造していたことが明らかとなる。
2014年3月13日 笹井、丹羽氏の２名が、小保方晴子氏の博士論文からNature誌のSTAP細胞論文への実験画像の不正流用を２月頃には既に把握していながらも、調査委員会には知らせず、3月5日にSTAP細胞作製の実験手技の追加発表をしていたことが明らかとなる。
2014年3月14日 理研の調査委員会の中間報告が発表される。
2014年3月15日 小保方晴子氏の博士論文を審査した常田聡氏の研究室の学生の博士論文や、武岡真司氏の研究室の博士論文にもコピペが大量に発見される。
2014年3月19日 理研の調査委員会が小保方氏から実験ノートを受け取る。
2014年3月25日 小保方晴子氏が「１２９」と呼ばれる系統のマウスから作り出したとしていたＳＴＡＰ細胞２株の遺伝子を、共同研究者の若山照彦教授が調べたところ、細胞は「Ｂ６」というマウスと、Ｂ６と１２９の子どものマウスに由来する細胞とわかった。（朝日新聞より）
2014年4月1日 理研が研究論文（STAP細胞）の疑義に関する調査報告を発表する。
2014年1月30日 ハーバード大ではサルの治療で実験中であることが発表される（産経記事）。
2014年2月5日（米国時間） Pubpeerで、 Nature Article論文の電気泳動画像の不正疑惑が浮上する。
2014年2月6日 ハーバード大が、初の人でのSTAP細胞とする、写真を公表する（日経記事）。
2014年2月7日 古舘伊知郎が京都大学iPS細胞研究所の山中伸弥教授にインタビュー
2014年2月8日（米国時間） STAP NEW DATA の掲示板（ブログ記事）が公開される。
2014年2月12-13日 Tissue Engineering誌の論文の不正流用画像が２ｃｈ生物版スレで指摘され、世界変動展望ブログに図がUPされる。
2014年2月12日 山中伸弥教授が、「iPS細胞とSTAP幹細胞に関する考察」を発表
2014年2月12日 小保方晴子氏、首相官邸で開かれる政府の総合科学技術会議（議長・首相）に出席表明する。
2014年2月12日 RNAseqとChiPseqのデータの未登録問題が明らかとなる。
2014年2月13日 理化学研究所の職員らの研究論文に疑義があるとの連絡を受けた研究所の職員から、役員を通じて監査・コンプライアンス室に相談があった。監査・コンプライアンス室長は、「科 学研究上の不正行為の防止等に関する規程（平成24 年9 月13 日規程第61 号）」第10 条第3 項に基づき、当該相談を通報に準じ て取扱うこととし、規程第11 条に基づき、同日より同年2 月17 日の間、予備調査 を実施した。予備調査に当たった者は、石井俊輔、岩間厚志、古関明彦、眞貝洋一、 田賀哲也の５名である。研究所は、予備調査の結果の報告を受け、平成26 年2 月 17 日、規程第12 条に基づき本調査を実施することを決定し、石井俊輔を委員長と する本調査委員会（以下、「委員会」という。）が本調査を行うこととなった。（調査報告より）
2014年2月13日 Twitter上で、 Nature Letter論文の胎盤画像の流用疑惑を公表。その後、PubPeerにも同内容を投稿。
2014年2月14日 小保方晴子氏、総合科学技術会議土壇場で欠席（時事通信）
2014年2月15日 理化学研究所が2月13-14日に小保方晴子氏に聞き取り調査を行ったと、毎日新聞により報道される。
2014年2月16日 慶應大学の吉村氏、TCR組み換えのデータの件を指摘
2014年2月17日 明石市立市民病院研修担当部長の金川氏も、TCRの件を指摘
2014年2月17日（米国時間） Natureが調査を開始する。
2014年2月17日 Nature論文の共著者で共同研究者の若山照彦教授も山梨大学のラボではSTAP細胞作製の再現に成功していないことが判明。
2014年2月18日 小保方氏に学位を与えた早稲田大も調査開始を表明するが（朝日新聞）、生データ調査などの不正調査前から擁護の動きを見せる。
2014年2月19日 米ハーバード大医学大学院広報が調査開始を表明する（毎日新聞）。
2014年2月19日 小保方晴子氏の博士論文におけるヴァカンティ教授の肩書に関する誤記が密かに訂正される（⇒参考記事）。
2014年2月19-20日（米国時間） RNAseqとChiPseqのデータがようやくデータベースに追加される。
2014年2月20日 理研の調査委員会が、笹井氏と小保方氏より、修正すべき点についての申し出とこれに関する資料の提出を受けた。申し出の内容は、論文１の脾臓の造血系細胞から作製 したSTAP 細胞からの分化細胞並びにテラトーマの免疫染色データ画像の一部 （Figure 2d 下段中央の１枚とFigure 2e下段の３枚）が、実際には骨髄の造血系 細胞から作製したSTAP 細胞を用いた画像であること、正しい画像に訂正することを考えているという２点であり、提出された資料はこれらの画像のファイルであった。小保方氏から、それぞれの実験の過程で、脾臓及び骨髄に由来する血液 細胞のサンプルに対し、いずれもhemato（hematopoietic：血液系の意味）というラベルを用いていたため混乱が生じ、同氏において画像の取り違えをしてしま ったとの説明を受けた。その後、論文１の画像は、小保方氏の早稲田大学における学位論文に掲載された画像と酷似することが判明した。上記の申し出の際、これらの図が小保方氏の学位論文に掲載されたデータから得られたものであるとの言及はなかった。（途中略）笹井氏は、2月20日の委員会のヒアリングの数日前に小保方氏から画像の取り違え等について知らされ、論文を訂正するための正しいデータを至急取り直すことを小保方氏に指示したと説明した。実際に、訂正のために提出されたテラトーマに関する画像の作成日の表示は2014年2月19日であった。（調査報告より）
2014年2月21日 WSJの取材に対し、理研CDBがSTAP細胞作製方法の詳細をいずれ公開すると回答。
2014年2月22日 利益相反事項の隠蔽が新たな問題として浮上する。
2014年2月22日 大和雅之・東京女子医大教授の3月4-6日の日本再生医療学会欠席が判明する。
2014年2月22日 小保方晴子氏の博士論文の学位申請研究業績書に実際には存在しない国際特許が記載されていた疑惑が浮上する。
2014年2月22日 Nature protocol誌（ 2011）の論文の Fig5a-Bcellとneutrophilのグラフの類似性に疑惑が浮上する。
2014年2月22日 Nature Article論文のFig3bの蛍光顕微鏡写真に疑惑が浮上する。
2014年2月26日 Nature Article論文で、他研究者の論文から引用無しで文章を剽窃したことが明らかとなる（一件目）。古い実験機記名まで剽窃していることから、記述通りに実験を行っていないのではないかという疑惑も浮上。
2014年2月26日 脊髄損傷のサルをＳＴＡＰ細胞移植で治療したと発表したチャールズ・ヴァカンティ教授のグループの小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が発覚（一件目）
2014年2月27日 Nature Letter論文のFig.1a,1bの胎盤・胎膜の画像の蛍光強度に関する疑惑が浮上する。
2014年2月28日 TISSUE ENGINEERING誌論文（小保方晴子氏は第二著者）でも利益相反事項の隠蔽が発覚する。
2014年3月3日 日本分子生物学会が、理事長声明『STAP細胞論文等への対応について』を発表する。
2014年3月4日 小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が発覚（二件目）
2014年3月4日 Nature Article論文で、新たな文章の剽窃が明らかとなる（二件目）。2006年に消滅したChemicon社のURLや同社の古い試薬まで剽窃していることから、記述通りに実験を行っていないのではないかという疑惑も浮上。
2014年3月5日 不自然なテラトーマ画像に関する疑惑が指摘される。
2014年3月5日 理研より、追加のSTAP細胞作製方法が公開される。STAP幹細胞にはTCR再構成の証拠がみつからなかったことが公表され、著者らの論文のストーリーが崩壊する。
2014年3月6日 マウスの性別を統一せずに実験を実施していたのではないかという実験上の杜撰さが指摘される。
2014年3月8日 小島宏司氏の論文における不適切な画像流用が発覚（三件目）
2014年3月9日 Nature Article誌の論文におけるSTAP細胞の多能性を示す重要な図の多くが、小保方晴子氏の博士論文からの流用であることが発覚する。
2014年3月10日 山梨大の若山照彦教授が、理研の著者らに論文撤回を呼びかける。
2014年3月11日 小保方晴子氏の博士論文の序章のBackgroundのほとんどの文章が、NIHのサイトからの剽窃（盗用）であることが発覚する。
2014年3月12日 小保方晴子氏の博士論文のReferencesが他者論文からのコピペであることが発覚する。
2014年3月13日 小保方晴子氏の博士論文の実験画像の一部がバイオ企業のホームページに掲載されている画像からの盗用であることが指摘され、彼女が実験そのものをしておらず、データを捏造していたことが明らかとなる。
2014年3月13日 笹井、丹羽氏の２名が、小保方晴子氏の博士論文からNature誌のSTAP細胞論文への実験画像の不正流用を２月頃には既に把握していながらも、調査委員会には知らせず、3月5日にSTAP細胞作製の実験手技の追加発表をしていたことが明らかとなる。
2014年3月14日 理研の調査委員会の中間報告が発表される。
2014年3月15日 小保方晴子氏の博士論文を審査した常田聡氏の研究室の学生の博士論文や、武岡真司氏の研究室の博士論文にもコピペが大量に発見される。
2014年3月19日 理研の調査委員会が小保方氏から実験ノートを受け取る。
2014年3月25日 小保方晴子氏が「１２９」と呼ばれる系統のマウスから作り出したとしていたＳＴＡＰ細胞２株の遺伝子を、共同研究者の若山照彦教授が調べたところ、細胞は「Ｂ６」というマウスと、Ｂ６と１２９の子どものマウスに由来する細胞とわかった。（朝日新聞より）
2014年4月1日 理研が研究論文（STAP細胞）の疑義に関する調査報告を発表する。
小保方晴子の論文の疑惑に関するニュース報道
理化学研究所は、約１０年前に、別の研究不正事件があったが、不正調査や記者発表の仕方が杜撰であったため、論文撤回を強要されたり、不正に関与したかのようのに発表されたコレスポ含むその他の共著者によって訴えられたことがある。
私もFig.1-fがおかしいと思う。STAP細胞の一丁目、一番地のデータであるが・・・
返信削除Nature letterのFIg. 1aとFig. 1bの胎児の血管のパターンがおなじに見えるのですが、そういうものなのでしょうか？専門家の方に教えていただきたいです。Fig. 1aはBright-fieldという文字と重なってしまっていますが、cag-GFPの画像で血管がよくわかります。
返信削除同じようにLetter初見時に胎児の類似性と胎盤撮影の不自然さを感じました。再度見てみると、確かに胎児の血管が類似しています。Fig. 1a, 1bでは、同一の胎児・胎盤を撮影条件や付属する臍帯等の組織の位置を変えて撮影している可能性も考えられると思います。
削除Fig. 1a Bright-fieldでは、付属する臍帯等の組織を故意に胎盤上に乗せて撮影しているようにしか見えないです。このような取り方の胎盤写真は論文では珍しいのではないでしょうか。
もし同一個体であれば、Fig. 1bの胎児の方が血液で汚れていますので、Fig. 1bを撮影した後に胎児・胎盤をきれいに洗って、胎盤に臍帯等の組織を乗せてFig. 1aを撮影した感じでしょうか。手が込んでますね。
ArticleのFig.5のcのグラフのおかしさについては、指摘する必要はないですかね。
返信削除一見、ただの書き間違いという小さなミスのようにも見えますが、違うんでは？
今どき、グラフを手で作図するなんてことは普通ありませんよね？
エクセル等で表を作って、測定数値を一つ一つ表に入力して、グラフは自動で描かせる。
グラフの軸目盛の数値も、入力された要素の数値にしたがって自動で表示されるはずです。
その軸目盛の数値が現実にはおかしな数値になっている。ってことは、表に入力された数値が全部間違っていた、ってことになりますよね。
120日間の観察中、ＥＳ細胞のだけでも45回分の測定データがあり、たぶんＳＴＡＰ幹細胞も同じ回数測定されているようですが（重なっていて一部見えない）、90回も測定しておいて、90回も数値を入力する間に、数値の誤りに気付かないなんてことがあるんですかね？
手書きによって捏造されたグラフである可能性がありませんか？
少なくとも、正しく観察された結果ではないのは間違いありません。
このFig.5のcがまったく事実を表さないものであるのは明白です。
この図については本文中にも言及があり、ＳＴＡＰ幹細胞の増殖力がＥＳ細胞と同等であることの証拠になっているようです。
ほっといていいものではないと思うのですが、細胞生物学の方々はどう思っておられるのでしょうか。その世界ではよくある「些細なミス」なのでしょうか。
http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/fig_tab/nature12968_F5.html
削除上リンクのFig.5cの、ＥＳ細胞の各ドットと、STAP stem cell(幹細胞)の各ドットの、"Number of days"が一致しない（ずれている）という問題のことですよね？
これに関しては、「細胞を継代し細胞をカウントした日付が、ES細胞とSTAP幹細胞で異なるだけでは？」という擁護意見もあります。
厳密に両者の増殖能力を比較するならば、細胞継代間隔は両者で同じにするべき（揃えるべき）ですので、このFig.5cは実験としては洗練されていないかもしれませんが、不正とは断定できないように思います。
いえいえ、そっちは気づきませんでした。
削除「10の60乗」という数値の巨大さですよ。縦軸のほうです。
生物の素人としては、ふだん細胞塊の観察をするときに「何個」という数字が出てくるのが普通なのか知りませんが、絶対におかしいです。
ＳＴＡＰ幹細胞の大きさが10マイクロメートルと仮定すると、10の60乗個の細胞からなる塊は、明らかにシャーレに入りませんよ。
大雑把にですが、非常に小さめに計算しても、研究室の外どころか、ヘリオポーズの外まであふれ出てしまいますよ（笑）。オールトの雲までは届かないようですがね。
細胞は継代するときに、全ての細胞を含む細胞懸濁液から一部（１０分の１量位）だけが次の培養に使用されます。
削除そうすることにより、培養スケールをそのままにして、細胞増殖能を測定することができます。
例えば、初日(Day 0)で細胞数が、10の8乗個だとし、
そのうち、１０分の１量(10の7乗個)だけを継代し、
3日後のDay3に細胞数を測定したときに、１０倍に増殖して、同じ、10の8乗個が計測されたとします。
このとき、もし、Day 1で初期の10の8乗個を培養しつづけていたと過程すれば、Day 3で10の9乗個に増殖する能力があったと推定できます。
以降、同様の操作を繰り返し、細胞が同じペースで増え続け120日後(Day 120)にも10の8乗個が計測されたとすると、実際は、10の48乗個まで増殖できる能力があると、推定できます。
このように考えると、論文中のDay 120での10の60乗個近い細胞数も不思議ではありません。
なるほど。理解しました。
削除門外漢が口出しは間違いでしたね。恥ずかしいところです。
画面が汚れたとお感じでしたら、一連のコメントは削除していただいて結構です。
コピペや不適切な図などが、Articleの方(他の論文もVacantiラボから出たもの）に偏っている気もしますね。
返信削除Letterの方は若山さんがきちんと見直したからでしょうか。
LetterのFig. 1aとFig.1bは同一個体である可能性が出てきました。
返信削除Fig.1b cag-GFPを85%縮小して4°回転させたものとFig.1a bright-fieldにおいて、胎児の血管パターンの極めて高い相同性が認められます。
Fig.1aとFig.1bとが逆でした。
削除失礼しました。
Fig.1aのcag-GFPとFig.1b bright-fieldです。
こんな感じです。webではGFPの輝度が上がっていますがファイルとして開き直すと大丈夫です。
削除http://imgur.com/Ug5QVdZ
opacityでした。失礼しました。
削除修正版です。
削除http://imgur.com/pXIb2vo
理研が発表した3/5の実験手技解説の責任著者である丹羽仁史の多能性幹細胞研究プロジェクトのサイトを見ていたらフォトライブラリーのページにEGFP Mouseという項目があり、
返信削除そこの解説に「グリーンマウス。ES細胞において緑色蛍光タンパクEGFP遺伝子を導入し、それも用いキメラマウスを作成した。ES細胞は胚体外組織にも分化できる能力を持っているが、通常の方法によってキメラマウスを作製するとすべて胚体組織に分化する。」と書いてありました。
http://www.cdb.riken.jp/pcs/photo/photo.html
ES細胞が胎盤（胚体外組織）にも分化できる能力を持っているのは、著者らには周知のことだったようです。しかもキメラマウスの細工製方法さえ工夫すれば胎盤をGFPで光らせることができることも知っていたのではないでしょうか。これが直ちに研究不正を意味するわけではありませんが、Nature Letterの方でSTAP細胞とES細胞を比較してSTAP細胞はES細胞より広い多能性をもち、胚のみならず胎盤の発生に寄与できると主張しているのは不誠実ではな態度ではないでしょうか。
結局、博士論文の図とNatureの図はどちらが正しい（文と図が合ってる）のでしょうかね。
返信削除時期的には小保方氏が博士論文を書いたのは、STAP細胞の研究を（も？）始めて何年か経っていることですし、博士論文の方が間違っている可能性もあります。
そこは早大かNatureがいずれはっきりさせることでしょうけど。
Nature論文の「STAP細胞由来テラトーマ」の「STAP細胞」は，他の多くの実験で用いられているＴ細胞由来のものと明記されているのでしょうか。
返信削除両論文のテラトーマは全然違うもの＝完全な捏造という批判は，暗黙のうちにSTAP細胞＝Ｔ細胞由来のものとしているようにも思えます。
筆者らはSTAP細胞は他の組織からもできたと主張しており，D論の「骨髄sphere」が実は骨髄由来のSTAPだったので流用した，という逃げを打つことはあり得ませんか。
そう、Fig.2はT細胞由来とは言ってないんですよね。
削除もちろん、Nature論文の中にはBM STAPの記述もあるので、
博士論文のそのあたりの文章がどうなっているのか、知りたいです。
↑すみません、T細胞の前に「Spleenの」が抜けました。
削除いずれにせよ、もとになる組織（上段の図）が違うので、逃げとしては成立しませんね。同じものを掲載しようとした＝誰にでも分かる上段の図が違うのは、"うっかり"ではどうやっても成立しません。
返信削除2014年3月9日 22:34の書き込みをした者です。
返信削除素人なものでよく分かってないのですが，上段のものの染色画像というのが下段ということでしょうか。同じものの同じ位置を撮っているなら，上段の写真に何もないところに何か写っていることになり，これまた随分お粗末なことになります。
こんなことが起こっているとして，私の頭をよぎるのは，D論のword文書の3画像×2段の書式をつかって画像張り込みのドキュメントを作ろうとし，上段は張り替えたけど下段は忘れたという，とんでもないうっかりということがないのか，ということです。
写真使い回しの意図的捏造ならもっとちゃんと捏造しませんかね？
まあ，上段の画像もテラトーマじゃないとの批判もあるみたいなので，そっちの方を重視すれば，上段に新しく何か分化組織の画像をテキトーに持ってきて，下段はなんだか光ってる染色画像とやらなので，よく見なきゃばれないだろうという人をバカにした捏造の可能性も十二分にあるでしょうけど。
なんにせよ，本当に捏造ならあまりに人をなめた捏造ですので，専門知識のある方々は，このバカを完膚無きまでにたたきつぶして下さい。
素人なりになんとか意図的捏造ではない可能性を考えて来た果てがこれですから。
しつこくて済みません。
返信削除2014年3月10日 0:46の書き込みをした者です。
natureとD論，下段の「流用」写真，明度だけじゃなく，説明の文字列のフォントや文字列背景に黒塗りのあるなしも違うので，まえの書き込みの下段張替忘れはあり得ませんね。
D論以降に同じ写真，配列でのドキュメントを何度か作っており，その過程で明度と文字列の出し方を変えたのならまだ張替忘れが皆無とは言えませんが，なんにせよ張替忘れなら貼り込むはずだった画像を出せばいいだけですから，それをしない以上真っ黒黒なんですかね。
こんにちは。
返信削除初めまして。今回の一連の騒動に関して大変よくまとまっており、感心すると同時に憤りを感じました。
これら一連の内容に関して、もっと広く知ってもらいたいと思い、動画を作成したいと考えているのですが、このブログ内で引用、編集されている画像等を引用させていただいてもよろしいでしょうか？
お返事いただければ幸いです。
ご自由に改変、使用してください。この問題を広めてくださると嬉しいです。
返信削除お返事いただきありがとうございます。
削除動画の編集を開始させていただきました。
専門家ではないので、不備のある内容となるかもしれませんが、完成しましたらご報告させていただきます。
D論のBackground→http://stapcells.up.seesaa.net/image/Background.pdf
返信削除コピペ元→http://stemcells.nih.gov/info/basics/pages/basics1.aspx
昨日匿名で動画の作成許可をいただいたものです。
返信削除以下に作成した動画のURLを記載しました。
http://www.nicovideo.jp/watch/sm23066845
専門分野ではないため、誤りや認識のずれ等があるかもしれません。
その場合、ご指摘いただければ幸いです。
そもそもD論の問題のFigの写真もどこかからコピペしてきたのではないでしょうか？
返信削除今回はネットコミュニティの力に敬服しております。「マイクロソフトがお金をかけて百科事典を作ろうとしたのに失敗し、ネットで無償の貢献によりWikiが大成功」というのを思い出します。知識のある人が無償で社会に貢献したいという意欲には目を見張るものがあります。
返信削除ところで、私は文系のイギリス大学博士課程在学学生なのですが、課題の提出にはturnitinとかいうソフトが使われるとのことで、デジタルになっているものの引用は論文でもホームページでもすぐに明らかになってしまいますので、そんなことをする学生はいないのが現状です。ルールにのっとった引用さえも、本文のXX％以下、と決められています。規定違反の場合には指導教官が目を通す前に警告とともに戻ってくるということです。早稲田のような大きな大学で、しかも英語論文でしたら、これを導入すればよいのではないでしょうか？どうも今回は日本の（というより、研究室によってゆるくても許されてしまう）大学の品質保証が問われる事態のようですし、研究者を育てる大学院くらいはまともな審査をしてほしいものだと思います。恐らくこのようなコミュニティに参加されるような実のある勉強をした人と、コピべの人に同じ学位を与える組織が健全だとはとうてい思えません。改革の機会になることを祈ります。
全くその通りだと思います。そういう不公平を目の当たりにしたのと経済的理由で研究の道を断念してもう何年も経ちます。似たような分野でした。私の目からみると、もう10年以上前から、そういう問題をかかえていた分野というか業界で、こういうことが世間の目にやっと触れたかと思うと、かえって心のトゲがひとつとれた感じです。私もこのことによって何らかの良い変革がもたらされることを祈ります。
削除小保方Nature articleのLandry論文との重複についてですが、(seven) different fluorochromes (....) and hybridized as previously described の部分も青ハイライトしておくべきではないでしょうか。
返信削除Nature protocolsについては、Fig.5のaのB cellのグラフと、bのneutrophilsのグラフが酷似していると言われていますね。（SDは微妙に変えてある）
返信削除また、実験に使ったマウスの系統も明らかではないものの（写真を見る限りヌードマウスに近いもの？）、ヌードマウスだとしたらanti-CD3でTcellの発現を確認は問題ない??なおかつ、それはFigではマクロファージになった???
nature protocolsって、こんなのでいいんだ。。。
次は、東電関係で斑目とか大橋の論文を検証してください。
返信削除あの系統で、まじめにやってるはずないと思いますから。
11次元さん、そろそろ小保方さんの追及はこれぐらいにして、この論文の共著者のその他の論文を洗ってみてはどうでしょうか？共著者で撤回に同意していない Vacanti さんとか、どうも、きな臭い感じがしますが。
返信削除Vacanti氏が拒否して論文掲載取り下げ不成立（宙ぶらりんで長期間推移することも含めて）となると、Vacanti氏のこと、「ヒトSTAP(幹)細胞」だと言い張ってヒトES細胞の実験を「より自由に」やりかねないと思ってビビっています。
返信削除WSJへの「博士論文下書き」メールが、小保方氏本人からのものであるかどうか、まだ確信はありませんが・・・
返信削除早稲田の場合、博士論文は、外部の印刷会社に自分で最終原稿を持って行って、製本を注文します。製本の完成品を受け取り、自分で大学に持って行って提出します。
博士論文は院の指定するフォーマットに編集する必要がありますし、結構お金掛かる製本注文で、かつ記録に残るものですから、注文の前も後も慎重に内容確認するのが普通です。
どこかにあった下書きが、自分の知らない内に製本に回されてしまったというシナリオは、早稲田の場合は、状況的にもタイミング的にも、想像しがたいです。
何にせよ、博士論文もジャーナル掲載論文も、一度提出すれば著者はその内容に責任を負わなくてはなりません。タイポは仕方がないとしても、文章やデータについて多数の差し替えや訂正があまり頻繁にでてくると、どこかでうっかりミスを超えて、もっと深刻な問題になってしまうでしょう。
画像処理について質問：小保方氏のArticleをダウンロードし、Adobe Readerで開くとFig1eでd3とd6の真ん中（縦線）でコピーペーストされているようにみえる。うまく説明できないが、様々な箇所をクリックすると写真一枚のみが暗転せずまたFig1e
返信削除全体が暗転せず、大きく２カ所に分かれる。画像の専門家はこれをどのように解釈するか説明して下さい。さらに写真の捏造にかんれんするかも教えて下さい。
Nature Article Fig 1dのグラフも4つに分割されますよね。画像がある部分と文字と線だけの部分で分かれているのは、画像の圧縮率を考えているからだろうと思います。一般論ですが、PDFを生成する過程で、意図せず（つまり人為的でない）画像が分割されてしまうことはよくあります。原因が文書作成ソフトやOSだったりPDFを生成するアプリ内で使っていた外部のライブラリだったりで、アプリを作った人間でも分からなかったりします。
削除＜訂正＞1dではなく 1hの間違いでした。
削除続き、Nature ArticleのFig1eの図でd3とd6の真ん中で縦にこの図が２分割している事が判明しました。非常に奇妙な写真の結合である。これは明らかにデータの切り貼りにあたりデータの捏造ではないかと思う。
返信削除自然科学系のものです。ギフトオーサーシップも不正です。このサイトに来る人たちの中には、必要悪と考えている人もいるかもしれませんが、これを機会にオーサーシップについても考え直してほしいです。
返信削除論文2本で14人の著者。各人はどの程度の貢献をしたのでしょう。たとえ指導教員であっても、アイディア形成に深くかかわっていなければ、著者でなく謝辞に載せるべき。研究費を出してもらっているからとか、分析（特別な分析でないもの）を手伝ってもらったからという理由だけで著者に名前を挙げるのは間違い。謝辞で十分。
著者を増やして業績を水増しし、研究費を獲得するという、いまの日本の（特に理系の）やり方はおかしい。かくいう私も以前に米国人と共同研究をした際、日本で慣らされた感覚で、ある研究者を著者に加えようとしたら「オーサーシップは大事だ」とたしなめられたことがあった。
専門分化が進み、論文数でしか他者の研究能力を評価できなくなってしまった科学。研究費の審査や人事審査が変わらない限り、この問題はなくならないかもしれない。しかし、科学者村の外からみたら、やはりおかしなこと。研究の内容によるけれど、常識的に考えて、5人も6人も著者がいるのって滑稽じゃありませんか。
おっしゃることは正しいと思いますが、捏造や盗用と違って、論文を読んだり追試するだけでは検証は難しいでしょう。こればかりはそれぞれの著者の倫理にお任せするしかない。LHC ATLASの論文で共著者3203人の論文があるようですが、みんながそれぞれなにかやってるかと問われれば、何かやってるんです。
削除反応いただき、ありがとうございます。たしかに検証は難しいですね。「何かやっている」人がたくさんいるということはあるでしょう。しかし著者になる必要があるどうか。謝辞でよいのではないかと。倫理の問題というより意識の問題かなと思います。
削除彼女は、自主的に博論を取り下げるそうですね。本当に「自主的」なのでしょうか？ 大学が過去の論文の再検査を避けるためのエスケープゴートにされたようにしか思えないです。再検査したら大学院の存在そのものが危うくなるからかもしれませんが、、、。社会そのものがイカサマに慣れてるというか、色々考えさせられる事件です。
削除敢えて例えると、不祥事を起こして懲戒免職になるところを、依願退職扱いにしてもらいたいってことじゃないんですかね？
削除不祥事自体は不問にしてもらいたい、と。
だとしたら、彼女の側に十分自主的に申し出る動機付けはあると思います。
ただ、実際問題として博論の取り消しと博士号の剥奪は大学側にしかできないのではないでしょうか。
こうした場合「退職届を受理」というオプションは学位授与機関としてありえないでしょうから。
オーサーシップには、定義があります。
削除国際医学雑誌編集者委員会が定めたものによると、次の4項目を満たさなければなりません。
1：研究の着想と計画策定への参加
2：データ収集と解釈への責任
3：原稿の執筆や内容改訂への参加
4：出版の最終原稿への同意
3203人もが原稿を執筆しているとは、到底思えません。
よって、オーサーシップの定義を満たしていないはずです。
というより、14人でも、果たして全員がこの定義を満たしているのかどうか、、、
いくら生命科学研究がビッグサイエンス化しつつあるとはいえ、素粒子物理の国際プロジェクトと比較するのは無理があるでしょう。挙げられたICMJEの規定も、あくまでbiomedical journalに投稿する場合のものです。
削除分野が違うといろいろ違いもあるようですね。1～3のどれか一つにでも、ある程度以上関与したら共著者にすべき、と考えられている分野もあります。それは、共著者になった人に過大な利益を与えていて不公平であると認識されるよりも、むしろ、寄与しているのにそのことを明記しない不公平を避けるものと認識されています。謝辞に書かれる程度なのは、論文の根幹には関わっていない、または、論文に対して責任を負っていないということになります。これはそれぞれの分野で、共著者・謝辞というものに対する暗黙のコンセンサスに従っていればよいことで、どちらが正しいとかいうことではありません。
削除素粒子などでは、100人以上で一つの論文なんてのはざらにあることで、しかし、そのプロジェクトを遂行するのに、その一人一人がその専門知識をフルに活用して、何カ月も何年もかかるということなのだから、共著者になるのも道理があると思われます。
100人以上の一人一人がフルに活躍とは驚きました。なるほど、そういう分野もあるのですね。5人の場合も100人の場合も、誰が何を担当したかを明記すると、多少は緊張感が生まれ、ギフトオーサーシップの抑制につながるでしょうか（無理かな．．．）。
削除分野によって、5～6人で実際に分担して著者になることもあり得ます。しかし、おかしいのは、一本の論文で10人著者がいたら、それぞれ、「一つ書いた」と業績にカウントされ、評価されるのが常態化していること。論文の本数言うなら、一人当たり平均0.1本とカウントすべき。そもそも論文の本数で評価するのもおかしいけど、その上超水増しされている。そのカウントの仕方のほうが、都合が良い人が大多数だから、けして是正されないのが、現実。科学の世界といっても、所詮そんなもの。科学は客観的でも、科学者の世界は（本人たちも気がつかない）欺瞞に満ち溢れている。
返信削除それ言い出したら、同じ量の発見を何本にも小出しにして発表しているのもありますから、「カウント」しようがないですね。
削除何本にもした上で、著者の順序変えて、水増しに水増しを加えているのもあります。そもそも数値化して数で評価しようというのが、科学の世界にはそぐわないのだけど、それが世間にはなかなか理解してもらえないのが、問題です。数値化すれば、内容と関係なくその数値だけ上がるように本末転倒な工夫してしまう人がどうしても出てしまう。というか、多数になってしまう。
削除なんか博士論文の取り下げ要請をしたと書いてありますが。
返信削除http://www.iza.ne.jp/kiji/events/news/140315/evt14031522300023-n1.html
そんなことが可能なのでしょうか。
これは博士号を返上すると言うことなのでしょうか。
審査中なら別ですが、もう審査が完了して大学が正式に博士号を出した論文を、申請者の側から取り下げる手続きは置かれていないと思います。
削除大学側から博士号をはく奪する手続きはあるはずですから、形式的であれそちらでやることになるのでは。
>ZenBioのホームページに掲載されている画像（Human skeletal myocytes in culture）から盗用されたものです。
返信削除なら類似って書くな
他でもすでに取り上げられているので、書店で立ち読みして確認したが、自称 科学史専門家の米本昌平氏が中央公論４月号の寄稿がかなりイタイことになっている。その内容からすでに疑惑が出てから執筆してると思われるが、例のnature論文の完成度の高さを称賛。図の”取り違え” を些細なことのように論評。京大理学部コネクション中でのリップサービスなのか、疑惑を薄めるための印象操作をしてるのか。単純にとらえれば、よく調べもせず前のめりの知ったぶりで失敗したということか。STAP細胞発見が我々につきつけ”た”ものは別の意味で大きかったようだ。 米本氏は５月号で釈明してほしい。”私もだまされた”なんて白々しいことは言わないでね。
返信削除まあ今回のは論壇やネット論壇の「名士たち」の判断力や情報収集力、世論に流されない独立精神や良識を試す格好のリトマス試験紙でしたね。
削除STAPにまつわる利権に切り込んだネット上のコメント。植草一秀氏ブログ3/16では、政府の「新・成長戦略」における「特定国立研究開発法人」は、政治利権、官僚利権であるとし、論文の「偽装」と報道の「やらせ」を指摘。
返信削除http://uekusak.cocolog-nifty.com/blog/2014/03/stap-83c9.html
下世話な週刊誌をツイートしても、こういう反論は無視するんだね
返信削除「アンチ・小保方ＳＴＡＰ細胞の匿名ブログ『kahoの日記：STAP細胞の非実在について』のエセ科学性」
http://blog.goo.ne.jp/narmuqym/e/4d818cb1f94bec01b84c1cd1321db5f6
STAP細胞があろうがなかろうが、小保方がこれまでやってきたことは明らかにでたらめであり、消えることはない。STAP細胞があろうが、研究者としては許されないと思う。このブログの主の実験内容は理解できないが、コピペをかばう論理は破たんしてるのはよくわかる。しかし、かなり強気だな。こいつら。
削除匿名ブログでの反論は卑怯であると、別の匿名ブログが批判しましたとさ。
削除>小保方博士論文の Figure 10(p53)のEctoderm (Hepatocyte)の実験画像は、
返信削除>コスモ・バイオ株式会社のホームページに掲載の画像から盗用されたものです。
>さらに、小保方博士論文の Figure 10(p53)のMesoderm (Muscle)の実験画像は、
>ZenBioのホームページに掲載されている画像（Human skeletal myocytes in culture）か>ら盗用されたものです。
盗用と断定しながら図には類似と書いてる
下らない予防線張ってんじゃねえよ
ねっとないのとくめいにんげんなんて、しょせん、そんざいしてないのとおなじとおもわれたいんだろうから、あなたがしんでも、だれもきづかない。そんざいしてないのとおなじだから、なにいってもいいのはどっちもどっち。
返信削除日本の社会はまだ成熟しておらず、実名で意見を述べた場合、意見の内容以外のところでいろいろな詮索が入ることがあり、意見を述べたことの効果が有効に作用しないことがままあるからです。例えば議会や選挙でも無記名投票というのがあり、必ずしも誰がどんな意思表示をしたかわからないことがあります。しかしその結果は意味があります。匿名であっても社会を動かした事例は枚挙にいとまがありません。存在していないのと同じということは全くありません。ただ匿名で言いたいことだけ言うのは卑怯だという議論は別にあるでしょう。
削除私は科学者ではないですが、世間の常識というか私の中でのそれなのかもしれませんが、ネイチャーという雑誌に匿名を希望して名前は明かして批判をするのが普通でその雑誌が貴方の主張がもっともと認めれば匿名でこういうものを公表したりするのが順番というものかとおもうのです。私なら例えばこのブログを批判したい場合私の信頼するマスメディアに投稿する。採用されなければ自分の意見は世間から見れば幼稚だったとあきらめるか、またやりなおす。そんな順番は日本の科学者の間にはないのかなという気味悪さを感じた。日本の社会と言うのは科学者達と言う意味ですか？東スポは私のような意見の識者の意見も載せていたと思う。週刊誌などは小保方氏のプライバシーに話題が移っている。社会が未成熟とはそういうことなのか？相手は顔も名前も世間に出ている。仕事の話は仕事の場で手順を踏んで堂々としてほしい。私はインターネットに向かない人間か古臭過ぎるのかもしれませんが。だから、ここから先は、先に述べたように実名連絡先を明かしマスコミに意見してみます。ただ、ペンネームか匿名希望にはすると思います。鈴木はわたしの本当の名字です。どこかに載るとも思いませんが世相をつくるのは市民ひとりひとりでより良い世の中にしていきたいと思うだけで何でもかんでもすぐにアップされるネットばかりがよいと思う訳じゃないからです。
削除すずきさんの言いたいことはわからないでもないですが。
削除Nature誌にコメントを出したとしても、それは実験の追試データなどをしっかりした形で提示しない限り受理される可能性というのは低いと思われます。ましてやこの論文のこの図がおかしいというだけの指摘の全てがNature誌編集部で対応してくれるかというのは総論文数からいって難しいのではないでしょうか。本来は掲載論文の不適切なデータ（画像などの使い回し）の検証などはNature誌自身ががやるべきことだとは思います。
しかし、今回の場合にこのように速い段階で論文の問題点が取り上げられなかった場合はどうなるでしょうか？そう仮定すると、追試が今でも各国の研究所で行われ、我が国でもSTAP細胞の研究に大規模な予算を投じることになるでしょう。実際には、STAP細胞が実際に存在するかどうかもわからないのにですよ？
このように速い段階で問題が明るみに出たのは良いことでしょう。これも匿名性のブログや書き込みなどが影響してのことだと思います。確かに小保方さんの人格や個人を攻撃するような内容の記事は反吐がでますが、プレス発表での前のめり過ぎる会見で注目を集めてしまった以上は、本人や関係者の責任もあるでしょう。あとはマスメディアの倫理観だと思います。
このSTAP細胞の論文データに何の疑義もなく、追試や再現実験も容易にできていたら、問題にもなっていないわけですから。
あと、実名公表にすると何かしらたたかれる（標的にされる）というのが日本のネットの悪いところだとは思います。速い段階で今回の論文の疑義について実名でコメントした人が脅迫に近い圧力を受けたのも事実としてあります。
日本の科学者とひとくくりにされてますが、まずここのブログ主と仲間たちが科学者かどうかもわかりません。ブログ主のしていることは、図や文章が剽窃であることを指摘しているだけで、素人でも見れば判断できることですから、匿名か実名かは、第三者にはどうでもよいことです。ネイチャーみたいな商業誌でも、その他のまともな学術雑誌でも、匿名ブログからの指摘であっても、疑義があることがわかれば動くと思いますよ。ただし、世界中の匿名ブログを監視してるわけではないでしょうけど（とくに日本語のブログは）。
削除それから、それ以外にコメント欄に「参加」されている科学者（自称も含む）は、単に好き勝手な意見を表明しているだけで、ブログ主の協力者でもなんでもないでしょう。当該分野の専門家たちは、こんなところで書き込みなどせず、それぞれ正規の実名のルートで発表すべく、まともな仕事をしていることと思いますよ。（しかし、これだけ剽窃が明らかになると、STAP幹細胞の存在を否定する結果が得られても、投稿する気はかなりそがれていると思いますが。）
このブログに投稿する人が科学者（定義を知りたいです。ちなみに私は世の中で文化系と言われる学部を出ましたが、科学技術の関する著述があり、そこそこ売れています。立花隆さんは何学部でしたっけ？）に限定する必要はないと思います。小保方さんもいわゆる科学者でないことが、徐々に判明されつつあります。
削除「図や文章が剽窃である」ことは専門家の指摘で初めてわかりました。素人には分らないことです。
「Ｎａｔｕｒｅ］を商業誌と言ってその道に明るいことを示したいのかもしれませんが、一応権威ある図書です。でなければ、小保方さんが何度もチャレンジするでしょうか？この伝でいくと、ノーベル賞もかなり商業的なプライズになりますね。
この欄は必ずしもブログ主の意に沿う意見だけではないようです。そうでない意見がたくさん掲載されており、立派と思います。
ここに書くことが「まとも」でないというのなら、貴方も随分無駄足を踏みましたね。
私はこういう草の根運動がやがて日本に自浄作用を促してくれると期待して、時間を使って投稿しています。
はぁ？
削除＞「Ｎａｔｕｒｅ］を商業誌と言ってその道に明るいことを示したいのかもしれませんが、
あれは誰が見ても商業誌でしょう。示したい？頭おかしいんじゃないですか？
＞一応権威ある図書です。でなければ、小保方さんが何度もチャレンジするでしょうか？
ある意味権威のある商業誌ですね。学術雑誌に入れても間違いではないですが、根本は商業誌。つまり、学術的な価値よりも、売れるかどうかに重点があります。
小保方氏その他がチャレンジするかどうかなんて、何の基準にもならないでしょう。
＞この伝でいくと、ノーベル賞もかなり商業的なプライズになりますね。
はぁ？ネイチャーに載ることと、ノーベル賞の関係を、思いっっっきり勘違いしてるんじゃないですか？
本が売れたかどうか知りませんが、もっと勉強したら？
＞ここに書くことが「まとも」でないというのなら、貴方も随分無駄足を踏みましたね。
はぁ？どう読み間違えたらそうなる？やっぱり頭おかしいんじゃないか？
その読解力と文章力で、よく本なんか書いて、こんなところで、売れたとか、書けますね。
上記の匿名2014年3月21日 23:09氏を支持します。
削除科学者の定義は諸説あるでしょうが（個人的には、アカデミア・企業在籍問わず、科学の進展に寄与している人、研究を生業としている人だと思いますが）、科学的な読み物を書ける人のことではありません。科学的な読み物を書いて、多少売れたからといって、科学者を標榜するのだとしたら、お里が知れたものです。
上記匿名氏が仰るように、Natureは権威がある読み物ではありますが、商業誌でもあります。科学で飯を食っている人にとっては、常識です。
今回の小保方氏の一連の疑惑は、科学を発展させるどころか、他の科学者の足を引っ張るという意味では発展とは逆のベクトルを有するものです。無論、彼女だけが糾弾されるべきではなく、理研、大学教育、その他広い範囲にわたって議論がなされるべきかとは思います。しかし、彼女の行いを擁護するのはありえない。真面目に研究して、真面目に論文を書いている人なら当然です。
21日23:47の評って何か見当違いじゃない？もとの匿名氏は、科学者以外でも議論に加わってもいいといっている気がするけどなあ。これだけ社会的に騒がせると尚更と思うけど。その上の人も、他人に頭がおかしいとかいってるけど、自分はどうなの？こうしたやり取りに終始すると、この欄の意味がねえ…？
削除23:09と23:47は、ネイチャーが商業誌だということで一致してるだけで、別に何も見当違いなことは書いてない。上の流れで、見当違いなことがあるとすれば、
削除＞科学者（定義を知りたいです。ちなみに私は世の中で文化系と言われる学部を出ましたが、科学技術の関する著述があり、そこそこ売れています。立花隆さんは何学部でしたっけ？）
というところで、これは科学者の定義には、（）内の人物像も含めることが可能であるという主張を示唆していますから、それは違うんじゃないかというのは、常識的な意見だと思いますよ。そうでなければ、定義を知りたいなんて、書かないでしょう。その後の、
＞に限定する必要はないと思います。
は、定義に（）内の人物像を含めなかった場合でも、議論に参加できるという意味でしょう。
ちなみに、誰も科学者以外が参加することに反対はしてないんじゃないかな。
まあどうでもいいけどね。
追加です。ノーベル賞とネイチャーの関係をイコールみたいに思ってるとしたら、それも見当違いですね。ネイチャーと全く関係なくノーベル賞はでるし、ネイチャーに載ったからっていって、ノーベル賞候補とかでは全くないです。ネイチャーに載ることと、ノーベル賞の相関関係は、実際はそんなにはないじゃないかな？これは研究者には常識的なことですけど、報道だけ見てる一般人は誤解してしまいそうなことです。
削除やはりこのブログの記事も挙げられたほうが、こちらのサイトの検証の正当性が上がると思います。
返信削除でなければただのSTAP潰しを目的としてやっていると思われてしまいますので。
http://blog.goo.ne.jp/narmuqym/e/4d818cb1f94bec01b84c1cd1321db5f6
うーーん・・？？？
削除上記ブログをざっと読みましたが、科学的に低レベルな内容で、
論理性も乏しいので
11jigen氏が検証する価値は全くないように思います。
そうですか？
削除どのあたりが「科学的に」低レベルなのでしょう？
カスタムトラックに入っている別人のデータは何の意味があるのでしょうか？
何故、kaho氏はESCと入れているのでしょうか？
>どのあたりが「科学的に」低レベルなのでしょう？
削除それが分からない時点で、あなたはこの問題から退場した方が良いと思います。
ちなみに、私は「うーーん・・？？？」と言っている人とは別人です。あしからず。
すみませんが、無知なもので是非教えて頂きたく存じます。
削除この点に関しては、素人なのでどちらの言い分が正しいのか、
なぜkaho氏があのような解析をしたのかが不可解なのです。
どうぞよろしくお願い致します。
まずデータの名前の付け方などどうでもいいでしょう。
削除ESCにES cellという意味があるのか、それとも全く別のkaho氏の略語なのかは分かりませんが解析の本質には何ら関係がないことです。
また、他のデータとの比較ですが、既に報告されている体細胞やES細胞のNGSデータとの比較を試みているのではないでしょうか？
kaho氏が触れてないのでしたらやはり解析の本質には関係ないのです。
どちらにせよ名前の付け方や一緒に入っている他のデータに文句を付けているあたりが科学的に低レベルなんでしょうね。
http://slashdot.jp/journal/578973/%E3%82%AA%E3%82%AA%E3%82%AB%E3%83%9F%E5%B0%91%E5%B9%B4
削除kahoさんの最後の投稿で投下されたものですね。
検証するまでもないと思いますけど。
まぁ、結局誰も分かっていないということですね。
削除すみません、ここで聞くだけ無駄でした。
ブログ見ましたが、kaho先生は匿名だから悪い（エセ科学？）という内容を繰り返しているだけの悪文で、根拠としているところがさっぱり分からない。論理展開がめちゃくちゃで、意味不明。検証する価値がない、というよりは、検証不可といった方がよいかも。こういうトンデモな輩は無視しないとね。
削除なんだかかわいそうなので一応説明しておきます。
削除①カスタムトラックに入ってる別人のデータ
kaho氏は別人のデータを使った理由をブログポスト中で明記しています。簡単に言うと採用した解析方法が由来の異なるデータに対しても適応可能であることを示すために使われています。
②ESC表記
これ本当に問題ですか？ESと書こうがESCと書こうがES cellと書こうがデータの中身に違いはないと納得できないでしょうか？
ハイテクベンチャーブログについては、自身が次世代シーケンサに詳しいというふりをしながら実際には全くデータ解析をしていないところが最もおかしな点になると思います。
「本当に、一切の加工無く、其の儘、これらの公開データーを使ったのか？」
などと書き込む前に、自分で再解析して確かめてみれば良いだけの話なのですが、なぜそうしないのでしょうか。
ちなみにこのハイテクベンチャー氏の次世代シーケンサに関する知識の程度には大いに疑問がありまして、たとえば「42個あるデータのうち3個しか使っていない」という指摘がありますが、RNA-SeqとChIP-Seqという全く別の種類の実験データは当然混ぜて使うわけにはいきません。
またブログポストの後半で、
「次世代シーケンサー、Illumina HiSeq 2000の場合…」
と突如NGSのスペックを並べ立てるくだりがありますが、この部分、おそらくMBLの以下のページのコピペだと思います。（Illumina HiSeq 2000の項目）
http://ruo.mbl.co.jp/jutaku/sequence.html
以上、非専門家の方の参考になれば。
結局、Takaho氏は論文に投稿したんでしたっけ？
削除折角時間かけて解析したのだからするべきだと思いますし、
それでacceptされるかされないかでTakaho氏の解析が正しいのか誤っているのか分かりますしね。
ご本人は投稿したと書かれていたと思いますが、acceptされたから正しいだろう、という判断ではSTAP論文も正しいことになってしまいませんか？
削除（失礼ながら少し意地の悪いことを書いてみました）
もちろん論文化することは大切なことだと思いますが、今回の解析例は多少心得のある人間であれば誰もがすぐに追試出来る方法を示されたという点が優れていたと思いますし、そのようなメッセージであったと受け止めています。
私はseqデータ解析に関しては全くの素人なのでよく分からないのですが、結局、Takaho氏が解析から仰られたいことは「STAP-SCはES細胞と全く同じである」ということで合っていますでしょうか？
削除STAP-SCとESが非常に似ているということは論文でもいっていることなので、Takaho氏の解析のどこが新しいのかがよく分からないのです。
「非常に似ている」と「全く同じである」の間にはずいぶん大きな差がありますよね。
削除論文中でSTAP-SCはESとよく似ている、と主張しているときは、フェノタイプの話をしています。表現型、ふるまいが非常によく似ているということです。しかしながら両者はまったく別の実験操作を経て取得された細胞ですので、ジェノタイプ上は多少なりとも違いがあるはずです。（kaho氏は第三者のデータセットを利用することでこのあたりをうまく示されています）
ところがkaho氏の解析からは両者のジェノタイプが似すぎていて見分けがつかないという結果が得られました。あまりにも似ているので、これは論文著者らが主張するSTAP-SCとESのデータだとは考えられない、むしろまったく同一の細胞のデータだと考えるのが妥当なのではないかというのが結論です。
kaho氏もコメントされているように、著者らが実はこのデータも取り違えでした、間違えて同じ細胞のデータを載せてしまいました、と主張されるのでしたら特に反論はありません。その場合は正しいデータの提出が求められて、再度検証されることになるでしょう。
ありがとうございます。
削除そこで、彼がやったデータ解析の内容が本当に正しいのか？ということになると思います。彼がもし、STAPはクロであるという思い込みで行ったのだとしたら、あのような解析結果になってしまうこともあると思いますし、あの解析の方法が本当にフェアなものであるかを知りたいのです。
そのためにも、論文を投稿してacceptを受けられるものであるのかが重要であると思っています。
「STAPはクロであるという思い込みで行ったのだとしたら、あのような解析結果になってしまうこともあると思います」というのは、なかなか興味深い意見だと感じました。自分はどちらかというとインフォマティクス寄りの人間ですが、そういう風に思われることもあるのか、というのはいささか新鮮です。
削除もしよければ教えていただきたいのですが、例えば別の人間が解析をしてkaho氏と同じ結果を得ることも出来ると思いますが、その場合、あなたは彼の解析がフェアであったと信じられますか？
言葉不足で申し訳ありませんでしたが、バイオインフォの研究全てに関してそのように思っているということではありません。
削除なぜ、Takaho氏の解析がフェアなのか分からないと思ったかというと、彼が著者となっている論文を見てみたところ今回の調査委員のお一人との共著がいくつかあることが分かったので、それはどうなのかなぁと思ったからなのです。
従って、その他のバイオインフォの研究を否定するものでは全くないことをご理解いただければと思います。
上記14:52のコメントに追加ですが、それでももし海外のSTAP混乱を知らないようなどなたか（日本の方だと知らない人はいないと思いますので）が同じような解析をしてくれればな、とは思っています。
削除なるほど、そのような背景があるのですね。中の人の事情については私はわからないのでなんとも言えませんが、あなたのスタンスは理解できたと思います。
削除先のコメントについては少し驚いたのであのような書き方になりましたが、どうかお気になさらず。「インフォマティシャンはいつも適当に閾値をいじってそれっぽいデータを出してくる」というイメージを持たれている方が居てもまあ仕方ない部分もあるのかなと思いますので・・・
いえいえ、私自身はウェット系ですがインフォ系の方にも大変お世話になっていますし、お互いに協力し合う状況をもっと増やすことが出来れば研究のスピードは格段に上昇すると思っています。
削除それが本来の研究の在り方ですし、むしろそうすべきであると心から思っております。
論文に載っているデータは怪しいのは確かだが、結局のところ、この現象自体は存在するとお考えなのでしょうか？場違いですみませんが、皆さんの意見をお聞かせください。僕は素人ながら、あっても良いのかな、と思っています。
返信削除素人仲間ですが、その現象が実現する可能性は、このところ急落しているように見えますよ。
削除でも、あり得ないなんて、根拠を持って言い切れる人は居ないはず。
ここらへんに書き込んでいる誰も、あり得ないなんて言い切ってないと思います。
しかし、言うまでもなく、小保方女史の不正行為はそれとは全く別問題だし、理研の体質、早稲田大学の体質の問題も、まるっきり別問題です。
そこんところ、記者さんにはよく理解してもらいたい。
いや、なんかその辺が実は対応の遅さにも絡んでいるのかもと思っていまして。
削除つまり、もし現象が本当にあるのなら、論文を取り下げてしまっては後追いの他のグループに成果を持っていかれる恐れがあるとか、、、
だからいろいろ慎重になっているのではないかと素人ながら想像してます。
確かに、やったことは適切で無いことは否定できませんが、現象が本当にあったことが分かったときに今度はマスコミがどう対応するのか、興味本位ですが見てみたい気もします。
彼らが論文を取り下げるかどうかは、大した問題じゃないと思いますよ。ネイチャーのほうで早晩撤回するでしょう。10行のコピペが見つかった時点で、十分にその「資格」があります。まあ、ネイチャーは上にも誰か書いているように、商業誌だから、商業誌としての判断をするでしょうけどね。結果的に現象があるかどうかは別問題だし、いくら取り下げがなく、また撤回されないとしても、どちらみち、あの論文では、プライオリティ（自分たちが最初に見つけたんだっていうこと）を主張できないでしょう。そのぐらい笹井さんもわかるんじゃないかな。
削除再現性が(低いorない)ようなので、理工バイオ系か農学部の学生実験で、生まれたての仔と胎盤を腑分けして大勢でSTAPプロトコルの前半をやったら良いと思う。各組織の一部は急速冷凍保存。脾臓、肝臓、腸管、骨髄、胎盤、全血から分離した白血球くらいは最低やらないと。1個体のマウスで量が足りなければ、1個体のウシ等でもよい。自家発光もあるから最早OCT4-GFPマウスである必要もない。折角だから初期培養に仔と胎盤各々の全血から分離した血清をメンブレンフィルタで濾してプロトコルに示された培地に加えても良い。培地のみと酸処理なしの2つを対照実験とする。実験ノートに詳細に書かせるのは言うまでもないが、学生実験くらい操作が未熟でばらつきがあった方が却って良いと思う。血清入りからの継代または最初からDMEM/F12+B27+ACTH+LIFで培養して、増殖する株があれば、ラボで引き取って、初期化されたのか選択されたのかの検証や、多能性の確認は in vitro での増殖能のある細胞が得られた場合にだけ、後から検証しても良いのではないかと思う。
削除新しい存在の発見には、
返信削除・それが存在する事を提唱、予測
・それが存在する事を科学的に証明
という2段階があるように思います。
刺激に応答して脱分化するシステムが哺乳類にも存在する可能性を提唱したのは小保方さんや笹井氏ではないでしょう。バカンティ氏でも無いのではないかと思います。
今回のNatureの本論である科学的に証明という点については実験データの不備、改ざんによっておよそ科学的とは言えない状況です。
よって今後別の方法によって科学的に証明される可能性はあるでしょうが、プライオリティは理研グループには無いでしょうね。
なので今取り下げが遅れているのはSTAP存在いかんの問題ではなく、全員許諾による取り下げシステムや保身、政治的な問題などが原因だと思われます。
STAPの存在自体の可能性は当然あると思います。
トカゲやプラナリアにあるのでしたらその機構が維持されているのではないか？
と思う事自体はとても自然な事だと思いますので。
CDBは1997年頃から癌細胞を脱分化させ、その出来た幹細胞を、丁度鳥取大学が発表したmir520dなどで正常化させる構想（脱ＥＳ）があった。ＳＴＡＰは理研の悲願であろう。
返信削除http://www.cdb.riken.jp/jp/millennium/2_2.html 発生と再生 見えてきた細胞達の振る舞い。
イニシエーションとしてはＲＯＳでもＰＨでもとにかくストレスあれば癌化するのか？
返信削除博士学位論文データベース
返信削除東大
http://gakui.dl.itc.u-tokyo.ac.jp/
京大
http://www.kulib.kyoto-u.ac.jp/modules/search/index.php?content_id=16
慶應義塾
http://koara.lib.keio.ac.jp/xoonips/
北大
http://eprints.lib.hokudai.ac.jp/dspace/handle/2115/54822
東北大
http://ir.library.tohoku.ac.jp/re/
筑波大
http://www.tulips.tsukuba.ac.jp/lib/ja/collection/thesis
東工大
http://tdl.libra.titech.ac.jp/hkshi/
千葉大
http://mitizane.ll.chiba-u.jp/curator/index.html
阪大
http://www.library.osaka-u.ac.jp/others/gakui/gakuian.htm
九大
http://catalog.lib.kyushu-u.ac.jp/ja/xc/search/%2A?os%5Brecordset%5D=Dissertation
横浜国立
http://kamome.lib.ynu.ac.jp/dspace/
一橋
http://hermes-ir.lib.hit-u.ac.jp/ir/index.html
東京歯科
http://www.tdc.ac.jp/lib/thesis/index.php
同志社
http://library.doshisha.ac.jp/ir/dissertations/dissertations.html
東京外語
http://repository.tufs.ac.jp/doc/
東京学芸
https://ir.u-gakugei.ac.jp/
総合研究大学院
http://www.lib.soken.ac.jp/rb/ronbun.html
上智
http://www.sophia.ac.jp/jpn/research/lib
埼玉
http://sucra.saitama-u.ac.jp/modules/xoonips/
神戸
http://www.lib.kobe-u.ac.jp/infolib/meta_pub/G0000003gakui
群馬
https://gair.media.gunma-u.ac.jp/
金沢
http://dspace.lib.kanazawa-u.ac.jp/dspace/
http://www3.nhk.or.jp/news/html/20140325/k10013233571000.html
返信削除うん、STAP細胞として若山氏がうけとった細胞は論文で使用されたマウスとは別系統と判明したようですね。共著者に対してこの所業はさすがに引きます・・・
自分だけ助かりたいというパフォーマンスだろ。
削除>また理化学研究所の広報は「この問題について今の段階で、小保方自身がコメントすることはできません」と話しています。
返信削除理化学研究所のこの態度にも引きますね・・・。
どいつもこいつも、許しがたい所業です。
野依氏はじめ、理化学研究所の幹部には、科学者を名乗る資格はないと思います。
>理化学研究所のこの態度にも引きますね・・・。
削除そうなのかな？
たとえば、理研じゃなくて一般企業で同じような事が起きても、
同じようなマスコミ対応をすると思います。
広報とかリスクマネジメントとかは、そっち関係の専門家や弁護士とかの仕事だと思うのですが。
だから、科学者云々には同意できません。
横槍ですが。
削除意思決定は、野依氏以下の幹部の仕事でしょう。
「そっち関係の専門家や弁護士とか」は、アドバイスはするでしょうが。
だらだら引き伸ばして、筆頭著者を奥に引っ込めてるのは、一般企業でならともかく、科学の世界では考えられないことなのですよ。
また、一般企業を引き合いに出してますが、利潤を追求するのが主目的の一般企業と同じような判断しかしないとしたら、やっぱり科学者を名乗る資格がないってことになります。
若山氏が理研を去るまでは小保方氏は若山ラボにいたのですよね。
返信削除その頃のやり取りで若山氏は何もおかしいと感じなかったんですかね。
同じラボで毎日顔見てるだろうし、おかしいとかんじていたはず。若山氏の「一人逃げ」への芝居でしょう。自分は正しいことをやっていたということをいち早く発表して、グレイゾーンからの脱出を図っているとしか見えないな。なぜなら、理研の調査が理研の人間だけで行われているのが、そもそもおかしいからだ。第三者だけの調査委員会で、再度やり直すべきだ。若山氏は、ほかの小保方氏から渡されたというSTAP細胞も、第三者に提出して、ラボの実態調査も含め、第三者の調査を受けるべき。
削除上の方の意見に同意します。
削除ところで、あれきり若山氏の方で行われている筈の調査結果が出てこないのは何故なんでしょうか？
遺伝子見るだけならそんなに時間かからないと思うんですが。
もし小保方氏が129でSTAPを作ったのか本当に確認したいのなら、
返信削除自分でキメラを作って毛の色を見れば129単独でない系統（B6か129/B6)かは
一発で分かるような気がするのですが。
そこまで見なかったとしたら、それも不思議なことです。
同意します。はやく自分で129からSTAPを作って、その実験経過を公表すればいいだけ。若山教授から受け取った１２９から作ったと言って渡したりしているわけだから、すぐできるはず。特許の関係があるというのであれば、自分でSTAPを作って、これが私が作ったSTAPですと写真付きで世間に公表し、第三者に、ES細胞由来じゃないんだ・ほんとにSTAPなんだということを、検査させればいいだけでしょう。
削除最終報告を受けてのご本人の反応、「悪意のない間違い」だから不正ではない、という主張
返信削除の根拠は理研の「科学研究上の不正行為の基本的対応方針」ですよね
http://www.riken.jp/~/media/riken/pr/topics/2006/20060123_1/20060123_1.pdf
この「方針」で明記してある、不正行為の定義の元になった合衆国の「研究不正行為に関する
連邦政府規律」はこれかな
"U.S. Federal Policy on Research Misconduct"
http://www.aps.org/policy/statements/federalpolicy.cfm
理研の「方針」で研究不正から除外している「悪意のない間違い」は
どこから来ているのか？
仮に上のPolicyから来ているなら、II. Findings of Research Misconduct の項の
"The misconduct be committed intentionally, or knowingly, or recklessly"
の要件だろうか。（ずいぶん細密さが違う感じ。）
やっぱり悪意が何を意味するのかで争うのかな。
とりあえず、（仮にその部分も上のPolicyを参照しているとして）、英文からすると
一般の日本語で「悪意」というときの「害意」ではなく、法律上の「悪意（知っていること）」
あるいは「故意」に近いように思うけどどうだろうか。
だとすると、少なくとも電気泳動画像の加工については、悪意はなかったとはまず言えない
気がするけど。
「悪意の有無」を証明・判断しなくてはならないことで、理研の調査委員会は必要以上の証明義務を負わされたように思われます。
削除連邦政府規律は、"The misconduct be committed intentionally, or knowingly, or recklessly"と or で繋がれているので、この3つの副詞のうちどれかが当てはまればよいのですよね。
アメリカの法律の中では、これら3つの副詞は、
Intentionallyは、ある目的を達成するため行動している
knowinglyは、高確率でそうなるだろうという知識を持って行動している
recklesslyは、どういった結果になるか注意を払わずに行動している
のように、行動とその結果が、当事者の意識の中でどれだけ密接に結びつけられているかの違いがあります。
もちろんIntentionallyだったことを証明できればそれが一番強いでしょうが、IntentionallyでなくてもRecklessｌｙだったことを証明するのはもっと容易かと思います。
この手の規則における「悪意」とは「害意」ではなく、「故意」を指します。複数の画像を切り貼りして組み合わせる行為は、いくら「きれいに見せる」目的だったとしても、元の画像とは異なるものを故意に作成したという点でアウトでしょう。博論からの画像流用についても、少なくとも「重過失」は間違いなくあるし、本来なすべきチェックを怠っていれば、故意を認定することも可能だと思います。
削除確かに微妙な書き方をするとも思われますが、研究の世界では捏造自体が「悪」なのですから、それを故意に行った時点で「悪意」と解釈することには、説得力があります。すなわちこの場合の「悪意」は、「故意」です。「悪意でなかった」という抗弁は、「悪くない目的で捏造をした」という命題が、裁判官に対して通らない限り、成り立たないと思いますよ。
削除理研の「科学研究上の不正行為の基本的対応方針」の解釈で法廷での対決を小保方氏はするつもりなのでしょうかね。
削除5:20の方の仰る「必要以上の証明義務」については、恐らくSTAP由来ではなかった細胞株として解析された若山氏提供のもの以外の8サンプルの解析結果で証明可能になることを密かに期待しております。
理研の隠し玉としてもう結果は持っている気がしてなりません。
なぜ発表がエイプリルフールなの
返信削除アメリカ法についてひとことコメントします。
返信削除Torts(不法行為）で、一般的に出てくる単語です。
Intentionally : 意図的に
Knowinly: (より積極的に）知悉して
Recklessly: 注意を欠いたレベルが非常に高い状態で（日本法では「重過失」に相当）
日本法では、故意（わざとやった）と過失（ぼーっとしていた）に真っ二つに割って考えるので、知っていながらあえてやった（故意）と、不注意で見逃してしまった（過失）と分けてしまうのですが、実社会では、そのどちらともいえない中間部分があることが知られていますね。日本法では、未必の故意とか認識ある過失といわれている灰色部分です。主に刑法で分析が発達し、それが民事法で応用されてきたのが日本です。
ところが、アメリカ法では、故意と過失の二分法を取っていません。
recklessly というのは、その灰色部分をおもに指しています。アメリカでは結果責任を重視するので、小保方さんの例でいえば、出てきた図表に切り貼り・改ざんがある以上は、recklessly であろうと考えます。論文が作られた当時の小保方さんの内面は、ご本人にも証明できない性質をもっています。もちろん外部から厳密に証明するのも無理。自白というのがありますが、虚偽の自白があるのは、社会常識でしょう。したがって、なんらかの外部の証拠を使って推定する以外ない。これがアメリカ法ですが、日本法でも行為当時の内面を外部証拠で認定するのが裁判実務です。たとえば、交通事故が起こったとして、道路に真っ黒なタイヤの跡が残っていれば、そこで車輪の回転が止まっているから急ブレーキをかけたと分かり、速度もほぼ科学的に推定できます。だから、「時速４０キロの制限スピードの道路にもかかわらず９０キロ出していてブレーキかけたが間に合わず道路脇の老人をはねた」みたいな事実があると推定されます。そうするとなぜ９０キロ出したかが問われますが、ぼーっとしていて９０キロ出したとは普通は言いにくい。分かっていて９０キロ出したと普通は考えますね。
したがって、小保方さんのケースでも、「わたしは論文執筆当時知らなかったもん、意図的じゃなかったもん、悪用するつもりなかったもん」などと言っても、出てきた結果がずばり切り貼り・改ざんであれば、recklessly は最低限存在すると、強く推定されます。なぜなら、小保方さんは科学コミュニティの一員でありしかも理研のユニットリーダーであるわけで、実験データは、自分で作ったものでなければならないし、データをいじくってそれらしく見せる（「改ざん」「ねつ造」）のは許されないことだ程度は、知っているはずだからです。そこで、状況からみて（たとえば小保方ラボのずさんな実験とノートのめちゃくちゃな取り方）その推定を覆しにくいと考えられるときは、recklessly だと断定します。反論するとしてもどのように反論するのでしょうか？ 同僚あるいは共同研究者に、「へへへ黙っててね。コピペしちゃったあ～」みたいに言っていたという証言などが、どこかから出てくれば、ますます推定が強まります。
一般論ですが、法的な責任を追及する局面（たとえば裁判など）では、民事も刑事も１００％の証明は不要です。
なるほど良くわかりました。
返信削除小保方氏のクロは理研の不正行為に関する規定に照らして、クロっぽいことはわかりましたし、この規定からすると共著者の笹井氏などはシロとして言い逃れ可能のようですね。
一方で、Nature論文の少なくともtext部分の実質的執筆者であろう笹井氏および、マスコミ受け狙って過剰な演出をセッティングした広報関係者の責任も、理研の行動規範のようなものに照らして追及されるべきだと思いますが、どのような処分が可能なのでしょう？
小保方氏一人に責任を押し付けて、これら理研関係者を訓告・減給程度の処分では世間はとても納得しないと思われますが..。
今の御時世、対応を誤ると、それこそ「理研解体請願10万署名」などをあっさり達成しかねませんので、共著者の責任についても、他の模範となるような毅然とした処置をお願いしたいものです。
返信削除「悪意」をmaliciousであることと解したらどうですかね
返信削除これも不正でよく使われる表現、先方はその線かも知れない
理研の「方針」は、研究不正の定義については「連邦規律」に「準じる」と明記しているけれど、
本文を見ると、「ただし、悪意のない間違い及び意見の相違は研究不正に含まない」という
ただし書き部分には準用がかかっていない、と主張することも不可能ではなさそう
1) intentionally, or knowingly, or recklessly, の要件は、
「連邦規律」の中の研究不正の「定義」を記載した
I. Research Misconduct Defined の項ではなくて
II. A finding of research misconduct requires that:の項にある。
2) ただし書きの中の「意見の相違」というのは理研のオリジナルの文言と思われるので
（連邦規律の中にそれらしき文言はない）、ただし書きについては連邦規律に準じていない
と解すのが適当
＝連邦規律の intentionally, knowingly, recklesslyに準じて「悪意」を解釈するべきではない
同時に、逆に、ただし書きの後に丸カッコに入れて
「（米国連邦科学技術政策局:研究不正行為に関する連邦政府規律.....の定義に準じる。） 」と
書いてるわけだから、ただし書きも含めて準用すると読むのが通常だ、とも言えそう
自分が闘争を依頼された代理人なら争う。
自分が本人なら.........全部正直に話して謝る。
12:27さんに同感。
削除確かに論理的には争う余地はあるのかも知れないけど、これだけの問題を起こしておいて、どうしようというのでしょう。「なんで私ばっかり」という気持ちなんだろうけど、それなら他の連中も不正をやったという主張を展開すべきで（それも品は悪いが）、私は不正をやっていないなんて、アホかという感じです。素直に謝るのが最善の策でしょう。
理研方針の
削除「ただし、悪意のない間違い及び意見の相違は研究不正に含まない」は、
連邦規範 I. Research Misconduct Definedの中の
”Research misconduct does not include honest error or differences of opinion.”
の日本語訳でしょう。
Honest Errorの直訳は、意図しない間違い・故意でない間違い
というわけで、やはり「意図の有無」が問題になってきます。
理研の調査委員会は、「へへ、うっかりミスでした～」では言い抜けられないような、Intentが明らかな場合に限って黒判定をしていますよね。
19行のコピペについて調査委員会は白判定をしていますが、あれは一般的な学術規範ではRecklesslｙに黒になるはず。
12:27です
削除ああ、見落としていました。すみません。
なるほど、では honest error が問題か。
論文執筆上の Honest Error って、タイポのように、細心の注意を払って見直していても、どうしても見逃してしまう類のミスのことです。文章書く人なら、そういうミスは完全には無くならないのは分かるでしょうし、「あ、ミスでした、申し訳ありませんでした」という訂正があって、読む側も「ああ、そういうミスってあるよね」とすぐ理解できるレベル。
削除でも、それは「すでに、ミスを無くすように細心の注意を払っている」という前提で言ってること。「細心の注意」の度合いは人によって違うでしょうが、科学者が論文をNatureに投稿するにあたって、職業上当然期待されるだろう注意レベルはあるはずです。
その職業上必要とされるだろう注意を払わずに、杜撰ミスがボコボコ出てきて、その（自称）杜撰ミスが検証や結論に関する重要部分に関連しているなら、完全に Honest Error の範囲を超えています。
Honest errorは皮肉ですよね？
削除石井委員長が「定型的な実験手法で誰が書いても同じ」だからシロという結論には納得できません。私は６年ほど前に引退した元研究者で、大半を印刷された雑誌が月に2乃至1回航空便で送られて来る時代に研究生活を送りましたが、専門誌では論文がacceptされた段階で別刷りの注文と共に著作権を移譲する旨の文書にサインをして送るのが通常です。最後の10年ほどはネットが普及して論文雑誌を研究室のPCから読むことが出来るようになり、別刷りではなくPDFのダウンロード回数に変わりましたが、著作権の移譲に関しては変わりありませんでした。従って、引用を明示せずにコピペする行為は盗用であり明らかな著作権の侵害という犯罪です。たとえ既製品の実験機器を使ってサンプルをセットしてスイッチを入れるだけでデータが出るとしても、その表現法はいくらでもあると考えられ、著作権利関係、研究者倫理のみならず若い研究者の教育上も問題が大いにあると考えます。
私自身、experimentalでも、native reviewerに下手な英語を直されつつ表現法を勉強しました。科学論文は実験結果の図、写真などと共に文章で結果を提示し、議論して結論を得る以上、文章の表現力をつけていくことも研究者として成長する上で必要不可欠だと考えております。
旧国研の定年を挟んで15年近く国立大学の非常勤も併任しましたが、当初の4，5年でしょうか、学生が個人のPCを持つ事はまれであったので、レポート課題は自筆での解答となっていました。大学内に共用のPCがありましたのでWEBからの盗用があったかもしれませんが、残りの期間はPCが普及して明らかにどこかのWEBページからのコピペになりました。解答が何種類かに分類できたのが証明になると考えております。当初はどこかのWEBページか著書からのコピペでも、自分で筆写するだけでそれなりに教育効果はあるかと考えました。主に大学2年次の学生を担当しましたが、上で緻密な検証がなされ、その年代から博士課程（あるいは若い研究者）までコピペが蔓延していることに驚愕しています。
論文のマテメソのコピペは学術規範から見ると完全にクロです。
削除でも、理研の調査委員会は、もし小保方氏が訴訟に持ち込んだ際に、法廷でも「悪意（＝故意）」を確実に立証できる例にのみ絞って不正を認定したのかと。
理研は10年程前の捏造事件で、訴訟に持ち込まれて苦労した経験があるので、今回は慎重になっているのでしょう。学術分野の人間には歯がゆいですが、調査委員の弁護士も踏まえての判断なのでしょう。
Honest Error を「悪意のない間違い」と訳したことで、理研方針での黒白の境界線の位置が、学界の一般常識からくるそれとはずれてしまった感はあります。
研究者は国境や研究機関を越えて行き来しているので、個別機関の方針や判断も国際規範に統一していく必要があると思います。
割り込み失礼しますが、ヒトやサルでもSTAPができたという話はどこに飛んでいってしまったのでしょうか？サルは治療まで進んでいるんですよね？
返信削除http://www.huffingtonpost.jp/2014/02/06/stap-cells-by-harvard_n_4741972.html
それは、小保方氏が留学していたハーバード大のバカンティ教授の研究室の発表です。
削除この教授は研究社会では少しメインストリームを離れた人で、あまり信憑性が高くないので、まずは第三者的立場の研究者がSTAP細胞の再現に成功してからでないと話は進みません。
もし外部では誰もSTAP細胞を再現できないのに、バカンティ教授の研究室だけでSTAP細胞の研究が進んでいくとなると、奇怪な展開になりますよね。
動物倫理上の問題がありますから、米国では研究できず、
削除サルの脊髄損傷の治療実験は、米国外の施設で実験しているのかもしれませんね。
ただこの件に関しては、既に大量の実験画像の不適切流用が明らかとなっている小島氏（http://stapcells.blogspot.com/2014/02/blog-post_26.html）や、実験画像の改竄や捏造は論文の結果に影響を与えないと強弁しているバカンティ教授らが、口で言っているだけですからね。どこまで本当のことかはわかりませんね。
今の流れとして、東北大の上原っちのケースと似てるかな
返信削除あの人も「私は不正はしていない」って主張して大学訴えて、法廷で数年位粘ってた
理研の幹部は今の内に体を鍛えて、持久力を付けておくように
・ある行為していることの認識はあった。（私はいま画像を切り貼りしている。）
返信削除・しかし、それが改ざんの行為だとは認識していなかったしいまもそう思わない。
（例えば、写したいところだけズームして写真を撮ったり、
複数の画像を提示するときに綺麗に見えるようにまっすぐに配置するのと同じ。
電気泳動画像は全てのレーンをバラバラにして別の画像として扱うことも可能だった。
だからそのうち1レーンだけ同じ実験で撮った別の写真で綺麗に撮れたのと
入れ替えてもそもそも改ざんじゃない！）
となるとどうでしょうか。
故意の有無の前に、その行為がそもそも改ざんにあたるかの段階で争って勝ち目ありますかね。
個人的には、組み合わせたものを1枚の画像として提示しているから駄目だと思いますが。
（切取って継ぎ合わせましたよという表記をつけ忘れた、って主張なら、上の設定とは別に
ありうるけど、これも客観的には過失と認められないでしょう。見直しの機会が何度もあったのに
見逃すとは考えにくい→故意があったと推認。）
で、結局その行為は改ざんにあたる、と判断されたとして、次に故意の問題。
「電気泳動写真は必ずしも1枚画像ではなく、たまたま一緒に撮れたレーンごとの別々の
画像だ。あれは複数の画像としても扱えるものなのだ。少なくともそうであると錯誤したことに
落ち度はない！」・・・という言い分は通りますかね。
これが通れば刑法でいうところの事実の錯誤（の中の客体の錯誤）に類似して、
故意がなかったことになりうるかなあ？
これも個人的に無理スジだとは思いますが可能性として。。。
彼女は必ず多くのデータも削除したり、ノートも処分したりしたに間違いないはずだ。今件によって、日本の科学技術に対する信頼が失われた。こんな大胆なねつ造がまかり通ってしまうとは！まるで、日本人の倫理観に対する信頼も毀損された。あんなに立派な理研にいる者が、こんな低次元の不正を平気で行い、しかもこの期に及んでなお、強気で詭弁するなんて、その行為を擁護する者が大勢いるなんて！理研、国会議員にも沢山いる。本当に危機感を覚える。本当ののSTAP細胞はもはやあるはずがない。もし、あったらなぜ捏造したりする必要があったのか。検証実験すると言うのは２度と騙されることである。膨大なお金を失うことたけになる。
返信削除こちらにすばらしい分析した推薦サイトがある。どんなに改ざんしたか、偽者かが。
返信削除http://stapcells.blogspot.jp/
http://stapcells.blogspot.jp/
この内容をよく読めばすべてがわかるはずだ。
小保方のパソコン、電話とメールなど強制的に収めて調べればすべてがわかるはずだ。。こんなに国益を損なう行為に何の同情の余地があるのか。理研と国は本当に彼女に甘すぎし、まったく間違っている。こんな嘘つきを人材だと庇う必要がない。国勢に優秀な人材はいくらでもある。こんな悪質な奴を切らないで日本国が恥をかくことになる。まさに、日本がこういう嘘つきの人材に頼って今まで発展したかのように見える。もう法的措置に変えるべきだ。
あなた、ここの管理者の一人でしょ？
削除ずっと、ここを見てますから文章の書き方で分かりますよ。
ちゃんとした文章を書けるお仲間の人に直してもらいましょう。
6:29（6：36も同一？）さん、
返信削除小保方氏の問題は少なくともここ見ている人のほとんどが認めていると思いますよ。ただ、
＞あんなに立派な理研にいる者が
にはあまり同意できないですね。小保方氏は場合によっては懲戒免職くらいに値するとしても、こんな人をユニットリーダーに仕立て上げ、そのキャラを利用しようとした理研の副センター長や広報責任者・関連理事の道義的責任も、厳しく追及すべきだと思います（もちろん早稲田の関係者も）。
ノーベル賞受賞者を理事長に祭り上げてその威を借り、特定法人化に花を添えるための小細工をし、突然の最終報告の直後に自民党詣でする理研（の理事など執行部）が「立派」とは私にはとても思えません。
＞あんなに立派な理研にいる者が
返信削除野依氏は２０００年に脱税で３０００万以上の追徴金。偉そうなことを言える立場でしょうか。
小保方氏本人が異議申し立てをしたことで流れが変わったことは否定できないと思います。流動的で異常な食いつき方をしてきた国民の世論に流されて結論ありきで来たのだから。
理研と早稲田の恥知らずな広報の仕方、杜撰な共著者たちや組織のトップの責任こそ国民やマスコミは追及しなければならないのに。
別の見方で・・・
返信削除プロとか研究者って自分がやってる仕事を結果が出なくても
「明日やめよう、今日一杯は」みたいに思いますか?
予算の上で辞めざる負えないなら辞めますが可能な限りやるか
停止してもそのうち絶対再開させたいと思うものだと思うのですが?
聞いた瞬間に美談と言うよりそんなモチベーションと言うか発想って有るのかなと
・・・・凄い引っかかってたんですが。
自分はそういう考え方全く無いと言うか続けられる道を探したいと思う口なので。
ほかの人はどうかわかりませんが、自分はありましたよ。
削除博士課程に進んで、研究がうまく進まなくなった時に。
博士号とるのをあきらめて就職すれば楽になれるのにとか、
誰かに「もうやめろ」って言われればやめられるのになぁとか。
おそらく、自分からやめる勇気がないから、きっかけみたいなものが欲しかったんだと思います。
自分は「明日やめよう、今日一杯は」って聞いたときは救われた気持ちがしました。
見事に裏切られましたが。
生物系の実験は特に手探りのことが多くて、系統樹立に一か月とかかかって成果が認められないともう諦めたほうがいいのか、違う方法があるんじゃないのか、
削除こんな実験にあと3年とかかけられるのかとか考えたら止めたくなると思います。
続けられる道を探したいっていうのは少なくとも先が見通せる予見があるからです。
彼女も毎日10時間くらいは実験してたでしょうから、青春をすべて費やして
しかもまったく結果が出なかったら、、、
早大が博士論文の調査を始めたそうですが、
返信削除小保方氏の主張の様に「下書きでない」バージョンが再提出された場合、
どう処理されるのでしょう？
調査では、これから本人への聞き取りも行われるようですが、
それまでの間に（つまり、今）急いで別バージョンを書きあげて
日付をそれらしく捏造し、
「こっちが本物です。手違いで下書きが大学に残されてしまっているようです」
と主張されたら、早大は認めざるを得ないのでしょうか？
それとも、これ幸いに再提出を受け付けて
事件の幕引きとしてしまう可能性はあるのでしょうか？
もともとの論文がコピペだけに再提出バージョンの中身も拙いものになると想像されますし、再審査することも困難を極めるでしょうが、、
再提出バージョンが公開されずに調査終了となれば、
そうなってしまいそうで怖い気もします。
小保方氏の主張で認めるのではなく、外部からの強い要請で認めるのではないかと推測しています。
削除４月１６日放送のフジテレビ系番組でコメンテーターとして出演していた乙武氏が大学の卒業論文に関して「周りでコピー、ペーストする人沢山居ました」というような発言がありました。彼も小保方氏と同じ大学卒業なんですね。
在学中はいろいろお世話になったであろう周囲の人つかまえてあいつらはコピペやってた、俺様は違うワンランク上の人間だぜ、ですか。乙武さんって人間のクズですね。
削除大幅に書き直して提出する可能性もあるでしょうね。
返信削除けれども、そんなことをしたら、「何故これほど違うのに、本人と周囲は取り違えに気付かず放置していたのか」が問題になるでしょう。そもそも下書きを出している時点で相当の問題行動で、研究者（というか一人前の人間）としての資質が問われかねないわけですけれども。博士論文など殆ど読む人がいないにしても、何かの選考の折などに参照される可能性があり、その際、自分に不利に働くようなものを問題になるまで放置し続けてきた不注意は、私などには研究者として致命的に思えます。
同じ学科・研究室の他の面々の博士論文と合わせて検討すれば、アウトになるものと思います。その場合、大量処分になりますが。しかし1人だけ再検証したのでは、優秀な弁護士の方々の助言もあるわけですから、セーフになってしまうでしょう。
もう新年度が始まりますが早稲田はどうするのでしょう。下手をすると小保方氏や関係者の首の皮が繋がっても、大学の信用はいよいよ（既に堕ちてしまいましたが）泥まみれになってしまう危険性もあると思います。
早稲田は先進理工学研究科の全てのD論を（一応は）調査するみたいです。
削除http://www.asahi.com/articles/ASG4735VTG47ULBJ004.html
穿った見方をすれば、先進理工学研究科はすでに早稲田にとってトカゲの尻尾になってしまったのかもしれません。
そのうち大学院の組織改編とかで名前だけ代えて再出発するのではないでしょうか？
そのときに常田教授あたりは責任取らされて自主退職に追い込まれるかもしれませんが、まだ若いので大学を選ばなければどこかの教授になることもできるでしょう。
先進理工学研究科以外も博士論文の不正がきっとあるはず、文系研究科を含めた早稲田大学の博士論文は大昔の以外はすべて調査するべきだと思う。ドイツでは博士論文の剽窃で国防相、教育相が辞任に追い込まれたぐらいなのに、危機感が早稲田大学には足らない。
削除７日22:45の方のおっしゃることはもっともだと思います．
削除だとしたら，早稲田大学だけではなく，他の大学の博士論文でも不正があると考えるのが自然でしょう．
早稲田大学だけ不正があると考える方が不自然です．
生物化学系ではない工学系の者です。研究科や専攻に寄るとは思いますが、背景として21世紀COEやグローバルCOEに伴う博士課程進学者増に伴い、早稲田大学が取った学位授与の方針に遠因があるのではないでしょうか。
削除私が在籍していた大学院で21世紀COEが採択された際、博士課程での留学や共同研究している企業等への出向を課す代わりに、投稿論文等の条件緩和を検討したことがありました。結局条件は変わらなかったのですが、他はどうなんだろうと気になって、早稲田の21世紀COEで博士課程に進んだ人に、「学位授与の条件はCOEで変わりましたか？」と聞いたことがあります。その方の返答は、投稿論文の本数ははっきり覚えていませんが、方針として早稲田は3年でさっさと取らせようとしているとのことでした。博士課程に入ってくる時点で資質は分かっている、博士は足の裏の米粒なので投稿論文の数や博士論文のクオリティに拘らないようにという趣旨だったと受け止めました。ちなみに自分がいた大学ですとD4、D5、単位取得退学後に取得、というケースも多く、ある程度の研究成果がないと認めない、研究室の威信をかけたようなところがありました。
早稲田やCOEに限った話ではありませんが、博士課程後のキャリアパスを広げるため、研究室の外での経験（留学や客員研究員、企業への出向）を積ませようという流れがここ10年程ありました。小保方さんのハーバード留学費用もグローバルCOE経費から出ていたようですし、様々な取り組みで博士課程の学生が忙しくなり、また3年という期限が以前よりも差し迫った状況というのであれば、コピーアンドペーストが広まったことも頷けます。特定の大学、研究科が追及されることには問題があるのかもしれませんが、追及される中で状況や要因が明らかになるのは個別の対象者を救うことにもつながるのではないでしょうか。
東大でも学位剥奪はあるんですね。
返信削除●東大では、トルコ人元助教が、同大開学以来初の学位取り消しを受けたのは記憶に新しいが、２例目の学位取り消しが出たという。
＜東大助教＞論文盗用が発覚 学位取り消し 毎日新聞 12月9日(金)13時22分配信
http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20111209-00000043-mai-soci
東大助教が論文盗用、博士学位取り消し…２人目（2011年12月9日13時07分 読売新聞）
http://www.yomiuri.co.jp/national/news/20111209-OYT1T00578.htm
東京大学は９日、学位論文などで他の研究者の論文を盗用していたとして社会科学研究所の安藤理(さとる)助教（３３）の博士学位を取り消すと発表した。
同大で博士学位が剥奪されるのは、昨年３月に論文盗用が発覚したトルコ人助教に続き２人目。安藤助教は「基礎的なマナーが欠如していた」などとして盗用を認めており、同大は今後、処分も検討する。
常田教授は東大卒ですね。東大の博士論文も調べた方がいいと思います。
削除どうぞ、お調べになっては。
削除東京大学学位論文データベース
削除http://gakui.dl.itc.u-tokyo.ac.jp/
常田聡 博士論文(化学生命工学専攻)（No 110781）
http://repository.dl.itc.u-tokyo.ac.jp/dspace/handle/2261/54425
http://gazo.dl.itc.u-tokyo.ac.jp/gakui/cgi-bin/gazo.cgi?no=110781
http://repository.dl.itc.u-tokyo.ac.jp/dspace/bitstream/2261/54425/1/300153.pdf
標題（和） イオン交換基を有するグラフと高分子鎖を利用した高性能タンパク質分離膜の開発
報告番号 110781
報告番号 甲10781
学位授与日 1994.09.22
自然科学論文は、思想又は感情を創作的に表現したものでは無いので、著作物ではない。著作権法第二条一項
返信削除著作物ではないので引用の必要は無い。著作権法第三十二条一項
調査委員会も引用なしコピペは問題無しとしている
https://www.youtube.com/watch?v=7TBeRkVTK1c#t=10m00s
判例：http://www.kwire.co.jp/copyright/case01/
・自然科学上の図表は著作物ではない
東京地裁 平成 16年 (ワ) 19816号 著作権侵害差止等請求事件
「所定の数 値に対応する点や線を記入すれば、チャート上では必ず同じ表現に至るのであって、
これを創作性ある表現ということはできない。」
・研究論文類似事件～同じ知見は類似の表現をとらざるを得ない
大阪地裁 平成15年(ワ)6252号 損害賠償等請求事件
「論文に同一の自然科学上の知見が記載されて いるとしても、
自然科学上の知見それ自体は表現ではないから、
同じ知見が記載されていることをもって著作権の侵害とすることはできない。
また、同じ自然科 学上の知見を説明しようとすれば、
普通は、説明しようとする内容が同じである以上、その表現も同一であるか、
又は似通ったものとなってしまうのであって、 内容が同じであるが故に表現が決まってしまうものは、
創作性があるということはできない。」
論文の「実験の目的や方法」のコピペは（後からでも）引用元記載するなど体裁を整えれば、それほど問題じゃないでしょう。
返信削除科学の進歩なんて、他人の研究成果にちょっとずつ上積みしてできるもの。
ただ実験結果画像を他からもってきたのは、「悪意のないミス」で言い逃れはできないだろう。捏造と言われてしかたがない。
コピペもやりすぎると、東京薬科大学の論文のように、剽窃・盗用と認定されて、強制的に撤回処理されますので、気をつけましょう。
削除http://yakubutsudotai.blogspot.com/
> 自然科学論文は、思想又は感情を創作的に表現したものでは無いので、著作物ではない。
削除著作物ですよ。裁判所の判断を正しく理解しましょう。
http://www.kwire.co.jp/copyright/case01/
真偽は不明ですが、不服申立書の内容について、
返信削除以下のような指摘があるようです。
http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1396994833/19
> 不服申立書は「正しい画像 (画像B)」が存在するから捏造ではなくミスだと主張しているが、
> 画像Bが撮影されたのは2012年6月なのに、
> 博士論文の画像 (と似た画像) が流用された Nature 論文が
> 最初に投稿されたのは画像Bが存在するより前の2012年4月 (最終報告書より)。
不服申立書の矛盾点に関しては、こちらにまとめました。
削除http://stapcells.blogspot.com/2014/04/blog-post_9.html
悪意が無いと言えばミスが許されるものなんでしょうか。
返信削除ミスをしない、あってはならない立場ですよね。
悪意が無い=ミス認めろ。
でしたら研究者を辞めたらいいですよ(笑)
なんの理由があって、正しい実験結果画像あるのに
返信削除別の実験結果画像使っている意味がわからない。
まぁいいや。
さっさっと、正しい(としている)実験結果画像をネットで公開したり、
画像を差し替えて論文再提出すれば済む話なのになんで今頃まで時間がかかった？
不正を疑われてから、正しい画像を作っていたのではないかと、
疑われてしまう。
第三者による追試が成功しないと、stap細胞の存在は証明できないだろう。
正しい画像を出せば済むことなのに何故やらないか？
返信削除若山教授が依頼したマウスでなく、ES 細胞に使われるマウスの細胞をSTAP と言って渡した段階で詰んでるけど。
小保方晴子のうそ
返信削除ホテルの滞在がハーバードからの出張費なんてことはない。
そもそもハーバードからは給料もらってないはず。
ハーバード滞在時はPｈDまだ、持ってないし。学振じゃなかったっけ。
＞2008年
＞小保方氏、ハーバード大バカンティ研へ（2年間）
＞2011年
＞2月 小保方氏、早稲田大学へ博士論文提出
＞3月 小保方氏、理研へ（ゲノム・リプログラミング研究チーム（若山リーダー））
仮に学位を取得後、ハーバードから給料がでる予定だったとしても、震災関連で2011年3月にビザが降りなかったと言われてたよね。給料出てないはず。
ハーバードから給料出ていたら”ポスドク”として働いていたはずなんだけどそんな話は聞いたことがない。
だから、給料ももらってないのにホテルの滞在費をハーバードが出すはずない。
出したとしても、普通は友人宅に住まわせてもらうとか節約するはず。月に20万も出すわけがない。
嘘つき、、、、
（訂正）学振ではなかったですね。ハーバード留学時代はグローバルCEOとかいうプログラムからお金が出ていたらしい。
削除＜彼女の中では＞既にそれは「真実」になっていて嘘じゃないのではないかと。
削除息をするように嘘をつけて、その矛盾や破綻を突かれても（本人の世界では真実になっているので）絶対にそれを認めない類の人種というのがいます。
実生活でその手の人間に遭遇した経験のある人にはすぐにわかるんですが。
200回成功というのも、言い逃れというより本人的には真実なのかもしれません。
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返信削除>小保方晴子のうそ
返信削除ホテルの滞在がハーバードからの出張費なんてことはない。＜
あんたはハーバード大学の会計システムにたいそう詳しいらしいね。もしかしたら、ハーバードの関係者ですか。
＞そもそもハーバードからは給料もらってないはず。＜
もらってないはず、って断言しているけれど、その根拠は何でしょうか。
＞ハーバードから給料出ていたら”ポスドク”として働いていた はず なんだけどそんな話は聞いたことがない。＜
それはあんたが聞いていないだけであって、実際は働いていたかも知れないじゃあないですか。
＞だから、給料ももらってないのにホテルの滞在費をハーバードが出すはずない。＜
はずがない、といやにきっぱりとおっしゃっていますが、それはあんたの推測ですか、それとも論理的に「はずがない」と勝手に認定したんですか。 給料を払ってなくともホテルの滞在費を出す例、なんて世界中にごろごろありまけど。
＞出したとしても、普通は友人宅に住まわせてもらうとか節約するはず。月に20万も出すわけがない。＜
「普通」って何ですか。小保方氏は東京生まれの東京育ちですから、神戸には友人はいなかったと考えるのが当たり前ですが、仮に居たとしても、２年間もの長期間泊めてくれるような友人なんてよほどの親友でしょうが、「普通」ならいくら親友であっても長期間の居候などする人間なんて居ない「はずです」。
それに、小保方氏は大会社の役員の娘なんだから、節約など考えもしなかった「かもしれない」でしょう。小遣いが月に２０万円ということだって「ありえる」でしょう。また、どこで調べたか知りませんが、神戸の一流ホテルの宿泊費が、いくら超長期宿泊契約だったにしても１ヶ月２０万円とは馬鹿に安いですね。
設備や食事などを考えると、小保方氏の利用していた神戸の一流ホテルは、昔の西成地区に今多数営業しているコンクリート建てのドヤ（大阪に行くたびに利用していますが、ドヤとは言っても３畳ほどの広さにテレビ、ラジオ、冷暖房完備、インタ＾－ネット使い放題、コーヒー飲み放題、２４時間営業、シャワーもあり、毎日シーツも取り替えてくれて、１泊２３００円ほどでした（６年前））以下ですね。
＞嘘つき、、、、＜
勇気ある発言ですね、と思わず書きましたが、匿名の投稿じゃあどんなことでも書けますわなあ。
卑怯者さん
11次元教から造反者が出ました
返信削除11次元教祖様はオリジナルワークをせず単なる2ちゃんのまとめサイトだと言っています
http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1397006328/315
研究不正や研究倫理問題の追及・解決・防止を目的としています。それを忘れずに頑張りましょう！
削除ちなみに、小島宏司氏の論文における画像流用は、こちらで明らかにしましたが、もっと皆さんもバカンティグループの論文を徹底的に調べたら面白いことになると思いますよ。頑張りましょう！
http://stapcells.blogspot.com/2014/02/blog-post_26.html
早稲田大学の博士論文のコピペ問題に関しても、まだまだ徹底的に追及しますので、こちらも調査ご協力お願いいたします。頑張りましょう！まだまだ、大きな問題が隠れていそうですね。
大きな問題ってなんですか？
削除11jigenさん自身が剽窃していることは上記のサイトでかなり指摘されていますが、その点についてはどうお考えですか？
具体的に指摘してくださいましたら訂正・追記しますね。ご協力お願いいたします。
削除本当は、wikiみたいなところで、皆で編集できるとよいのですけどね。
なかなか少数でまとめたり、調査したりするのは大変です。atwikiはハッキング（クラック）されましたね。良いところがあれば教えてくださいね。
いずれにしろ、世間に問題をわかりやすく伝える為に、ボランティアで誰かが、徹底的に調査したり、まとめたりするのは必要ですし、実際に研究機関に告発する人も必要ですよね。
早稲田大学の博士論文のコピペ問題に関しても、まだまだ徹底的に追及しますので、こちらも調査ご協力お願いいたします。頑張りましょう！
大きな問題とは、先進以外の早稲田の学生の博士論文コピペですよ。
暇なんですね。。。いずれにせよ、貴方の追及の仕方（無理やりな画像処理等）は無理があり、不正の疑義をかけるほどの証拠にはなっていません。山中先生のケースもそうです。残念ながら、貴方の指摘・告発も「狼少年」的に信用されなくなりつつあります。やりすぎると、逆に名誉棄損で訴えられる可能性が出てくるので御注意を。
削除山中先生に対する管理人さんの指摘は、疑問があるので生データを見れば分るというものでしょう。著名な名前だけでシュリンクする必要は毛頭なく、疑問は疑問で出すことは科学的な対応の一つと思います。それを真摯に受け止めた山中先生も、流石と改めて見直しましたが。
削除山中先生が大人の対応をしていたのは確かに流石です。しかし、それは別として、本来疑義があるのであれば、まずはpersonal communicationのレベルで、当該論文の責任著者や、出版社、あるいはせめて研究機関や学会あたりに問い合わせるのが筋、すなわち科学的な対応かと思います。以前、東大元教授T氏の論文が問題になった時も、確か海外から日本の学会に問い合わせがあったはずです。一般の人も見れるような形で、ネガティブな表現で公表すると、皆そういうものと信じてしまいます。しかも、匿名というのは、その責任から逃げておりフェアとは言えません。個人的には、こういう形での指摘は禁止すべきかと思っており、大学、研究機関、学会、場合によっては文科省のレベルでルール作りを急ぐべきと考えています。
削除17:31の者です。30日9:12の方、一理あります。personal communicationだと、黙って著者が変更する恐れがあります。第三者のルール作りはぜひ必要です。ただ今回の理研(石井委員会）のように同じ任命権者の下の機関だと、著者または任命権者とつるむことが可能です。ですから学会、専門の機関の副次業務に加えられることを期待します。
削除以前、国立大学に通報して、審査委員会もできて、外部の委員も入っていたけど、「悪意はなかったが、不適切な点はあったため、表現方法の適切に注意を払うように指導した」と、帰ってきたけどね。二重投稿、無断盗用（転載）、アイデアの盗用があっても。。。結局、通報があったこと自体が公表されないし、どのように不適切であったか、悪意がないと判断したか公表されないから、検証も不可能。よいとは思わないが、第三者の目にとまるところに書くことで、握りつぶせなくなることは、確かだと感じるな、通報経験者としては。
削除小保方さんの留学費用って、ここから出てたんでしょ？ ともかく多数の学位取得者を
返信削除排出する必要があって、ね。
http://www.waseda.jp/prj-GCOE-PracChem/jpn/training/advanced.html
これがこんなことになろうとは、ね。 まあしかたないのですけど。
コピペが悪いのはわかった。
返信削除でもこのまとめサイトも2ちゃんねるなどのコピペだろ。
ちゃんと引用元を示せよ。
2chの中の人が11jigenじゃない根拠は？
削除自分で投稿した文章なら、べつに引用元は必要ないんでない？
具体的に指摘してくださいましたら訂正・追記しますね。ご協力お願いいたします。
削除本当は、wikiみたいなところで、皆で編集できるとよいのですけどね。
なかなか少数でまとめたり、調査したりするのは大変です。atwikiはハッキング（クラック）されましたね。良いところがあれば教えてくださいね。
いずれにしろ、世間に問題をわかりやすく伝える為に、ボランティアで誰かが、徹底的に調査したり、まとめたりするのは必要ですし、実際に研究機関に告発する人も必要ですよね。
早稲田大学の博士論文のコピペ問題に関しても、まだまだ徹底的に追及しますので、こちらも調査ご協力お願いいたします。頑張りましょう！
コピペがすべて悪いなんて誰も言ってないんじゃない？独創性、独自性を要するＤ論や科学誌への投稿の相当部分がコピペでは問題があるという議論でしょう。「まとめ」はむしろコピーがあって、自然だよね。もっともこんな書生論は通じないかな。
削除そうなん？ 具体的に引用の要件満たしてないコピペ箇所と出典教えて！
返信削除11jigen様
返信削除obokata論文（articleの方)のFigにつきまして画像の調査をお願いいたします。
Extended Data Figure 7d の右上のパネルに胎仔の蛍光写真があるかと思います。
胎仔はGFPポジで胎盤はネガということを示しております。
少しひかかった点なのですが、胎盤の自家蛍光がないように思います。
７ｄの下のパネルではGFPネガの胎仔が自家蛍光でうつりこんでいると思います。
本来であれば上のパネルでも胎盤が自家蛍光でうつりこむのではと思いました。
うがったみかたをすると可視光は胎児と胎盤を撮影し、蛍光は胎盤を除いて、胎児のみを撮影している可能性があると思いました。
以上ご一考の程よろしくお願いいたします。
good!
返信削除山中氏や調査委員長の不正疑惑が取りざたされているけれども、O氏のものとは質もレベルも異なるのではないか。
返信削除山中氏は膨大な量の自身の実験ノートを提出、実験の実態や経緯は明らか。
問題の画像の担当者は提出できず生データが確認できなかったので担当者の疑惑は残るが山中氏本人の疑惑ではないだろう（共著者としての責任は問われうるが）。
調査委員長のは詳細が分からないが、画像順を入れ替えただけならば、ある画像の一部を切り取って違う時点での画像と入れ替えて1つの画像とした（＝一部差し替え・合成した）O氏とはこれも異なる。
なぜ相違を説明することなく、自分も疑惑があるから委員を下ります、なんて形にしたのか。
O氏のやったことが薄まり、処分の根拠が不明確になるだけ。
そして今度はこういう不手際をなくすために弁護士をおいて武装。
理研の対応にこそあきれる。
山中先生のEMBO J、Fig.3Aについてのコメントです。
返信削除EMBO JのWebサイトにはPDF、jpeg、pptバージョンのfigがありますが、以下のようにpptバージョンが最も劣化した画像という可能性はないでしょうか。
・オリジナル画像を高圧縮したのがPDF
・オリジナル画像を低圧縮したのがjpeg
・PDFあるいはjpegをさらに圧縮（劣化？）したのがppt
Fig.3Aのpptバージョンには格子状のバックグランドがあります。それがPDFあるいはjpeg画像のピクセル由来であり、ピクセルとバンドの位置関係がレーン２、３で偶然一致したため、pptのバンド周辺のノイズが多数一致した可能性はないでしょうか。その場合、オリジナル画像のバンドは酷似している可能性が考えられますが、アガロースゲル電気泳動の場合は十分あり得ると思います。
そう思います。アガロースゲル電気泳動は、同じくらいの濃さのバンドであれば、大抵似たり寄ったりの形状になります。器具と泳動条件が同じであればなおさら。核酸は蛋白質に比べて化学的・構造的に個性もありませんし。ですから、論文の画像のqualityをもって酷似しているとかしていないとかいう議論がナンセンスなのです。
削除柳田充弘先生はメンデルの例を引き合いに、結論が正しければデータの捏造も容認するかのご発言をされており、驚愕ものです。
返信削除---柳田先生のTwitterより引用---
遺伝学の開祖メンデルもデータ捏造をしていたなどと言いますと、おまえ何を言い出すのだ、と叱られそうですが、でも事実なんだし、だからといってメンデルに傷がつくとは思いません。わたくしが知りたいのは一点、小保方論文で主張された新規発見がホントかどうかだけです。
---以上（この前後にもツイートあり）---
分子生物学などの研究では、本丸となるデータが先に得られ、その後に外堀を埋めるデータを取ることはよくあることです。外堀のデータがなかなか得られないこともよくあることですが、その原因としては次の可能性が考えられます。
(1) 本丸となるデータ解釈の誤り、あるいは他の仮説（可能性）の見落とし
(2) 結論は正しいが、実験技術が未熟なだけ
柳田先生のご発言は、(2)のケースでは捏造しても構わない、としか受け取れません。もし結論が正しければ捏造しても構わないのであれば、結果的に(1)のケースでも発表されてしまう論文が増えてしまいます。
おそらく「結論が正しければ捏造しても構わない」は誤解なのでしょうが、発言力が大きいので追加説明あるいは修正をお願いしたいところです。
追加ですが、もしSTAP現象が再現された場合、世間一般的に小保方氏が勝ちで理研が負け、と言った論調にならないか不安です。
削除マスコミには丹羽先生が検証実験を行うニュースを発信した際に、STAP現象が存在しても小保方氏の捏造は変わらないとのメッセージも一緒に伝えて欲しかった。
Knoepfler Lab Stem Cell Blogへのコメントより引用
削除"I think the reason senior PIs do not enjoy talking about problems with data is that they worry that the same could easily happen to them as well. When you think about it, if you are senior PI there is quite a high inherent probability during a long research career that you get at least one of your students/postdocs fabricating their experimental data (according to a survey: 2% of scientists will admit to falsifying data whereas 14% have spotted their colleagues falsifying data: http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0005738 ). If this fabrication gets detected and publicised then the damage cannot be controlled (people start looking to see how deep the rot goes)., This loss of control is pretty painful if you are used to being in control at the top of your field."
小保方氏を評価できる点は、実績がほとんど無いにも関わらず、STAPという面白い現象のネタを持って理研に行き、PIのポジションと研究費、若山先生、笹井先生、丹羽先生の協力を得たこと。この行動力は見習いたいです。
返信削除しかし、テレビのコメンテーターの意見を聞くと、小保方氏の採用責任を問う意見が多い。これがパーマネント職なら分からなくもないが、小保方氏は任期制です。またPIという立場は研究内容に関しては、本人が全責任を負うことをコメンテーターは分かっていないのでしょう。
そもそもマスコミは、「研究者としての能力の低さ」と「捏造・剽窃・盗用」を一緒にして議論しているように思います。捏造等は最終的には個人の問題だと思います。以前、ある大学の学生が殺人事件を起こしましたが、これはもはや大学の問題ではありません。悪意のある捏造を行った場合、採用責任を問うべきではありません。
研究者として未熟であれば、学会発表や論文の査読でボロクソに言われるだけです。そこで切磋琢磨して成長するのだと思います。もし任期中に結果が出なければ次のポジションを得るのが難しいだけです。
能力的に優秀でも学位を取ってすぐは業績が少ない場合も多いと思います。ただでさえ若手Sがなくなり、さきがけはそもそもテーマが決められている状況ですので、能力のある若手研究者が自分のやりたい研究を出来にくい環境です。
実績が無くても、面白いネタと予備データさえあればチャンスを与える環境は必要だと思います。これ以上、若手研究者のチャンスを減らすような環境にならないで欲しいです。
ここまで経緯を見ると、小保方氏は、実際には中身空っぽなのではないかと思わざるを得ません。もはや、どのぐらい実験してたのかも疑わしい。ネタと言っても、ヴァカ氏とヤマト氏からの受け売りっぽい。とすると、小保方氏のしてきたことは一体何だったのか？逆に真にチャンスを与えられるべき「若手」の機会を奪っていたことになっていたのではないか？きちんと検証しなければならないと思います。
削除といっても、どうせ、「採用自体には問題なかった」となるにきまってるけど。
弁護側の主張に沿って、他の問題は無視され、「切り貼り」の事ばかり報道ばかりされているのも、困ったものですよね。
返信削除報道されている「○○先生も切り貼りをしていた」というのは、一枚（撮影スペースの関係で複数になった場合もあるようですが、一連の実験）の中で不要なレーンを除いたもので、過去に許されていた時代もありました。画像の切り貼りだけ（コピペなし）、しかも疑惑の段階で、全国紙・週刊誌の記事になり、即座に釈明する必要が出てくる...大変な時代になったものです。
「画像切り貼り」について○○年から禁止されたという明確なルールが無いので「法律家的」議論が難しくなりますが、Nature articleの切り貼りは、各パーツで別々の処理（拡大・コントラスト調整）等をしたものを提示しているので、過去においても許容されていないと思います。ただ、これだけだったら事情を説明した上で、corrigendumで許された可能性もあったでしょうか？
今回の疑惑の当事者も、他の先生方同様、即座に生データ（複数回分の実験データ）を提示してくださると良いのですが。
まったくですね。Case by caseで異なるのに、中途半端な知識を持った人間が十把一絡げで疑義の対象にする・・・困ったものです。
返信削除「人の口に戸は立てられぬ」ので、色々な意見が出てくるのは良いのですが、報道機関の姿勢には強い不満を持ちます。
削除「切り貼り」は確かに問題ですが、法律で禁じられているわけでもなく、仮に雑誌A（反例という意味です。探せばあるのでは？）で単純な切り貼りが認められているなら、「不正」と即断することも難しいです。また、過去に単純「切り貼り」は有力雑誌でも認められていました。現在の研究ガイドライン的なものをしっかり読んだことはありませんが、「切り貼り」は駄目と書いてあるでしょうか？現在駄目と書いてあったとしても、疑惑の方々が論文を投稿した時点では？「切り貼り」に関しては科学者のモラルに関係することで、法律家が「明確な基準を出せ」と言っても、難しいと思います。Case by case、雑誌によっても、時代によっても違いますし、○○年から禁止といった法律の施行日のようなものも無いと思います。
今回の「切り貼り」報道をする上で、報道機関はどこまでその「基準」を確認したのか、疑問を持ってしまいます。
今回の件を「スピード違反した人が、他の人もスピード違反していると騒いでいるもの」と例える人がいますが、単純「切り貼り」に関しては法律に明示された違反では無いので、その疑惑の段階で全国紙に名前入りで「不正の疑い」と書くのは、行き過ぎの気がします。もし「シロ」判定が出た場合には、当然、名誉を回復するための報道がなされることを願っています。
もちろん、バンドのコピペや小保方さんが（不注意で？）やってしまったパーツごとに異なる処理のような不正（これは過去においても認められていないと思います）が仮に見つかった場合には、適切に処分が下されれば良いことだと思います。報道が必要ならば、この時点で報道すれば良い気がするのですが...
ただ付け加えると、科学者のコミュニティー内では、「切り貼りするようなラボ」という意味で、信頼を失うきっかけになることは確かです。
> 法律に明示された違反では無いので
削除詐欺に相当する行為については法律には書いていないのですか？
嘘をついて
・学位取得
・特許申請
・論文公表
・報道発表＆記者会見
・公費・税金流用（研究費、科研費、理研運営費、等々）
等と言うのはまずでしょう。
社会は真偽を確かめ、正すべし。
法律以前に、嘘は社会の秩序に対する挑戦ですよ。社会が反応するのは当たり前です。
> 全国紙に名前入りで
事の発端は個人＆理研自ら名乗り出た訳ですよ。学位を申請したり、特許を申請したり、論文を投稿・公表したり、報道発表・記者会見を開いたり。むしろ積極的にその「名」を売り込んだんでしょう？
理研、早稲田大、東京女子医大、ハーバード大・BWH、医学・生物学業界、職業研究者社会、学位取得者は「それ」とは別、とお考えですか？だとすれば、大変不快です。
いえ、これは例のNatureではなく、その関係者（調査委員会の方やiPS関係の先生）に関しての話しですよ。
削除Natureの件は、理研が最終報告書を出したのだから、必要に応じてその内容を報道すればよい。
委員長の石井先生の場合は、同一の実験から不要なレーンを除いた「切り貼り」で、過去には許容され、今回の件に関しても生データを提示した上で、雑誌は訂正でOKと言っている内容、とされています。理研の調査はまだ途中だと理解していますが、不正を行ったかのように報道されています。
理研が小保方さんのNatureに関して過剰な報道発表をしたが身から出たサビだというのには同意いたしますが、だからといって、関係者（調査委員会の方やiPS関係の先生）に生じた疑惑まで、疑惑の段階で全国紙で報道する必要がありますか？報道により真偽が明らかになる？「シロ」だった場合に、名誉回復の報道がきちんとされることを願っています。
19:28の方の仰る通りです。
削除> 調査委員会の方
返信削除疑問が指摘されれば、説明する事です。御自身の言動で名誉は維持できると思います。
> iPS関係の先生
京都大の山中伸弥教授？その場合、山中先生の名誉は保たれていると思います。先生御自身が良い対応をされていると思います。
山中先生と野依先生と言う、ノーベル賞受賞者のお二人を世間に対して頭を下げさせるような事のきっかけを作っている、STAP関係者は、その言動を改めるべきではないでしょうか。「名誉」と言う視点では、失礼な事をしていると思います。
iPS関連では、理研は「iPS」の名誉を毀損するような報道に関与していました。
例）
『理研、万能細胞を短期で作製 ｉＰＳ細胞より簡単に』（日本経済新聞 2014/1/29 21:00）
www.nikkei.com/article/DGXNASGG2901L_Z20C14A1MM8000/
『iPS細胞とSTAP幹細胞に関する考察』（京都大学iPS細胞研究所 2014.02.12）
www.cira.kyoto-u.ac.jp/j/pressrelease/other/140212-194926.html
> 理研が最終報告書を出した
不十分ではないでしょうか。例えば、理研御自身の名誉の為には十分な仕事だとは思えないのではないでしょうか。こちらのサイトに指摘されているような事には十分応えていないですね。
> 委員長の石井先生
御自身から辞任されました。
『STAP細胞:石井・理研調査委員長が辞任』（毎日新聞 2014年04月25日 12時13分（最終更新 04月25日 14時05分））
mainichi.jp/select/news/20140425k0000e040232000c.html
> 報道する必要がありますか？
理研は独立行政法人で、関連で特許申請をしています。
必要性は兎も角、理研関係者については調査委員会も含めて、疑惑の段階でも報道で知りたい人はいるでしょう。
『独立行政法人』（ウィキペディア）
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E7%8B%AC%E7%AB%8B%E8%A1%8C%E6%94%BF%E6%B3%95%E4%BA%BA
『「STAP細胞の特許書類における不適切な画像流用まとめ」STAP細胞の特許』
http://stapcells.blogspot.jp/2014/04/stap.html
iPSは既に著名ですので、色々な件で報道はされるでしょう。良い報道も悪い報道もあるかもしれません。