2014年5月4日日曜日

理研が追加調査すべきSTAP論文疑惑まとめ

理研&CDBが追加調査すべきSTAP論文疑惑 (2chまとめの解説、一部改変)

特定法人指定を目指して理研は調査項目を6項目だけに絞って早期解決を図ろうとしました。しかし、博士論文からのNature論文への悪質な画像流用(捏造)が暴露され最終調査報告により研究不正も認定されて観念するかと思われた小保方氏がまさかの逆切れ反撃。早期解決の目論見がはずれてしまった今となっては、理研は最早徹底的にNature論文の疑惑を調査して小保方氏の不正の証拠を積み上げるべきなのではないでしょうか。

(1) テラトーマを正常組織にまで育て上げた小保方氏の手腕
テラトーマ(一種のがん)実験で、小葉が独立した膵臓(Ext Data Fig.4cのH&E染色画像)や、乳び管を伴う空腸(Fig.2e Endoderm H&E染色画像)など、短期間に高度に分化・組織化したが形成されるのは不自然であり、生データの調査の必要がある。 
http://stapcells.blogspot.com/2014/03/blog-post_5.html

Nature ArticleのExtended Data Fig.4のc(小葉が独立した膵臓)が不自然

Nature ArticleのFig.2eのEndodermの上の画像(H&E染色画像)が不自然




(2)ストレス(弱酸)処理により細胞膜が崩壊し、細胞質(cytosol)が流出したため細胞が委縮し、その後に蛍光を発している像(変性・死後の自家蛍光)をもって、”分裂を伴わない細胞容積縮少とそれに引き続く脱分化(Oct4-GFP陽性像)”だと主張する異常さ。
証拠 → http://youtu.be/lVNbwzM2dI0 のキャプチャーと思われるArticle論文Fig. 1f
上記「Pluripotent cells generated by STAP/ リンパ球初期化3日以内」の動画の、10sec-11secの時点で細胞が細胞質を噴出して委縮するのが観察できます。その後、その死細胞が緑色の自家蛍光を発しています。



(3)緑蛍光を確認するためのネガコン画像に赤フィルターというハイセンス実験



(4)FACSの測定条件がバラバラなため何を比較して良いか分からないのに、論文を仕上げた努力
そもそも、蛍光補正自体を行っておらずFACS関連のデータ全てが信頼できない
蛍光の漏れによる、偽陽性シグナルを取り除くため補正が必要です。FACSの基本中の基本です。
ぼやきの吉村(TCR再構成(2)): "また2報目のExtendedFig.5gのFACSは初心者の学生がやらかしがちな技術的な誤りがあるので注意を喚起しておきたい。単純なことなのでわからないかたはBDなどのメーカーに聞いて下さい。いずれも”酸処理で万能細胞が出来る”という論文の本質には関係ない些細なことかもしれないが、免疫の実験系を勉強してもらうにはよい機会ではないかと思う。"



(5)CD45+細胞でGLが見えない大発見
 仮に切り貼りを認めたとしても、リンパ球に見られるはずのGLバンドが無いのはおかしい
  http://ggsoku.com/wp-content/uploads/Contentions-and-Suspicions-about-STAP-1-2.png



(6)2006年に消滅した会社の古いバイサルファイトのキットを買ってDNAメチル化解析の実験を行ったタイムマシン論文疑惑
・ 2006年に消滅した会社(Chemicon社)の古いバイサルファイトの試薬キットを買って実験したタイムマシン論文疑惑   http://stapcells.blogspot.com/2014/03/blog-post.htm
・DNAメチル化解析で実験結果パターンの使い回しがバレないように画像上で細工した疑惑



(7)ES細胞由来キメラで、胎盤内の血管組織などの中胚葉系細胞にさえES細胞が寄与しなかったという超常現象
Nature LetterのFig.1aに対する指摘

932名無しゲノムのクローンさん:2014/03/01(土) 16:08:59.92






著者らは「驚くべきことに、注入されたSTAP細胞は胎児だけでなく胎盤や胎児膜にも60%のキメラ胎児において寄与していた
(図1bおよび拡大データ図1a)」と主張しており、胎生12.5日のキメラ胎児の解析データを示している。残念なことに、 野生型のES細胞を胚盤胞に注入して作成したキメラ胎児を胎生12.5日に観察すれば、この結果(60%の割合で胎盤への寄与が観察される)は当たり前の事である。なぜなら胎盤内に存在する血管や卵黄嚢の中胚葉系の細胞はES細胞に由来する胚盤葉上層の細胞から発生してくるからである。より一般的なキメラの形成とキメラ内に存在する細胞の発生学的なリミットと分布について知りたければ、「Mouse phenotypes: a Handbook of mutation analysis(マウスの表現型:ミュータント解析のハンドブック)」
(Cold Spring Harbor Press 第8章の特に囲み記事8.3)を参照してほしい。むしろ私にとって意外なのは、彼らのキメラ(図1aおよび1c) において、GFPを発現するES細胞(Rosa26GFPあるいはCAG-GFPライン)を胚盤胞に打ち込んだ際にできたキメラにおいて、それらが
全く胎盤(その中の胎児血管)や卵黄嚢(その中の中胚葉組織)に由来する蛍光シグナルを発していない、という点なのである。
GFPシグナルの強さはどれだけキメラへのES細胞の寄与率が高いかによって決まる。私の感覚では、図1aに彼らが見せているようなGFP陽性細胞の寄与率が非常に高いキメラの場合には、胎盤や卵黄嚢に存在する胎児血管に由来するGFPのシグナルが非常に強く出る
はずなのである。私にとって本当に説明が見つからないのは、なぜ対照群のES細胞で作成したキメラ50個の全てにおいて胎児組織のみにES細胞が限局しており、胎児外間葉系組織への寄与が全く起きていないのか、という点である。 


丹羽氏の過去の論文におけるES細胞由来キメラでは、胎盤内に存在する胎児血管や卵黄嚢の中胚葉系の細胞も、GFPを発現するES細胞に由来する緑の蛍光を強く発していますね。

一方、小保方、若山らのNature LetterのFig.1aでは、ES細胞由来キメラが、全く胎盤(その中の胎児血管)や卵黄嚢(その中の中胚葉組織)に由来する蛍光シグナルを発していません。

さらに、小保方、若山らのNature LetterのFig1bにあるSTAP細胞由来キメラの胎盤の緑蛍光は非常に弱く、胎盤の赤い自家蛍光が見えるほど長時間露光するとやっと見える程度である。一方、Fig1aのES細胞由来キメラには赤い自家蛍光は観察されず、対照実験として不適切です。
そして極めつけが、Fig1aのES細胞由来キメラの長時間露光写真(Long exposure)の胎盤や胎仔の切れ端の蛍光強度が、短時間露光写真の蛍光強度とほぼ同じという点です。これで、どうして、丹羽、笹井、若山氏らは、STAP細胞が胎盤や卵黄膜内胚葉に貢献すると主張できるのでしょうか?

一方、下に引用のNature LetterのExt Data Fig1のデータが真正だとして、STAP細胞とされるものが胎盤・卵黄嚢に寄与したする丹羽氏、若山氏らの考察が正しいとしても、小保方氏によるES/TS細胞混入の疑惑は払拭されません。 

小保方氏は博士課程時からバイオ企業のホームページから画像を盗用して自分の実験画像であるかのように改ざん・捏造するという捏造癖がありますので、小保方氏が作製したNature LetterのExt Data Fig1b,cの切片標本が、正しいデータであるかどうかは不明です。また、若山氏が担当の上に引用のNature LetterのExt Data Fig1a も疑われています。http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1397608621/7 で指摘されているように、確かにこの画像は不鮮明ですし、別々の胎仔、胎盤、卵黄嚢が並べられているようにも見えます。
なぜ若山氏はSTAP細胞の胎盤・卵黄嚢への寄与を示すLetterのFig1cの元となるESキメラ50例とSTAPキメラ10例の写真を公開して疑惑を払拭しようとしないのでしょうか?チャンピョンデータのFig1aと1bでさえ疑惑だらけなので、その他の写真も公開できる状態にないのでしょうか?
もし若山氏がNature LetterのFig1cの元となるESキメラ50例とSTAPキメラ10例の写真を公開し、STAP細胞(とされるもの)が胎盤・卵黄嚢へ寄与したという事実が正しいということがわかれば、疑惑の焦点は小保方氏によるES/TS細胞混入説に絞られます。
ES細胞混入の疑惑が払拭されない理由として、 小保方氏がES細胞(接着細胞)を「浮遊細胞塊」(胚様体;EB)のようにして渡したという疑惑が挙げられています。
http://slashdot.jp/comments.pl?sid=626449&cid=2571312 (kaho氏ブログにおけるコメント)
http://nosumi.exblog.jp/d2014-04-18/ (大隅氏ブログにおける同コメント)
そして、kaho氏のCNV解析(kahoの日記: STAP細胞の非実在について#5)によると、小保方氏らがES細胞由来のものをSTAP、STAP-SC、FI-SC細胞として、Chip-seq実験を行っていたことが強く示唆されています( http://slashdot.jp/comments.pl?sid=629003&cid=2583602 のkaho氏コメントも参照してください)



(8)露光時間を変えても胎盤の輝度が全く変化しない不可思議カメラ
Fig.1aに対する指摘:
 これ若山さんの担当では?ES50例、STAP10例分の全ての撮影写真を公開してほしいです。




(9)数々の多能性マーカーをqPCRで調べたら、どれも発現量が同程度という新発見
測定方法、解析方法が不明な定量PCR(qPCR)の結果: http://stapcells.blogspot.com/2011/04/qpcr.html
Hanna J氏らの論文(Cell. 2008 Apr 18;133(2):250-64.)のFig.1Eにも同じような定量PCR(qPCR)のデータが掲載されており、おかしなデータではないのかもしれませんね。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2615249/figure/F1/



(10) 細胞の増殖グラフが山中教授の論文と瓜二つ。ESとSTAP-SCの測定間隔をずらすことで独自性をアピール
Nature ArticleのFig.5cに対する指摘: http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/fig_tab/nature12968_F5.html



(11)大気下にて塩酸で調整した緩衝液(重曹系)をCO2インキュベーターに放り込む画期的pH調整法
30分間のインキュベーションの間、pHを厳密に調整・維持するのは不可能


(12)胎盤にひっついた母体由来の脱落膜にまで寄与するスーパー幹細胞 FI-SC 
↑ 誰かこの疑惑の詳細の説明をお願いします。
Nature Letterのextended data figure 2bのR6が赤い件?



(13)細胞が死ぬっていってるのに SubG1 が見られず、8Nの蛍光強度が4Nの倍じゃないエクストリームFACS 
↑ 誰かこの疑惑の詳細の説明をお願いします。
匿名2014年5月4日
http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/fig_tab/nature12969_SF2.htmlletter extended data figure 2eかな
2N, 4N, 8Nのピークの下の蛍光値を読んで大雑把ですが
60, 110, 150あれ??
40, 80, 140あれ??
50, 100, 150???
40, 85, 150??
「8Nの蛍光強度が4Nの倍じゃない」はこの数字がおかしいことですね。
「細胞が死ぬっていってるのに SubG1 が見られず」っていうのは2Nのピークより下にシグナルがないことでしょうか? これはSCだから「死ぬって言うのに」の根拠がよく分からないので、本文をさらに読み直して検討しないと分かりませんね。


13 件のコメント:

  1. (12)細胞が死ぬっていってるのに SubG1 が見られず、8Nの蛍光強度が4Nの倍じゃないエクストリームFACS
    http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/fig_tab/nature12969_SF2.html
    letter extended data figure 2eかな
    2N, 4N, 8Nのピークの下の蛍光値を読んで大雑把ですが
    60, 110, 150あれ??
    40, 80, 140あれ??
    50, 100, 150???
    40, 85, 150??
    「8Nの蛍光強度が4Nの倍じゃない」はこの数字がおかしいことですね。
    「細胞が死ぬっていってるのに SubG1 が見られず」っていうのは2Nのピークより下にシグナルがないことでしょうか? これはSCだから「死ぬって言うのに」の根拠がよく分からないので、本文をさらに読み直して検討しないと分かりませんね。

    (11)胎盤にひっついた母体由来の脱落膜にまで寄与するスーパー幹細胞 FI-SC
    これはextended data figure 2bのR6が赤い件?
    マウスの胎盤の組織が分からないので、、、

    (10)は、まあ厳密に維持されていなくても、変な条件にするとということなので、やった通りであるならまあ仕方ないのでは、、、

    返信削除
    返信
    1. > (12) 
      参考になります。ありがとうございます。

      > (11)
      おそらくその図のことだと思いますが、R6のどの部分が母体由来の脱落膜なのでしょうか?疑惑を指摘した方のご意見をお聞きしたいですね。あるいは、指摘の元コメントはどこにあるのでしょうか。

      >(10) まぁ、そうですね。仕方ないですね。第三者によって再現がとりにくい実験ではありますが。

      削除
    2. 「死ぬって言うのに」は本文ではなく、legend にgradually died on Fgf4 withdrawalと書いてありました。つまり、一番右のパネルをみて、2Nのピークが左にすそを引いているからそれでいいんじゃない?という気がします。

      削除
  2. (9)の引用論文では、Doxによるinducible expressionを見ているのではないか?
    それなら似たような発現レベルを示してもおかしくない。対して、STAP論文ではendoの発現を定量化しているので、引用比較はできない。

    返信削除
  3. 11jigenさんの方が英語力がはるかに高いと思いますが、多忙そうであり、Science insiderのような海外の雑誌やコミュニティで取り上げて欲しい、それにより国内の場外乱闘から、再び科学の場に主戦場を戻したいというので、僭越ながら拙い英訳してみました。使えそうな表現等あれば流用して頂ければ幸甚です。

    A short MINIMUM list of what Riken & CDB must examine and reveal about Dr. Obokata's (her) suspicions of STAP cell affair:

    - Why was the image of negative control to show absence of green fluorescence that obtained with a filter passing red?

    - How could the paper be accomplished with inconsistent acquisition conditions of FACS that deter even comparison?

    - Why could the fragments not be amplified from germline allele largely preserved in CD45+ cells?

    - Chemicon inc. disappeared in 2006. Their discontinued kit using bisulphite was employed to examine DNA methylation in the paper in 2014. What urged her to overlay the presumably old figure obtained with that kit? (With Powerpoint?)

    - Do numbers of markers indicating pluripotency show expression levels of the same range with qPCR, as shown in the paper?

    - Is it possible that the teratoma grew and differentiated to fully mature normal tissue in mice?

    - Why are the growth curve of cells almost identical to that of Yamanaka's paper? Did she want to appeal originality, by changing acquisition intervals of ES cells and those of STAP-SC?

    - Is it possible that the chimeric mice derived from ES cells do not contribute even to placental mesenchymal lineage like vascular tissue?

    - Why did the of brilliance of placenta stay constant while exposure changes?

    - How could buffers (composed of bicarbonate) that were titrated with hydrochloride for pH at room air worked in a CO2 incubator?

    - How could FI-SC contribute to the decidua (of maternal origin!) attached to the placenta?

    - Why the intensity of 8N cells are not the double intensity of 4N, without subG1 signal (which is supposed to exist below the 2N peak, if the cells are dying).

    返信削除
  4. 連投です。2chまとめの英訳です。誤訳が加わっていたらすみません。
    「現時点ではマスコミの追求が及んでいない部分」のほう

    Problems about Dr Obokata (her) which deserve elucidation, but still left unreported by the mass-communication media:

    (1) How her grant (budget) was consumed.
    (2) The contents and quantity filled in the two notebooks preserved by the committee and the rest of notebooks what she insists to have.
    (3) Details about the materials that is left in her laboratory (some of them went outside before the affair becomes recognized, a part of which were examined and were invalidated by Prof. Wakayama, the coauthor of the Nature papers).
    (4) The details about the data which are inappropriately stored (only?) in her private PC.
    (5) The process and the decisive factors about her promotion to a PI of that important position. This is extraordinary in Japan.
    (6) The governance that left such sloppy handling of data like her.
    (7) Whether Harvard university really paid the fee for Portpia hotel (a luxurious hotel in Kobe, Japan) she lived after her return to Japan. (unconfirmed)
    (8) While she was a postdoctoral fellow in Harvard university, she is said to visit Riken and perform experiments. Was it less than 1 year? (unconfirmed)
    (9) Records about internal examination of the patent application which Riken supposed to have.
    (10) Whether the authors of the Nature papers really did not have conflict of interests (COIs) with Cellseeds inc. a bio-venture company. Its stock is listed on JASDAC, its call-option was carried out recently and its price acted drastically in response to the publication of Nature papers. Dr Yamato, her coauthor of the Nature papers and one of her Mentors, serves as an executive of it.
    (11) Once Riken insisted their achievement in reproduction of STAP cells. How it was decided so and the details of raw data that made them so.
    (12) Why the raw data are not opened public.
    (13) Details about the images which are supposed to be stored in the HDD attached to the PC controlling microscope.
    (14) The fact that committee asked her to hand in the PC containing the experimental data and she declined the request.
    (15) What is recorded in the notebooks about the experiment which she insisted to perform and which was described with inappropriate partial replication of J. Guo et. al, 2005.
    (16) The fact that the images which she insisted to acquire days before the interview held on the February 20, 2014, were already seen in patent application on April 2012.
    (17) Whether someone could invade her laboratory and contaminate her samples with ES cells.
    (18) Whether the cells used in the experiments which Dr Niwa assumed to be "the process STAP cells were produced", could be changed with fake.
    (19) Why the patent application consists of a copy-and-pastes of what appeared in the summary of her thesis.
    (20) Whether videos of real-time imaging of live cells cannot be modified actually.
    (21) Whether she could obtain B6 strain mice and if yes, the route.

    返信削除
    返信
    1. ありがとうございます!
      PubPeerに投稿すると良いかもしれませんね。海外から理研に圧力をかけるのは良い手ですね。
      理研は6項目以外の調査には及び腰のようですし。
      竹市先生は違うかもしれませんが。

      削除
  5. 「マスコミが追及したい疑問」みたいなのはどうでしょう?
    研究界の事情に詳しくないマスコミの方も、どう切り込んでよいかわからないでしょうから、そのガイドとなるようなものを。

    「STAP細胞はあります」という発言で、「ある」と確定するものじゃない、とか。

    返信削除
  6. (6) Article Fig2Cのバイサルファイトシーケンスの結果なるものは、言われてみると確かに異常ですね。ESとOct4-GFPのnanogの黒いところが三箇所一致。CD45+とCulturedCD45+のOct4の白いところが7箇所一致、nanogで2箇所一致。このペアはそれぞれ、対応関係があるわけではなくて独立のクローンのシーケンスを10個並べたものであるべきですから、偶然とは考えががたい一致を示すのはおかしいでしょう。

    返信削除
  7. 二つ2CHで拾ったものを
    483 :名無しゲノムのクローンさん:2014/04/19(土) 14:56:33.23 FSCで細胞の大きさってわかるの?簡単に論破できちゃいそうなんだが。

    ttp://www.amazon.co.jp/Practical-Flow-Cytometry-Howard-Shapiro/dp/0471411256
    As Fig. 7-1 on p. 275 illustrates (using data from Kevin Becker et al),
    the FSC signal from a BD Biosciences FACSCalibur is bigger
    for 3 um diameter beads than for 4 um beads, bigger for 5 um beads than for
    6 um beads, and bigger for 7 um beads than for 8 um beads.

    824 :名無しゲノムのクローンさん:2014/05/01(木) 15:39:59.20 .netいまさらだけど
    Fig2bのqPCRの結果、SOX2のSDがプラスマイナスで値が異なるのだが、どういう計算してるんだろ。
    手書きなんじゃね

    返信削除
  8. >STAP細胞(とされるもの)が胎盤・卵黄嚢へ寄与したという事実が正しいということがわかれば、疑惑の焦点は小保方氏によるES/TS細胞混入説に絞られます。

    ES/TS細胞を胚盤胞注入した場合に、胎仔+胎盤+卵黄嚢膜までに寄与することを示したエビデンスや論文はするのでしょうか?

    返信削除
  9. >STAP細胞(とされるもの)が胎盤・卵黄嚢へ寄与したという事実が正しいということがわかれば、疑惑の焦点は小保方氏によるES/TS細胞混入説に絞られます。

    ES/TS細胞を胚盤胞注入した場合に、胎仔+胎盤+卵黄嚢膜すべてに寄与することを示したエビデンスや論文は存在するのでしょうか?

    返信削除
  10. >STAP細胞(とされるもの)が胎盤・卵黄嚢へ寄与したという事実が正しいということがわかれば、疑惑の焦点は小保方氏によるES/TS細胞混入説に絞られます。

    ES/TS細胞を胚盤胞注入した場合に、胎仔+胎盤+卵黄嚢膜すべてに寄与することを示したエビデンスや論文は存在するのでしょうか?

    返信削除