論文タイトル: "Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency"
Natureの実験画像に関する規程(Image integrity)によると、「異なる時期、異なる場所で得られた画像は一つの画像として合成してはならない。もし、画像を対比させて並べる必要がある場合は、画像の間に明確に境界線を引き、図の説明文に記述しなければならない。」とあります。このImage integrityの規定に、小保方晴子氏のNature Article論文のFig.1iが違反している可能性があるわけですね。
以下、規定の一部を抜粋。
Images gathered at different times or from different locations should not be combined into a single image, unless it is stated that the resultant image is a product of time-averaged data or a time-lapse sequence. If juxtaposing images is essential, the borders should be clearly demarcated in the figure and described in the legend.
The use of touch-up tools, such as cloning and healing tools in Photoshop, or any feature that deliberately obscures manipulations, is to be avoided.
Processing (such as changing brightness and contrast) is appropriate only when it is applied equally across the entire image and is applied equally to controls.
Contrast should not be adjusted so that data disappear. Excessive manipulations, such as processing to emphasize one region in the image at the expense of others (for example, through the use of a biased choice of threshold settings), is inappropriate, as is emphasizing experimental data relative to the control.
さらに、下記のような疑惑も上がっています。
免疫で遺伝子やってるやつならわかる。
TCRのDNA解析でレーン3のGLにバンドがない件は全然おかしい。
500bpほどのDNAが増えるのに、同じmicrotube中で
2kB程度のTCRbeta-DJ断片が増えないんだよ。そんなPCRはない。
PCRを経験した人なら、増えるべきDNAに500bpと2.5kBの2本があるとき、
両方のバンドがでることはわかる。長い方が全然見えないって変。
おれも最初は長いDNA断片がPCRで増えにくいからだと思ったよ。
だけど2.2kBとかそんな長さなんだから簡単にふえるよ。
ここでJEM論文中の例(GLバンドが弱いケース)を示す人がいるが
そのJEM論文でもTCRbeta D-JはGLのバンドがよく出ていることを見てほしい。
一方、V-D-Jだというんと長いので(ゲノム上10kb以上は離れており)、
さすがにGL型のところにno bandだが。
著者は意図的にGLがバンドがないように見せることによって、
分化後のT細胞を用いたことを示そうと細工したようだ。
しかし、TCRbetaでは対立遺伝子排除が働くので片方の相同染色体では
GL型の配列をもつはず(よってJEM論文のようにGLにバンドが出るはず)。それを知らずに馬脚を現した。
(しかも長いほうがやや多く含まれている)系で、全く2.2kBのバンドが出ないとき
そのPCRはうまくいっていると思おうか?
ましてやそれをNatureの図に使うか?しかもレーンの切り貼りをしてまで?
>>254にあるように、Nature論文ではTCR betaのD2 とJ2.6間でPCRしており、これは
GL型(つまりTCR再編成前の)ゲノムDNAでは2kBちょっとしか離れていない。
それがPCRで全く増えず全くバンドが見えない。
TCRのVとJ間でのPCRなら距離が遠すぎて増えないのはわかるが2Kbなら増えるはず。
しかもレーン3以外ではしっかり増えてる。
疑惑画像4: 図3bのコントロール(未刺激)細胞のOct4-GFP(緑色)の蛍光顕微鏡写真(左下)の下部中央になぜか赤い細胞が存在し、さらには、バックグラウンドもControl画像とLow-pH-treated cellsの画像との間で異なるため、ネガコン(陰性対照)画像として不適切という疑惑が浮上しています。
疑惑動画:
STAP細胞の動画 (Fis-dur日記帳)にて、Nature Article誌論文に掲載されているSTAP細胞の動画2は、「細胞が、酸に暴露され、細胞質を噴出して、死細胞と化し、緑の自家蛍光を発し、マクロファージに食べられ引きずり回される動画」ではないのか?という指摘がなされています。また、理研提供の動画(Pluripotent cells generated by STAP/ リンパ球初期化3日以内 の動画)の10-11 秒 辺りで、細胞質噴出が確認できます。
この論文については、下記アドレスのPubPeerサイトでも議論されています。