2014年3月5日水曜日

他研究者の論文からの文章剽窃(盗用)疑惑 2件目

疑惑論文1: Nature Article における文章剽窃(盗用)疑惑 2件目


小保方晴子氏らのNature誌のSTAP細胞に関する論文(Article)において、 ”新たな” 文章剽窃(盗用)の疑惑が浮上しました。 2006年にMerck Milliporeに買収されたChemicon社のURLや同社の古い試薬名(CpGenome DNA modification kit)までコピペしていたことが指摘されています。この試薬を使ったDNAメチル化の評価実験は、実際には行われていなかったのではないか?と疑われています。


Robert Blellochらの論文との比較
赤く太文字で強調されている部分が同一


小保方氏らのNature Article論文: "Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency"
Nature 505, 641–647 (30 January 2014) 
著者: Haruko Obokata (小保方晴子, Teruhiko Wakayama (若山照彦), Yoshiki Sasai (笹井芳樹), Koji Kojima (小島宏司), Martin P. Vacanti (マーティン・バカンティ), Hitoshi Niwa (丹羽仁史), Masayuki Yamato (大和雅之), Charles A. Vacanti (チャールズ・ヴァカンティ

Bisulphite sequencing
GFP-positive cells in STAP clusters were collected by FACS Aria. Genomic DNA was extracted from STAP cells and analysed. Bisulphite treatment of DNA was performed using the CpGenome DNA modification kit (Chemicon, http://www.chemicon.com), following the manufacturer’s instructions. The resulting modified DNA was amplified by nested PCR using two forward (F) primers and one reverse (R) primer: Oct4 (F1, 5′-GTTGTTTTGTTTTGGTTTTGGATAT-3′; F2, 5′-ATGGGTTGAAATATTGGGTTTATTTA-3′; R, 5′-CCACCCTCTAACCTTAACCTCTAAC-3′). And Nanog (F1, 5′-GAGGATGTTTTTTAAGTTTTTTTT-3′; F2, 5′-AATGTTTATGGTGGATTTTGTAGGT-3′; R, 5′-CCCACACTCATATCAATATAATAAC-3′). PCR was done using TaKaKa Ex Taq Hot Start Version (RR030A). DNA sequencing was performed using a M13 primer at the Genome Resource and Analysis Unit, RIKEN CDB.

Robert Blellochらの論文: Reprogramming efficiency following somatic cell nuclear transfer is influenced by the differentiation and methylation state of the donor nucleus.

Northern and Bisulfite Sequencing

For Northern analysis, 10 μg per sample of total RNA isolated using Trizol (Invitrogen, Carlsbad, CA, http://www.invitrogen.com) was run in each lane and then transferred to Gene Screen (PerkinElmer Life and Analytical Sciences, Boston, http://www.perkinelmer.com). The resulting membranes were probed using cDNAs spanning the open reading frames of the corresponding genes and washed under high stringency conditions (0.2× standard saline citrate, 65°C for 45 minutes) before exposure to film. Bisulfite treatment of DNA was done using the CpGenome DNA Modification Kit (Chemicon, Temecula, CA, http://www.chemicon.com) following the manufacturer's instructions. The resulting modified DNA was amplified by nested polymerase chain reaction (PCR) using two forward (F) primers and one reverse (R) primer: Oct4 (F1, GTTGTTTTGTTTTGGTTTTGGATAT; F2, ATGGGTTGAAATATTGGGTTTATTTA; R, CCACCCTCTAACCTTAACCTCTAAC) and Nanog (F1, GAGGATGTTTTTTAAGTTTTTTTT; F2, AATGTTTATGGTGGATTTTGTAGGT; R, CCCACACTCATATCAATATAATAAC). The first round of PCR was done as follows: 94°C for 4 minutes; five cycles of 94°C for 30 seconds, 56°C for 1 minute (−1°C per cycle), 72°C for 1 minute; and 30 cycles of 94°C for 30 seconds, 51°C for 45 seconds, and 72°C for 1 minute, 20 seconds. The second round of PCR was 94°C for 4 minutes; 30 cycles of 94°C for 30 seconds, 53.5°C for 1 minute, and 72°C for 1 minute 20 seconds. The resulting amplified products were gel-purified (Zymogen, Zymo Research, Orange, CA, http://www.zymoresearch.com), subcloned into the TOPO TA vector (Invitrogen), and sequenced using the M13F&R primers.







理研の調査委員会の中間報告の問題点 その2

Bisulphite sequencingにおける文章類似の件は、「2006年に消滅した会社の古い実験試薬の名前までコピペしているため、論文の記述通りに実験を行っていないのではないのか?」ということが問題であるにも関わらず、調査委員会では、その問題を全く認識していないか、無視していました。実験試薬の購入記録、実験のノートにおける記録など、全て洗いざらい調査するべきです。
Bisulphite sequencingの文章類似の件の問題点は、小保方研ができたのは2011年であるにも関わらず、2006年に消滅した会社の試薬を使用しているという点です。しかしながら、理研の調査委の中間報告では、その問題点に全く触れていません。





以下、参考コメントです。




匿名2014年2月28日 14:52

もう2か所の剽窃は問題になさらないのです?

Bisulphite sequencing
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16709876

Fluorescence-activated cell sorting and flow cytometry
RNA preparation and RT–PCR analysis
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867411005253
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11jigen2014年2月28日 15:19

Bisulphite sequencing のほうは、(Chemicon, http://www.chemicon.com) とメーカーのURLまで類似しており、小保方論文では、それ以外のメーカーにはURLを付加してないので、おそらく、仰るとおり、http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16709876  の論文を参考にして実験を行い文章も参考にしたのでしょう。Oct4とNanogのプライマーのデザインもこの論文を参考にしたのかもしれませんね。なぜ、元論文の接続詞and が、小保方論文では、Andと接頭に使われてしまっってるのでしょうね。謎です。

さらに、小保方論文では、"PCR was done using TaKaKa" となっています。正しくは、TaKaRaですね。これもOCRで得られたデータをコピペしたためでしょうか。ただ、このTaKaKaの部分の文章がどこからコピペされたかはわかりません。


http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867411005253
のほうは問題ないと思います。
Fluorescence-activated cell sorting and flow cytometry では、
7-AAD が Propidium iodide に変更されていますし、
RNA Preparation and RT-PCR Analysis は、
一般的な方法で、単純な短い文章ですので。





匿名2014年3月4日 3:36

文中に記載のChemiconは2006年にMerck Milliporeに買収されており
Chemiconブランドとしては残っているようですが、
CpGenome DNA modification kitは
CpGenome Universal DNA Modification Kitという製品名になっていると思われます。

2005年の説明書
http://search.cosmobio.co.jp/cosmo_search_p/search_gate2/docs/CMN_/S7820.20050610.pdf

現在の製品HP
CpGenome Universal DNA Modification Kit | S7820
http://www.millipore.com/catalogue/item/s7820

2006年に消滅した会社の名前、古い製品名、Milliporeにリダイレクトされるだけの
URLを記載しているのはコピペしたからだと思います。
門外漢ですが2006年以前に購入したDNAメチル化検出キットを
現在に至るまで大事に保管して使用するのもおかしくないでしょうか?
高価とはいえ数万円で購入できるもののようであり、
大切な研究であれば新しい試薬を使用するのが普通ではないでしょうか?
DNAメチル化検出キットはChemicon以外にも多くの会社から販売されているようです。
本当にこの製品を使用したのでしょうか?

Leicaの蛍光顕微鏡と同様、非常に疑わしい記述と思います。

2 件のコメント:

  1. 11jigennさんは盗用に該当しないと示された例についてです。ここは、盗用元からみると連続した二つのsubsubsectionを丸ごと持ってきて、必要な単語を置き換えています。おそらく、単語の置き換えをどう捉えるかが11jigenさんと私で違っていると思いますが、引用はすべて改変なしで行うことがポイントで、示さず、一部置き換えは盗用と認定するポイントの一つと私は判断しています。もう一つの2014Nature論文では、コピペはしていますが短いので盗用と断定はできないと私は考えています。
    今回の該当箇所では、盗用元からはほぼ100Word持ってきて、無断改造しています。

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  2. 今日の記者会見ではこの件は一般的な手法だから誰が書いても同じようになる、だからシロだと言うことでしたが、改めてこのページの疑惑を読み直すと、古い企業名やURL、商品名を使っている件について理研は回答していません。理研におかれてはこの疑惑について改めて調査をしていただきたいです。

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