2014年3月21日金曜日

早稲田大学　常田聡 研究室の博士論文のコピペ疑惑

注：正しい方法で行えば「コピペ」もOK（弁護士ドットコムより）
 他者著作物との類似性が見られた博士論文  （計２３報）：　
（コピペを効率的な博士論文執筆方法として取り入れた可能性のある賞されるべき事例）
　常田聡 研究室：　小保方晴子、松本慎也、古川和寛、寺原猛、岸田直裕、副島孝一、寺田昭彦（ラボ内コピペ）　（計７名）
　西出宏之 研究室：　義原直、加藤文昭、高橋克行、伊部武史、田中学、小鹿健一郎 （計６名）
　武岡真司 研究室：　藤枝俊宣、小幡洋輔、寺村裕治、岡村陽介（ラボ内コピペ）  （計４名）
　逢坂哲彌 研究室：　奈良洋希、蜂巣琢磨、本川慎二（計３名）
　平田彰 研究室：　吉江幸子（ラボ内コピペ）、日比谷和明（ラボ内コピペ） （計２名）
　黒田一幸 研究室：　藤本泰弘 （計１名）
 (早稲田大学リポジトリ）　（その他の早稲田理工の研究室も網羅的に調査中）

当記事の公益目的：　理化学研究所の調査委員会によりSTAP細胞論文における捏造・改ざんの研究不正や他者著作物からの文章のコピペが認定された小保方晴子氏は早稲田大学理工学術院の先進理工学研究科で学位を取得した後、理化学研究所研究員として採用されていました。小保方晴子氏の早稲田大学における博士論文についても、冒頭２０ページ近くの文章がNIHのサイトからのコピペであること、各章のリファレンスまでもがコピペであり本文と全く対応しておらず本文中にはリファレンス番号が記載されていないこと、複数の実験画像がバイオ系企業サイトに掲載されている実験画像と類似していることなどの多数の問題点が判明しています。これらの当然気付かれるべき問題点は早稲田大学における博士論文の審査では見過ごされていました。よって、小保方氏のSTAP細胞論文における様々な問題は、小保方氏個人が責められるべきものではなく、早稲田大学の教育環境や学位審査システムの特質性にもその要因が在ります。STAP細胞論文自体の研究や、その研究結果の再現性確認実験には多額の公的研究費や研究者の貴重な時間が費やされました。公益目的の観点から、二度と同様の問題が起こらないように対策をとるためには、早稲田大学の教育環境や学位審査システムを精査する必要があります。その手がかりを得るために、当記事では、自主的に網羅的調査をしようとしない早稲田大学に代わり、読者の調査協力の下に第三者の観点から「他者の著作物からのコピペが博士論文を効率的に書くための一方法として早稲田大学で普及していたのかどうか。」を網羅的に検討することにします。また、コピペが博士論文などの著作物を効率的に執筆するための一方法として認められるのかどうか、推奨されるべきかどうかの問題は社会一般公共の利害に関することから、専ら公益目的の観点から早稲田大学の事例をもとに考えていきたいと思います。

適切な引用（コピペ）とは？：　文化庁は、以下の７項目を、他人の主張や資料等を「引用」する場合の要件としています。
ア 既に公表されている著作物であること
イ 「公正な慣行」に合致すること
ウ 報道，批評，研究などの引用の目的上「正当な範囲内」であること
エ 引用部分とそれ以外の部分の「主従関係」が明確であること
オ カギ括弧などにより「引用部分」が明確になっていること
カ 引用を行う「必然性」があること
キ 「出所の明示」が必要（コピー以外はその慣行があるとき）
(文化庁長官官房著作権課 著作権テキスト 平成２２年度版 　PDFファイル　の　「§8. 著作物等の「例外的な無断利用」ができる場合 ⑧ ア、「引用」（第32条第1項」　より引用）

早稲田大学が先進理工学研究科の博士論文について調査開始（2014年4月7日）
2014年4月7日：　皆様のご協力のもと、当ブログにおいて早稲田大学の博士論文のコピペ問題を検証し続けたことにより、早稲田大学が先進理工学研究科の280本の全ての博士論文を調査することを決定しました。また、このことを数多くの大手新聞やNHKを含む大手放送局もニュースとして取り上げました。博士論文のコピペ問題を検証してきたことが、公共性を助成し公益目的を有するということが一般的にも認められました。ご協力ありがとうございました。博士論文の序章（イントロダクション、背景）における他者著作物からの丸ごとコピペが適切な引用にあたるのかどうかについて、早稲田大学がどのように判断するか注目したいですね。

以下、関連ニュースです。
2014年4月7日（日本経済新聞）：　早稲田大、博士論文280本対象に不正調査 小保方氏が学位取得の先進理工学研究科で
2014年4月7日（産経新聞）：　全博士論文を対象に調査 小保方氏所属の早大先進理工学研究科
2014年4月7日（The Huffington Post Japan）：　小保方さん問題で早稲田大学、博士論文280本を調査 不正あれば学位取り消しも （写し）
NHK：　早大 小保方氏出身の研究科 論文調査
日テレニュース：　早大 他の博士論文２８０本でも不正を調査
ＴＢＳ： 早大・小保方氏の所属学科、全博士論文の不正調査へ
2014年4月7日（その他）：　スポニチ、千葉日報、日本海新聞、SankeiBiz、日刊スポーツ、Sanspo、デイリースポーツ、北國新聞、ZAKZAK、財経新聞
2014年4月8日 Retraction Watch: Waseda University checking dissertations for plagiarism in wake of STAP stem cell misconduct finding
2014年4月15日 The Japan News by Yomiuri: Waseda graduate school probes 280 doctorate theses

以下、関連サイトです。
2014年3月14日：　早稲田大学の理工系におけるコピペ文化について
2014年3月26日（日刊ゲンダイ）　：　コピペどころか論文買う学生も…横行する「卒論ゴースト」
2014年3月27日：　早稲田大学の理工系の非コピペ文化について／電気・情報生命工学科の学生から （写し）
小保方晴子氏の博士論文のコピペ問題に関する報道
2014年3月18日（J-CASTニュース）：　早大で次々に「論文コピペ疑惑」が浮上 小保方氏は先輩の手法を見習った？
2014年3月18日（J-CASTニュース）：　「小保方博士論文」審査員のハーバード大教授「読んでないし頼まれてもいない」
2014年3月20日（日刊工業新聞）：　米ハーバード大教授、小保方氏の博士論文読まず
2014年3月20日（J-CASTニュース）：　ハーバード大教授「小保方氏の博士論文読んでない」 衝撃発言に東浩紀氏「本当なら早稲田は終わりだ」
2014年3月20日（朝日新聞）：　小保方さんの博士論文「読んでない」 学位審査の米教授
2014年3月21日（東京スポーツ）：　小保方氏「最後の味方」も不穏な発言
2014年3月26日（時事通信）：　早大が本格調査へ＝小保方氏の博士論文
2014年3月27日（弁護士ドットコム）：　小保方さんに教えてあげたい!? 弁護士が伝授する「論文引用」の正しいやり方 （写し）
2014年3月27日（弁護士ドットコム）：　小保方さん「コピペ論文」で揺れる早稲田大学――法学部に広がる「モカイ文化」とは？ （写し）
調査１：松本慎也氏（早稲田大学の常田聡氏の研究室）の博士論文における文章のコピペについてのまとめ

著者：　松本 慎也　（早稲田大学 特別研究員）
論文題目：　Development of Methodology to Analyze Microbial Ecophysiology in Biofilms by Combining Molecular Biology Techniques and Mathematical Modeling
分子生物学的手法および数学モデルを併用した バイオフィルム微生物生理生態解析方法論の構築
http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/34631
出版日：　2009年2月
審査員：　
  （主査） 早稲田大学教授 博士（工学）東京大学 常田 聡
  （副査）早稲田大学教授 工学博士（早稲田大学）酒井清孝
  （副査）早稲田大学教授 工学博士（早稲田大学） 平沢 泉

博士論文概要 (写し）
博士論文審査報告書 (写し）
Chapter 1  (写し）  (写し２） (写し３）(Introduction)
Chapter 2 (写し）
Chapter 3 (写し）
Chapter 4  (写し）
Chapter 5 （写し）
Chapter 6 (写し） (Summary)
Acknowledgements (写し）

早稲田大学の常田聡研究室の松本慎也氏、博士論文の第1章の文章や図のかなりの部分がコピペ（約50000文字、7400英単語、２０ページ分）です。

 Chapter 1　（Introduction）の1.1.の冒頭の第１段落後半の３行分の文章が、"Society for General Microbiology. Symposium"の著作物"Community Structure and Co-operation in Biofilms, 第 59 号"に掲載されているJulian Wimpenny氏の文章からのコピペです。
同一文章１　：黄色でハイライトされた部分が同一文章
They range from growth on the leads of cardiac pacemakers, thorough biofilm attached to the inner surface of water distribution pipes, to the epilimnion of rocks in streams and accumulated plaque on the surface of teeth.

 Chapter 1　（Introduction）の1.1.のBIOFILMSの20行文の文章（1.1の冒頭以外）が、オランダの研究者Picioreanu氏らの論文（Biofilms (2004) 1, 1–13）　のIntroductionの文章からのコピペです。(Anonymousさんのコメント（2014年3月15日 2:54）で判明）
同一文章２　：黄色でハイライトされた部分が同一文章
During biofilm development, a large number of phenomena occur simultaneously and interact over a wide range of length and time scales. As a result of nutrient conversions, the biofilm expands on the basis of bacterial growth and production of extracellular polymeric substances (EPS). Chemical species need to be ontinuously transported to and from the biofilm system by physical processes such as olecular diffusion and convection. Fluid flow influences biofilm growth by determining the concentrations of available substrates and products. On the other hand, the flow also shears the biofilm surface, and determines biofilm detachment processes. In the case of multi-species systems, microorganisms of different species interact in complex relationships of competition or cooperation. All these linked phenomena create a dynamic picture of the biofilm three-dimensional (3D) structure. The large number of localized interactions poses an important challenge for experimentalists. Mathematical models can prove useful because they allow testing of hypotheses and, in addition, can direct experimental efforts to complex regions of operation that can easily confound the general intuition. Although the word “modeling” is used for different purposes, the final result is invariably the same: models are no more than a simplified representation of reality based on hypotheses and equations used to rationalize observations. By providing a rational environment, models can lead to deeper and more general understanding. Ultimately, understanding the underlying principles becomes refined to such a state that it is possible to make accurate predictions.

(以下は、Anonymousさんのコメント2014年3月15日 8:36で判明）


1.2.1の項は、Picioreanu氏の著作物"MODELLING AND PREDICTING BIOFILM STRUCTURE"の1および1.1からの大規模なコピペです。
この著作物は、著者が同じなためか下記論文と同一な部分があります。
http://biofilms.bt.tudelft.nl/pdf/1999_WatSciTechnol_3_Noguera-et-al.pdf


同一文章３　：黄色でハイライトされた部分が同一文章（1.Biological heterogenety と、3. Geometrical heterogeneity　の部分の順番が、コピペ元の論文では逆になっているが文章は同一。）（microenvironemtなどのコピペミスも。手入力でコピペか？）
1.2 HETEROGENEITY OF BIOFILM STRUCTURE
1.2.1 Heterogeneity of biofilm
The general view on microenvironemt in biofilm has dramatically changed during the last decade. It has been previously assumed that most of the biofilms are more or less homogeneous layers of microorganisms in a slime matrix. The use of Confocal Scanning Laser Microscopy (CSLM), and computerized image analysis tools revealed a more complex picture of biofilm morphology (Lawrence et al., 1991; Caldwell et al., 1993). CSLM and other optical investigations have shown that some biofilms possess a heterogeneous structure (Costerton et al., 1994; Gjaltema et al., 1994). Cell clusters may be separated by interstitial voids and channels, that create a characteristic porous structure. In some particular cases, biofilms grow in the form of microbial clusters taking a "mushroom" shape (Figure 1.1a, b – reproduced from Stoodley et al., 1999b). In other cases, more compact and homogeneous biofilm layers can be observed. 
　In many biofilms the reported nonuniformaties are other than gradients in only one direction, perpendicular to the substratum. Three-dimensional variation of microbial species, biofilm porosity, substrate concentration or diffusivities has been repeatedly reported. It is becoming clear that there are many forms of heterogeneity in biofilms, and a definition of biofilm heterogeneity is needed. According to Bishop and Rittmann (1995), heterogeneity may be defined as "spatial differences in any parameters we think is important". An adapted list from Bishop and Rittmann (1995), summarizes a few examples of possible biofilm heterogeneity:
1. Biological heterogeneity: microbial diversity of species and their spatial distribution, differences in activity (growing cells, EPS producing, dead cells, etc.). 
2. Chemical heterogeneity: diversity of chemical solutes (nutrients, metabolic products, inhibitors), pH variations, diversity of reactions (aerobic/anaerobic, etc.).
3. Geometrical heterogeneity: biofilm thickness, biofilm surface roughness, biofilm porosity, substratum surface coverage with microbial biofilms. 
4. Physical heterogeneity: biofilm density, biofilm permeability, biofilm visco-elasticity, viscosity, EPS properties, biofilm strength, solute concentration, solute diffusivity, presence of abiotic solids. 
It appears that biological heterogeneity causes in a great measure the other kinds of heterogeneity, therefore our attention was primarily focused on this type of heterogeneity.
1.2.2の項は、上記のPicioreanu氏らの論文（Biofilms (2004) 1, 1–13）のMICROBIAL GROWTH IN BIOFILMSからの完全なコピペです。
同一文章４　：黄色でハイライトされた部分が同一文章
Activity of microbes in biofilms is often notably different from that observed when they are in the suspended planktonic phase. Microbial cells enclosed in a biofilm matrix show significant advantages in relation to their planktonic counterparts, namely in the resistance to aggressive agents, such as increased resistance to disinfectants and antibiotics (Ceri et al., 2001) and to ultraviolet radiation (Elasri &Miller, 1999), drying (EPS are highly hydrated) and protection from grazing by predators such as protozoa.Conversely, there are also notable disadvantages for bacteria when growing in a biofilm, such as an increased competition for limiting resources and increased mass transfer resistance, interference competition by production of antibiotics, overgrowth, and increased pressure from parasites. Most of such observed characteristics of microbial growth in biofilms can be explained by invoking transport phenomena, i.e. the physical implications of growth in densely packed environments where fluid flow is reduced. In sufficiently thick biomass clusters, as are generally the case in biofilms, diffusional distances are long enough that solute transport to inner bacterial cells becomes slow in comparison with the bioconversion kinetics of the microorganisms. In such situations, solute gradients are formed throughout the biofilm and mass transport becomes the rate-limiting process of the various biotransformations occurring (Characklis et al., 1990). In these environments, solute gradients provide favorable conditions for the creation of functional micro-niches. For example, the depletion of oxygen in proportion to depth observed in activated sludge flocs (Schramm et al., 1999; Meyer et al., 2003) and biofilms (de Beer et al., 1993) can create microenvironments suitable for the proliferation of anaerobic organisms, despite the presence of dissolved oxygen in the surrounding liquid phase. Solute gradients in oral biofilms also account for the local acidity that causes caries. In dental plaque, acidogenic and aciduric (acid-tolerating) bacteria rapidly metabolize dietary sugars to acids, which gradually accumulate, creating acidic microenvironments that are at the same time responsible for enamel demineralization (tooth decay) and for inhibiting competition from species associated with enamel health (Marsh, 2003). Mass transport limitations that impede efficient antibiotic penetration in biofilm matrices are frequently appointed as possible mechanisms responsible for the mentioned resistance to antibiotics (for references, see Mah & O’Toole, 2001). In light of these facts, an interpretation of the biofilm behavior from the extrapolation of the planktonic cell is not possible without knowledge of the mass transfer processes, in this complex morphology, responsible for the creation of the microenvironments (de Beer & Schramm, 1999).

1.3.1の項は、Noguera氏らの論文からの大規模なコピペです。
同一文章５　：黄色でハイライトされた部分が同一文章
1.3.1 Why biofilm modeling?To study the complex interaction between many of the factors acting simultaneously, we need a mathematical model. Besides experimentation, mathematical abstraction of the reality can help understanding interdependence of biofilm processes. The IAWQ International Specialty Conference on Microbial Ecology of Biofilms (Lake Bluff, IL, October 1998) provided updated information on current issues in biofilm research. According to their destination, biofilm models can be broadly classified into two categories: 
1. Biofilm models for practical engineering applications, such as design, troubleshooting, real-time operation, and education. 
2. Advanced models used as research tools to investigate specific processes occurring within microbial biofilms. The application of these models is primarily intended to fill gaps in our knowledge of biofilm dynamics. 
In relation to practical engineering applications, the current objectives of biofilm modeling include biofilm engineering, real-time control, and applications in education. These objectives are briefly described in the following section: 
1. Biofilm Engineering. If more insight is gained on the interactions between processes involved in biofilm formation, then it would be possible to “engineer” the biofilm structure and its function. For example, we may envision the manipulation of the environmental conditions to generate dense biofilm structures that will be easily separated from a liquid phase (e.g., granules in UASB reactors, in fluidized bed or airlift reactors), or rough biofilm structures with high capacity for removal of particulate material.  
2. Real-Time Control. The ability to control biofilm systems on-line requires mathematical models that incorporate both the activity of the biofilms and the stochastic behavior of system inputs. 
3. Education. Biofilm models are also learning tools. If mathematical models of biofilms are to be used as design and simulation tools, it is essential to teach the fundamentals of these models to scientists and engineers. Moreover, a better understanding of basic physical and computational principles, as well as of the benefits and limitations of existing models, would contribute to an increased appreciation of the mathematical model as a basic tool for research and practical applications. 
The current use of biofilm models as research tools has broader objectives, most of them related to gaining a better understanding of 3-D biofilm structure, of population dynamics, and of mechanical factors affecting biofilm formation: 
1. Relevance of 3-D heterogeneity. With the abundant experimental evidence showing that biofilm structures are heterogeneous, the simplifying assumptions of 1-D models are in question. As important as the development of useful models for biofilm engineering is the critical evaluation of these original assumptions. It is fundamental to propose and develop unifying parameters to describe biofilm structure and to investigate trends within the biofilms. It is equally significant to evaluate the importance of biofilm heterogeneity on overall biofilm reactor performance. 
2. Microbial Ecology. Novel experimental methods are continuously producing more evidence of the heterogeneous nature of multispecies biofilms. Even though it is possible to develop hypotheses on the ecological interactions among different microorganisms based on the experimental observations, mathematical modeling is a key tool to evaluate the adequacy of the hypotheses. 
3. Microorganisms as producers. Microbial products of interest include chemical transformation products, soluble organic compounds from autotrophic bacteria, as well as gases, EPS substances, and perhaps quorum sensing factors. 
4. Analysis of potential detachment mechanisms. Advanced mathematical modeling of biofilms can be used to understand the effect of hydrodynamic flow and shear forces on the erosion and sloughing mechanisms in biofilms. These mathematical efforts need to be complemented with experimental information on mechanical properties of biofilms, such as elasticity and tensile resistance as a function of EPS and cell content. 

1.3.2の項は、Picioreanu氏らの著作物であるhttp://biofilms.bt.tudelft.nl/pdf/2000_ChapterBook_2_SGM-Exeter.pdf　からのコピペです。なお、このPicioreanu氏の文章は、"Society for General Microbiology. Symposium"の著作物"Community Structure and Co-operation in Biofilms, 第 59 号"にも一部変更して掲載されています。
同一文章６　：黄色でハイライトされた部分が同一文章 
1.3.2 Past and present in biofilm modeling 
Mathematical models have been used for the last three decades as tools to simulate the behavior of microbial biofilms. The initial models described biofilms as uniform steady-state films containing a single type of organism (Fig. 1.1a), governed exclusively by one-dimensional (1-D) mass transport and biochemical transformations (Atkinson and Davies, 1974; Rittmann and McCarty, 1980). Later, stratified dynamic models (Fig. 1.1b) able to represent multisubstrate-multispecies biofilms (Wanner and Gujer, 1986; Wanner and Reichert, 1996) were developed. Although these 1-D models were advanced descriptions of multispecies interactions within the biofilm, they were not able to provide the characteristic biofilm morphology. Biofilm morphology is an input in these models, not and output. Structural heterogeneity in biofilms was already known at that time, but it has been recently underlined through numerous experimental observations. New biofilm models are needed now, to provide more complex two- and three-dimensional descriptions of the microbial biofilm (Fig. 1.1c), and incorporate solutes mass transport and transformation, population dynamics and hydrodynamics. This evolution in model complexity has paralleled the advances in computational tools. While hand calculators were the tools used in the 1970's, the biofilm models of today reflect the availability of fast personal computers and advanced parallel processing. 
The amount of experimental evidence describing some biofilms as heterogeneous entities in structure and composition contradicts the simplifying assumptions of the original 1-D models. This has challenged engineers to create a more accurate mathematical description of biofilms. The challenge has resulted in an increasing model complexity, derived from the inclusion of an ever increasing number of parameters to explain the biofilm structure. The new generation of structural biofilm models should describe/predict the formation of microcolonies, the development of heterogeneous colonization patterns, the sloughing of large biofilm sections. They could be further expanded to simulate experimentally observed phenomena such as formation of streamers and advective flux through microchannels. Nevertheless, the real challenge to the modeler is not to create models that include as many parameters as possible, but rather, to determine the level of significance of these parameters in the description of the different biofilm processes. Moreover, the mathematical evaluation of parameter significance is essential to define the required level of accuracy of experimental measurements.
Fig.1.1の節は、Picioreanu氏らの著作物であるhttp://biofilms.bt.tudelft.nl/pdf/2000_ChapterBook_2_SGM-Exeter.pdfのFig.2からのコピペです。図の説明分もコピペしています。
Figure 1.1 Evolution of biofilm models from (a) uniform biomass distribution and one-dimensional substrate gradient in the 1970’s, to (b) one-dimensional stratified biomass and multispecies biofilms in the 1980’s, to (c) multidimensional distribution of biomass and substrate at the end of 1990’s.

1.3.3の項は、Wanner氏らの論文からの大規模なコピペです。
同一文章７　：黄色でハイライトされた部分が同一文章です　（コピペ元の"calculates"が"caiculates"となっていたり、"Furthermore"が"Futhermore"となっていたり、"Shaded"が"Shared"となっていたり、"to be"が"tobe"となっていたりなど、コピペ間違いも散見されます。）
1.3.3 Biofilm modeling with AQUASIM (Wanner et al., 2004) 
AQUASIM is a computer program for the identification and simulation of aquatic systems. The program includes a 1-D multisubstrate and multispecies biofilm model and represents a suitable tool for biofilm simulation. The program can be used to calculate substrate removal in biofilm reactors for any user specified microbial systems. 1-D spatial profiles of substrates and microbial species in the biofilm can be predicted. The program also caiculates the development of the biofilm thickness and of the substrates and microbial species in the biofilm and in the bulk fluid over time. Detachment and attachment of microbial cells at the biofilm surface and in the biofilm interior can be considered, and simulations of sloughing events can be performed. Futhermore, AQUASIM allows pseudo 2-D modeling of plug flow biofilm reactors by a series of biofilm reactor compartments. The most significant limitation of the model is that it only considers spatial gradients of substrates and microbial species in the biofilm in the direction perpendicular to the substratum.
1.3.3.1 Features of the biofilm model implemented in AQUASIM 
For biofilm modeling and simulation, AQUASIM offers a biofilm reactor compartment consisting of three zones: “bulk fluid,” “biofilm solid matrix,” and “biofilm pore water” (Fig. 1.2). For all three zones, AQUASIM calculates the development over time of microbial species and substrates, as well as the biofilm thickness. In the biofilm, spatial gradients perpendicular to the substratum are calculated for microbial species and substrates. The bulk fluid is assumed to be completely mixed, and a liquid boundary layer between the biofilm and the bulk fluid can be considered. The AQUASIM biofilm reactor compartment can be connected to other compartments. Solid arrows in Fig. 1.2 indicate possible mass fluxes across the compartment boundaries. These fluxes include influent, effluent, exchange between the bulk fluid and the atmosphere, and transport across a permeable substratum. Shared arrows indicate mass fluxes between the various zones in the compartment. These fluxes account for detachment and attachment of microbial cells in the biofilm and at the biofilm surfaces and diffusion of soluble and suspended particulate compounds through the liquid boundary layer. 
 In the AQUASIM dialog box “Edit Biofilm Reactor Compartment”, the properties of the biofilm system tobe modeled are specified. The reactor type is chosen to be “confined” if the volume of the biofilm plus the bulk fluid is constant, as is the case in a closed reactor, and to be “unconfined” if the biofilm can grow freely, as may be the case in a trickling filter. The pore volume can be specified to contain only a liquid phase and dissolved substrate, or it can also contain suspended solids. The biofilm matrix can be assumed to be rigid, i.e., to change its volume due to microbial growth and decay only, or it can be assumed to be diffusive, which means that microbial cells can move within the biofilm matrix also by diffusion. Detachment at the biofilm surface can be described by rates, which are properties of individual microbial species and are specified via the button “Particulate Variables.” Otherwise, it can be described by a global velocity, which means that all species are detached at the same rate. 
 The option “Variables” serves to activate or inactivate variables, which denote concentrations of substrates and microbial species. For each activated variable, AQUASIM automatically calculates mass balance equations for the substrates and microbial species in both the biofilm and the bulk fluid. The option “Processes” serves to activate or inactivate processes. Only activates processes are included in the calculation, while the value of the rates of inactivated processes is set to zero. This feature makes it possible to easily modify a model and to readily test alternative models. In AQUASIM, the term “Processes” refers to biotic or abiotic conversion reactions. There have to be specified by the user, while the equations describing transport processes are intrinsic parts of AQUASIM. The example shows the rate law and the stoichiometric coefficients of the process “heterotrophic growth.” The options “Initial Conditions” and “Input” serve to provide initial and influent values for the microbial species and substrates, as well as for the water flow rate. 
 The properties of the microbial species considered are specified via the button “Particulate Variables.” The density, defined as cell mass per unit cell volume, is the only properties that must be specified at all times. AQUASIM is set up such that additional features of the model are omitted if their parameters have a value of zero. These features include attachment of cells to the biofilm surface and to the solid matrix within the biofilm, individual detachment of cells from the biofilm surface or solid matrix, and cell diffusion in the pore water and in the solid matrix. Furthermore, the implementation of the model considers a liquid boundary layer at the biofilm surface that is omitted if the value of its resistance is set to zero. The button “Dissolved Variables” leads to a dialog box in which the properties of the dissolved substrates can be specified. The diffusivity of the substrate in the pore water of the biofilm must be specified, while the boundary layer resistance can be set to zero.

Fig.1.2は、Wanner氏らの論文のFig.1からのコピペです。図の説明分もコピペしています。
Figure 1.2 Setup of the AQUASIM biofilm reactor compartment. Solid arrows indicate possible mass fluxes across compartment boundaries, and shaded arrows indicate mass fluxes within the compartment. Taken from Wanner et al. (2004).

 1.3.4の項は、Cristian Picioreanu氏の論文（Appl. Environ. Microbiol. May 2004 vol. 70 no. 5 3024-3040）の名をそのまま章のタイトルにして、内容は、In general, a quantitative representation…widely used in physics部分を「ほぼ」そのまま流用しています（約3,700文字）。文献の参照方法の変更や、単語についての"studied→studies"や、mass(m)→biomass(m)等の一部変更があります。また参照も
Appl. Environ. Microbiol. May 2004vol. 70 >>no. 5<< 3024-3040
↓
2004. Particle-based multidimensional multispecies biofilm model. Appl Environ Microbiol.
70:3024-3040
と号数を落としたりして独特に不正確のようです。
同一文章８　：黄色でハイライトされた部分が同一文章
1.3.4 Particle-based multidimensional multispecies biofilm model (Picioreanu et al., 2004) 
In general, a quantitative representation of the system studies is superior to a merely qualitative picture. This is one of the reasons for expressing hypotheses in mathematical form. A mathematical model consists of the full set of equations abstracting the information required to simulate a system. A rigorous and mechanistic representation of the real system must be based on the fundamental laws of physics, chemistry, and biology, which area also called first principles. The development of models based on first principles enforces systematic and imposes rational methods for approaching a problem. For example, biofilm models based on reaction and transport principles (Wanner et al., 1986) have proven to be useful not only for testing the soundness of different scientific concepts but also for establishing rational strategies for designing bioflm systems. Models based on first principles provide a unified view of microbial growth system, including biofilms. They promote lateral transfer of insight between various scientific domains. Diffusion-reaction models routinely used in chemical engineering are now widely used to simulate biofilm systems (Wanner et al., 1986 and 1996). Fluid mechanics methods have been used to study biofilm theology (Dockery et al., 2001; Stoodley et al., 1999) and hydrodynamic conditions in the liquid environment surrounding a biofilm matrix (Dillon et al, 2000 and 2001; Dupin et al., 2001; Eberl et al, 2001; Picioreanu et al., 2000a, 2000b and 2001). Laws of structural mechanics and finite element analysis method of civil engineering, have been used to study biofilm growth and detachment (Dupin et al., 2001; Picioreanu et al., 2001). 
 When a quantitative mathematical model of biofilm structure and function is constructed, it is advantageous to construct the model from submodels, each of which describes one of the various ongoing processes in a biofilm, including (1) biomass growth and decay, (2) biomass division and spreading, (3) substrate transport and reactions, (4) biomass detachment, (5) liquid flow past the biofilm, and (6) biomass attachment. Attachment is an important process because it determines the initial pattern of colonization of the substratum and the possible immigration of any type of cell from the liquid phase to various locations in the existing biofilm, The advantages of a modular biofilm model are manifold and include a better understanding of specific phenomena, better validation of individual model components, the possibility of exchanging routines or submodels with other biofilm models, more flexibility in solving decoupled model equations, and reflection of the modular structure of biofilm communities and processes. 
 For the processes described above, proper representation of biomass division and spreading is one of the most controversial topics. The difficulty in modeling the spreading of microbial cells inside colonies is that there must be a mechanism to release the pressure generated by the growing bacteria. Different solutions have been proposed, but given the lack of experimental evidence, none can claim to be correct. Current models for biofilm structure deal with bacteria in two different ways, depending mostly on the intended spatial scale of the model. One approach, individual-based modeling (IbM), attempts to model the biofilm community by describing the actions and properties of individual bacteria (Kreft et al., 1998 and 2001). IbM allows individual variability and treats bacterial cells as the fundamental entities. Essential state variables are, for example, the cell biomass (m), the cell volume (V) etc. The other approach treats biofilms as multiphase systems and uses volume averaging to develop macroscopic equations for biomass dynamics. These models can be called biomass-based models because they use the mass of cells per unit of volume (density or concentration [CX]) as the state variables for biomass. A comprehensive analysis of conditional tool has been performed (Wood et al., 1998 and 1999). The biomass-based models can be further divided into two classes on the basis of the mechanism used for biomass spreading. One subclass includes discrete biofilm models (i.e., cellular automata), in which biomass can be shifted only stepwise along a finite number of directions according to a set of discrete rules (Hermanowics et al., 1998 and 2001; Noguera et al., 1999; Picioreanu et al., 1998a and 1998b; Pizarro et al., 2001; Wimpenny et al., 1997). The other subclass of biomass-based models treats biomass as a continuum, and biomass spreading is generally modeled by differential equations widely used in physics (Dockery et al., 2001; Dupin et al., 2001; Eberl et al., 2001)

Fig.1.3は、Cristian Picioreanu氏の論文（Appl. Environ. Microbiol. May 2004 vol. 70 no. 5 3024-3040）のFig.1からのコピペです。図の説明分もコピペしています。
Figure 1.3 Model biofilm system. (A) Continuously stirred tank rector containing a liquid phase in contact with a biofilm growing on a planar surface. (B) Rectanglar computational domain (2-D or 3-D) enclosing a small part of the whole biofilm. (C) Rectangular uniform grid used for solution of the partial differential equations for substrate diffusion and reaction. (D) Biofilm biomass contained in spherical particles holding one type of active biomass, as well as inactive biomass. Taken from Picioreanu et al. (2004)
1.4の節は、同じ常田研究室の寺田昭彦氏の博士論文の第一章からの大規模コピペです。（pollution →　pllusion などのコピペ間違いが散見されます。）

同一文章９　：黄色でハイライトされた部分が同一文章です
1.4 APPLICATION OF BIOFILM TO REACTOR 
1.4.1 Origin of nitrogen pollusion
Nitrogen compounds are essential for all living organisms since it is a necessary element of DNA, RNA and proteins. Although it is composed of 78% of the earth’s atmosphere as nitrogen gas, almost all bacteria except a few organisms cannot utilize this form of nitrogen directly. In many situations, fixed nitrogen is the limiting nutrient because its availability is usually much smaller than the potential uptake by, for example, plants (Pynaert, 2003). Hence, the supply of protein food for the global population by agriculture is recently dependent on the use of synthetic nitrogen fertilizer generated from atmospheric N2 by the Haber-Bosch process. The global estimation for biological nitrogen fixation is in the range of 200-240 Mt nitrogen, which indicates that the mass flows for nitrogen have a major impact on the global nitrogen cycle (Gijzen and Mulder, 2001). 
 The consumption of protein will yield the discharge of organic nitrogenous compounds in wastewater (Van Hulle, 2005). Some nitrogenous compounds derived from fertilizer accumulate and end up in wastewater in the form of ammonium or organic nitrogen. Other polluting nitrogenous compounds are nitrite and nitrate. Nitrate is originally used to make fertilizers, even though it is also used to make glass, explosives and so on. Nitrite is manufactured mainly for use as a food preservative. These nitrogenous compounds, i.e., organic nitrogen, ammonia, nitrite and nitrate, exist ubiquitously. 
 The discharge of these nitrogenous compounds into water environment results in several environmental and health problems. Essentially, ammonia is a nutrient for plants and it is responsible for eutrophication, i.e., undesirable and excessive growth of aquatic plants and algae. Such excessive growth of the aquatic vegetables would cause a depletion of oxygen since they consumes oxygen in the water, which has a significant impact on viability of fish. Additionally, the growth of the vegetables determines oxygen and pH of the surrounding water. The greater the growth of algae, the wider the fluctuation in levels of dissolved oxygen (DO) and pH will be. This affects metabolic processes in organisms seriously, leading to their death. Besides that, some blue-green algae have a potential to produce algal toxins, which fatally kill fish and livestock that drink the water (Antia et al., 1991). Ammonia itself is also toxic to water environmental organisms at concentration below 0.03 g-NH3-N/L (Solbe and Shurben, 1989). Nitrate pollution impeded the production of drinking water critically. Nitrite and nitrate in drinking water can result in oxygen shortage of newly born, which is alternatively called ‘blue baby syndrome’ (Knobeloch et al., 2001) and, during chlorination of drinking water, carcinogenic nitrosamines may be formed by the interaction of nitrite with compounds containing organic nitrogen. Therefore, nitrogenous compounds need to be removed from wastewater. For the removal of nitrogen, a wide variety of biological removal systems are available (Henze et al., 1995). 
1.4.2 Biological nitrogen removal 
Inorganic nitrogen, which comes from domestic and industrial wastewater, is normally found in most reduced form, ammonia. In wastewater treatment, nitrogen removal with microorganisms (bacteria) is most widely applied in wastewater treatment plant because biological nitrogen removal is less costly and less harmful to water environment than physicochemical counterpart. In the biological nitrogen removal, complete nitrogen removal is achieved by two successive processes: nitrification and denitrification. 
Nitrification process 
Nitrification is the aerobic oxidation of ammonia to nitrate (Rittmann and MaCarty, 2001). It is an essential process prior to the actual nitrogen removal by denitrification. The process consists of two sequential steps that are performed by tow phylogenetically unrelated groups of aerobic chemolithoautotrophic bacteria and, to a minor extent, some heterotrophic bacteria. In the first step, ammonia is oxidized to nitrite by ammonia-oxidizing bacterial (AOB) and, in the second step, nitrite-oxidizing bacteria (NOB). Sometimes AOB and NOB are summarized as nitrifiers. The stoichiometry for both reactions is given in equations 1.1 and 1.2, respectively (U.S. Environmental Protection Agency, 1975). In these cases, typical values for AOB and NOB biomass yield are used as follows: 
Ammonia oxidation (nitritation) 
55NH4 + + 76O2 + 109HCO3 - → C5H7NO2 + 54NO2 - + 57H2O + 104H2CO3 (1.1) 
Nitrite oxidation (nitrataion) 
400NO2 - + NH4 + + 4H2CO3 + HCO3 - + 195O2 → C5H7NO2 + 3H2O + 400NO3 - (1.2) 
 Both groups of bacteria are chemolithoautotrophic and obligatory aerobic. Autotrophic means that they definitely fix and reduce inorganic carbon dioxide (CO2) for biosynthesis, which is an energy-expensive process. Such very unique characteristic of nitrifiers makes their yield values lower than that of aerobic heterotrophic bacteria. The fact that they utilize a nitrogen electron donor even lowers their cell yield due to less energy release per electron equivalent compared to organic electron donors. As a consequence, both AOB and NOB are considered slow growing bacteria. Molecular oxygen is utilized for endogenous respiration and conversion of reactant i.e., ammonia or nitrite. It is generally known that nitrifies grow well at slightly alkaline pH (7.2-8.2) and temperature between 25-35°C (Sharma and Ahlert, 1977). At a pH below 6.5, no growth of AOB is observed probably due to limited ammonia availability at such low pH value (Burton and Prosser, 2001). The optimal DO for AOB and NOB is normally 3-4 g-O2/m3 (Barnes and Bliss, 1983), although levels of 0.5 g-O2/m3 (Hanaki et al., 1990) and even 0.05 g-O2/m3 (Abeliovich, 1987) supported significant rates of ammonia oxidation but not nitrite oxidation (Bernet et al., 2001). 
1.4.3 Phylogeny of nitrifying bacteria 
Nitrifying bacteria (nitrifiers) have minimal nutrient requirements owing to their true chemolithotrophic nature. Nitrifiers are obligate aerobes, and they use oxygen for respiration and as a direct reactant for the initial monooxygenation of ammonia (NH4 +) to hydroxylamine (NH2OH). The most commonly known genus of bacteria that carries out ammonia oxidation is Nitrosomonas; however, Nitrosococcus, Nitrosopira, Nitrosovibrio, and Nitrosolobus are also able to oxidize ammonia to nitrite. The AOB, which all have the genus prefix Nitroso, are genetically diverse, but are related to each other in the β-subdivision of the proteobacteria (Teske et al., 1994). This diversity suggests that neither the Nitrosomonas genus nor any particular species within it (e.g., N. europaea) necessarily is dominant in a given system. 
 Although Nitrospira, Nitrospina, Nitrococcus, and Nitrocystis are recognized as NOB to sustain themselves from nitrite oxidation, Nitrobacter is the most famous genus of the NOB. Within the Nitrobacter genus, several subspecies are distinct, but closely related genetically within the α-subdivision of the proteobacteria (Teske et al. 1994). Recent findings using oligonucleotide probes targeted to the 16S rRNA of Nitrobacter, which indicates that Nitrobacter is not the most important nitrite-oxidizing genus in most wastewater treatment processes. Nitrospira more often is identified as the dominant NOB (Aoi et al., 2000). Since nitrifiers exist in water environment and wastewater treatment plants where organic compounds are present, such as in wastewater treatment plants, it might seem curious that they have not evolved to use organic molecules as their carbon source. While the biochemical reason that organic-carbon sources are excluded is not known, the persistence of their autotrophic dependence probably is related to their evolutionary link to photosynthetic microorganism (Teske et al., 1994). 
1.4.4 Differential behavior of AOB and NOB
Several environment conditions affects the activity AOB and NOB. Generally, the amount of nitrate defines NOB activity under aerobic conditions. By setting optimal conditions, we can theoretically achieve not nitrite but ammonia oxidation since NOB are more sensitive to detrimental environmental conditions, e.g., unusual pH, low DO, temperature, solid retention time and so on, than AOB. Among the most important environmental parameters influencing ammonia and nitrite oxidation are the free ammonia (FA) and free nitrous acid (FNA) concentration, temperature, pH and DO concentration. Engineering challenge is how we can differentiate the activity of AOB with NOB critically. 
FA and FNA inhibition of nitrifiers 
The uncharged nitrogen forms are considered to be the actual substrate/inhibitor for ammonia and nitrite oxidation. The amount of FA and FNA can be calculated form temperature and pH using following equilibrium equations:
 NH4
+ NH3 + H+ (1.3)
With a typical Kb value of 5.68 × 10-10 at 25ºC and pH 7
Kb
HNO2 NO2
- + H+ (1.4)
With a typical Ka value of 4.6 × 10-4 at 25ºC and pH 7 
where Kb and Ka are ionization constants of ammonia and nitrous acid, respectively. The NH3 and HNO2 concentrations can be calculated from equations 1.5 - 1.8 proposed by Anthonisen et al. (1976):
         (1.5 - 1.8 の式は省略）
where NH4 +-N and NO2 --N are ammonia- and nitrite-nitrogen concentrations, T is temperature in ºC, respectively. For these equilibriums 1.5 and 1.7, T and pH of the solution will determine the concentrations of FA and FNA. The toxicity effect of this FA and FNA on the two groups of nitrifiers has been described regarding a diagram proposed by Anthonisen et al. (1976). The diagram (Fig. 1.4), where the AOB are represented by Nitrosomonas and the NOB by Nitrobacter, indicates that inhibition of AOB by FA is likely in the rage of 10 to 150 g-N/m3 while NOB are likely inhibited at significant lower concentrations of 0.1 to 1 g-N/m3. In case of NOB, the key enzyme, a nitrite oxidoreductase (NOR), loses activity (Yang and Alleman, 1992). This difference in NH3 sensitivity could give rise to nitrite accumulation when wastewater with high ammonia concentration is treated. However, adaptation of NOB to high FA levels is observed by Turk and Mavinic (1989). They reported that NOB appeared capable of tolerating ever-increasing levels of FA concentrations up to 40 g NH3-N/m3. At low pH less than 7, FNA affect the activity of AOB and NOB. According to Figure 1.1, a FNA concentration of 0.2-2.8 g HNO3-N/m3 inhibits NOB. 
Effect of oxygen 
Both AOB and NOB require oxygen for their normal anabolism and catabolism. Low DO concentration will disrupt rates of ammonia and nitrite oxidation, leading to imbalance between the growth of AOB and NOB. The effect of DO on the specific growth rate of nitrifiers is generally governed by the Monod equation, where affinity constant of oxygen KO2 is a determining parameter. Considering the report that the constant for AOB and NOB are 0.6 and 2.2 g-O2/m3, respectively (Wiesmann, 1994), KO2 value for AOB are lower than that for NOB, indicating a higher oxygen affinity of AOB than that NOB at low DO concentrations. In such oxygen-limited systems, this feature could lead to a decrease in the amount of nitrite oxidation and therefore accumulation of nitrite (Bernet et al., 2001; Garrido et al., 1997; Pollice et al., 2002; Terada et al., 2004). 
Besides the direct inhibitory effect of low DO, there is also an indirect effect. AOB exposed to low DO levels have been shown to generate higher amounts of the intermediate hydroxylamine, which might be the determinant compound of nitrite build-up (Yang and Alleman, 1992). Kindaichi et al. (2004) clarified that the addition of hydroxylamine decreases the activity of NOB, which alternatively lead to an increase of AOB activity and changes of microbial community in an autotrophic nitrifying biofilm. 
Effect of temperature 
Temperature is a key parameter in the nitrification process; however, the exact influence has not been clarified because of the interaction between mass transfer, chemical equilibrium and growth rate dependency. Normally, both AOB and NOB have similar temperature ranges for their activities. Both organisms have maximum growth rates at a temperature of 35ºC (Grunditz and Dalhammar, 2001); however, they prefer moderate temperature (20-30ºC). The activities significantly decrease at temperatures below 20ºC and above 40-45ºC because of enzyme disruptions. Generally, AOB grow faster than NOB at temperatures of more than 25ºC, whereas this is reversed at lower temperatures around 15ºC. The SHARON process (Single reactor High activity Ammonia Removal Over Nitrite) employs such principle. In this process, nitritation, oxidation of ammonia to nitrite, is established in chemostat by operating under high temperature conditions (above 25ºC) and maintaining an appropriate sludge retention time (SRT), which is also a selection pressure between AOB and NOB. Such selective operation keeps AOB in the reactor, while NOB are washed out and further nitratation, oxidation of nitrite to nitrate, can be prevented. Nitrite build-up would be very useful when treating low carbon/nitrogen-containing wastewater because subsequent denitrification requires less organic carbon in case via nitrite than in that via nitrate. 
　Furthermore, considering the influence of temperature on microbial community between AOB and NOB, increased temperature will increase the ratio of NH3/NH4 +, possibly causing inhibitory effects on the NOB. Additionally, an increase of temperature decrease saturated DO concentration, leading to oxygen-limited conditions disrupting the imbalance of AOB and NOB with possible nitrite accumulation. 
Effect of pHI 
In spite of a wide divergence of the reported effects of pH on nitrification, it is generally known that the optimum pH range for both AOB and NOB is from 7.2 to 8.2 (Pynaert, 2003). The range is also related to NH3/NH4 + and NO2 -/HNO2 ratios, where FA and FNA can exhibit inhibitory effects starting from certain pH. Ammonia oxidation brings acidifying conditions when it occurs (see equation 1.1). If buffer capacity of this environment is too low, the pH will decrease rapidly. Below pH 7, nitrification rate decrease even though there are some reports of nitrifying activity in acidic environments (Burton and Prosser, 2001; Tarre et al., 2004a, b). 
Denitrification process 
Denitrification is the dissimilatory reduction of nitrate or nitrite to mainly nitrogen gas. In other words, nitrate or nitrite is the electron acceptor used in energy generation. Denitrification normally occurs among heterotrophic and autotrophic bacteria, many of which can shift between oxygen respiration and nitrogen respiration. Denitrifying bacteria (denitrifiers) are common among the Gram-negative Proteobacteria, such as Pseudomonas, Alcaligenes, Paracoccus and Thiobacillus. Some Gram-positive bacteria, including Bacillus, can also denitrify. Even a few halophilic Archaea, such as Halobacterium, are able to denitrify. The denitrifiers used in environmental biotechnology are chemotrophs that can use organic or inorganic electron donors. Those that utilize organic electron donors are heterotrophs and are widespread among the Proteobacteria. Inorganic electron donors also can be used and gaining popularity (Rittmann and MaCarty, 2001). Hydrogen (H2) is an excellent electron donor for autotrophic denitrification. Its advantages include lower cost per electron equivalent compared to organic compounds, less biomass production than with heterotrophs, and absolutely no reduced nitrogen added. The main disadvantage of H2 in the past has been lack of a safe and efficient H2 transfer system. The recent development of membrane-dissolution devices overcomes the explosion hazard of conventional gas transfer and makes H2 a viable alternative (Lee and Rittmann, 2000, 2002). Reduced sulfur also can drive autotrophic denitrification. The most common source of reduced S is elemental sulfur, S(s), which is oxidized to SO4 2-. The S normally is embedded in a solid matrix that includes a solid base, such as CaCO3, because the oxidation of S(s) generates strong acid.
 During biological heterotrophic denitrification, oxidized nitrogen forms are reduced and an organic electron donor is oxidized for energy conservation. This electron donor can be the organic material present in wastewater, or, in case of shortage, an externally added carbon source, e.g., acetate. An example of a denitrification reaction is given in equation 1.9, where nitrate is denitrified to nitrogen gas with acetate as an electron donor. 
 CH3COOH + 8/5 NO3 - + 4/5 H2O → 4/5 N2 + 2 H2CO3 + 8/5 OH- (1.9) 
The pathways of denitrification are composed of four steps (equation 1.10). Each of the reduction steps is catalyzed by respective enzymes, i.e., nitrate reductase, nitrite reductase, nitric oxide reductase and nitrous oxide reductase. 
 NO3 - → NO2 - → NO (gas) → N2O (gas) → N2 (gas) (1.10) 
NO and N2O are gaseous intermediates, which have to be avoided. Since the greenhouse effect of N2O is reported to be 300 times higher than that of CO2 (IPCC, 2001), emission of N2O should be reduced from wastewater (Tsuneda et al., 2005). 
1.4.5 Application to novel nitrogen removal 
Nitrogen removal via nitrite 
As already mentioned in the previous chapters, nitrite is an intermediate in both nitrification and denitrification (Fig. 1.5). Accumulation or discharge of nitrite should be harmful to aqueous environment; hence, nitrite should be removed properly. Normally, ammonia is converted into nitrate by AOB and NOB under aerobic conditions; subsequently the nitrate is converted into nitrogen gas by denitrifiers under anoxic conditions. Such pathway via nitrate requires more oxygen for nitrification and organic carbon for denitrification than that via nitrite. Numerous environmental engineers have been focusing on biological nitrogen removal via not nitrate but nitrite because of economical advantages. Concretely, the nitrification-denitrification via nitrite saves around 25% on oxygen input for nitrification and 40% of organic carbon for denitrification (Abeling and Seyfried, 1992; Bernet et al., 1996; Eum and Choi, 2002; Oh and Silverstein, 1999; Turk and Mavinic, 1986). It also enables required hydraulic retention time (HRT) to decrease, which could achieve a small reactor volume. 
Simultaneous nitrification and denitrification with biofilm 
Nitrification and denitrification are complementary in many ways: (1) nitrification produces nitrite or nitrate that is a reactant in denitrification; (2) nitrification reduces the pH that is raised in denitrification; and (3) denitrification generates the alkalinity that is required in nitrification (Rittmann and MaCarty, 2001). Therefore, there exists obvious advantage to carry out simultaneous nitrification and denitrification in a single reactor. In that case, it is essential to make redox stratification, i.e. reaction sites for aerobic and anoxic part in a single reactor. In this thesis, the author is focusing on bacterial aggregated layer on surfaces, biofilm. The Biofilms have chemical gradients because of its thickness, leading to creation aerobic and anoxic part inside; therefore, they can theoretically provide such stratification. Engineering challenges are how we can create such redox stratification in biofilms and how we can make robust biofilm. Biofilm itself and its potential toward biofilm reactor will be described in the next chapter.
Fig.1.4、1.5、1.6は、同じ常田研究室の寺田昭彦氏の博士論文の第一章からのコピペです。
Figure 1.4 →寺田Figure 1.1に酷似
Figure 1.5 →寺田Figure 1.2に酷似
Figure 1.6 →寺田Figure 1.4に酷似

1.5の節は、同じ常田研究室の寺田昭彦氏の博士論文の第一章からの大規模コピペです。
同一文章１０　：黄色でハイライトされた部分が同一文章です
1.5 METHODOLOGY OF BIOFILM MONITORING 
1.5.1 Fluorescence in situ hybridization (FISH) 
FISH is highly effective for detecting specific bacteria and analyzing the spatial distribution of a complex microbial community, due to the possibility of detecting specific bacterial cells at the single-cell level by in situ hybridization using phylogenetic markers (16S-rRNA-targeted oligonucleotide probes) labeled with a fluorescent compound (Amann et al., 1990). rRNA is an ideal target for in situ hybridization with oligonucleotide probes because: (i) it is present in all bacteria and the identification of natural populations is based on the phylogenetic classification of 16S rRNA sequences, (ii) a large number of sequences of different organisms are stored in databases, (iii) the high copy number per cell greatly increases detection sensitivity and enables the direct detection and observation of a single cell by using an epifluorescence microscope or a confocal scanning laser microscope (CSLM). FISH-dependent techniques have enabled the observation of the in situ microbial community structure in various types of biofilm communities, including those in natural environments and engineered systems. Generally, FISH is one of the most powerful tools and has become a reliable and commonly used method. Furthermore, the spatial organization of unknown and unculturable bacteria has been analyzed by the combined use of denaturing gradient gel electrophoresis (PCR-DGGE) which enables the design of an oligonucleotide probe for FISH following the determination of target bacterial species and their 16S rDNA sequences. Detailed schemes for analyzing complex microbial communities targeting specific but unknown and unculturable bacteria have been described by Amann et al. (1995).  
1.5.2 Microsensors combined with FISH 
Microsensors employing microelectrodes facilitate the measurement of the concentrations of substrates or products inside biofilms and are powerful tools for the estimation of the spatial distribution of in situ metabolic activity in biofilms. The principle of microsensor mostly relies on diffusion-dependent electrode reactions, scaling down the active surface area and diffusion distances lead to better signal stability, faster response, and practical independence of the microsensor signal on stirring of the external medium (Kühl and Revsbech, 2001). Microsensors for various chemical compounds such as N2O, NH4 +, NO2 -, NO3 -, O2, H2, H2S, and glucose and for pH have been developed and used to investigate chemical gradients in various types of biofilms on a micrometer scale. FISH has recently been combined successfully with microsensor measurements to investigate sulfate reduction (Ramsing et al., 1993), the nitrification in trickling filter biofilms (Schramm et al., 1996), and the nitrification in microbial aggregates (Schramm et al., 1998; 1999), fixed bed biofilms (Okabe et al., 1999), membrane-aerated biofilms (Hibiya et al., 2003; Schramm et al., 2000; Terada et al., 2003). The combination of the two methods provides reliable and direct information on the relationship between in situ microbial activity and the occurrence of specific microorganisms in a biofilm community (Schramm et al., 2003). Furthermore, the spatial distribution of metabolically active areas and active species in the biofilm can be simultaneously estimated. 
1.5.3 In situ observation of nitrifying biofilms 
Nitrifiers, AOB and NOB, are chemoautotrophs. Although nitrification is one of the most significant steps in biological nitrogen removal processes, this process is rate-limiting in both domestic and industrial wastewater treatment especially after some fluctuations of water quality and temperature. To accomplish high nitrification rate in the process, high concentrations of nitrifiers should be accumulated and retained for stable nitrification. Immobilization of nitrifiers is a quite important strategy to keep nitrification rate high. Effective methods for the immobilization of nitrifiers have been developed, such as the use of biofilms on supporting materials (Tsuneda et al., 2000), entrapment in polymer gels (Sumino et al., 1992), using fibrous net-works (Hayashi et al, 2002) and hollow-fiber membrane which is gas permeable (Semmens et al., 2003). Therefore, a better understanding of the spatial organization, and activities of immobilized nitrifying bacteria is necessary to improve removal performance and process stability. FISH dependent techniques provide reliable information regarding dominant species of nitrifying bacteria, their spatial distribution and activities in biofilms. Numerous researchers revealed that Nitrosomonas exists throughout the biofilm whereas location of Nitrospira sp. (NOB) is restricted to the inner part of the sewage wastewater biofilm as determined by combined analysis with a microelectrode (Okabe et al., 1999; Satoh et al., 2003; Schramm et al., 2000). Combination of a microelectrode with FISH has also made it possible to estimate the in situ cell-specific activity of uncultured nitrifying bacteria in the biofilm-like aggregate after the determination of the volumetric reaction rate calculated from microprofiles measured by microsensors and cell numbers of nitrifying bacteria measured by FISH (Schramm et al., 1999). Illustration for the analysis of the in situ organization of a biofilm community is shown in Fig. 1.6 (partly from Aoi, 2002). The combined information from various approaches would lead to the further clarification of the mechanism underlying treatment activities and highlight unfavorable fluctuations. Moreover, the information will be used to construct a novel and reliable mathematical model for the biofilm reaction based on the microscale activities and spatial organization of biofilm communities that have previously been regarded as a black-box (Aoi, 2002).

一方、寺田論文の第１章、1.3.4.1及び1.3.4.2の文章は
２００２年の青井氏のＤ論　http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/340と
同一です。
レファレンスリストには上がっており、別の場所にある図等には引用表記がありますが、
上の該当部分の文中には表記なし。

さらに、青井氏論文の同じ文章は、２００４年の同大の別の人物のＤ論にもコピペされている可能性があります。 
尚、特別研究員のようです。
http://www.waseda.jp/sem-tsuneda/japanese/member.html 
（写し：　http://www.webcitation.org/6O6llv3Le）

調査２：古川和寛氏（早稲田大学の常田聡氏の研究室）の博士論文における文章のコピペについてのまとめ
著者：　古川 和寛　（現　徳島大学 助教）
論文題目：　「生細胞内RNAイメージングを志向した機能性核酸プローブを用いる核酸分子蛍光検出法の開発」
出版日：　2009年2月
http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/34629（写し）
審査員：　
  （主査）早稲田大学教授 博士（工学）東京大学 常田 聡
  （副査）早稲田大学教授 工学博士（早稲田大学）酒井清孝
  （副査）早稲田大学教授 工学博士（早稲田大学） 平沢 泉
  （副査）Humboldt-Universität zu Berlinの教授 Dr. Oliver Seitz

博士論文概要 (写し）
博士論文審査報告書 (写し）
論文本文pdfファイル（写し）（写し２）

第一章のイントロがSilverman A氏らの論文（Adv Clin Chem. 2007;43:79-115.）や、
Takuya Terai氏らの論文（Curr Opin Chem Biol. 2008 Oct;12(5):515-21.）の文章とほとんど一致します。合計：約30,000文字（4700単語）を丸ごとコピペしています。

 （2014年3月16日 17:38に発覚）
同一文章１　：古川氏の論文の1.1の第一パラグラフ（12行）の文章。黄色でハイライトされた部分がSilverman A氏らの論文との同一文章です。 約995文字（145単語）を丸ごとコピペしています。
1.1. Background and objectives 
　Identification and classification of cells in environmental and clinical samples can be critical for determining both prophylactic and curative responses. In dealing with contamination of food or water supplies by microorganisms, bacterial infections in tissues, and cancer-causing mutations in biopsy samples, a rapid diagnosis may be a life or death issue. Standard detection of cells in clinical or environmental samples requires any of a number of methods including culture, antigen detection, serology, nucleic acid amplification, and other biochemical assays [1, 2]. Despite the widespread use of these detection strategies, many can be time-consuming, difficult, and yield inconclusive results. As a result, a great deal of research in clinical and environmental chemistry focuses on developing rapid and specific methods to identify cells and gain information about cell type and characteristics. One of the most promising techniques for doing this is in situ detection of nucleic acids.

同一文章２　：古川氏の論文の1.2. ”Oligonucleotide probes for intracellular RNA detection” の項の文章。 黄色でハイライトされた部分がSilverman A氏らの論文との同一文章です。（約17000文字（2550単語）を丸ごとコピペしています。）
1.2. Oligonucleotide probes for intracellular RNA detection
1.2.1. Oligonucleotide Probes 
 FISH probes several hundreds or thousands of nucleotides long complementary to nearly the entire 16S or 23S rRNA and containing multiple fluorophore labels have long been used to detect microorganisms in environmental samples because such lengthy probes offer reliable hybridization and intense signal. These probes are prepared enzymatically, typically by PCR [28] or in vitro transcription [29, 30], at which time multiple fluorophores are incorporated. Although polynucleotide probes allow the visualization of a significantly higher percentage of prokaryotes in a sample compared to singly labeled oligonucleotide probes [31], polynucleotide probes are only able to discriminate between distantly related groups, such as Bacteria, Crenarchaeota, and Euryarchaeota [32], because their sensitivity to small sequence differences is very low. Furthermore, long polynucleotide probes must be produced in the laboratory using costand labor-intensive protocols. Typical problems encountered include nonspecific binding of probe [32], high autofluorescence vs specific fluorescence [33], poor signal-to-background [34], low cellular detection compared to total cell count [35], and enzymatic degradation in situ [36]. 
 More commonly, RNA-targeted FISH probes employ oligonucleotides 15–30 nucleotides long, with a DNA, PNA, or modified nucleic acid backbone, prepared synthetically (Fig. 1.1.A). Fluorescence is typically observed directly, using a fluorophore attached to the 5′-terminus, though in some cases 3′- or internally labeled probes are used. Common fluorophores used in RNA-targeted FISH diagnostics include fluorescein, tetramethylrhodamine (TAMRA), Texas Red, Cy3, and Cy5. Choice of dye is typically determined by its spectral properties and the availability of equipment for imaging. Labeled oligonucleotides are available from a variety of commercial sources, so it is typically not necessary for investigators to synthesize or purify probes.In some applications, indirect sensing is used instead of directly coupling the fluorophore to the probe. Indirect sensing strategies typically involve coupling an enzyme to the oligonucleotide probe, hybridizing to targets, then adding a fluorophore moiety that is recognized by and covalently binds to the enzyme [37]. These approaches can offer the significant advantage of brighter signals, but they tend to have low specificity [38, 39]. The most well-studied approach employs horseradish peroxidase (HRP)-labeled oligonucleotide probes [40-43]. HRP reacts with hydrogen peroxide and tyramide to produce a free radical on the tyramide, which covalently binds to a nearby tyrosine residue (Fig. 1.1.B) [44, 45]. A number of fluorophore-conjugated tyramides are available, thus allowing fluorescence detection of enzymatically deposited tyramide [45]. 
1.2.2. Standard Oligonucleotide FISH Protocols 
 Standard FISH protocols consist of four steps: (1) fixation and permeabilization of the sample, (2) hybridization of fluorescent probe, (3) washing away unbound probe, and (4) detection of labeled cells by microscopy or flow cytometry [32]. The first issue when setting up an RNA-targeted FISH experiment is getting the probes into the cells. Cells typically must be fixed so that high stringency washing steps may be performed to remove unbound probes. However, it is usually desirable to select fixatives that will disrupt cellular morphology as minimally as possible. The most common fixatives fall into two classes: cross-linking reagents, such as aldehydes, and precipitants such as methanol and ethanol [46]. Cross-linking reagents like formalin and paraformaldehyde are quite commonly used for permeabilization of gram-negative bacteria [47] and human cells [48], but may be ineffective in permeabilizing the cell walls of gram-positive bacteria [49]. Several possibilities exist to permeabilize gram-positive bacteria, and often different procedures are required for different species. Treatment of paraformaldehyde-fixed bacteria with cell wall-lytic enzymes, such as lysozyme or proteinase K, has been shown to increase the cellular permeability of Lactococci, Enterococci, and Streptococci [50]. Permeabilization by treatment with ethanol/formalin [51], high concentrations of ethanol or methanol [52], or heat [53], also has been successful in many cases. 
 Hybridization and washing conditions are highly dependent on the probe affinity and Tm and the cell type being examined, and optimal conditions must be determined empirically. Hybridization is performed at a few degrees lower than the probe Tm, typically in the 40–60°C range, in a buffer containing a relatively high salt concentration. For PNA FISH probes, higher hybridization temperatures can be used when the probes have higher Tm's [54]. The advantages to using higher hybridization temperatures are better disruption of target structures and better probe specificity. Washing is carried out in similar temperature ranges, often with the addition of higher concentrations of detergents such as SDS, Triton X, or Tween, or of formamide [32]. More stringent conditions may be required for PNA FISH probes. The washing step is typically difficult to optimize, but the most important in order to minimize false positives from unbound probes. 
 Insufficiently low signal, on the other hand, can be caused by a number of factors, including low ribosome or mRNA count, poor target accessibility, or impermeability of cells (see above). Low RNA content potentially can be circumvented by using strategies such as tyramide amplification, but this method requires conditions which tend to cause lysis of fixed cells [38, 55]. When target accessibility appears to be an issue, helper probes can be used or a different target site may need to be selected [56]. In some cases, addition of low concentrations of formamide to the hybridization buffer may improve the result, as formamide lowers the Tm of secondary structures (but also lowers the Tm of the probes) [46]. As a result, hybridizations in formamide-containing buffer must be run at lower temperatures. 
 After washing, cells may be analyzed by fluorescence microscopy or flow cytometry. Microscopy has the advantage of being rapid and simple, but an untrained eye can lead to incorrect reporting of data, and results are usually qualitative. Flow cytometry provides quantitative data on the fluorescence of individual cell populations, but instruments are quite expensive. 
 The greatest advantages of standard oligonucleotide probes for RNA-targeted diagnostics are that they are commercially available, relatively inexpensive, and well established in the literature for a plethora of applications. However, standard oligonucleotide probes do have several disadvantages. They are typically unable to distinguish related RNA sequences unless there are multiple nucleotide differences [32, 57]. In addition, careful handling is required to avoid nonspecific signals, especially during washing away of unbound probes [58]. The washing step increases the chances of error and nonspecific signal, and prevents application to live cells. 
1.2.3. Molecular Beacons 
Molecular beacons (MBs) were first developed in 1996 as tools for real-time PCR assays [59, 60]. They have since been developed for multiplex PCR assays [61, 62], solid-phase hybridization assays [63-65], biosensing [66], and FISH applications with both prokaryotic [67] and human cells [68]. Molecular beacons are oligonucleotides, typically with DNA, 2′-OMe RNA, or PNA backbones that have a stem-loop hairpin conformation in their native state, with a fluorophore and quencher at either end such that the probe is quenched while in the hairpin state [69, 70]. The loop region of the probe, or sometimes the loop and part of the stem [71], is complementary to an RNA target site, and upon binding, the hairpin is disrupted, separating the fluorophore and quencher, enhancing fluorescence signal (Fig. 1.2.A). The quenching efficiencies for several quenchers with many different fluorophores have been examined, allowing for the design of optimal fluorophore–quencher pairs [72]. 
 A careful balance must be reached between the stem length and loop length to design optimal molecular beacons for mismatch discrimination. Solution experiments demonstrated that mismatch discrimination increases as the number of bases in the stem increases [73]. However, if the stem is too long, the kinetics of hybridization to target will be slow [74]. MBs with longer loop lengths tend to have lower hairpin Tm's, and thus increased kinetics of hybridization and decreased specificity, and MBs with very short stem lengths have lower signal-to-background ratios [74]. Design of MBs is substantially simplified by software, typically offered by companies that sell custom MBs. 
 MBs offer several advantages over standard oligonucleotide probes. Because MBs are quenched, no washing steps are required to remove unbound probe, and they may therefore be applicable to living cells assuming the cells can be permeabilized. Second, MBs have higher mismatch sensitivity than standard oligonucleotide FISH probes as a result of their conformational restraints [73]. The main sources of nonspecific signal in MBs are: (1) incomplete quenching, (2) hairpin–hairpin binding between two beacons, (3) nuclease degradation that separates the quencher and the fluorophore, and (4) nonspecific interactions with proteins and other small molecules within the cell that disrupt the hairpin structure [75]. The last may be the biggest problem in cellular diagnostics, since molecular beacons are known to interact with certain nucleic acid-binding proteins, disrupting the MB secondary structure and giving nonspecific signal [76]. 
 Several new approaches to MBs recently have been developed to improve signal-to-background. Most notably, fluorescence resonance energy transfer (FRET) approaches have the potential to decrease background signal if the spectral overlap between the donor and acceptor is minimal [77]. This approach was first examined with the so-called “wavelength shifting molecular beacons,” in which an acceptor fluorophore, such as a rhodamine, was tethered to the fluorescein donor via a linker (Fig. 1.2.B) [78]. Wavelength shifting MBs were found to be useful in multiplex PCR assays, but have not been employed for FISH assays, possibly because the overlap between the donors and acceptors studied is too great to give a substantial signal-to-background advantage. A similar approach uses an acceptor fluorophore instead of a dark quencher, thereby changing the maximum emission wavelength between hairpin and bound states [79]. Going one step further, Bao and coworkers developed “dual FRET MBs,” in which two MBs bind side-by-side, with a donor fluorophore on one beacon thereby being brought into proximity with an acceptor fluorophore on the other beacon (Fig. 1.2.C) [80, 81]. Since both donor and acceptor fluorophores are quenched in their native state, and both need to hybridize adjacently in order for FRET to occur, background from nonspecific hairpin opening is substantially reduced. 
1.2.4. Quenched Autoligation Probes 
 Quenched autoligation (QUAL) probes are a relatively new class of in situ hybridization probes that were developed for detection of sequences with high specificity [82-84]. Whereas molecular beacons rely on a conformational change to initiate fluorescence signal, QUAL probes utilize a chemical reaction [84]. QUAL probes consist of two oligonucleotide strands, the “dabsyl” probe and the phosphorothioate (thioate) probe (Fig. 1.3). The dabsyl probe is short, typically 7–10 nucleotides, while the thioate probe is longer, around 15–20 nucleotides. The dabsyl probe is modified such that it has a dabsyl group at its 5′-terminus, attached through an electrophilic sulfonate ester linkage, and a fluorescein or other fluorophore internally attached to a uridine base. Dabsyl is a dark quencher that efficiently quenches fluorescein, so the background fluorescence of the dabsyl probe is very low [85]. The thioate probe is modified such that it has a phosphorothioate group at its 3′-terminus. The two probes are designed such that they bind adjacently on their target, bringing the nucleophilic 3′-phosphorothioate close to the electrophilic 5′-dabsyl group. The phosphorothioate reacts to displace the dabsyl group, thereby ligating the two strands and unquenching the fluorophore (Fig. 1.3.A and B). It should be noted that both the 3′-terminal phosphorothioate in the nucleophilic probe and the bridging phosphorothioate linkage formed in the ligation product are quite stable to nucleases and hydrolysis [86]. The 5′-dabsyl group, however, is subject to slow hydrolysis in buffer, particularly in basic conditions or at high temperatures [87]. 
 QUAL probes take advantage of the ability of very short oligonucleotides to sense single nucleotide mismatches while avoiding issues of redundancy and lack of affinity. The highest specificity is achieved when the mismatch is placed in the center of the short probe; substantially less discrimination is observed when the mismatch is at the end of the short probe or in the long probe [82]. Thus, specificity of QUAL probes is determined mostly by binding affinity as opposed to geometry of the reaction site, as mismatches in the center of short probe lead to the greatest Tm difference for binding to a matched vs mismatched target [82, 83]. Naturally, probing for sites with multiple mismatches will increase the specificity of QUAL probes. 
 When very short probes are used, there is a high probability for sequence redundancy. This issue is made moot in QUAL probes by requiring the two probes that bind adjacently. Thus, even if the short probe represents a sequence that has redundancy in the target RNA, no fluorescence is observed unless the longer probe binds adjacent to it. The lack of affinity of very short probes is dealt with by running the hybridization at relatively low temperatures (37°C or lower) and selecting sequences that have a Tm high enough to hybridize under the desired conditions. Since unbound probes are not fluorescent, no washing steps are required, and ligated fluorescent products are typically 20-mers or longer, which have high affinity for their target. 
 It should be noted, however, that it is not actually necessary that probes remain bound after ligation occurs in QUAL probes, as ligation permanently switches on fluorescent signal. In fact, if ligated probes dissociate from their target and new probes bind and ligate on the same template, signal amplification may occur [88]. Signal amplification by General Introduction 12 turnover is highly desirable for the detection of extremely low abundance targets such as mRNAs. A strategy of using “universal linkers” to attach the quencher to the 5′-terminus of the dabsyl probe yielded turnovers of nearly 100-fold on RNA templates in solution [88], and was used to detect mRNAs in human cells [89]. The product of the ligation reaction using the universal linker is destabilized compared to natural DNA, apparently because the alkane linker adds flexibility to the strand. This decreases product inhibition so that the target RNA can become a catalyst for generating multiple signals per target. Furthermore, the linker has been shown to destabilize the product without destabilizing the transition state of the reaction; in fact, the reaction rate is sped up by a factor of 4–5 [88].  
 In solution and solid-phase assays, QUAL probes were shown to accurately discriminate between all possible mismatches [84, 87]. QUAL probes offer several advantages over other RNA-targeted diagnostics strategies. Like MBs, unbound probes do not need to be washed out of cells, which reduces experimental time and decreases chances for error. QUAL probes may be less prone to nonspecific signals than MBs because turning on fluorescence requires a chemical reaction; thus, binding to proteins should not lead to nonspecific signals. 
 Disadvantages of QUAL probes include the slow hydrolysis of quencher leading to nonspecific fluorescence, the requirement that multiple probes be used, and the limited number of systems that they have been applied to thus far. The main sources of nonspecific signal in QUAL probes are: (1) incomplete quenching, (2) nuclease degradation in the 1–3 nucleotides between the fluorophore and quencher, and (3) hydrolysis of the quencher [75]. The last of these appears to be the greatest problem, requiring careful handling and storage of the probe. 
 Abe and Kool recently described a method to improve signal-to-background by using FRET–QUAL probes (Fig. 1.3.C) [89]. In these specialized QUAL probes, Cy5 was attached internally to the thioate probe. The ligation was monitored by excitation at 488 nm, which gives almost no excitation for Cy5. When the probes ligated, FRET between fluorescein and Cy5 allowed emission to be monitored at 665 nm, beyond the emission wavelength for fluorescein. Thus, background from incomplete quenching or nonspecific hydrolysis of the quencher was minimized, leading to substantially higher sensitivity. 
 QUAL probes are not yet commercially available, so they have not yet been adopted wide use in diagnostic settings.

同一文章３　：古川氏の論文の1.3. ”Fluorogenic molecule for bioimaging” の項の文章。
黄色でハイライトされた部分がTakuya Terai氏らの論文との同一文章です（丸ごとコピペです。Fig.1-4, 1-5, 1-6のレジェンドもコピペです。本文とレジェンドを合わせて、12,000文字（2000単語）以上をコピペしています。）
Compared to other technologies, such as radioisotope labeling, MRI, ESR, and electrochemical detection, fluorescence imaging has many advantages, as it enables highly sensitive, non-invasive, and safe detection using readily available instruments. Another advantage of fluorescence imaging we should emphasize here is that the fluorescence signal of a molecule can be drastically modulated, so that sensors relying on ‘activation’, not just accumulation, can be utilized. Until the 1980s, however, fluorescence imaging was mainly applied to fixed samples owing to the lack of fluorescent chemosensors, or probes, suitable for imaging in living cells. In this review, ‘fluorescent probes’ are defined as molecules that react specifically with biological molecules to induce a concomitant change of their photochemical properties (fluorescence intensity, excitation/emission wavelength, and so forth). In the past two decades, following pioneering work by Tsien and co-workers on Ca2+ probes [90], there has been an explosive increase in the number of fluorescent probes developed [91, 92]. Today, several design strategies for fluorescent probes, including photoinduced electron transfer (PeT) [91, 93], fluorescence resonance energy transfer (FRET) [94], intramolecular charge transfer (ICT) [91 and 93], and spirocyclization [95], are well established and have been applied to many probes. Recent examples, developed in Nagano laboratory (University of Tokyo), are shown in Figure 1.4 [95-98]. In the 1990s, probes based on fluorescent proteins utilizing the FRET mechanism [94, 99] emerged with great success. More recently, probes based on nanoparticles [100, 101] and conjugated polymers [102] have been introduced, and some of them have already been applied to in vivo imaging [100]. Although we appreciate the significance of these relatively new scaffolds for fluorescent probes, the scope of this review is limited to recent advances of small-molecular probes in two selected categories owing to limitations of space. For more comprehensive information, readers should consult earlier reviews [91, 92, 103] or monographs [104, 105]. In addition, probes for other analytes, including reactive oxygen species (ROS) [106], reactive nitrogen species (RNS) [107], anions [108], and saccharides [109], have recently been reviewed elsewhere, as have probes with near-infrared emission [110].
1.3.1. Fluorescent probes for metal ions Ever since the advent of fluorescent probes, metal ions have been one of the most fruitful targets. The chemical structures of probes for metal ions can generally be divided into two moieties: chelator and fluorophore. The chelator moiety binds to the metals with a certain dissociation constant (Kd) and induces a change of the spectroscopic properties of the fluorophore. To obtain a large spectroscopic response, the structure of this moiety must be carefully selected, because the Kd value should lie between the concentrations of the monitored ion before and after the stimulus. It should be also noted that intracellular Kd is often different from the value in vitro [104]. Up to now, selective chelators for various metal ions, such as BAPTA for Ca2+, TPEN for Zn2+, and APTRA for Mg2+ (Fig. 1.5.A), have been developed and incorporated into fluorescent probes. The fluorophore is the moiety that determines the wavelengths of excitation and emission, as well as the mode of spectral change (turn on/off or ratiometric). For cell imaging, fluorophores excited by visible light (fluorescein, rhodamine, BODIPY, etc.) are desirable owing to their brightness and low phototoxicity, but those requiring UV excitation (benzofuran, etc.) are still used because they are suitable for ratiometric measurements. Ratiometric sensors, which exhibit spectral shift upon reaction or binding to the target, have advantages over turn-on/off sensors, because the results of ratiometric measurements are independent of dye concentration, bleaching, and illumination intensity [90]. Although dozens of probes have already been developed for the detection of Ca2+ [104, 111], Zn2+ [112], and others, improvements are still ongoing. For example, Bradley and co-workers immobilized a Ca2+ probe, Indo-1, on polystyrene beads to develop a cell-permeable microsphere-based sensor (Fig. 1.5.B), and succeeded in real-time calcium sensing in living cells [113]. At present, most of the probes for cations must be loaded into cells in the form of their acetoxymethyl (AM) ester [103], which is subsequently hydrolyzed by intracellular esterases, because the probes themselves often contain free acid moieties that impede cell-permeability. This AM strategy has proved to be powerful and versatile, but it has some disadvantages, such as incomplete hydrolysis, compartmentalization, and leakage over time [113]. The microsphere-based probe developed by Bradley et al. is cell-permeable in the form of acid salts, and reports calcium concentration at the surface of the beads. While further studies are necessary concerning the mechanism of cellular uptake and the control of intracellular localization of the microspheres, the combination of nano/micro-materials and organic fluorescent sensors is a promising approach. These days, growing attention is focused on two-photon microscopy (TPM) [114], which allows non-invasive imaging deep (up to 1 mm) within tissues, with high resolution. Although existing one-photon probes can be used for TPM, high laser power is often required to obtain clear images owing to the small two-photon action cross section (Φδ). To address this problem, Cho and co-workers developed two fluorescent probes, AMg1 [115] and ACa1 [116] (Fig. 1.5.C), which are specific to Mg2+ and Ca2+, respectively. Both probes contain 2-acetyl-6-(dimethylamino)naphthalene, which was shown previously by the authors to be an efficient polarity-sensitive two-photon fluorophore [117]. One-photon fluorescence of AMg1 and ACa1 exhibited a dramatic (>10 fold) increase upon addition of Mg2+ and Ca2+, respectively, presumably as a result of the blocking of PeT upon metal complexation. Two-photon excitation at 780 nm gave similar results, and notably, the probes had Φδ values over 100 GM, more than five fold greater than those of commercial probes (Mag-fura-2 and Oregon Green 488 BAPTA-1) [104]. Interestingly, when the probes were applied to cultured cells via the AM strategy, bright spots with blue-shifted emission were detected in the cells. On the basis of the solvent-dependency of the fluorophore, the authors attributed the spots to membrane-associated organelles, in which uncleaved AM esters accumulated. Hence, the blue-shifted emission was cut off to acquire the ‘true’ signal from the free and metal-bound probes localized in the cytosol. This simple manipulation allowed the precise distributions of the analytes inside the cells to be imaged. To demonstrate the utility of AMg-1, acute hippocampal slices from mice were incubated with the probe. The TPM images clearly revealed the Mg2+ distribution in the pyramidal neuron layer of the CA1 region. ACa-1 was similarly applied to rat hypothalamic slices and spontaneous Ca2+ waves were clearly visualized by TPM. The results, taken together, validate the applicability of these probes for two-photon imaging of the analytes in living tissue. Other recently developed metal ion probes include visible [97] or near-infrared [118] ratiometric fluorescent probes for Zn2+ reported by our group, and selective turn-on probes for Cu+ [119] and Hg2+ [120] developed in Chang’s laboratory.
1.3.2. Fluorescent probes for proteolytic enzymeProteolytic enzymes, or proteases, are enzymes that catalyze hydrolysis of peptide bonds. They are said to occupy approximately 2% of the whole human genome, and are involved not only in many physiological events, but also in major diseases such as cancer, neurodegeneration, inflammation, and others [121]. Although several analytical methods have been established to investigate the biology of proteases [122], assays using fluorogenic substrates [123] are advantageous as they report not the mere expression, but rather the activity of the target enzymes. Another benefit of these substrate-based probes is that the signal is amplified by the catalytic enzyme reaction. Conventional fluorophores, however, are not optimal for applications using biological samples that have high levels of background signal (serum, urine, etc.). Lanthanide complexes with extraordinarily long-lived luminescence [124, 125] are expected to be advantageous for these applications, because the short-lived background fluorescence can be eliminated by time-resolved luminescence measurements. Recently, we have developed a novel long-lived protease probe by designing a method to modulate the PeT process within a lanthanide complex, and applied it to the diagnosis of cancer [126]. Another approach to elucidate the activities of specific enzymes in complex systems, termed activity-based protein profiling (ABPP), is currently attracting attention [127, 128]. In ABPP, samples are treated with small molecules known as activity-based probes (ABPs), which bind covalently to the active site of the target enzymes, and this is followed by analysis (imaging, SDS-PAGE, etc.) or purification of the target using tags (fluorescent molecules, biotin, etc.) attached to the ABPs. Compared with substrate-based Chapter 1 19 fluorescent probes, fluorescent ABPs have the advantage that they can provide direct biochemical evidence concerning the enzyme(s) responsible for the signal. Furthermore, the spatial distribution of the target can be precisely visualized with fluorescent ABPs. These features should be particularly advantageous in complicated systems containing various enzymes, such as living tissues. Hydrolytic enzymes, including proteases, are the most common targets of ABPP, which have been used in proteomic profiling of metalloproteases [129] and for the investigation of cysteine protease activity during tumor formation [130]. Although conventional ABPs are powerful tools with diverse applications, they are not suitable for live-cell or in vivo imaging owing to the lack of a fluorescence on/off switch. In other words, they are not ‘fluorescence probes’ in terms of the definition in this review, and extensive washout is necessary before images can be acquired. To overcome this limitation, Bogyo and co-workers developed ‘quenched’ probes (qABPs), which become fluorescent only after binding to the target [131]. The first qABP they developed (GB117) incorporated an acyloxymethyl ketone (AOMK) reactive moiety that targets cysteine proteases, together with BODIPY-TMR-X as a fluorophore, and QSY 7 as a quencher (Fig. 1.6.A). Before binding covalently to the enzyme, fluorescence of BODIPY-TMR-X was efficiently quenched (>70 fold) presumably via energy transfer to the quencher. When the probe binds to the active site of the enzyme, the quencher moiety is released from the probe, resulting in recovery of fluorescence. After confirming that qABP could successfully label cathepsins in vitro, the authors applied it to living cells. While non-specific staining of entire cells was observed with the unquenched ABP, a discrete labeling pattern that matched the distribution of lysosomes was obtained using GB117, without the need for a washing procedure. This result indicates that qABPs can provide a good signal-to-noise ratio, allowing direct imaging of protease activity in living cells. Interestingly, in an experiment using cell culture models, the probe and anti-cathepsin antibody gave different labeling patterns, illustrating the activity-directed nature of ABPs.
 Recently, an improved version of GB117, termed GB137, was reported by the same group [132]. GB137, with Cy 5 as a fluorophore, has excitation/emission in the NIR region, which is favorable for in vivo imaging (Fig. 1.6.B). GB137 was found to specifically label active cathepsins in a number of cancer cell lines, while it is insensitive to serum. After confirming in vivo that the probe with the AOMK ‘warhead’ was retained in cancer cells by covalently binding to cathepsins, the authors compared GB137 with the non-quenched counterpart (GB123). The non-quenched probe stained the whole body until unlabeled probe was completely eliminated from the animal. GB137, however, produced a specific and stable signal in tumors from the earliest time point, demonstrating the clear advantage of qABPs. The signal was reduced in mice treated with a cysteine protease inhibitor, K11777, suggesting the potential utility of the probe for the assessment of therapeutic agents that inhibit proteases.
 One possible disadvantage of ABPs over substrate-based approaches is the lack of signal amplification by the target enzymes. Although clear images with sufficient signal-to-noise ratios were acquired in the above cases, it remains yet to be seen whether this strategy is applicable to targets with lower expression levels. Another concern for activity-based imaging is that the inhibition of the target by ABPs might lead to undesirable and non-physiological biological responses. Furthermore, it is no less difficult to find specific activity-based inhibitors for the target enzyme, which are necessary to design ABPs, than to find substrates, which are required to develop substrate-based probes. Considering these points, it seems likely that ABPs and traditional probes will play complementary roles in the field of biological imaging.

さらに、
古川論文のFig.1-4は、Terai論文のFig.1
古川論文のFig.1-5は、Terai論文のFig.2
古川論文のFig.1-6は、Terai論文のFig.3
からコピペしています。Terai論文に関する引用情報は、どこにも見当たりません。

大量の文章や図をコピペされた米国のSilverman氏の論文や東大の寺井氏の論文の購読費は合計約６０-６５ドル位ですが、無料で公開されている早稲田大学の常田聡研究室の博士論文をダウンロードすれば、購読費無しで、寺井氏の論文やSilverman氏の論文を読めますね。

なお、古川氏は大学院在学中に学振研究員DC2として研究費と研究奨励金を得ています。


調査３：寺原猛氏（早稲田大学の常田聡氏の研究室）の博士論文における文章のコピペについてのまとめ
著者：　寺原 猛　（現　東京海洋大学 海洋生物資源学部門 海洋生物工学講座 助教）
論文題目：　「T-RFLP法の環境バイオテクノロジーへの応用」
出版日：　2008年2月
http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/28664（写し）
審査員：　
  （主査）早稲田大学教授 博士（工学）東京大学 常田 聡
  （副査）早稲田大学教授 工学博士（早稲田大学）酒井清孝
  （副査）早稲田大学教授 工学博士（早稲田大学） 平沢 泉

博士論文概要 (写し）
博士論文審査報告書 (写し）
論文本文pdfファイル（写し）（写し2）

寺原猛氏の博士論文の "1.3 The principles, advantages, and disadvantages of fingerprinting techniques"の項、 pp.8-9はコピペです。 一応引用はふっており、導入部分の1文目に(10)として下の文献を引用している。しがって、その文についてのみ参照したかのようですが、実際にはそこから2ページ分ほぼ丸ごとコピペ。 

Ikeda, S., N. Ytow, H. Ezura, K. Minamisawa, and T. Fujimura. 2006. Soil microbial community analysis in the environmental risk assessment of transgenic plants. Plant Biotechnol 23:137-151. （被コピペ部分はp.143の最終項からp.144の大部分）

　さらに、脚注番号がふってある導入部分の冒頭の文自体もほぼコピペですが、元の文献で "There are ”four” principal fingerprinting techniques...."となっているのを "There are ”three” principal fingerprinting techniques...."と改ざんした上で脚注番号をつけており、別の違反があります。（anさんによる指摘：　2014年3月17日 8:24）

 同じ1.3の最終段落、p.11　
T-RFLP is currently…から...DNA sequencers. まで、2 sentences 50 wordsほどは
以下の論文からのコピペです。
”Terminal restriction fragment"を"T-RFLP"と言い変えるなどしていますが他は同一。

John Dunbar, Lawrence O. Ticknor, and Cheryl R. Kuske,
“Phylogenetic Specificity and Reproducibility and New Method for　Analysis
of Terminal Restriction Fragment Profiles of 16S rRNA Genes from Bacterial
Communities, Appl. Environ. Microbiol. January 2001 vol. 67 no. 1, pp.190-197

この箇所に脚注はなく、また、上の論文はそもそもレファレンスに挙がっていません。

同じ著者の別論文が参考文献リストにありますが、その別論文中にはコピペ箇所と同じ文章は含まれていません。また、その別論文の脚注番号が付いているのは寺原論文のまったく別のページであり上のコピペ箇所とは無関係です。

調査４：岸田直裕氏（早稲田大学の常田聡氏の研究室）の博士論文における文章のコピペについてのまとめ
著者：　岸田 直裕　（現　国立保健医療科学院 生活環境研究部 主任研究官）
論文題目：　「実時間制御法およびグラニュール法を用いた生物学的栄養塩除去プロセスの開発」
Other Titles: Development of biological nutrients removal processes using real-time control strategy and granular sludge
http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/28454
出版日：　2007年2月
審査員：　
  （主査）早稲田大学教授 博士（工学）東京大学 常田 聡
  （副査）早稲田大学教授 工学博士（早稲田大学）酒井清孝
  （副査）早稲田大学教授 工学博士（早稲田大学） 平沢 泉


岸田直裕氏の博士論文のChapter 1（General Introduction）の1.2.1 の記述が、韓国人研究者のYoung-Ho Ahn氏の論文（Sustainable nitrogen elimination biotechnologies: A review Young-Ho Ahn Process Biochemistry 41 (2006) 1709–1721 ）の2. Conventional nitrification/denitrificationと酷似している？
同一文章　：岸田氏の論文の1.2.1の項の文章。黄色でハイライトされた部分が韓国の研究者Young-Ho Ahn氏らの論文との同一文章。
Nitrification implies a chemolithoautotrophic oxidation of ammonia to nitrate under strict aerobic conditions and is conducted in two sequential oxidative stages: ammonia to nitrite (ammonia oxidation) and nitrite to nitrate (nitrite oxidation). Each stage is performed by different bacterial genera that use ammonia or nitrite as an energy source and molecular oxygen as an electron acceptor, while carbon dioxide is used as a carbon source. The most commonly recognized genus of bacteria that carries out ammonia oxidation is Nitrosomonas; however, Nitrosococcus, Nitrosopira, Nitrosovibrio and Nitrosolobus are also able to oxidize ammonium to nitrite. These ammonium oxidizers are genetically diverse, but related to each other in the beta subdivision of the Proteobacteria. In the nitrite oxidation stage, several genera such as Nitrospira, Nitrospina, Nitrococcus, and Nitrocystis are known to be involved. However, the most famous nitrite oxidizer genus is Nitrobacter, which is closely related genetically within the alpha subdivision of the Proteobacteria (Teske et al., 1994; Rittmann and McCarty, 2001). Equations for synthetic-oxidation using a representative measurement of yield and oxygen consumption for Nitrosomonas and Nitrobacter are as follows (U.S. Environmental Protection Agency, 1975). 
Ammonia oxidation (nitritation) 
55NH4+ + 76O2 + 109HCO3- → C5H7NO2 + 54NO2- + 57H2O + 104H2CO3 (1) 
Nitrite oxidation (nitratation)
400NO2- + NH4+ + 4H2CO3 + HCO3- + 195O2 → C5H7NO2 + 3H2O + 400NO3- (2) 
Using Eqs. (1) and (1), the overall synthesis and oxidation reaction in nitrification can be represented as follows:NH4+ + 1.83O2 + 1.98HCO3- → 0.021 C5H7NO2 + 0.98 NO3- + 1.041 H2O + 1.88 H2CO3 (3) 
In these equations, yields for Nitrosomonas and Nitrobacter are 0.15 mg cells/mg NH4-N oxidized and 0.02 mg cells/mg NO2-N oxidized, respectively. Oxygen consumption ratios in the equations are 3.16 mg O2/mg NH4-N oxidized and 1.11 mg O2/mg NO2-N oxidized, respectively. Also, it can be calculated that 7.07 mg alkalinity as CaCO3 is required per mg ammonia nitrogen oxidized. Severe pH depression can occur when the alkalinity in the wastewater approaches depletion by the acid produced in the nitrification process. The significance of pH depression in the nitrification process is that the reaction rates are rapidly depressed as the pH is reduced below 7.0. Therefore, in cases where the alkalinity of the wastewater will be depleted by the acid produced by nitrification, the proper alkalinity must be supplemented by a chemical addition, such as lime (U.S. Environmental Protection Agency, 1975). As the second step, denitrification is generally performed by a heterotrophic bioconversion process under anoxic conditions. The oxidized nitrogen compounds (NO2- and NO3-) are reduced to gaseous dinitrogen (N2) by heterotrophic microorganisms that use nitrite and/or nitrate instead of oxygen as electron acceptors and organic matter as carbon and energy source. Denitrifiers are common among the Gram-negative alpha and beta classes of the Proteobacteria, such as Pseudomonas, Alcaligenes, Paracoccus, and Thiobacillus. Some Gram-positive bacteria (such as Bacillus) and a few halophilic Archaea (such as Halobacterium) are also able to denitrify (Zumft, 1992). The process in environmental biotechnology is accomplished with a variety of electron donors and carbon sources such as: methanol, acetate, glucose, ethanol, and a few others (Table 1.1) (Ahn, 2006). Because methanol (CH3OH) was relatively inexpensive, it gained widespread use (Rittmann and McCarty, 2001). Combined dissimilation-synthesis equations for denitrification using methanol as an electron donor are as follows (U.S. Environmental Protection Agency, 1975):
NO3- + 1.08CH3OH + 0.24H2CO3 → 0.056C5H7O2N + 0.47N2 +1.68H2O + HCO3- (4)  
In this equation, the theoretical methanol requirement for nitrate is 2.47 mg CH3OH per mg NO3-N. Neglecting synthesis, the requirement is decreased to 1.9.
Ahn氏らの論文における、"Using Eqs. (1) and (2),---" という文章が、
岸田氏の論文では、"Using Eqs. (1) and (1),---" となるなど、一部、意味不明な文章に改変されており、コピペでさえも杜撰であることが判明。
また、 Ahn氏らの論文における、"In these equations,---"という文章が、 
岸田氏の論文では、"In this equation,---"となるなどの一部書き換えも見られます。

 韓国のAhn氏の論文を購読するには、約３８ドル、費用がかかります。しかし、公に無料で公開されている早稲田大学の常田聡研究室の岸田氏の博士論文を読めば、本来支払うべき購読料を払わずにAhn氏の論文の一部を読めることになりますね。

調査５：副島孝一氏（早稲田大学の常田聡氏の研究室）の博士論文における文章のコピペについてのまとめ
著者：　副島孝一（現　(株)前川製作所 技術研究所 係長）
論文題目：　「新規生物学的栄養塩除去プロセスの開発および制御手法に関する研究」http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/28768（日本語、複数分割）
出版日：　2008年2月
審査員：　
  （主査）早稲田大学教授 博士（工学）東京大学 常田 聡
  （副査）早稲田大学教授 工学博士（早稲田大学）酒井清孝
  （副査）早稲田大学教授 工学博士（早稲田大学） 平沢 泉
博士論文概要 (写し）
博士論文審査報告書 (写し）
表紙（写し）
表紙２（写し）
目次（写し）
第一章（写し）（写し2）
第二章（写し）
以下略・・・

副島孝一氏の博士論文の第一章の1.1 水環境の現状の文章前半は、環境白書からのコピペです（引用情報はあるものの、”あります→ある”など、わずかに改変しただけであり、ほぼ同一の文章です。）
↓　副島孝一氏の博士論文の第一章の1.1 水環境の現状の文章前半
1.1 水環境の現状
　水環境については，水質汚濁の防止，水辺空間の利用の観点からの対策のみならず，水質,水量,水生生物,水辺地等を総合的に捉えた保全対策を推進する必要がある。水は雨となって地上に降り注ぎ森林や土壌・地下水に保水され川をくだり海に注ぎ蒸発して再び雨になるという自然の循環過程の中にあり，その過程で多くの汚濁物質が浄化される。我々の水利用に伴う環境への負荷が自然循環の浄化能力を超えることがないよう，また大気環境や土壌環境を通じた水環境への負荷や水環境の悪化に伴う大気環境や生態系への影響にも配慮した健全な水循環の確保が重要である。また，我々は急峻な地形や狭小な国土という地理的特徴のために生じる，流量の変動の大きな河川等厳しい条件下において水利用を行っている。その水利用は，大気から河川，海域等に向かうまでの間，水資源として開発・供給されること等を通じてさまざまな形で何度も行われ，その後自然の循環に戻される。この過程で水環境に大きな影響を与え，かつ，土壌,生態系等にも影響を与えていることから，これらにも配慮した水環境の保全が必須である。

↓　環境庁の環境白書　第3節 1 水環境、土壌環境、地盤環境の現状の文章
（１）水環境の保全
　水環境については、水質汚濁の防止、水辺空間の利用の観点からの対策のみならず、水質、水量、水生生物、水辺地などを総合的に捉えた保全対策を推進する必要があります。水は雨となって地上に降り注ぎ、森林や土壌・地下水に保水され、川を下り、海に注ぎ、蒸発して再び雨になるという自然の循環過程の中にあり、その過程で多くの汚濁物質が浄化されます。私たちの水利用に伴う環境への負荷が自然循環の浄化能力を超えることがないよう、また大気環境や土壌環境を通じた水環境への負荷や水環境の悪化に伴う大気環境や生態系への影響にも配慮した、健全な水循環の確保が重要です。
　また、私たちは、急峻な地形や狭小な国土という地理的特徴のために生じる、流量の変動の大きな河川等厳しい条件下において水利用を行っています。その水利用は、大気から河川、海域等に向かうまでの間、水資源として開発・供給されること等を通じてさまざまな形で何度も行われ、その後自然の循環に戻されます。この過程で水環境に大きな影響を与え、かつ、土壌、生態系等にも影響を与えていることから、これらにも配慮した水環境の保全が重要です。
調査６：寺田昭彦氏（早稲田大学の常田聡氏の研究室）の博士論文における文章のコピペについてのまとめ
著者：　寺田昭彦（4149）
論文題目：　「バイオフィルムの迅速形成を可能にする材料表面の設計と硝化脱窒逐次反応用の膜曝気型バイオフィルムリアクターへの応用」
http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/5302（EN、複数分割）
出版日：　2006年2月
審査員：　
  （主査）早稲田大学教授 博士（工学）東京大学 常田 聡
  （副査）早稲田大学教授 工学博士（早稲田大学）酒井清孝
  （副査）早稲田大学教授 工学博士（早稲田大学） 平沢 泉
博士論文概要 (写し）
博士論文審査報告書 (写し）
表紙、Contents (写し）
Chapter 1 (写し）(写し2）(写し3）
Chapter 2 (写し）
Chapter 3 (写し）
Chapter 4 (写し）
Chapter 5 (写し）
Chapter 6 (写し）
Chapter 7 (写し）
Acknowledgement (写し）
博士論文概要 Appendix (写し）

寺田昭彦論文1.3.4.1 Fluorescence in situ hybridization (FISH)(pp.18-19) (ca.250 words)は
青井議輝論文 1.2.1 Fluorescence in situ hybridization (FISH) (pp.3-4)　と、
1段落につき3，4語単語が変わっているのみで他は同一。

寺田昭彦論文 1.3.4.2 Microsensors combined with FISH (pp.19-20)(ca.225 words)は
青井議輝論文 1.2.3 Microsensors combined with FISH(pp.4-5)(ca.155 words)に、70語ほどの別の文章が挿入してあるものの他は同一。

寺田昭彦論文のChap.1のレファレンスには青井議輝論文が挙がっている。
だが、上の疑惑部分に青井議輝論文の参照を示す脚注等なし。
その他調査対象論文（常田聡氏関連）：「コピペは見つかっていない」

著者：　近藤貴志（4485）
論文題目：　「汚泥減容化工程およびリン回収工程を付加した生物学的栄養塩除去プロセスの開発と微生物生態解析」http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/28440（EN、複数分割）
出版日：　2008年2月
審査員：　
  （主査）早稲田大学教授 博士（工学）東京大学 常田 聡
  （副査）早稲田大学教授 工学博士（早稲田大学）酒井清孝
  （副査）早稲田大学教授 工学博士（早稲田大学） 平沢 泉
博士論文概要 (写し）
博士論文審査報告書 (写し）
表紙 (写し）
Contents (写し）
Chapter 1 (写し）
Chapter 2 (写し）
Chapter 3 (写し）
Chapter 4 (写し）
Chapter 5 (写し）
Chapter 6 (写し）
Acknowledgement (写し）
Appendix (写し）
「The stirred ball-mill consists of a cylindrical or conical tank, vertically or horizontally arranged. It has a disc mixer and 0.2–0.3 mm ball-shaped millstones inside. 」で検索すると、韓国の修論（こっちが数ヶ月後にでた）がヒットした。 でもマテメソの一部だから良いのかな。ちなみに一致した文章はØdegaard, H.という原著があるようだ。でも、本文(2003)と文献リスト(2004)で年号が違っている 一方、韓国の修論には引用は無い。

著者：　井坂和一（4721）
論文題目：　「嫌気性アンモニア酸化反応を活用した高効率窒素除去プロセスの開発」http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/28722（日本語、複数分割）
出版日：　2008年2月
審査員：　
  （主査）早稲田大学教授 博士（工学）東京大学 常田 聡
  （副査）早稲田大学教授 工学博士（早稲田大学）平沢 泉
  （副査）早稲田大学教授 工学博士（早稲田大学） 榊原 豊
博士論文概要 (写し）
博士論文審査報告書 (写し）
表紙 (写し）
目次 (写し）
第１章 (写し）（日本語）
以下略・・・

著者：　大坂利文（4755）
論文題目：　「排水処理プロセスにおける脱窒細菌群集の分子生態解析と生態制御」http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/28753（EN、複数分割）
出版日：　2008年2月
審査員：　
  （主査）早稲田大学教授 博士（工学）東京大学 常田 聡
  （副査）早稲田大学教授 工学博士（早稲田大学）酒井清孝
  （副査）早稲田大学教授 工学博士（早稲田大学） 平沢 泉
博士論文概要 (写し）
博士論文審査報告書 (写し）
表紙 (写し）
Contents (写し）
Chapter 1 (写し）
Chapter 2 (写し）
Chapter 3 (写し）
Chapter 4 (写し）
Chapter 5 (写し）
Chapter 6 (写し）
Acknowledgement (写し）
Appendix (写し）

著者：　谷英典（4766）
論文題目：　「蛍光消光現象を用いた新規核酸定量手法の開発」
http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/28669
出版日：　2008年2月
審査員：　
  （主査）早稲田大学教授 博士（工学）東京大学 常田 聡
  （副査）早稲田大学教授 工学博士（早稲田大学）酒井清孝
  （副査）早稲田大学教授 工学博士（早稲田大学） 平沢 泉
　（副査）早稲田大学教授 博士（工学）東京農工大学 竹山春子
博士論文概要 (写し）
博士論文審査報告書 (写し）
博士論文本文（写し）

著者：　足立賢(5040)
論文題目：　「アフィニティーキャピラリー電気泳動法を用いた新規核酸解析手法の開発」
http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/34620
出版日：　2009年2月
審査員：　
  （主査）早稲田大学教授 博士（工学）東京大学 常田 聡
  （副査）早稲田大学教授 工学博士（早稲田大学）酒井清孝
  （副査）早稲田大学教授 工学博士（早稲田大学） 平沢 泉
博士論文概要 (写し）
博士論文審査報告書 (写し）
博士論文本文（写し）
時刻:

298 件のコメント:

  1. 匿名2014年3月16日 0:41

    1.2.2 Importance of microenvironment in biofilm
    の項もほぼコピペですね。

    返信削除
  2. 匿名2014年3月16日 0:43

    別ページに投稿したものを、こちらに再投稿いたします。



    問題の博士論文のイントロについて簡単に検討してみました。

    1.1の冒頭以外は、ご指摘のように上記のPicioreanuらの論文（論文１）のINTRODUCTIONからの完全なコピペです。

    1.1の冒頭は、下記（資料１）冒頭からの抽出の可能性がありますが、本資料が問題の博士論文の前に公開になったのかどうかが不明のため根拠は弱いです。
    http://www.aquacircle.org/images/pdfdokumenter/kalender%2009/Biofilmseminar_apr09_full_program.pdf

    1.2.1は、下記（資料２）の1および1.1からの大規模なコピペです。
    http://biofilms.bt.tudelft.nl/pdf/2000_ChapterBook_2_SGM-Exeter.pdf
    資料２は、著者が同じなためか下記（論文２）と同一な部分があります。
    http://biofilms.bt.tudelft.nl/pdf/1999_WatSciTechnol_3_Noguera-et-al.pdf

    1.2.2は、上記論文１のMICROBIAL GROWTH IN BIOFILMSからの完全なコピペです。

    1.3.1および1.3.2は、上記資料２および論文２からの大規模なコピペです。

    1.3.3は、下記（論文３）からの大規模なコピペです。
    http://ronney.usc.edu/BiofilmReferences/049110137.pdf

    1.3.4は、詳細には検討していませんが、下記（資料３）からコピペした可能性が高いです。
    http://biofilms.bt.tudelft.nl/pdf/2003_ChapterBook_3_IrelandIWA_Picioreanu&VanLoosdrecht.pdf

    1.4以降は検討していません。

    コピペのためか、コピペ元の論文や書籍がREFERENCESに引用されていないのが印象的でした。

    以上です。

    返信削除
    返信
    1. 匿名2014年3月16日 1:02

      申し訳ありません。
      上記の論文３は引用されていました。

      削除
    2. 匿名2014年3月16日 1:47

      レファレンスで引用されていればよいというレベルの引用ではないですけどね。普通direct quoteの場合はそれとわかるよう、”で囲みます。学術論文での引用はあくまで中身の引用や参照であって、文章丸ごとコピペ（しかも”なし）はplagiarismです。

      削除
  3. 匿名2014年3月16日 0:44

    武岡研、大和研も調べたらいいですよ。 例えば、"The ordered state is distinguished by the fact that individual molecules are located at restricted three-dimensional regions, for example, a lattice site in a crystal or the position in the three-dimensional structure of a protein"で検索してみれば分かります。まあこんなことをしていくとキリがなさそうですが。

    返信削除
    返信
    1. 匿名2014年3月16日 1:44

      藤枝俊宣の論文に関しては一応引用の番号振ってあるぞ（よく見ろ、10とちっちゃく書いてある）
      まあ段落まるごとコピペして引用の番号振って終わりってんじゃなんかずさんやなあとは思うけど

      削除
  4. 匿名2014年3月16日 1:06

    もう早稲田はおわり、情けない

    返信削除
  5. 匿名2014年3月16日 1:20

    早稲田だけでなく、東京女子医大の面々の研究室の論文も
    どうなっているか興味が沸いてきます。

    返信削除
  6. 匿名2014年3月16日 1:34

    大変な事件になりそうですね。とても早稲田大学だけの問題ではすみそうにない。やはり日本の理系全般にコピペ・盗用行為が蔓延していると見ていい。最初小保方さんの手順コピペ数十行が見つかったとき、数人の理系学者がこんなの大したことないと異口同音に言っていたのを怪しみました。みんなやっている可能性がありますね。大体、教授さえ概要しか読まない論文の英作文を学生がまじめにやり、何十万も大金はたいてリライトにまで出すはずがない。まじめにやっているのはごく少数かもしれません。ついに日本の大学、研究所という虚構が崩れさるときが来たのでしょうか。少数のまじめな学者を除き、大半の教授や研究者は研究などやっておらず、税金にたかる茶坊主にすぎなかったのか。ひょっとしたら他国にも飛び火するかも。

    返信削除
  7. 匿名2014年3月16日 1:44

    うーん。こういった実名晒しは大丈夫なのか？
    小保方さんに関しては公共性の観点からアリだったとしても、こういったヨコ展開を続けると、今現在は学問の世界には携わっていない人までやがては科学的検証の名の下に吊し上げるような行為に加担してしまうのではないか。

    返信削除
    返信
    1. 匿名2014年3月16日 5:35

      実名での学位審査の論評が名誉毀損に当たるかどうかですが、刑法230条の2により、
      次の3要件がすべて満たされると、名誉毀損は成立しません。
      この規定は、表現の自由とのバランスで設けられています。

      ・（指摘された）事実の公共性
      　事実の公共性には特定範囲の社会の利益も含みます。学位が事実上、学術研究に関する資格要件で、その授与をもって巨額の公的補助金が投入される公共性を帯びた審査であることを考えれば、その学位審査が妥当なのか議論することに、十分な公共性があります。
      　なお、公的資格をもつ専門家の技量の論評（医師や弁護士の評判など）も、この要件を満たすから認められます。（そうでなかったら、医師や弁護士について実名で悪評を公表することも、名誉毀損になりますよ）
      　むしろ、一民間企業が運営するレストランやホテルの論評の方が、事実の公共性を満たさない可能性が高いのですが、それですら、なかなか名誉毀損は認めらません。ましてやです。

      ・目的の公共性
      　学術研究に関する不適切な行為の指摘と排除は、そこに巨額の公的資金が投入されている以上、公共性の高いもので、私益のためや、私怨を晴らすためではありません。
      　一方、公的な資金提供を含め公共的な利害のない内容、たとえば純粋に私的な創作物の論評であれば、この要件は満たされないことになります。

      ・真実性の証明
      　これは、公刊された博士論文と審査報告書、引用文献を照合しているだけですから、論評者に改変がない限り、満たされるでしょう。

      よって、3要件とも満たされますので、名誉毀損は成立しません。

      もともと、博士論文は（販売されなくとも）実名で公刊され、
      その審査報告書も審査委員名を明かして公開される義務があります。
      それは、学内の規定で定まっているはずで、学位審査の透明性を保証しています。

      さらに、その審査には一般に公開されている口頭試問の機会がどこかにあるはずで、
      それも事前に公示されているはずです。

      つまり、その博士号授与に学術的な異議がある方は、誰でも公開審査の場で
      その主張を述べることができます。こういうプロセスが義務化されている時点で、
      内容に関する外部の論評を「公開の場」で受けることが了解されているわけです。

      今行われいてる議論は、もともと公開の場で議論ができていたものを、
      事後的に検証しているだけですから、名誉毀損が成立する可能性は
      ほとんどないと思われます。

      もちろん、論文に記載のないこと（論文以外の言動）や、
      プライバシーに関する論評（たとえば人間関係等や）であれば、
      名誉毀損になる可能性が高くなります。

      削除
  8. S. Y.2014年3月16日 1:46

    常田聡さんが主査をしているD論を抜き出してみました。他にもあるかもしれません。騒動以降にヴァカンティの肩書を書き換えたように、改変が加えられそうなので、ひとまず本文ファイルはDLしておきました）。

    ★2006年
    ・寺田昭彦（4149）「バイオフィルムの迅速形成を可能にする材料表面の設計と硝化脱窒逐次反応用の膜曝気型バイオフィルムリアクターへの応用」http://hdl.handle.net/2065/5302（EN、複数分割）
    ★2007年
    ・岸田直裕（4484）「実時間制御法およびグラニュール法を用いた生物学的栄養塩除去プロセスの開発」http://hdl.handle.net/2065/28454（EN、複数分割）
    ★2008年
    ・近藤貴志（4485）「汚泥減容化工程およびリン回収工程を付加した生物学的栄養塩除去プロセスの開発と微生物生態解析」http://hdl.handle.net/2065/28440（EN、複数分割）
    ・井坂和一（4721）「嫌気性アンモニア酸化反応を活用した高効率窒素除去プロセスの開発」http://hdl.handle.net/2065/28722（JP、複数分割）
    ・大坂利文（4755）「排水処理プロセスにおける脱窒細菌群集の分子生態解析と生態制御」http://hdl.handle.net/2065/28753（EN、複数分割）
    ・副島孝一（4762）「新規生物学的栄養塩除去プロセスの開発および制御手法に関する研究」http://hdl.handle.net/2065/28768（JP、複数分割）
    ・谷英典（4766）「蛍光消光現象を用いた新規核酸定量手法の開発」http://hdl.handle.net/2065/28669（EN、http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/bitstream/2065/28669/3/Honbun-4766.pdf）
    ・寺原猛（4767）「T-RFLP法の環境バイオテクノロジーへの応用」http://hdl.handle.net/2065/28664 （EN、http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/bitstream/2065/28664/3/Honbun-4767.pdf）
    ★2009年
    ・足立賢(5040)「アフィニティーキャピラリー電気泳動法を用いた新規核酸解析手法の開発」http://hdl.handle.net/2065/34620（EN、http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/bitstream/2065/34620/3/Honbun-5040.pdf）
    古川和寛（5049）「生細胞内RNAイメージングを志向した機能性核酸プローブを用いる核酸分子蛍光検出法の開発」（EN、http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/bitstream/2065/34629/3/Honbun-5049.pdf）
    ・松本慎也（5051）「分子生物学的手法および数学モデルを併用したバイオフィルム微生物生理生態解析方法論の構築」http://hdl.handle.net/2065/34631（EN、複数分割）

    小保方D論が公開されていないのは、D論提出後は3年程、D論の内容を出版するまで内容の盗用を防ぐために公開しないというオプションが早稲田にあるためではないでしょうか（東大はありました）。

    少し前に「常田聡」で検索したとき2011年にもう一人出てきていたようにも思いますが、小保方晴子のしか出ないですね。

    キリがなさそうです。

    返信削除
    返信
    1. 匿名2014年3月18日 10:31

      失礼だが、常田聡氏の専門は一体何なんだろう？　免疫学、再生医療、微生物学、蛍光プローブの開発と、信じられないほど多岐の分野にわたって様々なことをやっている。これら全ての分野で「博士論文」に値するほどの新規のアイデアを学生と共に考えたり、審査できるほど深い専門知識を有しているとはとうてい信じがたい。

      削除
    2. 匿名2014年3月18日 12:14

      常田聡氏の博士論文のタイトルは「イオン交換基を有するグラフト高分子鎖を利用した高性能タンパク質分離膜の開発」なので、本来の専門は化学工学、高分子膜による排水処理でしょう。
      上の書き込みでも2008年度までは自身の研究室のD論タイトルにも排水処理関連のものが見られますが、2009年度からは変わってますね。
      おそらく、排水処理では予算が取りづらくなって宗旨替えしたのではないでしょうか？

      削除
    3. 匿名2014年3月18日 12:27

      いえ、学生の多くは外研生として学外の知り合いに養子に出しているだけで、
      常田教授自身はそれらの学生の研究についてはほとんどタッチしていないし、
      論文等も評価するだけの知見は持っていないと思います。ただしちゃっかり
      ペーパーには共著者として名前を入れてもらっているのですから、責任はそ
      れなりに取るおつもりなのだと思いますが。

      削除
    4. 匿名2014年3月18日 13:28

      ↑の方が書かれている様に驚くべき事に常田氏の専門は腸内細菌（腸内フローラ）です。
      TWInsはどこも在籍学生人数に対する収容数が少なすぎて各学年の生徒の半分程度は外研に出されます。外研のままM,Dと上がって行き、主査が全く理解できない分野のD論が作られます。当然TWIns周辺から選ばれる副査も何も分からないので読む気が起きないのか査読論文があればパスと言う状態です。
      せめてコピペや引用などの体裁のチェックでもやればいいんでしょうけど、それすらやらない。

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    5. 匿名2014年3月18日 13:53

      大昔から日本の私大の理系学生の多くが国立大や研究所に外研生として
      里子に出されるという慣習はありましたよね。私が在籍した研究室に来
      ていた外見生たちは月に一度二度自分の大学に戻って研究会に顔を出し
      たりはしていましたが、彼らが関与した研究が論文になると、分野違い
      の所属大学のボスも当たり前のように共著者として名前が入っていまし
      た。里子に出す側は何もせずに授業料と実績が手に入り、受け入れ側は
      労働力が手に入るというWin-Winの関係だったのでしょうが、釈然としな
      かったなあ。

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    6. 匿名2014年3月18日 14:56

      外研に出しても、早稲田は文部科学省からの私学助成金を学生の人数分だけ受け取っているはず。その上、まともに指導されていないことも明らかになった。補助金が学生の役に立っていないどころか、形式上学生を集めて指導を放棄する動機になっているのだから、学生にとってマイナスと言ってもいい。これは補助金詐欺だ。文部科学省に是正を求めるべきだ。

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    7. 匿名2014年3月22日 0:37

      外研という制度も、一概に学生にとってマイナスというわけではありません。私立大学（早大だけでなく、少なくとも慶応でも同様の状況があるようです）では教員数に対して学生数がアホみたいに多いので、小規模な研究室ではまともに指導などしてもらえません。人手が足りないのもそうですが、研究予算にも限りがあるので、学生が出来る研究の自由度が非常に低くなりがちです。そこに外研があることで、状況が改善されるわけです。すなわち、里子に出る方も潤沢な研究予算があるグループでしっかり指導されながら研究ができ、私大で残って研究する方も人数が減ることで相対的に予算的・指導的にかまってもらえる程度が大きくなります。このような点で、外研は学生にとってプラスな面があります。まぁそもそも、大学が学生を取り過ぎているのが問題なのは間違いないのですが… なんにせよ、他を変えずに外研のみを廃止/削減すれば、研究室の規模が小さく予算も少ない若手研究者の研究室が立ちゆかなくなるでしょう。大学だけでなく企業も含めて抜本的に方針を変えないと、どうしようもないと思います。

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  9. 匿名2014年3月16日 1:48

    なぜコピペが多いか、なんで自分の論文なのに他人のコピペを貼り付けて成り立つのか。たぶん論文そのもの、アイデアや実験内容からして盗作なのでしょう？だから、その元論文の英文をコピペできるのです。英語論文を書けてえらいのではなく、翻訳さえ満足にできないので、元論文をそのまま切り貼りしちゃってるのです。理系に英語論文が異様に多い理由がわかりました。海外論文を翻訳して盗作というのは文系に多い行為ですが、語学に弱い理系はもっと下等な盗作をやっているのでしょう。英語論文に要注意。

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    1. 匿名2014年3月16日 2:03

      理系に英語論文が異様に多い理由って、それは自然科学分野の事実上の公用語が英語だからですよ。日本語文献は、国際的には存在しないのと同義です。

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    2. 匿名2014年3月17日 16:00

      文系でもまともな学者は英語論文書いてますよ。学者なのに英語論文すら書けない、書いたことないのは論外です。まともな研究してたら国際学会もでるし発表は英語でやります。

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    3. 匿名2014年3月19日 13:31

      「文系」でも分野によりますよ。あたりまえですけど、江戸期の版本の研究とか室町期の抄物の研究してるひとが英語で論文書くメリットない。文系とひとくちに言っても、歴史、哲学、文学、美術とかの分野だと、トップジャーナルの言語は英語とは限らず、「研究対象としている国の」言語であることが多いのではないでしょうか。

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  10. 匿名2014年3月16日 2:20

    おそらく、理系の英語論文には、本人が一行も書いてないものが多くあると思います。つまりある海外論文を丸ごと切り貼りして、改変しただけで提出されているものが少なからずあると思います。元論文が英語なので、切り貼りだけで作れるのは英語論文になるというわけです。今後この醜聞がどこまで拡大するのか恐ろしいです。有名大学の教授たちまでみんなやっていたなんてね。

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    1. 匿名2014年3月16日 21:53

      You must be an あほwww.
      English is a lingua franca in academic field, i.e. papers written in English can be accepted around the world.
      In addition, plagiarism would be easily recognized if the stolen sentences are used in a paper written in English.

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    2. 匿名2014年3月16日 23:18

      理系の英語論文うんぬん以前に、何系の論文も研究もご存じない方のコメントでしょう。
      放っておかれては

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    3. 匿名2014年3月16日 23:22

      文系の方でしょうか？　

      実験科学者の名誉のために言っておきますが、
      丸ごと切り貼りできるのは、マテメソ程度でしょう。
      本文は自分の出した実験データをもとに論拠を組み立てるので、
      丸ごと切り貼りだの、ありえませんから。

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    4. 匿名2014年3月18日 1:53

      一般の人に科学の世界を知ってもらう義務があると思うので書きますが、いくら理系の日本人は英語が苦手だとしても、あなたの言うようなことは論理的にあり得ません。論文というのは、小説なんかと違って、新しく発見した事実を書くものなので、他所からの切り貼りで筋道の通ったものを作ることは、完全に不可能です。
      しかも、論文は専門の同業者（ときにライバル）に査読され、出版後は数多くの専門家の目にさらされます。よっぽど誰も読まないようなマイナーな学術雑誌でもない限り、大規模な切り貼りをすれば、すぐにあからさまになります。

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    5. 匿名2014年3月19日 19:56

      小説だって切り貼りじゃ成立しません。本とか読まないんですかね。理系は無教養な人が多いなあ。

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    6. 匿名2014年3月20日 13:32

      本質からずれた、つまんない揚げ足取りですね。これだから文系の人は。

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    7. 匿名2014年3月20日 14:00

      ＞おそらく、理系の英語論文には、本人が一行も書いてないものが多くあると思います。つまりある海外論文を丸ごと切り貼りして、改変しただけで提出されているものが少なからずあると思います。

      つまり、こんなお笑い種を書くような人は、論文はおろか、小説すらも読んだことない無教養な人だってことですか？＞2014年3月19日19:56の匿名さん。

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    8. 匿名2014年3月21日 2:58

      まともに相手する価値はないでしょう。
      文系、理系、というより、どこぞの2ch系の臭いががします。
      しかし、真剣な意見の多い中で、揚げ足取りって、恥ずかしくないんでしょうかねぇ。
      無理して参加することないのに。

      削除
  11. 匿名2014年3月16日 3:03

    松本氏は、学位取得後にPicioreanu（デルフト大）のグループのところでポスドクをしていたような気がしますが。盗用というよりは、あまりにも仲間意識が強くて馴れ合いで文章を書いてしまったのかも知れませんね。もちろん良くない習慣だとは思いますが。

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  12. 匿名2014年3月16日 3:48

    あれ、本人？知り合いだったら、盗作していいというのはどういう理屈ですか？

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  13. 匿名2014年3月16日 3:51

    知り合いじゃないか、盗作した相手のところにあとから留学したわけだ。

    それとも、これも下書きですか？

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  14. 匿名2014年3月16日 3:53

    相手にバレたら、留学先も追い出されるな。

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  15. 匿名2014年3月16日 3:59

    松本氏の場合は、Picioreanu氏の論文を沢山引用していますから、一部に引用漏れがあっただけではないでしょうか。それにAcknowledgements（謝辞）にPicioreanu氏への特別な感謝の意が示されています。

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  16. 匿名2014年3月16日 4:03

    ＳＴＡＰ細胞が存在する＋小保方さんメンヘラ→・・・・うん、わかる。

    ＳＴＡＰ細胞が存在しない＋小保方さんメンヘラ→・・・・えっ？？？

    自分のうそを信じてしまったってことでしょうか・・・

    あるいはまわりからの圧力か、　、むしろ圧力が足りないのか・・・・




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  17. 匿名2014年3月16日 4:09

    「博士論文概要」と「博士論文審査報告書」がほとんど一致するのは「学位審査する先生たちは超忙しいから「「博士論文審査報告書」なんか一々書いてらんないよ。報告書原案はお前が書いておけ。俺たちはそれに判子押すから」って言われるのだと思う。それ自体は割りと普通のことのような気がしますけどねｗ

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  18. 匿名2014年3月16日 4:12

    この博士論文審査報告書もオボちゃんが作った下書き、俺と関係ない！って言い訳がでそう。

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  19. 匿名2014年3月16日 4:16

    ストレスフルな複合細胞システムだけで起きる奥深い現象だったのかも・・・

    シングルセル実験を本人が一から始めると検証に５年はかかるでしょうね。

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  20. ぽかよけ2014年3月16日 9:31

    理研に金をつぎ込むより、国は教育・研究機関が共同で利用できる盗用検出システム（画像を含めて）をつくる方が先だと思います。

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  21. 匿名2014年3月16日 9:50

    311福島原発事故発生当時、原子力ムラの科学者どもがなぜあのような態度と行動を
    とったのか、福島県民と再稼働を脅迫されている周辺住民は、この帰結を凝視している。

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  22. 匿名2014年3月16日 11:11

    早稲田大の関係したPh.Dは、汚名返上したいのであれば、
    自身の学生時代中の査読論文のリンクをwebに公開したら良いんじゃないかと思うよ。

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  23. 匿名2014年3月16日 11:25

    ひどいですね。これじゃあ、ほとんど地の文がないですね。人の論文を切り貼りして、縮めて、自分の論文と偽って提出してるだけ。これも学位剥奪だなぁ。というか、早稲田自体が学位授与機関としての資格を剥奪されるだろう。もちろん他の大学は大丈夫ということではない。

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  24. 匿名2014年3月16日 11:51

    オボちゃん、常田研の「伝統」にのっとってコピペしてただけなのね。
    今回、コピペを指摘されて騒動になった時、「え？？？？コピペってまずいの？？研究室の人たち、みんなやってたよーーー」とオボちゃんは心底驚いたことでしょう。

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  25. S. Y.2014年3月16日 12:45

    早稲田の論文サイトがみられなくなっているのは私だけでしょうか？

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    1. 匿名2014年3月16日 12:55

      こっちも審査文アクセス不可。組織隠蔽か

      Oops! Google Chrome could not connect to dspace.wul.waseda.ac.jp
      Access a cached copy of dspace.­wul.­waseda.­ac.­jp/­dspace/­bitstream/­2065/­36341/­5/­Shinsa-­5627.­pdf

      削除
  26. 匿名2014年3月16日 13:08

    早稲田のリポジトリにアクセスできなくなってますね

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  27. 匿名2014年3月16日 13:22

    常田研は准教授や講師のポストもない理工系ラボには珍しく、ポスドクやドクター院生以上だけで１０人近く集まる熾烈な環境の研究室です。同じ研究室から１年間に６人も博士の学位を取る人を出したら、東大でも捌ききれないでしょう。結果的に多くの院生を外部ラボへ出向させることになり、コピペ審査報告書が増えるのです。

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    1. 匿名2014年3月16日 23:22

      なぜ常田研究室はそのようになるのですか？
      指導しきれないなら採用しなければよいのでは。研究に頭数が必要だというのならわかりますが、外部に出すならまさに採る意味がない。

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    2. 匿名2014年3月16日 23:59

      外部のラボに学生を出しても、そこで行った研究成果を論文にするときは学生の本当の所属先の指導教官として名前が載るので、自分の研究室の業績になる。
      あと、東大出身の先生（常田教授も東大卒）は、現職が定年まで居れるポジションであっても、東大教授になることを目指す人がいる。
      その場合博士号を何人取得させたか、その弟子から何人アカデミックで活躍している人間がいるかも評価のポイントになるので、実際の指導は他所に任せても学生を受け入れる場合がある。

      わたしが１年半前まで居た地方の旧帝大研究室の教授も、東大教授を狙っているらしく、学生に博士課程進学をめちゃくちゃ進めてたが、その人の人間性をよく知っている学生たちは頑なに首を立てに振らなかったので、知り合いの企業の技術者で博士無しの人を言葉巧みに誘って入学させたり、日本の大学でドクターとって泊つけたいだけの中国人を大量に受け入れて、その後放置している。

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    3. 匿名2014年3月17日 18:03

      校費も院生の頭数に比例してもらってますしね．院生は教員にとってはお金もって働きに来る鴨ネギなんです．

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    4. 匿名2014年3月17日 20:18

      出身ラボの話でお恥ずかしいのですが、
      中途退学したいと言ってるD1学生を休学年限ぎりぎりまで引き留めて退学させなかった、ということがありました。
      もともとDの定員が少ないところで、一人退学すると退学率20％とかになってしまうので、文科省の手前、教授会がすぐに退学を認めなかったようです。
      国立だったので、助成金にダイレクトに響くからなんでしょうけど、これは教育機関としてあるべき姿なのか？と思ったものです。

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    5. 匿名2014年3月17日 22:58

      3月16日7:22の者です
      なるほど、外部に出すことにもそういうメリットが。
      院生募集中＝自分の奴隷募集中という印象が強くて思いつきませんでした。
      他にもいろんな事情で学生の引きとめがあるのですね。

      どっちにしても院生を人とも思っていないところは一緒でしょうか。確かに、研究上の人間関係は正直言って時々よくわからなくなります。
      でも、研究者としての作法くらいは伝授しないと、後に跳ね返ってくるでしょうね。
      今回のように。

      削除
  28. 匿名2014年3月16日 15:46

    こんな大学の総長が安倍内閣の教育再生の会議の議長ということだけど、肩書だけに頼る悪弊だ。こんな人に日本の教育の再生をゆだねられない。直接の責任はともかく、マネジメント能力ゼロを露呈している。ただちに人選をやり直せ。どうも下村文科相の線らしいが。本当に人心を刷新しないと日本の教育の危機だ。

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  29. 匿名2014年3月16日 16:06

    早稲田完落ち!!!!! データベース遮断してもそのうち内部告発くるよ。しかし、内容はともあれ、記者会見、情報開示した理研や逃げ隠れしないNature、若山氏などと比べこれと逆行した行動を始めたのは、完敗を認めたということだ。
    文部官僚のシナリオも崩れた。

    でも、アクセス集中して想定外の技術対応が強いられる、ヘタレDBでしたという「
    落ち」が、明日発表あるかもね。事実そうでも、もう誰もあんたらの発表は信じませんよ。
    完落ち中の都の西北殿。いったい、いつ記者会見するのかな??

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  30. 匿名2014年3月16日 20:11

    審査報告書については、差分が小さくても致し方ないかなと思う部分もあります。実態としては学位申請者たる学生本人が概要を書き、それを手直しして審査報告書を代筆し、最後に指導者に印鑑をもらうわけで。本当に審査委員が報告書を書いてるケースはあまりないんじゃないかな。もちろん、それはいけないことだと形式上言うことはできるけどね。全体からすると瑣末な問題だと思う。根本的な問題は学位論文以前の教育だと思います。

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    返信
    1. 匿名2014年3月16日 21:18

      そんなことはありませんよ。我々のところでは、報告書はきちんと指導教員が書きます。そんなことあたりまえじゃないですか。忙しいなんていうのは何の理由にもなりません。

      このような居員は忙しいから十分な指導ができないのでしょうね。グローバルスタンダードからすると明らかに学位審査員としては失格です。

      ちなみにどこの研究科ですか？

      削除
    2. 匿名2014年3月16日 22:02

      グローバルスタンダードですか．．．単にそれぞれが狭い経験を語っているだけにみえますが。他にも２、３指摘があったことからも分かる通り、あり得ないというほど、現状で非常識なことではないと思いますよ。学生の書いた報告書に問題があるのであれば、承認せずに直させるか、あるいは教員自身が修正すればよいだけです。忙しいかどうかは別に問題にしていません。

      もちろん、今回の審査報告書が杜撰でないとは言いませんし、審査委員が学位論文を読んでいないことは明らかで、責任重大であることは疑いの余地はありません。

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    3. 匿名2014年3月16日 22:04

      「我々のところ」って、どちらの施設でしょうか？
      申請者自身が報告書を書かなければならないようなクソ施設から見ると、心底うらやましい限りです。是非教えてください。

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    4. 匿名2014年3月16日 22:50

      某国立大学の理学系です。名前は明かさないことにしましょう。報告書を書くのは教授の当然の仕事だと理解しています。

      小保方問題は彼女の問題もありますが、このようなモンスターを作り出した学生時代の指導教員の姿勢、また彼女の「見栄え」を利用しようとした直属の上司の姿勢も厳しく追及すべだと思います。

      目立ちたがり屋の「未熟な」一若手の責任を押しつけ、幕が引かれるることを危惧します。

      削除
    5. 匿名2014年3月16日 22:58

      >グローバルスタンダードですか．．．単にそれぞれが狭い経験を語っているだけにみえますが。

      一応日本を代表して国際学会の評議員をつとめており、それなりに世界の状況はつかんでおります。また、GCOEの拠点長もやっておりました。これはどうでもいいですが。

      削除
    6. 匿名2014年3月16日 23:52

      「どちらの施設でしょうか？」と質問したものです。
      回答ありがとうございました。

      私自身は主査から、「申請者が実験の意義を最も理解しているはずなので、報告書はあなたが書いてください。そのことこそが学位の証でもあるのです。」と言われました。
      一理あるなと思いましたが、結局は「私には審査する資格がない」ということなんですよね。。。

      削除
    7. 匿名2014年3月17日 0:01

      この主査、ちょっとどうかしてますね。例え申請者が内容に最も精通しているとしても、審査は主査や副査がおこなうものであり、その責任において報告書を書くのが当然であり義務です。

      一方、次の職にアプライする場合の推薦書については、少々事情はことなります。推薦状を書くことは、必ずしも主指導教員の仕事ではありません。従って、申請者自身に書かせてそれに判を押すことはあります。このような文書を書くことが、本人の訓練になる面もあります。もっともこのよな場合でも、私はこれにそのまま印を押すのではなく、私見を加えたり、書き直したりしますけど。

      削除
    8. 匿名2014年3月17日 1:26

      >一応日本を代表して国際学会の評議員をつとめており、それなりに世界の
      >状況はつかんでおります。また、GCOEの拠点長もやっておりました。

      見識のあるご意見に対して狭い経験などと申し上げて失礼いたしました。当方は旧帝大の工学系研究科の学位を取得して10年ほどの若輩者です。私の時は、かなり修正は加えられましたが、下書きを書いたのは自分自身です。もちろん作法としてコピペにはならないようにしましたが。
      ちなみに指導教員は剽窃や引用に関しては大変厳しい方でしたし、忙しいからといって決して指導を疎かにするタイプではありませんでした。

      申し上げたいのは、小保方氏の報告書に関して断罪するのは結構ですが、慣習の違いがあることは前提としないと、全体で受け入れられる議論にはならないですよ、ということです。どうかしているとか、当然だとか、失格だとか何かと決めつける方がおられますが、それに対して反論が出てくるのは、そういうことです（他にも同様のご指摘がありますね）。

      その慣習がいけないという批判自体はあり得ますが、それは別途議論すべきことだと思われます。これに関しては、この機会に統一見解を出して頂いて、是非、全国の大学に通達すべきです。それ自体は学生のコピペ依存症を治すには何の役にも立ちませんが（学位論文以前の問題なので）、ある人は常識の範疇だといい、ある人はとんでもないことで教員失格だというような見解の分かれる現状はよくないと思います。

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    9. 匿名2014年3月17日 8:33

      先ほど返事させていただいたものですが、こちらこそ失礼しました。おっしゃることは理解しました。報告書の書き方、主査に関しては各研究機関の規定や慣習があるので、一概にはいえないのでしょうね。ただ、個人的にはやはり教授が評価書を書くべきだと考えています。

      評価書まで手を伸ばすと、小保方氏の今回の問題から焦点が若干ずれそうで、あまり生産的な話題提供にはならないようです。とはいえ、小保方氏の疑惑をこれ以上追及するのもあまり意味がないような気もします。すでに結論は明らかであり、これ以上突っ込んで色々証拠をだすまでもないかと思います。

      このようなことが起こらないためには、１）早稲田理工の見解（単に論文取り下げで終わらせていいのか）、２）理研の直属の上司である笹井氏の関与、についてもっと追及したいところですね。

      また、より大きな構図として、理研の特定法人化に絡んだ政治的動きとともに、利益相反事項という儲けにからんだ問題点についても、より深い追及がなされるべきかと思います。

      これらはこのサイトの本来の趣旨ではないと思いますが、ここをチェックしているであろうマスコミ諸氏には、小保方氏個人の問題で片付けずに是非これらの点を洗ってほしいものです。ロッキード事件（ちょっと古い？）以来の大きな疑獄、しかも日本の科学界の基盤を揺るがせない大きな問題が隠れていると思われます。

      最後ながら、自戒を込めてGCOEとはなんだったんだろうとつくづく思います。小保方氏もＧＣＯＥでハーバード派遣されたようですが、海外修行とか適当な名目で大判ぶるまいで海外の研究所に派遣され、その結果がこれですからね。うちも確かにＣＯＥ期間中にＤの数は増えましたが、質の低下（無理してＤに入れたり、十分な指導ができないなど）は明らかでした。

      長々と失礼しました。今回の件に関する本サイトの貢献に敬意を表します。

      削除
    10. 匿名2014年3月17日 9:32

      わたしも宮廷G-COEに関わったことがありましたが，あれは本当にひどい制度だったと思います．本来は博士課程に行く力がない学生と指導する力がない教員にも予算が行ってしまい結局学位審査の時には大変なことになったことも少なくありません．大学ごとにばらまくのではなく学振の枠を増やすべきだったのだと思います．しかし，そもそも大学院重点化自体が失敗で，大学院の定員を半分に戻すべきです．このままではこれからも同じような博士を乱造することになり問題は繰り返されるでしょう．

      削除
    11. 匿名2014年3月18日 12:04

      とある国立大工学系学科で博士号を取りましたが、審査報告書は自分で下書きをかきました。それに限らず奨学金等の推薦書も自分で下書きを書いてもってこいといわれました。自分で自分を褒める文章を書くのはどうもムズムズしていやでしたが。ただし学位論文の審査がザルってことはなく、主査副査ともに細かく読んでいましたよ(細かいところまでいろいろ修正を指示されましたから)。

      削除
  31. 匿名2014年3月16日 20:12

    早稲田だけじゃない．早稲田はもうだめだが，早稲田だけじゃないぞ．
    抜本的に見直すんだな．すべてを．
    この真面目な人間が損をする社会を変えろ．

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  32. 匿名2014年3月16日 20:23

    学位審査報告書の件に関しては、断罪する前に一般的な学位審査の慣習について知っておく必要があります。いくつかの学部、研究科において、学位審査報告書は学位申請者が自分で書きます。審査が終わった後に、その書類に OK をもらって、審査員が認めた文書、ということになるのです。審査員はだいたい、権威ある教授であり、自ら審査報告書を書く労をとることはまれです。したがって上記はコピペでなく、単純に小保方氏が両方の文章とも用意した、と考えるのが自然です。こうした慣習に対して、理解したうえでの批判は建設的と思いますが、コピペと捉えると勘違いになる危険があるので指摘しておきます。

    かりにコピペであっても、審査員の利益と関係ありませんからこの問題にあまり深刻さはありませんが、この辺を踏まえておくと、単に業界の常識にすぎないともいえます。

    ちなみに、これは欧米においても、教授に推薦状を書いてもらう際によくある慣習でもあります。教授は忙しいので推薦文をほぼ完成させて、サインをもらうというのは正しいやり方です。

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    返信
    1. 匿名2014年3月16日 20:39

      というか「忙しいから」とかで済ます現状がだめだって言ってんだよ．
      何が「権威ある教授は忙しい」だ．アホか．仕事せず権威に乗っかってるんじゃねえよ．

      削除
    2. 匿名2014年3月16日 21:09

      報告書を申請者に書かせるなどあり得ない。推薦書と学位審査報告書とは全く異なります。このような教員の姿勢では、その学生がコピペOKと考えるのも不思議ではないですね。

      うちの研究室でも毎年２名程度の学位をだしていますが、報告書は当然私が書きます。上記のような慣例を行っている教員は猛省すべきです。

      ひょっとして早稲田理工の方ですか？

      削除
    3. 匿名2014年3月16日 21:21

      きちんとした教授であれば、そんなことありえません。
      下書きを書かせるくらいはあるかもしれませんが、
      最終的にはそれを元に自分の文章に書き直しているはずです。

      忙しくても、それは"教授"の仕事ですから…。

      削除
    4. 匿名2014年3月16日 21:26

      私は早稲田理工の人間ではありません。

      先に述べたように、このような慣習を理解したうえでそれを批判するのは、結構です。ただ、ありえないかどうかというと、現実にある、という事実を述べたのみです。賛否は当然両方あってしかるべきです。

      これはまた別の問題ですが、あなたの研究科のように、大学院生の学位審査の主査を指導教員がするところがありますね。工学系に多いのでしょうか。これも非常に悪しき習慣です。第三者に当たる教員が主査、副査をする研究科のほうが、学位審査における客観性に配慮しているといえるでしょう。

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    5. 匿名2014年3月16日 21:51

      「ありえない」というのは、「ない」という意味ではなく「あってはならない」という意味で用いました。表現が不適切だったかもしれませんね。

      いずれにしても、推薦書と学位審査報告書を同一レベルで議論することは関心しません。報告書は主査が書くべきであり、学生に書かせるのはもってのほか。学生がそんなものかと思っても仕方ないでしょう。

      なお、主査は理想は主指導教員と別の方がおこなうのが理想でしょう。しかしながら、特に地方の小さな専攻では、なかなかそのようなことが現実的でないのが現状です。とはいえこの点は私の知る限り、欧米の大学でも必ずしもこの限りではありません。

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  33. 匿名2014年3月16日 20:43

    マジで「忙しいから」と言ってる偉い（笑）権威ある（笑）大先生を見ると反吐が出るわ．
    忙しくない職に行かれたらいいんじゃないですかね～（ゲス顔）
    小保方はスケープゴートになってるが，日本の現状が腐ってるんだ．
    何が「忙しい」とか「権威」とか「有名大学」だよ．恥を知れ．

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  34. 匿名2014年3月16日 21:04

    理系の博論って楽でいいな

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    1. 匿名2014年3月16日 23:03

      文系の方ですか？

      ＞理系の博論って楽でいいな

      そうとは限りませんよ（早稲田の理工は知りませんが）。
      私は文系で修士まで、理系で博士まで取りましたが、それぞれ苦労は異なります。
      これから文系で博士課程に行きますが、実験科学と違って楽だな、と思う面は多々あります。
      少なくとも文系では、低温室にこもったり、体に悪そうな試薬を使ったり、等々、しなくていいですから。

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  35. 匿名2014年3月16日 21:09

    松本のは謝辞にPicioreanu氏に学んだり、議論したりとあるし、実際に一緒に研究していたっぽいので許可を取っている可能性もあるんじゃないでしょう？この段階で盗用と決めつけるのはかわいそうでは。
    http://biofilms.bt.tudelft.nl/group.html

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    1. 匿名2014年3月17日 1:41

      こういう形での使用に許可を出す科学者は想像できませんが、このレベルの転用は著者の許可うんぬん以前の倫理的問題です。イントロといえど大部分をコピペで済ますような倫理観の持ち主に博士号という研究者の免許を与えるというのは、万引き経験者を警察官に採用するようなものだと思います。

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  36. コタロウ2014年3月16日 23:45

    日本で博士号を取ったあと、現在北米で大学教員をしているものです。松本慎也氏の博士論文審査員をみて、あれ？と思ったのですが、全員早稲田大学内の先生方ですね。と思って自分の博論審査を考えたら、審査員はやはり全員学内の先生方でした。北米ではこれはありえなく、私の大学を例にとりますと、規定で学外の著名な先生を最低２人審査員にいれなければなりません。しかも、指導教官に近い外部の先生を避けるため、審査員は学内審査を経て承認を得なければなりません。もちろんこれで完全に独立した審査員が毎回選ばれるわけではありませんが、少なくとも学生及び指導教官にはそれなりのプレッシャーを与えることになっていると思います。日本を離れて１０年になりますので現状はよく把握していませんが、もしいまだに博論の審査員が学内の先生だけで固められているようでしたら、そこらへんから変えていけばいいのではないでしょうか？

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    1. 匿名2014年3月18日 13:08

      学内の先生が主査、副査をするところは多いと思います。しかしながら、早稲田の様に指導教官が主査というところは珍しいと思います。

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  37. 匿名2014年3月16日 23:56

    論文と審査報告書の関係ですが、判決を被告（又は原告）が書くのですか？面白すぎる世界ですね。その辺から変えないと、こうした不祥事は無くなりませんね。それをシレッと「普通、慣行」と肯定するのもすごい神経ですね。（論文審査と判決は違うという反論が目に見えていますが、そういうのは本質に対して「些細」です。）

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    1. 匿名2014年3月17日 0:48

      それが、司法の世界でも検察と裁判官がべったりで、判決文にコピペが生じたりするわけでして。。。
      http://www.the-journal.jp/contents/newsspiral/2011/10/post_803.html

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    2. 匿名2014年3月17日 1:19

      >判決を被告（又は原告）が書くのですか？
      うん？　原告、被告という言葉づかいから民事裁判と想像しますが、裁判こそ、原告が訴状の「請求の趣旨」に、被告は答弁書に、それぞれが求める判決の内容を書きますよね。
      請求が全部認容されれば当然に原告の記載のままの判決になる。それ自体はおかしくはない。
      また、今回流用が問題になっている部分は論文の内容の概要であり、評価ではなく事実の部分なわけですが、これも一方当事者の主張した事実が全て認定されれば判決理由の事実の部分はほぼそのままになります。

      というわけで、判決を例にとると、逆に、当事者が示した文書や主張のほぼそのままでも問題ないことになりませんか。（もちろん審理が構成であることは大前提ですが。）なぜなら民事裁判は当事者主義だから。
      おそらくそこが論文審査と本質的に異なるかと。

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    3. 匿名2014年3月17日 3:22

      どうも、あまりよくご存知ないのか、学位論文の審査をいかにもマスコミ的発想で「癒着」のように捉えられているようですね。

      一般的には学位論文の審査は予備審査と本審査があります。あえて例えるなら「判決」に相当するのは本審査の方ですね。多くの場合予備審査で厳しい試練が待っています。「裁判官」が痛いところをチクチクとついてきて、大幅修正やら再実験が必要になったりします。サイエンスですから、ここに妥協はありません。

      次に予備審査を乗り越えられれば本審査ですが、本審査で不合格になることは、ほぼないでしょう。なぜなら、不合格になるような学位論文は「判決」を出す前に、取り下げられるからです（さらにいえば、予備審査を通過できそうもなければ、学位申請に指導教員がそもそもGOサインを出しませんが）。

      「判決」は、その良い悪いは別にして本当に審査委員が書く場合も、申請者本人が書いて指導教員および審査委員に承認を得る場合もありますが、いずれにしても「裁判官」の忌憚のない意見をふまえたものにはなります。

      以上の流れに関して議論はあるでしょうが（おそらく海外とは異なるのでしょうね）、「慣習」を単に癒着ととらえ今回の不祥事を生み出す温床であると一般化するのは些か短絡的です。それよりも早稲田大の常田研でどのような卒論・修論の教育が行われていたのかを明らかにするのが、まずは先決です。要は卒論も修論も学位論文も指導教員がみておらず、コピペを学生の間に蔓延させてしまったんでしょうが。

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    4. 匿名2014年3月17日 7:21

      7.56で問題提起したものですが、9.19及び11.22の反論？または補強ありがとうございました。厳密に議論すると、両者の言い分に是とするところも多いと思います。私が言いたいのは審査する側とされる側の関係で、審査される側が審査報告を準備する（原案を作る）のは適正さを欠くという点につきます。（引用は相手の主張としてもちろんあるでしょう。）
      少し事例は違いますが、今回理研で調査委員会を立ち上げ、委員長は理研内部の人間だったようです。この人の人事権は最終的に理事長にあります。実は研究チームの人事権も最終的には理事長にあったんですよね（何処まで委任しているかは別）。このような調査がどこまで説得力を持つと思います？理事長と委員長は事前に何らかのコンタクトをしているでしょう。通常第三者委員会（今回はとてもそうではないが）は、ヒアリング以外は調査側と非調査側の調査以外の接触を禁じます。中立性を保つためです。
      両事案を通じ、審査（調査）する側とされる側のスタンスだけは厳然とわきまえてほしい、でないと信頼性が低いものになる、という原点の確認です。

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    5. 匿名2014年3月17日 8:09

      ご指摘は一般論としてはごもっともで、わかりにくいのは事実でしょうね。実質的な審査は予備審査であり、本審査は最後を飾る晴れ舞台に過ぎず、審査報告書も誰が書くにせよ、現状では最後に提出が必要な書類の一つという位置付けにすぎないように思います。本審査を含めて、さらに学位審査を厳格にすべきという議論は別途起こりえるでしょう。

      一方で私が言いたいのは、論文の審査体制が今回の小保方氏およびその周辺の問題の根源の一つだとみては、事の本質を誤るというのが私の意見です。そもそも学位論文の審査は不正を見抜くためのものではありませんから。もちろん、今回のような杜撰な論文なら審査員はページを開いた瞬間にアウトを宣告すべきですが、それは審査体制の不備というより、それ以前に指導教員の行った論文指導の不備・教育体制の不備ということに尽きます。あるいはコピペの容易化に指導体制がついていっていないことでしょうか。

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    6. 匿名2014年3月17日 10:04

      >判決を被告（又は原告）が書くのですか？面白すぎる世界ですね。
      >（論文審査と判決は違うという反論が目に見えていますが、そういうのは本質に対して「些細」です。）

      >あえて例えるなら「判決」に相当するのは本審査の方ですね。
      >多くの場合予備審査で厳しい試練が待っています。

      >不合格になるような学位論文は「判決」を出す前に、取り下げられるからです>（さらにいえば、予備審査を通過できそうもなければ、
      >学位申請に指導教員がそもそもGOサインを出しません

      民事訴訟でも、判決前に当事者が（妥結し）合意の上、示談する手続きがあります。
      実質的には、（研究生活的に）問題ない場合の博論審査も、
      民事訴訟における示談に近い「運用」なのだろうと思います。

      それでは馴れ合いの温床では？と考えるのももっともですが、
      基本的に限られた時間で文書でやり取りされる訴訟と異なり、
      予備審査や、それ以前の研究生活で、
      毎日8-12時間単位をさらに年単位で指導教官と院生は共にしていたりするので、
      それだけの間、片方だけが”ごまかし”切るのは別の意味で困難です。

      博士課程に限らず、修士課程であっても、
      本人が過労その他で人前で話すのも難しい状態に陥った場合などは、
      「もう一年かけて、来年審査を受けなさい」という内部処理になる場合もあります
      （もちろん、その間の学費その他は本人側持ち）。

      この「研究生活」のチェックの部分が、例えば
      >それ以前に指導教員の行った論文指導の不備・教育体制の不備ということに尽きます。
      と書かれたりしています。

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  38. 匿名2014年3月17日 0:32

    >面白すぎる世界ですね。
    >それをシレッと「普通、慣行」と肯定する

    実験科学自体は、常に国際競争がつきまとうのですが、
    こと学内教育の話となると、とんでもない慣行だらけですよ。
    私は15年ほど社会人を経験し（その間、海外赴任もあり）、
    理系アカデミックの世界に入ったのですが（旧帝）、
    その異常な生態系にはついぞ慣れることはできませんでした。
    独特の生態系が不祥事の温床になっているのは間違いないことですが、
    変えるにしても何から手をつけていいのやら・・・


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  39. 匿名2014年3月17日 0:52

    おかしな慣例に従って自分の頭で考えない科学者とは，心底大笑いだ．
    これが日本のソーカル，ボグダノフ事件だとすれば，
    日本もようやっとそこまで科学が一般化してきたとも言えるのか？

    だが何にしてもまずは今の腐敗しつつある現状を厳しく糾弾すべきだ．
    理研，早稲田を皮切りに，各大学，文科省，すべてをな．

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  40. 匿名2014年3月17日 3:50

    松本氏の論文は、小保方氏のＤ論に比べればきちんと準備して書かれたように見えます。
    それでも、セクション1.3.4.、まさかの見出しに参照挿入、中身は""符号もなくほぼそのまま書き写し…新しい引用手法。

    慌てて出したわけでもない論文でのこうした中途半端な書き方は、彼が不当なパクリをする意図はなく、これが誠実な参照のつけかただと思ってやっていたことを示しているように思います。

    1つの説明を他の文献に丸ごと依拠するなら、本来、According to X, 等の導入を設けて参照を明らかにしたうえで、Ｘ氏の記述を自分の文章でまとめる、といった作法が求められるでしょうが、彼はそれを知らずこんな参照のつけ方でいいと思った。

    まったく指導者に指摘されなかったからでしょう。そして、先輩の論文も同様のものだったからでしょう。事件の原因の一端がより明らかに見えた気がします。

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  41. 匿名2014年3月17日 6:46

    学位論文というのは、完璧なものである必要があるか、という点なのです。

    通常の商業誌、学会誌に掲載される科学論文というのは、一応、完璧を目指します。もちろん、完璧を目指して、査読された上でも、誤植、引用ミス、などは、しばしば見るので、人間のなせることとして、仕方がないことだと思いますが。こういう誤植や引用ミスなどをすべて指摘して、訂正させていたら、あまりの仕事量になってしまい、「前に進んで、創造的な仕事をする」という科学研究の姿とは逆に、重箱の隅をつついては、過去を後悔するというような感じになってしまいます。こんな姿が、科学研究の目指すところではないでしょう。

    学位論文は、学生の実験レポートと、こうした本当の科学論文の中間に位置づけられるものでしょう。学生の実験レポートでしたら、間違いがあれば、教員等から指摘されて、その間違いを確認するところに教育効果があるわけです。

    学位論文にもそのようなところはあるでしょう。ですから、明らかな間違いや変なところが多数あって、教員や審査者が修正を要求した形跡がなければ、それは問題です。もちろん、教員が見逃すという部分もあるから、完璧にはならないとは思います。

    ですから、ある程度の間違いや変なところは、大目にみるということは、学位論文の場合、あってもよいと思います。それが、常識的な数を超えているという場合のみ、問題にすることができると思います。

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    1. 匿名2014年3月18日 0:25

      学位論文を書いたことのない人ですか？指摘されているような大規模コピペは処罰されるべきルール違反であって、教育や訂正の対象となる誤りではありません。

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    2. 匿名2014年3月18日 1:26

      誰かの学位論文は、まるっきりいい加減でおかしいといってるわけです。
      しかも、意図的にやってることが明らかなレベル。うっかりじゃない。
      「完璧でない」というのとは、だいぶ違うんですが、わかんないですかね？
      若い女の子は甘く見てもらえて得だな（笑）
      他の捏造事件の男たちには無かった論調だ。

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    3. 匿名2014年3月18日 1:28

      「学位論文は、学生の実験レポートと、こうした本当の科学論文の中間に位置づけられるもの」というのは全く違います．博士論文の審査は一般のジャーナルの査読以上に厳しいものです．博士論文の審査員の方が一般のジャーナルの査読者よりも数が多いですし，本人の説明を直接聞き，質問もする審査会も行われます．審査員の全員を納得させなければ学位は授与されません．だからこそ，博士取得の条件に学術論文の主著を何報か書くことといったものがあったりするのです．もしも「学生の実験レポートと本当の科学論文の中間に位置づけられる」のなら大学院に入って「本当の科学論文」を書く前に博士論文を書いて博士が取得できてしまいますよね．博士学位は研究を自分で主導して論文も書くためのある程度の経験を積んだことの証明なのです．

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    4. 匿名2014年3月18日 2:04

      >若い女の子は甘く見てもらえて得だな（笑）

      上の立場にいる男たちが勝手に甘くするのでしょう。当の女たちは迷惑しています。（中には奇貨とする人もいるかもしれませんが。）
      結果の高低にかかわらず、研究の適正な評価を受けるというのは研究者にとって重要な権利ではありませんか。

      私もかつて勝手なひいきによって研究上有用な批判を適切に受ける機会を奪われ、
      後で聞かされて心底落胆したことがあります。
      （心血注いで準備した発表だったのに、厳しいコメントをすると予想される人が
      来られないようにしてあったのです。）

      特に若い人であれば、勝手に年上の男がひいきするのであって、
      本人には責任がないことでしょう。それで研究上の当然の批判等を受けられないのであれば、その彼女自身の鍛錬の機会が不当に奪われているのです。
      女が得をしているなんて、矛先の方向を間違われていませんか。

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    5. 匿名2014年3月18日 2:55

      は？
      「捏造」「剽窃」については当然、小保方に矛先を向けてますけど。
      「若い女は得だな」は、矛じゃなくて、感想です。
      未だに、「責任は小保方にはない」って論調が見られる原因の一つ。
      「若い女」をちやほやするのは、なにも年上の男性には限らない。
      弱く「見える」ものを庇うのは、人間の習性といえます。
      「責任はオボにはない。ちやほやした男にある」というのも、同類の意見では？
      注意してくれる人がいなかったから、悪いことしちゃったんだ、みたいな。
      30にもなって？

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    6. 匿名2014年3月18日 3:58

      早稲田において、小保方さんが、何故、特にレアなケースとなったか？
      （理研の調査委員長の石井先生も「レアなケース」という言い回しをされていましたが、早稲田でも不適切なデータの使い方に関しては「レアなケース」なのではないでしょうか）

      早稲田大学でこのようなことが起きた、その背景をよく分析し、反省する必要があります。調査委員会がその役割を担っているかと思います。

      何故、小保方さんは、学部4年時には常田研で微生物のテーマで卒論に取り組んでいたのに、1年でその研究課題をとりやめることになったのか。そして、修士から女子医大という外部研究機関に出される（＝ 外研に出される）ことになったのか（指導教官は大和先生）。常田研と女子医大との間で、研究上の繋がりはあまり強くはないかと思われます。

      修士論文研究は、女子医大における課題に取り組んだものと思われます。
      修論審査は、当時、小保方さんが所属していた早稲田理工の応用化学科で行われたものと思われます。

      ところが、博士で、再び研究テーマを変え、何故、女子医大からハーバード大に短期留学する（1年数ヶ月）こととなったのか（指導教官はバカンティー教授）。このとき、早稲田のGCOEの経費を使っています。

      【早稲田大学グローバルCOE｢実践的化学知｣】
      ＜ここがよかった！GCOE　ハーバード留学体験記 -　小保方晴子 氏＞
      http://www.waseda.jp/prj-GCOE-PracChem/jpn/newsletter/newsletter.html

      学位論文審査は、早稲田理工に新設された生命医科学科で行われました（常田研が応用化学科から生命医科学科に異動）。主査・常田先生、副査・武岡先生（早稲田）、大和先生（女子医大）、バカンティー先生（ハーバード大）。

      ここで、小保方さんは、言わば、早稲田から外研先である女子医大に出され、またさらに、女子医大からハーバード大に外研に出されたような扱いになりました。しかし、所属は依然として早稲田のままです。

      学位論文の審査に大きな穴ができたことには、こうした通常の教育現場ではあまりみられないような教育上の欠陥、すなわち、指導責任の所在が分からなくなってしまうような最悪の状況が生じてしまったのではないでしょうか。

      指導教官である主査の常田先生、副査の武岡先生、第一の外研先である女子医大の大和先生にとって、小保方さんの博士論文の研究課題は専門外です。研究課題の責任指導教授であるバカンティー教授が、小保方さんの学位論文の面倒をみたかというと、これは杜撰な学位論文の内容をみれば、一目瞭然かと思います。

      指導責任の所在が分からなくなってしまったからと言って、主査副査が、一目で分かるような博士論文の体裁の悪さ（とくに参考文献の部分）に、気づかなかったという理由にはならないかと思います。一方で、結果部分のデータの不正については、気づくのは難しいところがあったかもしれません。

      先月より早稲田内にできた調査委員会には、

      上記の教育上の責任の所在不明など、様々な不手際が生じる背景があったのではないか？
      何故、小保方さんのようなケースが発生したのか？

      これらの疑問に答えていただけるように、調査報告を待ちたいです。

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  42. 匿名2014年3月17日 9:38

    このD論ですが
    http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/bitstream/2065/34629/3/Honbun-5049.pdf
    第一章のイントロが
    http://dx.doi.org/10.1016/S0065-2423(06)43003-1
    http://dx.doi.org/10.1016/j.cbpa.2008.08.007
    の文章とほとんど一致するような気がするのですが…

    返信削除
  43. 11jigen2014年3月17日 22:54

    古川 和寛氏のD論　の
    1.3. Fluorogenic molecule for bioimaging　の項が、
    Takuya Terai氏らの論文　http://dx.doi.org/10.1016/j.cbpa.2008.08.007　の
    丸ごとコピペであることを確認しました。

    古川論文のFig.1-4は、Terai論文のFig.1
    古川論文のFig.1-5は、Terai論文のFig.2
    古川論文のFig.1-6は、Terai論文のFig.3
    から盗用していますね。
    Terai論文に関する引用情報も、どこにも見当たりませんね。


    Adv Clin Chem. 2007;43:79-115.
    Oligonucleotide probes for RNA-targeted fluorescence in situ hybridization.
    Silverman AP, Kool ET.
    のほうは、論文を手に入れることができていないので、検証できていません。
    よろしければ具体的に教えていただけ無いでしょうか。

    連絡先：　juuichijigen@gmail.com　

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    返信
    1. 匿名2014年3月19日 9:42

      F氏D論の1.1の第一パラグラフ（12行）もSilverman&Koolからのコピペですね。
      第2パラグラフだけはオリジナルのようです。

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    2. 11jigen2014年3月19日 10:03

      ありがとうございます。追記します。

      削除
  44. 匿名2014年3月17日 23:55

    １１次元さん、その他匿名検証チームの方々、お疲れ様です。
    かげながら、応援しています。

    返信削除
  45. 匿名2014年3月17日 23:57

    この研究室、コピペしてないD論は存在するのだろうか…

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    返信
    1. Lisa2014年3月18日 9:46

      と言うか、指導教官自身が、コピペ指導してたりして。（笑

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  46. 匿名2014年3月18日 0:01

    これって、研究室の先輩から後輩へと伝授されていっているのでしょうね。
    まさか、常田センセイがコピペを奨励しているとはいくらなんでも考えられないので（黙認はしているとしても）、先輩が後輩に、「Ｄ論のイントロ？　こうやってコピペすればいいんだよー。常田センセイ、何も言わないしー」みたいに指導してるのでしょうね。

    返信削除
  47. 匿名2014年3月18日 0:12

    しかもこういうコピペをした人が今や国立大学で学生を指導する立場になっている
    というのが考えるだけでも憂鬱です。

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  48. an2014年3月18日 0:24

    ※既知であればご放念ください

    寺原論文
    http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/bitstream/2065/28664/3/Honbun-4767.pdf の
    1.3 The principles, advantages, and disadvantages of fingerprinting techniquesの項、
    pp.8-9はコピペです。

    一応引用はふっており、導入部分の1文目に(10)として下の文献を引用している。しがって、その文についてのみ参照したかのようですが、実際にはそこから2ページ分ほぼ丸ごとコピペ。

    Ikeda, S., N. Ytow, H. Ezura, K. Minamisawa, and T. Fujimura. 2006. Soil
    microbial community analysis in the environmental risk assessment of transgenic plants. Plant Biotechnol 23:137-151. （被コピペ部分はp.143の最終項からp.144の大部分）

    さらに、引用符がふってある導入部分の冒頭の文自体もほぼコピペですが、元の文献で
    "There are ”four” principal fingerprinting techniques...."となっているのを
    "There are ”three” principal fingerprinting techniques...."と改ざんした上で引用符をつけており、別の違反があります。

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    返信
    1. an2014年3月18日 19:39

      追記：寺原論文、小さい範囲ですが周知のためにも追記します。

      同じ1.3の最終段落、p.11　
      T-RFLP is currently…から...DNA sequencers. まで、2 sentences 50 wordsほどは
      以下の論文からのコピペです。
      ”Terminal restriction fragment"を"T-RFLP"と言い変えるなどしていますが他は同一。

      John Dunbar, Lawrence O. Ticknor, and Cheryl R. Kuske,
      “Phylogenetic Specificity and Reproducibility and New Method for　Analysis
      of Terminal Restriction Fragment Profiles of 16S rRNA Genes from Bacterial
      Communities, Appl. Environ. Microbiol. January 2001 vol. 67 no. 1, pp.190-197

      この箇所に脚注はなく、また、上の論文はそもそもレファレンスに挙がっていません。

      同じ著者の別論文が参考文献リストにありますが、その別論文中には剽窃箇所と同じ文章は含まれていません。また、その別論文の脚注番号が付いているのは寺原論文のまったく別のページであり上の剽窃箇所とは無関係です。

      削除
    2. an2014年3月18日 23:42

      2014年3月17日 8:24のコメント、
      「引用符」というのは私の日本語の間違いで、正しくは「脚注番号」です。
      訂正してお詫びします。

      レファレンスやサイテーションのルール違反はたくさん見つかりますが、
      自分でも他山の石として気を引き締めなければなりませんね。反省材料。

      削除
  49. 匿名2014年3月18日 1:13

    古川氏は大学院在学中に学振研究員DC2として研究費と研究奨励金を得ていますので、
    このようなD論を提出するのは問題でしょう。

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  50. 匿名2014年3月18日 1:19

    http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/bitstream/2065/28454/6/Honbun-4484_03.pdf
    の1.2.1 biological nitrogen removalの記述が
    Sustainable nitrogen elimination biotechnologies: A review
    Young-Ho Ahn
    Process Biochemistry 41 (2006) 1709–1721
    の2. Conventional nitrification/denitrificationと酷似している？

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    1. 11jigen2014年3月19日 2:41

      追記しました。ご指摘ありがとうございます。

      出版日：　2007年2月の岸田直裕氏の論文（「実時間制御法およびグラニュール法を用いた生物学的栄養塩除去プロセスの開発」http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/28454　）
      が、

      出版日：　2006年8月 の韓国のYoung-Ho Ahn氏の論文（Process Biochemistry
      Volume 41, Issue 8, Pages 1709–1721）
      からの大量コピペ（文字数: 約3902、単語数: 約575）ですね。

      Ahn氏らの論文における、"Using Eqs. (1) and (2),---" という文章が、
      岸田氏の論文では、"Using Eqs. (1) and (1),---" となっており、
      意味不明な文章になっていますね。

      また、
      Ahn氏らの論文における、"In these equations,---"という文章が、
      岸田氏の論文では、"In this equation,---"となるなど、ほんの一部だけ、書き換えが見られます。

      削除
  51. S. Y.2014年3月18日 1:27

    http://www.jsps.go.jp/j-press/mado_secchi.html
    独立行政法人日本学術振興会の競争的資金等に係る研究活動における不正行為（研究成果の捏造，改ざん等）及び研究費の不正使用（研究費の私的流用，目的外使用等）の告発等受付窓口の設置について

    ここに通報でしょうか？

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  52. 匿名2014年3月18日 2:56

    早稲田理工の生命医科学科には、常田研と武岡研の他にも研究室があります。

    他の研究室出身の学位取得者の博士論文を評価する予定はありますか？

    朝日透　Toru Asahi
    井上貴文　Takafumi Inoue
    大島登志男　Toshio Ohshima
    合田亘人　Nobuhito Goda
    仙波憲太郎　Kentaro Semba
    竹山春子　Haruko Takeyama
    佐藤政充　Masamitsu Sato　（准教授）
    武田直也　Naoya Takeda　（准教授）

    武岡真司　Shinji Takeoka
    常田聡　Satoshi Tsuneda

    http://www.biomed.sci.waseda.ac.jp/member/

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    返信
    1. 匿名2014年3月18日 9:02

      確かに、もう常田研は死に体だな。他の研究室（できばもっとメジャーなところ）の燃料を投下して欲しいですね。

      削除
    2. 匿名2014年3月18日 10:13

      全ての研究室のD論を検証していったらキリがないので
      例えば、博士課程の学生が異常に多い研究室に絞ってやったほうがいいのでは？

      削除
    3. 匿名2014年3月18日 11:40

      常田氏も武岡氏も元は応用化学科出身なので、そちらの線を攻めるというのは？

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    4. 匿名2014年3月18日 12:56

      小保方さんは生命医科学科で学位を取得しています。常田研、武岡研の出身者は、2007年以降は生命医科学専攻で審査を受けています。

      過渡期には応用化学で審査を受けた人もいるかもしれませんが。

      早稲田の調査委員会は、生命医科学科、応用化学科のどちらにできているのでしょう。小保方さんの調査をするのであれば、小保方氏、常田氏、武岡氏の所属先であった生命医科ではないでしょうか

      削除
    5. 匿名2014年3月18日 16:04

      応用化学科のページに行くと、黒田氏が拠点リーダーみたいになってるから大物なのでは？とりあえず
      http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/859
      から「黒田　一幸」「武岡　真司」「西出　宏之」あたりで検索をかければわんさかD論が引っかかるよ。５個も軽くチェックすれば１個はコピペが見つかるだろうね。では、皆さんよろしく。

      削除
    6. 11jigen2014年3月20日 10:27

      早稲田大学　その他の研究室の調査リスト
      http://stapcells.blogspot.com/2014/03/blog-post_20.html

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  53. 匿名2014年3月18日 10:47

    これは、ひどい。
    こんな作文が学位論文として認められていたとは。

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  54. 匿名2014年3月18日 12:38

    そもそもD論著者名義の要旨を、文言レベルまで違えず審査委員名義の審査報告書として公表することは、知的財産権侵害にあたるのではないでしょうか。慣習云々も理解できますが、もはや原則にまで立ち返らざるを得ない状況にサイエンスコミュニティはあると考えます。

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  55. 匿名2014年3月18日 13:40

    私は、米国の大学で６年間、ポスドクをしておりました。その間、所属大学のみならず、共同研究関係にあった近隣の複数大学に所属するPhD課程の学生の最終学位審査を、少なくとも50名以上聴講しました。米国の大学では知っている限り、主査は指導教官以外の学内教授で、副査には学内の先生の他、必ず、他大学の一流の学者が2〜3名入っていました。主査副査はいずれも、その研究課題を理解し、厳しく審査できる教員が務めます。審査は、予備審査1度、最終審査というスタイルではなく、数回に渡って行われていました。所属学科内では、大変厳しい審査が行われるため、途中で博士課程をドロップアウトする学生もいました。

    それに比べると現在の日本の学位審査は極めて甘いです（現在、国内の大学で教員をしています）。　早稲田だけの問題ではありません。

    早稲田では、主査が指導教官であることも問題ですが、副査も、早稲田学内それも学科内の教授が務めることが多いのではないでしょうか。この辺りも調査して欲しいです。

    返信削除
  56. 匿名2014年3月18日 13:49

    ＞知的財産権侵害にあたるのではないでしょうか

    法的問題にお詳しい方がいらっしゃれば、是非ご教示いただけると幸いです。

    理学博士持ちで法曹目指しています。
    将来、知財を専門にしたいと考えています。
    今回の事件は法的問題要素がたくさん散見されて、
    元研究者としてだけでなく、
    法曹志望者としても非常に興味深い事案であると思っています。
    現役弁護士の方からも「もはや事件」とコメントされるレベルです。

    世間はいずれ忘れるでしょうが、
    個人的には複雑でやりがいのある事例として今後も注視していきたいと思います。

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    返信
    1. 匿名2014年3月18日 21:51

      誰の、どの行為を対象とするのかを最低限特定されないと法的意見を求めるのは難しいと思いますよ。

      例えば、　＞知的財産権侵害にあたるのではないでしょうか
      というのは、上にあるコメントの
      >そもそもD論著者名義の要旨を、文言レベルまで違えず審査委員名義の
      >審査報告書として公表することは、知的財産権侵害にあたるのではないでしょうか。
      に由来すると思われますが、法律論をお聞きになりたい問題はこれですか。

      削除
    2. 匿名2014年3月18日 22:29

      2014.3.17　21：49です。
      ご質問ありがとうございます。

      小保方さんのD論イントロにおける、いわゆるコピペは著作権侵害にあたるという意見もネット上ではありますが、商業出版物ではないD論においても成立するのであろうか？等々の疑問があります。
      ですが、安易にプロの方の法律論をご教示いただきたい、などとと書いたことを少し恥じております。まず自分で条文調べて、自分の頭で考えてから、改めてコメントさせていただきます。
      ありがとうございました。

      削除
  57. 匿名2014年3月18日 15:14

    武田邦彦がコピペは問題ないと言ってる。　http://blogos.com/article/82575/
    次はこいつの学生の博士論文をチェックしよう。

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    1. 匿名2014年3月18日 16:11

      D論の全文がPDFで取れる大学って少ないよ。東大、京大も取れないし。

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    2. 匿名2014年3月18日 16:19

      武田邦彦ってとんでもない愚か者ですね。「学問で得られた結果」と、「学術論文の文章」を、完全に混同している。一般人は騙されちゃうんですかね？

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    3. 匿名2014年3月18日 17:25

      京大はKurenaiからとれるのでは？古いのはわかりませんが。

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    4. 匿名2014年3月20日 0:52

      チェックしていただきたい

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  58. 匿名2014年3月18日 16:02

    擬似科学大臣の文科大臣も辞任する必要があるのではないかと小一時間。

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    1. 匿名2014年3月18日 19:06

      「身内」をどれだけ厳しく律せられるかに、その人の品格・倫理性が表れます。
      教育再生実行会議のメンバー（文科大臣、早大総長、理研理事ら）が自ら（の組織）を律せられるのであれば、それが「道徳教育」になると思うのですが。

      特にこの10年、大学に拝金主義がはびこってきていることには本当に危機感を抱いています。文科省の政策見直しは自発的には進まないでしょうね。残念ながら。

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  59. 匿名2014年3月18日 18:49

    飛び火しまくって、身内審査の博士論文を対象に、全部調べていくといいですね。とくに教授とか偉い先生方を優先的に。

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  60. 匿名2014年3月18日 20:09

    だからD論の機関リポジトリ公開は意味が出てくる

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  61. 匿名2014年3月18日 20:14

    英国、米国そしてオセアニアのいわゆる研究大学では論文の書誌情報を自動収集してリスト化、分析するシステムがかなり使われている。「論文管理」という意味では日本はホント後進国だ。

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  62. 匿名2014年3月18日 23:38

    現実問題として、最近のほとんどの大学生は日本語でも長い文章をまともに書けないため、日本語の卒論、修論、D論であっても多かれ少なかれコピペが横行しているでしょう。

    ましてや英語で論文を書くとなると、英作文能力はさらに低いので、コピペ確率は飛躍的に増大するため、このような事態を招いているのだと思います。

    早稲田のようなマンモス私立で、教授一人当たりの学生数が不適切な環境では勿論のこと、国立大学でもあるレベル以下の大学では同様のコピペ問題が必ず存在します。卒論や修論でコピペして審査を合格した学生は、D論でもコピペを繰り返すのは自然の成り行きです。

    問題の根本は、少しでも厳しく指導を受けるとすぐに精神的にダメージをうけるメンタルの弱い幼児化した学生の急増と、厳しい指導が一歩間違えばすぐにアカハラと認定されてしまうような社会風潮にあるのでしょう。本来は大学や大学院に来るべきではない学生までもどんどん入学させ、厳しく指導することもできず、ずるずるとトコロテン式に卒業させているのが問題なのです。しかしこの問題は一教員や一大学で解決することのできない構造的な問題なので、文科省が真剣に考えるべきことだと思います。

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    1. 匿名2014年3月19日 0:25

      その通りと思います。解決には、真理や倫理について真面目に教える教育に立ち返る必要がありますね。小学校からです。今の文科省には期待できません。識者が繰り返し問題提起し、国民の多くがそう自覚する以外ありません。皮肉にも、小保方が言ったように、１００年事業です。それと売れればいいマスコミに迎合しないことも必要です。

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    2. 匿名2014年3月19日 2:14

      とりあえず、現在の学生一人につき補助金いくらという制度を改めるべきでしょう。指導しきれない数の学生を受け入れて、質の低下を招く原因になっている。

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    3. 匿名2014年3月19日 4:06

      文科省は「定員は満たせ」「入れたらちゃんと修了させろ」だからね。
      まずそこから変えてもらわないと。

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    4. 匿名2014年3月19日 5:56

      全く同意できません。
      「最近のほとんどの大学生は日本語でも長い文章をまともに書けない」
      「少しでも厳しく指導を受けるとすぐに精神的にダメージをうけるメンタルの弱い幼児化した学生の急増」
      いずれも全く根拠のない、そして非常にありがちな若者叩きです。
      そんな幻影が「問題の根本」であるはずがありません。

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    5. 匿名2014年3月19日 7:42

      指導教員の専門的知識が不足しているラボでは、他の研究者の論文を詳細に調べ上げて明示的に引用することが避けられる傾向があります。詳細な文献調査をしてしまうと、指導教員の研究にオリジナリティが全くなかったり、課題設定に無理があったりすることが浮き彫りになってしまうからです。そういう研究室の学生たちは教員の意向を察して「教員の顔を潰すような引用は避けよう」としてしまい、明示的な引用をできるだけしないようになってしまいます。

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    6. 匿名2014年3月19日 9:12

      そうなっちゃうと、その研究は自然科学の体をなしていないと思います。他の研究者の論文を詳細に調べて明示的に引用することは論文の大原則です。
      序文では，今までの研究でどんなことが分かり何が分かっていないか，その中でこの研究をやる意義は何か、それを書く必要があります。
      こんなことは常識だと思っていましたが。分野は違いますが、イントロダクションの書き方は酒井聡樹(2002)の「これから論文を書く若者のために」でも一章を割いて書かれています。
      コピペするする学生は，そういう指導をされてこなかったし、論文の書き方の本さえ，自分で読もうとしなかったのでは。

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    7. 匿名2014年3月20日 4:46

      ＞全く同意できません。
      ＞「最近のほとんどの大学生は日本語でも長い文章をまともに書けない」
      ＞「少しでも厳しく指導を受けるとすぐに精神的にダメージをうけるメンタルの弱い＞幼児化した学生の急増」
      ＞いずれも全く根拠のない、そして非常にありがちな若者叩きです。
      ＞そんな幻影が「問題の根本」であるはずがありません。

      少なくとも自分の知っている大学の研究室では幻影ではなく事実でした。

      「学生のうちだけなんだし、遊ばなきゃ損」といった風の学生が、厳しい指導を受けると、すぐに不貞腐れたりし、研究を進めるにあたり事前学習を行わず、「わかんなーい」と言って、研究室内の先輩に言われた事を何も理解せぬまま行うといった様子はしょっちゅうでした。ちなみにそのような学生は全体の何割かでしたが、そのほとんどは「小学校で作文やったことないの？」と突っ込みたくなる文章で論文を書いてました。（コピペはしょっちゅうです。）

      そのような勉強意欲の人間がなぜ大学生になって、さらになんの待ったもなしに学位を取得しているのか、という疑問は当然だと私には思えます。

      削除
  63. 匿名2014年3月19日 3:00

    ちょっと気になったので、ご存知の方、fill in 下さると幸いです。
    海外では剽窃禁止の規範が非常に厳しく、数語でも同じ表現を用いてcitationをつけなかったら
    退学もありうるといった趣旨のコメントがいくつか見られます。
    海外とは主に米国が想定されているように感じますが、例えばヨーロッパはいかがでしょう？

    ここの研究室は、全体が引用のルールを重んじていない印象であるうえに、故意というよりも
    ただルールを知らなかったのか？と疑われるＤ論が多くある気がします。
    海外（米国？）で違反者の処分を厳しくできる背景には、学界全体が引用ルールの大切さを
    共通認識として持っている、ということが前提にあるのでしょう。
    世界（あるいは先進国）は全体的にそうなのでしょうか。日本がおかしいのか、この研究室がおかしいのか・・・。

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    返信
    1. 匿名2014年3月19日 9:41

      私の印象ですが・・・

      引用ルールを含め、Plagiarismの認識は高いのは、米国と英国の大学だと思います。学部生１年生の頃から『無知（知らなかった）は言い訳にならない』といった指導を受けますから、ルールを学び守る責任は学生の方にあるという制度になっています。

      例：オクスフォード大学のPlagiarismポリシーと指導
      http://www.ox.ac.uk/students/academic/goodpractice/develop/

      この留学生への指導内容が興味深いです。特にPatchwritingの部分。
      http://www.ox.ac.uk/students/academic/goodpractice/develop/#d.en.62836

      英国・米国でもPlagiarismのケースは多数ありますが、いけないことという認識は高い。

      一方、欧州でも大陸側の方の認識は、それほど高くはないかも、というのが私の印象です。ここ何年か、ドイツの政治家や著名人の学位論文に盗用が見つかり、学位を失ったり、辞職するはめになったりするケースがいくつかありました。

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    2. 匿名2014年3月19日 10:11

      イギリスの修士課程を経験した者です。米国と同じくPlagiarism(剽窃・盗用)禁止です。しかし一方で他論文を参照しながらargueすることも必要であり、ハーバード式等、大学院指定の参照記法を用いた適切な（直接・間接）引用をすることが要求されます。卒業論文どころか課題エッセイでも、ルールに則っていないと、fail、退学と口が酸っぱくなるほど教育されておりました。

      そもそも大学院側に剽窃検知システムturnitin(http://turnitin.com/)というものがありまして、アップロードすると既存の論文とのチェックが一定の時間をかけて洗い出され、リストとして出てきます。ルールに則っていないコピペはこれでわかります。またルールに則っていても全体の類似％が一定以上ですと書き直しになります。その上で複数の採点者が査読します。

      また博士課程は、学外の専門分野の方に査読・口頭諮問をお願いすると聞いております。はたで見ていて、提出後の書き直しがなしあるいは軽微なレベルですむことはまずなく、精神や健康を犠牲にしながら博士号取得のために全力をつくされていた印象があります。

      なお、大学院では大量の著名論文を読むことが要求されます。それらの論文は適切な参照・引用ルールに則って書かれているため、例え教えられなくてもルールがあることは大学院に行くだけの知性の持ち主であればわかるはずです。知らないということは言い訳にもならないと考えます。

      従いましてここにあげられているような博士課程論文の大量のコピペ、しかも適切なルールにのっとっていない、ということは「ありえないことが起こっている」という認識です。

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    3. 匿名2014年3月20日 14:59

      匿名2014年3月19日 3:00の者です。ご返信ありがとうございました。

      剽窃が法律上も研究倫理上もいけないのは当然ですし、また、適切な引用であれば
      合法でありかつ研究上も適切であるのは当然ですから、争点は以下に収斂するのではと考えています。

      学術論文で使用されている引用の表記に関するルール（著作権法にいう「公正な慣行」といった抽象的なものではなくて、具体的なcitation/reference表記の仕方のルール）のどの程度の逸脱が、所属機関等による研究者の処分を可能にするような研究上の不正に当たるか。

      論理的に、脚注などの引用表示のルールに違反したからといって、即「不正な剽窃」
      にあたるという関係にはありませんから、厳密には「引用の表示のルールにこの程度
      違反したら不正な剽窃とみなす」という別の規範が１つ挟まらなければならない。

      アングロサクソン系ではここの規範も各研究機関ごとにしっかりできているようですね。
      日本の大学でも入学のときに剽窃をしてはならないという小冊子みたいなのを配って
      いますが、そこまで具体的に決まってはいないし徹底されていない。

      結局、今回のように引用表記のルールの違反があっても、それが剽窃か否かが
      その都度争点になってもめてしまうから、（例えば、剽窃の故意があったか、ただの
      ケアレスミスか）うやむやになっている気がします。

      本人の主観面の自白に頼って行為の悪質さを判断するのではなく、citation/
      reference表記のどの程度の逸脱があれば、故意過失を問わず処分の対象とする、
      といった統一的かつ具体的な規範が必要な時期に来ているように思います。
      剽窃がいけないのは常識である、というレベルで議論するのではなく、より具体的かつ客観的なルール作りが。

      削除
  64. 匿名2014年3月19日 9:34

    「剽窃禁止」は、学会というよりは研究に従事する人間にとって、「万引き禁止」のような一般常識レベルの事項だと思います。

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    返信
    1. 匿名2014年3月19日 10:01

      「ひとのものをとっちゃいけません」
      「他人の書いたものを自分が書いたもののように表して発表してはいけません」
      は、社会常識だと思います。
      評論家の中にはコピペは善だと言い切る人もいるみたいですが（苦笑）

      削除
  65. 匿名2014年3月19日 21:30

    松本論文　http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/34631　は、
    寺田論文　http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/5302　との同一も大規模ですね。

    第１章1.4から1.5までの文章が、番号や一部の式を除いてほぼ一致。
    その中の
    Figure 1.4 →寺田Figure 1.1に酷似
    Figure 1.5 →寺田Figure 1.2に酷似
    Figure 1.6 →寺田Figure 1.4に酷似

    その後も部分的に同じ文章があるようです。

    一方、寺田論文の第１章、1.3.4.1及び1.3.4.2の文章は
    ２００２年の青井氏のＤ論　http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/340と
    同一です。
    レファレンスリストには上がっており、別の場所にある図等には引用表記がありますが、
    上の該当部分の文中には表記なし。

    さらに、青井氏論文の同じ文章は、２００４年の同大の別の人物のＤ論にもコピペされている可能性あり。

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    返信
    1. 11jigen2014年3月20日 1:37

      ご指摘ありがとうございます。追記します。

      削除
    2. 匿名2014年3月20日 3:10

      追記確認いたしました.

      １点補足、わかりにくい書き方をしてしまってすみません。
      上のコメの後半「一方」以下は、正確には寺田論文におけるコピペ疑惑なのでそのように区別して頂いた方がいいかもしれません。

      ちょっと話は複雑で、
      2002年の青井論文（オリジナル？）→2004年のＹ氏Ｄ論にコピペ?
      2006年寺田論文にコピペ？→2009年松本論文にコピペ？
      という具合です。

      それぞれ少しずつ違っていたりいなかったり、もう誰が誰のをコピペしたのか、あるいは実は全員で了解してのことなのかわからない。
      （2004年のＹ氏は研究室関係がわからないので名を伏せています。）

      寺田論文において青井論文からのコピペが疑われる箇所は約2ページにわたります。
      p.18, section 1.3.4.1,"FISH is...."から p.20, "estimated."まで

      その中の例えば以下の一節を検索にかけると・・・
      FISH-dependent techniques have enabled the observation of the in situ microbial community structure in various types of biofilm communities, including those in natural

      それぞれの論文の前後を見ると、寺田論文、Ｙ論文、松本論文のいずれも最低で250語程度、青井論文とほぼ同一の文章を使用しているようです。
      いずれもその箇所に青井論文参照の表示はありません。（寺田松本論文はレファレンスには青井論文掲載あり。）

      削除
    3. 匿名2014年3月20日 12:02

      青井氏　※小保方氏が研究室配属されたであろう2005年度に助手の模様
      DSpace at Waseda University: 生物膜における硝化細菌の微生物生態解析と排水処理プロセスへの応用
      http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/340
      広島大学　青井　議輝
      http://www.hiroshima-u.ac.jp/rcsd/ttlecturers/p_n4lfrd.html
      KAKEN - 青井 議輝(40386636)
      http://kaken.nii.ac.jp/d/r/40386636.ja.html
      ネットも過熱　STAP細胞開発“巻き髪リケジョ”小保方さんの女子力 〈週刊朝日〉-朝日新聞出版｜dot.（ドット）
      http://dot.asahi.com/science/s-general/2014020500004.html

      吉江氏　※（恐らく）Y氏？主査副査が青井氏とほぼ同じ
      DSpace at Waseda University: 高塩濃度条件下での脱窒に関わる微生物の生態解析と貴金属回収工程廃水処理技術の開発
      http://dspace.wul.waseda.ac.jp/dspace/handle/2065/2892

      ”FISH-dependent techniques”で検索すると青井氏がヒットし、その周辺を見た限りでは単語などを入れ替えているように思える。

      削除
    4. 匿名2014年3月20日 14:37

      青井議輝氏は、小保方氏の学部4年生時代に常田研の助手として研究を指導していたのか？　
      小保方氏は、なぜ研究課題を微生物（早稲田）から再生医療（女子医大）に変更することになったのか。
      青井議輝氏（常田研→ 早稲田大学・助手→ 広島大学・テニュアトラック講師）

      波多 徹、木下 智之、小保方 晴子、青井 議輝、常田 聡
      日本微生物生態学会
      日本微生物生態学会講演要旨集
      巻号頁・発行日 no.21, 2005-10-30
      生育環境を模擬することが可能な新規単離培養手法の開発　(ポスター発表)


      青井 議輝、木下 智之、波多 徹、小保方 晴子、常田 聡
      公益社団法人日本生物工学会
      日本生物工学会大会講演要旨集
      巻号頁・発行日 vol.17, 2005-09-25
      微生物間相互作用に着目した新規単離培養手法　(シンポジウム)

      http://altmetrics.ceek.jp/article/creator/%E9%9D%92%E4%BA%95%20%E8%AD%B0%E8%BC%9D

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    5. 匿名2014年3月20日 15:02

      報道では再生医療を本人が希望したとされていまたけど、小保方氏がB4の年末に現TWINSの構想（早稲田と女子医大の連携）が決まったようなので先行して学生を派遣したということも考えられますね。
      http://www.waseda.jp/student/weekly/contents/2006a/090a.html

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    6. 匿名2014年3月20日 16:34

      寺田論文の疑惑等につき
      匿名2014年3月19日 21:30です。整理して再度コメントします

      １．寺田論文
      寺田論文1.3.4.1 Fluorescence in situ hybridization (FISH)(pp.18-19) (ca.250 words)は
      青井論文 1.2.1 Fluorescence in situ hybridization (FISH) (pp.3-4)　と、
      1段落につき3，4語単語が変わっているのみで他は同一。

      寺田論文 1.3.4.2 Microsensors combined with FISH (pp.19-20)(ca.225 words)は
      青井論文 1.2.3 Microsensors combined with FISH(pp.4-5)(ca.155 words)に、70語ほどの別の文章が挿入してあるものの他は同一。

      寺田論文のChap.1のレファレンスには青井論文が挙がっている。
      だが、上の疑惑部分に青井論文の参照を示す脚注等なし。

      ２．松本論文
      すでに指摘されているように、松本論文には上の寺田論文におけるコピペ疑惑個所とほぼ完全に同一の内容のセクションがある。寺田論文において行われたと思われる、青井論文の記述の数語の改変がそのまま松本論文に反映されていることから、松本論文は青井論文ではなく寺田論文からさらにコピペ
      した疑いが強い。

      ３．Y氏論文
      （Y氏は本人の不正疑惑があるが調査対象に挙がっていないので念のため伏せます。
      一方、青井氏の論文も調査対象に挙がっていませんが、本人の不正疑惑ではなく被剽窃疑惑なので、他の剽窃された可能性のある論文と同じく著者名を出しています。）

      Y氏論文 1.3.2 Fluorescence in situ hybridization (FISH) (p.7) の全文(ca.250 words)は、
      青井論文 1.2.1 Fluorescence in situ hybridization (FISH) (pp.3-4),と
      ほぼ完全に同一。

      Y氏論文のCahp.1のレファレンスには青井論文なし。
      （青井氏を筆頭とする別論文がレファレンスに挙がっているが、その論文には上のコピペが疑われる文章のうち1文だけ類似する文があるのみで全体としてほぼ完全に異なっている。また、いずれにしても、上のコピペ疑惑部分にその論文の脚注なし。）

      寺田論文に、青井論文・Y氏論文のいずれ（or両方）からのコピペ疑惑があるというべきかは不明。

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    7. 匿名2014年3月20日 21:36

      Y氏（吉江氏）、別記事に挙がったのでそちらに転載します。

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    8. 匿名2014年3月21日 4:32

      小保方氏は、学部４年生時に、常田研での微生物科学の研究が合わず、また指導者であった助手の青井氏とも合わずに大げんか。このため、常田教授が修士進学に合わせ、女子医大に外研に出された。再生医療分野の研究を希望されたというのも事実。

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  66. 匿名2014年3月20日 1:33

    他人の文章を自分の論文に入れる背景には、そもそもその著者が、論文というものに低い価値しかもっていないからではないでしょうか。
    自分の文章だから、自分のオリジナルな論文なわけで、独自のことをしたいから、論文を書くわけで。結果だけでなくイントロも、当然、何に焦点をあてて研究がなされているかを書くわけですから、十人十色でオリジナリティが当然あらわれるわけです。
    さて、指導教官には、簡単に「独自の」という言葉を使うなとは注意されたことがあります。
    独自と思っていても、同じことをやっていたり既に発表している人がいるかもしれないとのことでした。

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  67. 匿名2014年3月20日 2:03

    この書き方だと名古屋大学でもこれまではコピペしてた感じですし、日本の大学ほぼ全滅じゃないのかな
    ttp://isumi.hateblo.jp/entry/2014/02/03/201528

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  68. 匿名2014年3月20日 6:00

    古川和寛氏に関してですが、学振DC２のあと、海外学振をとられて、アメリカのYale大学で留学されたあと、徳島大学薬学部で助教をされているとのことです。

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  69. 匿名2014年3月20日 7:17

    学振採用の時には、不正をしないという誓約書を書かされるから、学位論文が盗用であった場合には、学振の奨励費などの返還も必要である。

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  70. 匿名2014年3月21日 0:33

    早稲田以外も同様に調べるべきなのでは・・・・

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    1. 匿名2014年3月21日 2:22

      おそらく、早稲田以外でもあるだろうね。早稲田以外の大学でもやってみて、日本全体の問題だと社会に認識させることも大事かな、と確かに思いますね。

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    2. 匿名2014年3月22日 0:42

      うみを出し切ることが大切

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    3. 匿名2014年3月22日 0:47

      みんな日本をよくするためにやってるんだ。
      科学技術立国日本だもんな。

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  71. 匿名2014年3月21日 4:13

    論文盗用見抜く「アイセンティケイト」が早稲田大学に導入されているというtwitterを見て、調べてみました。

    早稲田大学 ITサービスナビ iThenticate
    http://www.waseda.jp/navi/services/system/ithenticate.html
    >動作環境（2012年7月20日時点）
    なので、2012年から利用可能になっているようです。

    Course N@vi 利用マニュアル > 06. 講義フォルダにコンテンツを作成する > 06-05. レポート > 06-05-05.類似度判定機能について
    http://www.wnpspt.waseda.jp/teacher/course_navi/010106/010106_05/?p=4194
    の記載があるので、レポートのコピペチェックでは利用されているようですが、D論チェックではどの程度厳格に利用されていたのでしょうかね？

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    返信
    1. 匿名2014年3月21日 4:22

      補足です。レポートチェックの方は、iThenticateではなく、
      >iParadigms社の提供するTurnitin
      という別のシステムを利用しているようです。

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    2. 匿名2014年3月21日 4:34

      Turnitinによる2012年度のレポートの類似度チェックの結果数値を発見しました。
      http://www.media.hosei.ac.jp/wp35/wp-content/uploads/2013/10/Symp2013_fukazawa.pdf

      iThenticateのチェック結果もぜひ知りたい。

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    3. 匿名2014年3月21日 4:36

      補足です。
      >レポートの類似度チェックの結果数値
      上記資料のスライド48ページです。

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    4. 匿名2014年3月21日 4:56

      >Turnitinによる2012年度のレポートの類似度チェックの結果数値
      は早稲田ではなく、他の大学のものでした。指摘を取り下げます。

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  72. 匿名2014年3月21日 4:49

    現在、旧帝大（文系）で博士論文執筆中（5年目）です。
    早稲田でこんなに盗用が多いとは、ほんとにびっくりしています。自分の中では、盗用、剽窃など、まったく考えられません。
    私の回りでもそうだと思います。
    修士の時に盗用がばれて進学できなかった人もいました。それももっと軽いレベルでしたが。
    私が所属する研究科では、博士論文提出から審査に最低6ヶ月かかります。主査や副査が忙しい時期に提出してしまうと、もっとかかってしまいます。
    文科省的にはありえないですが、博士修了まで最短でも3年半は必要です。

    早稲田の理工系を見ると、一人の教員が学生を抱え込みすぎだと思います。
    学部4年生、修士2年、博士3年を併せて、7，8名は抱えてますよね。
    これでは適切な指導は与えられないし、受けられないでしょう。それも博士は3年で必ず出ていますよね。
    適当に論文を書いて、適当に指導する。これ以外、こんなに早く博士論文を仕上げることはできないのではないでしょうか。
    私の所属する科ではありえません。
    指導教官一人に対して、論文を抱えてる学生は多くても2，3名程度なので、恵まれているともいえるかもしれません。

    それにしても、修士過程、博士課程大事な時期に、最低限論文の書き方さえ学べないで独り立ちせざるおえないなんて、教育レベルが低すぎるとしかいえません。

    論文が書けることは、研究者としての最低レベルです。それもできずして、研究はできるんでしょうか。論文の書き方は学んでいないが、データのとり方、データの扱い方は学んでいるんでしょうか。
    常田氏所属のメンバーの論文、データの扱い方をみると、それも学べなかったとしか思えません。
    表面的だけ取り繕って書いたふりをする。たくさん書いたふりをする。いい研究をしているふりをする。がんばってそれを続ける。
    その後どうするんでしょう？
    一流の研究者になれるんでしょうか？
    一流の教育者になれるんでしょうか？

    私は本当の意味での一流の研究者になりたいです。

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    1. 匿名2014年3月21日 5:05

      一流であろうと、二流以下であろうと、研究者として生きていくなら、引用をきちんとすべきですね。

      知人は博士課程にいたときに他人の学会報告をパクって自分の論文を書いたのが見つかり、研究職を諦めるように諭されたらしいです。地方の高校の教員には推薦してもらえたらしいですが。

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  73. 匿名2014年3月21日 4:58

    地方の某国立大学で理系の博士をとって都内にある複数の有名私立大学で助手をしていた知人の話では、教授に言われてしかたなく、その教授の指導学生の博士論文の骨子や文献リストなど、本来本人が考えるべきことを「バイトが忙しい」という理由で手伝わされたことが数回あるそうです。骨子などは本人が考えて、実験方法などでアドバイスをもらうならわかるのですが、理系の研究室ではこういうことが横行しているのでしょうか？

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  74. 匿名2014年3月21日 5:02

    「コピペ＝盗用・剽窃」ということではなく、「引用なしのコピペ」が問題なのに、
    報道やネットなどで「コピペ」＝×　という構図が一人歩きしてしまわないか、心配です。
    みなさま、どうぞ意識的に使い分けてください。

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    1. 匿名2014年3月21日 8:04

      「引用なしのコピペ」も問題ですが、本来組立、表現能力、もちろん内容に創造性を要する論文に、他人の論文（記事）をそのまま大量に持ってくる創造性の欠如の方が問題です。引用さえすればすべてコピペの論文を、新奇性があると認めますか？引用さえすればいいという問題と本質的に違います。引用は必要条件の一つに過ぎません。

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    2. 匿名2014年3月21日 18:16

      今おもに議論になっているのは学術論文および学位論文におけるコピペです。
      博士の学位論文というと何か学術上特筆すべき成果がないといけないように一般には思われるかも知れませんが、これは誤りで、学位論文を書く上で一番重要なのはこれから学問の世界において研究を行う上で知っておかなければならない研究や発表の手法を、実践を通して学ぶことです。たとえば

      "12 Tips for Surviving and Thriving in Grad School"
      http://psychcentral.com/lib/12-tips-for-surviving-and-thriving-in-grad-school/0007865?all=1

      を見ますと、

      ------------------ quote ----------------------------
      Mastering the Masters Thesis & Dissertation

      When it comes to writing up your thesis or dissertation, the topic and even the outcome are less important, Williams-Nickelson said. “What is absolutely important is the academic exercise of learning how to conduct a thesis or dissertation really well.”
      ----------------- unquote ---------------------------
      などと書かれています。

      論文というものはただ単に成果を書けば良いというものではなく、その書き方には明確な作法、基準が存在します。大学院で学ばなければならないのはまずこの基本中の基本です。この基本の上に初めて学術上の成果が存在し得ます。
      そしてその基本を身に着けた人だけに（決して学位保持者だけにという意味ではありません）学術論文を書く資格が与えられます。

      どこからが不正でどこまでがセーフかということについても、大学によって多少のかつ微妙な違いはあるにせよ大方が共通して認めるボーダーラインがあります。引用のないコピペは完全にアウトです。たとえ出典が示されていても文単位（１文あるいは複数文）のコピペには"引用符"が絶対に必要です。これはどこからどこまでが他人から借用したものかを明確にするためです。研究の世界ではよく「巨人の肩に立つ」という表現が使われますが、これはおよそ学問上の成果というものは多くの研究者がこれまで築き上げてきた蓄積の上に成り立つということを表現しています。巨人の肩に立つのは大いに結構です。しかしこのとき過去の蓄積と自分の成果との境界線が曖昧になっては学問の世界における公正性・公平性を保ち得ませんし、ましてや故意に曖昧にしたとしたらそれはもう学問の世界に身を置く資格はありません。そして公正性・公平性が保たれなくなったらそれこそ多くの人が指摘している通り正直者がバカをみる社会になってしまいますし、学問の健全な発展も望めません。

      ちなみに小保方さんがかつて通っていたハーバード大学でもplagiarismについて学生に対して以下のような警告をしています。
      http://isites.harvard.edu/icb/icb.do?keyword=k70847&pageid=icb.page342057

      ですからたかがコピペとか、コピペ自体は悪くない、と言った主張こそまさに懸念すべき主張です。

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    3. 匿名2014年3月21日 18:32

      すみません、
      「小保方さんがかつて通っていたハーバード大学」
      は正確には
      「小保方さんがかつて在籍していたハーバード大学」です。
      訂正します。

      削除
    4. 匿名2014年3月22日 10:50

      引用なしのコピペと引用した上でのコピペを区別するのは大事です。
      ただ、引用していれば良いかどうかは分野やその内容に強く依存します。
      例えばマテメソで以前の方法と同じ方法でやっている場合はそれを明記した上で引用コピペで良い場合が多いでしょう。

      ではイントロではどうでしょうか？

      「○○は××である」と既に報告されている。

      という部分で括弧内を引用コピペすることは問題無い様に思います。しかし、その全文がコピペされた場合はどうでしょうか？自分の論文のイントロは自分で色々なレビュー等を読んで解釈して書くべきです。各論文の主張部分ではなく、概論の部分をコピペしてきて引用したから自分のイントロとして使っても良い、なんてことはこの分野ではありえないでしょう。

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  75. 匿名2014年3月21日 21:52

    小保方さんがハーバードに短期留学（1年数ヶ月、D1の夏〜D2の冬）していたのは、早稲田大学のGCOEの短期留学システムを変則的に利用してのこと。ハーバード大学のバカンティー研において、バカンティー氏らから、博士課程の学生としての教育的指導が詳細に行われたとは思えません。

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    1. 匿名2014年3月22日 0:13

      ハーバード大学の例はちなみにの話ですが、早稲田大学でも同様な倫理規定はあるはずです。
      博士論文不正の見つかった研究室の担当教官には博士課程の学生に対して教育的指導を詳細に行う義務があったと思います。学生が知らなかったというなら教えなかった教官の責任が、教官がちゃんと教えたというならば従わなかった学生の責任が問われてしかるべきだと思います。どっちもどっちでうやむやになる事態だけは避けるべきだと思いますが、１つの研究室で何人も、となるとちゃんと教えたという主張は難しいように思います。またそのような研究室がいくつも、となったならばもっと上の次元での検証が避けられないでしょう。

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    2. 匿名2014年3月22日 0:48

      今回の件、小保方さんの博士論文から発覚したコピペの件も問題ですが、小保方さんの場合は、博士論文の中でも最も重要な結果を企業HPからもってきた写真を貼るなど、いわゆる研究結果の捏造を行っています。研究倫理の問題から言えば、このように研究結果について詐欺となるなるような行為を行うことの方が大きな問題です。

      早稲田では学部１年生のときから、剽窃（盗用）について教え、もし剽窃（盗用）が発覚した場合には、その科目の単位を与えない、必修科目であればそのために留年することもある、という厳しい対応をとっています。実際のところ、留年のケースも発生しています。

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  76. 匿名2014年3月22日 10:46

    バカンティ教授がSTAP細胞の改良版を近くに発表する模様。小保方は悪いけど　あんまり足の引っ張り合いはやめたほうが日本のため。。。アメリカに先に技術がこされるぞ！ドク論のコピペとSTAP細胞の存在は同時に考えない方がよさそうだ

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    1. 匿名2014年3月22日 17:54

      あなたのおっしゃっている意味はわかりました。
      生物化学に限らず科学の世界は性善説で成り立っています。
      は正論ですね

      でも　あんまり目をつぶさない程度にあとは大学当局が対応すべきかとおもいました。

      削除
  77. 匿名2014年3月22日 11:04

    生物化学に限らず科学の世界は性善説で成り立っています。
    完璧に捏造されてしまえばそれを暴くのは非常に難しいのです。
    だからこそ、今回のように捏造が公になったケースではそれを検証しその著者らはこの世界からその主張を含めて葬り去られるべきです。つまり信頼を失ったわけです。

    あなたのおっしゃる足の引っ張り合いとは信頼に足らない研究者の問題点を指摘する事でしょうか？そうであればここはそれを目的としていますので見ない方が良いでしょう。

    仰るようにSTAPの存在は皆さん分けて考えていますので、信頼に足らない小保方さんの主張するSTAPが存在するとお考えでしたら別のところで議論してください。ノップラー博士などがその場を提供して下さっています。最近は更新が無いようですが。

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    1. 匿名2014年3月22日 17:53

      生物化学に限らず科学の世界は性善説で成り立っています。
      は正論ですね。

      小保方さんはやりすぎのコピペですからね

      でも　あんまり目をつぶさない程度に大学当局が対応すべきかとおもいました。

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  78. 匿名2014年3月22日 17:55

    若い芽はつぶさないでください。おねがいします

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    1. 匿名2014年3月22日 18:27

      若い芽って、小保方氏のことですか？
      小保方氏に支払っている給与だけでも８００万円だそうですが、その分の予算をもっと真面目に学問を志している若者に使ったほうがいいんじゃないでしょうか。

      削除
  79. 匿名2014年3月22日 18:51

    小保方氏が今のポストを得ている陰で、まじめに研究して博士号をとったが、ポストがなくて研究を断念したりバイト生活をしている人がいるのです。

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  80. 匿名2014年3月22日 21:44

    真面目な若い芽はたくさん出てきます。悪い芽はいったんきれいに摘み取るべき。
    博士号の剥奪等の処分をきちんと受けたあとは、
    アカデミック以外の分野にて再チャレンジすれば大丈夫です。

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  81. 匿名2014年3月23日 1:11

    だったらまずはアカデミックポストを多く獲得してる、東大、京大から潰すべきなんでは？
    博士論文のコピペは腐るほどありますよ

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    1. 匿名2014年3月23日 1:32

      では御自身がそのようにされればよいでしょう。

      博士論文の調査にもそれなりに時間と手間がかかります。
      個々人がそれぞれの考えに基づいて優先度をつけて行うもので、
      人にあれこれ指図するべきではありません。

      削除
  82. 匿名2014年3月23日 3:37

    腐るほどあるのであればぜひ情報提供お願いします。
    大歓迎です。

    返信削除
  83. 匿名2014年3月23日 4:37

    私も始めはあり得ない博士論文だと思っていましたが、「バイオポスドク」について調べ、バイオの地獄を知り、どうしてこんなことになっているのか、なんとなく納得しました。

    生命科学（バイオ）系の博士は数が多すぎて地獄の過当競争になっています。博士取得者の4割が生命科学（バイオ）系というのは異常な偏りです。実際、各研究室の学位取得者の多さに驚きました。不正追及をされる方の中にはこの世界に幻滅したＯＢ・ＯＧの方もいるのかもしれないと思いました。

    現状、生命科学（バイオ）系に進んだ大半の人の人生の行き着く先は、不正と関わりなく破滅です。破滅は言いすぎかもしれませんが、明るい将来は描けそうにありません。
    善悪論は置いておくと、院生は、留年しようものなら破滅、学位を取得しても職歴に穴が開けば破滅、と言った具合に実験・論文・就活に追い詰められ、ネガティブな意味で、業績にならない博士論文に時間を割けないのかもしれないと思いました。真面目に真摯に研究するのが一番ですが、それをしたら破滅する可能性の高い狂った分野になってしまっているのかもしれないと思いました。だとすると、この狂った分野の犠牲者の一部を血祭りに挙げたところで、この分野の現状は何も変わらないのだと、暗澹たる気持ちになりました。

    ブームに乗ってバイオ系博士を量産してきたことが、すべての人の不幸だった気がします。

    返信削除
  84. 匿名2014年3月23日 6:30

    >>> 「博士論文コピペ・・日本ランキングTOP３」

    東大セルカン の 東大Ｄ論 の中には 合計で１００ページ以上 コピペ（引用表記のない盗用） が、あったたハズ

    返信削除