2014年5月6日火曜日

石井俊輔氏らSTAP論文調査委員の研究室の論文の疑義に関する考察まとめ


JBC論文(2004;279:44582-9)の疑義に関する考察まとめ
(不正無しの可能性が高い):
論文→http://www.jbc.org/content/279/43/44582.full
疑義1)  図4Bのc-Mybのデータの「++」のバンドが、 生データでは見えているのに掲載図では消えている。
疑義2)  図 1A、図 3B、図4Bにおけるデータ(c-Mybの画像)の使いまわし

JBC論文 疑義1)  石井氏ラボのJBC論文の疑惑について: 「図4Bのc-Mybのデータの「++」のバンドが、 生データでは見えているのに,掲載図では消えている。」ことが某記者の間で問題にされていました。
 参考リンク→片瀬氏ブログの比較図 (片瀬氏ブログ記事)。

しかし、そもそも、この図4Bの生データ画像と実際の論文掲載画像では(-)のバンドの強度自体も異なりますね。今回、石井氏らが公開した生データは、(-)のバンドのシグナルが飽和しており、定量比較には向きません。むしろ、論文に掲載された図4Bの画像のほうが好ましい画像です。Increment modeで一つのメンブレンからシグナル強度の異なる画像(露光時間の異なる画像)を何枚も撮影しており、今回公開された生データは、ノートに張り付けてあったシグナル強度が飽和していた分であり、実際論文に掲載されていた画像とは異なっていた可能性があります。あるいは、印刷時や、ノートからのスキャン時などに、シグナル強度が変更してしまった可能性もあります。つまり、”「++」のバンドを消す為に故意にコントラストを弄ったのではないのか?”という疑義は誤解であると思われます。
また、実験条件が異なったり同一実験ではないような全く関係のないバンド画像が切貼りされるなどの不正は決してなく、この疑義が向けられている掲載画像は確かに提示された生データと同じメンブレン由来のものであり、実際、石井氏は自身のホームページ上にて、"3回分の実験画像の印刷物と解析結果"が貼り付けられている実験ノートのスキャン画像を提示して、疑義を払拭されています。さらに、片瀬氏ブログに掲載されている”JBC論文の掲載データで疑義のあったデータと生データの比較.pdf”の3ページ目には、ノートに貼り付けてあった3回分の実験画像のバンドの強度を解析すると論文のFig.4B下段の棒グラフと同等の棒グラフが得られることが既に示されています。


 参考→PDFファイル:石井氏ラボのホームページに掲載された生データ写し


JBC論文 疑義2)  「図 1A、図 3B、図4Bにおけるデータ(c-Mybの画像)の使いまわし」の件について:

石井氏らはラボHPに掲載の弁明PDF資料の中で、「論文に述べているように、図 1A、図 3B、図4B は同じシリーズ の実験であり、そのため bar graph は同じで、図 3B、図4B では、それをコン トロールとして示しています。」と主張しています。しかし、同一条件の実験シリーズであることは論文から読み取れるのですが、論文のどこに、同じデータを各Figで使いまわしていると述べられているのでしょうか?データ(c-Mybの画像)の使いまわしのことが論文に述べられていないとしたら、各Fig(図)ごとに同じ(同一条件)実験を繰り返して再現が取られていると誤認してしまいますね。こういった例はよくあることですが。手抜き実験といえますが、生データが本当に全て揃っているならば不正とは言えないでしょう。

以上のように、疑義が向けられている石井ラボのJBC誌2004の論文に関しては、不正を強く示唆する証拠は最早何も残っておらず、調査委でも白(不正無し)と結論されるのではないでしょうか?



Oncogene論文(2008;27:1045-54)の疑義に関する考察まとめ:
一方、石井ラボのOncogene論文に関する疑義は状況が異なるようです
 参考リンク→ 疑義:告発文書 (片瀬氏ブログ記事
 参考リンク→ 比較図 (片瀬氏ブログ記事

Oncogene論文では、下記2点が某記者の間で問題とされていました。
疑義1) 図4eのレーン18のGapdhのバンドが,生データでは薄いのに, 掲載画像では他のレーンと同じ濃さになっている。 
疑義2) 図4eと図5dで同じバンド画像が使い回されている。

石井氏は、この大量の不適切な画像切り貼りについては 「some errors occurred.」(悪意のない)間違いが起こっただけでありオリジナルデータも揃っており不正はないと主張しています。

Oncogene論文 疑義1) の「図4eのレーン18のGapdhのバンドが生データでは薄いのに掲載画像では他のレーンと同じ濃さになっている。」の件について:
 元の論文に掲載されていた図4eのレーン18のGapdhのバンドは、生データのN7-17のバンド(レーン16と18の間のバンド)ではないでしょうか?
 これが、ミスなのか、故意によるものなのかはわかりません。 この図4eではAtf-2 +/- p53 +/-マウスの乳腺腫瘍の各遺伝子(Atf-2, Gadd45α, Maspin, p53)の発現量を比較しています。その際に、Gapdhがコントロール遺伝子として用いられています。
 図4eのレーン18のGapdhのバンド画像が生データでは他群と比べて非常に薄かったということは、このレーン18の乳腺腫瘍の遺伝子発現比較の為のサンプル調整がうまくいっていなかった可能性も示唆され、レーン18のその他の遺伝子(Atf-2など)の発現量を他群と比較することはできません。
 しかし、石井氏らがOncogene誌に提出したCorrection (論文訂正)の文章には、”これらの変更(適切な画像への差替)は我々の研究のいずれの結果や結論にも影響を与えない”との主張が記載されており、前述した研究結果に関する不適切な文章に関しては訂正する予定がないようです。
 3つの乳腺腫瘍のうち2つ(レーン2と16)は、Atf-2発現量の減少、Gadd45αとMaspinの発現量の消失が認められますので、論文の主要な結論はそれらデータがある限り揺るがないと思います。ですので、レーン18のデータを省いた図4eの図を訂正図として差し替えるべきでしたね。

Oncogene論文 疑義2) の「図4eと図5dで同じバンド画像が使い回されている。」の件について:
  考察中

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上記告発とは、別の告発者によって、田賀哲也・東京医科歯科大副学長の論文に対して、「画像捏造(流用)」ではないか?との疑義がかけられました。しかし、その疑義は全くの言いがかり(見当違い)であることが判明しました。


下の画像の青線以下の部分が、理研調査委員に対して検討違い(言いがかり)の指摘をした不当な告発文書の一部です。

細胞画像の縮小版と拡大版を一つのFigure内に掲載しただけなのに、「画像捏造(流用)」ではないか?との言いがかり(見当違い)の不当な告発をされたSTAP論文調査委員の田賀哲也氏が所属する東京医科歯科大学は、予備調査を終えて、不正の証拠はなしとして本調査には進まないと発表しました。


関連ツイート
論文捏造&研究不正 ‏@JuuichiJigen 5月1日
@piglet2010tiger 各新聞、まんまと小保方氏に近い人物かもしれない告発者に振り回されているようです。「画像の使い回し」の疑義が指摘されている画像が、実験条件が同じで同一実験で得られたものだとしたら、全く問題ないんですけどね。ちゃんと論文を読んで、報道していませんよ。

論文捏造&研究不正 ‏@JuuichiJigen 5月1日
@piglet2010tiger 小保方氏に近い人物かもしれない告発者が、「実験条件が同じで同一実験で得られた2画像」だと知りながら、それをあえて、悪意を持って、「画像流用・使いまわしの捏造画像である」と告発している可能性をなぜ各新聞社は考慮しないのでしょうかね。

論文捏造&研究不正 ‏@JuuichiJigen 5月1日
同じFigure内で、ある画像の縮小版と一部の拡大版を載せる場合がありますね。それを告発者が不正ではないと知りながら、「画像流用、捏造である」と新聞社に告発文書を悪意を持って送っていたとしたらどうでしょう。メディアはそれを報道し、告発者側のよからぬ意図に加担したことになりますね。

論文捏造&研究不正 ‏@JuuichiJigen 5月2日
理研のSTAP論文調査の3委員の論文に対してなされた疑義の一部は「昔は許されていたが今はマナー違反とされているようなグレーゾーンな行為(必要な泳動レーン画像だけを切貼り合成する行為)。電気泳動画像に関しては、不適切な流用の指摘は一つもないので予備調査で不正なしと結論される可能性大

論文捏造&研究不正 ‏@JuuichiJigen 5月2日
毎日新聞やスポーツ報知新聞で、画像使いまわし(流用)の疑義も報道されたが、これが全くの言いがかりで見当違いのトンデモ告発。同じFigure内に掲載された縮小版の細胞画像とその一部の細胞集団の拡大版を載せたもの(互いに同一の実験)を、告発者が「画像流用、捏造である」と指摘していた。




16 件のコメント:

  1. 片瀬さんは、白じゃないと判断して取り次いだのでしょう。
    ヒント
    https://twitter.com/kumikokatase/status/463613171748442112

    下の余計なバンドを消すために無理にバックを白くする処理をした上で、黒枠内下1/4は画像データが入っていないという図の作り方はfalsificationといわれても仕方がないと思います。規定云々でなく信義にもとるでしょう。

    今回生データを公開しているから、示そうとしている主なバンドの下に余計な(非特異的?)バンドがあると分かったのですが、当初出版された図ではそれが見えていません。真っ白です。黒くなるように画像調整すると他のバンドの下に黒と白の境界が現れるので、黒枠の下1/4は実はデータが入っていないという仕掛けです。メンブレンのあるところがグレーになる処理にしていれば、境が見えてしまうから、真っ白になるまでやったんでしょうか。今の規定では
    http://www.jbc.org/site/misc/ifora.xhtml#manipulation
    acceptable if they are applied to every pixel in the image and as long as they do not obscure, eliminate, or misrepresent any information present in the original, including the background
    って書いてありますが、書いてなくても、obscure, eliminate, or misrepresentしたら駄目なのは当然ですよね。というわけで、切り貼りの黒線の問題とは別に、明度・コントラスト処理で不適切、枠内にあるべき余計な(非特異的?)バンドを消したのはfalsificationでしょう。(白くしすぎた結果、境が自分でも分からなくなった過誤っていう主張はありえますが、、生データと比べると雰囲気の違いが分かりますよね)

    「不正」認定かどうかは分かりませんが、お化粧しすぎです。11次元さんは黒枠と赤枠の大きさが合わないあたり何も感じなかったんですか。

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    1. 彼らは、一つのメンブレンから露光時間の異なる画像を何枚も撮影しているのではないでしょうか。そして、今回生データとして公開された画像は印刷してノートに張り付けてあった分であり、実際論文に掲載されていた画像は別のもの(露光時間が短い分)だったのではないでしょうか。両者を比べると、後者の方が(-)のバンドのintensityが飽和しておらず、定量に向いていると思います。むしろ前者のintensityが飽和している画像のほうが定量には問題のある画像であり、論文掲載用画像には向かないと思います(ノートに貼り付けて記録するならOK)。このあたり、石井氏らにご説明していただきたいですね。


      Native c-Mybのバンドの上下のバンドが赤枠外に削られている件について:
      確かに、常識的には、図4Bの黒枠はフルスキャン画像から切り取られた範囲を示すものですね。
      ただ、そういった意味で黒枠を用いていない論文は多々あります。
      ”黒枠はフルスキャン画像から切り取られた範囲を示すもの”という明確な規定があれば、追及できるのですが。
      (非特異的?)バンドを著者らが提示したくなかったのは確かでしょうが、その提示されなかったバンドの件は石井研究室の中では既に解決しており、あえてそれを提示して読者の理解の混乱を招きたくなかっただけかもしれません。これも、石井氏らにご説明していただきたいですね。

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  2. 枠と中身の範囲が一致していないのは疑義としては指摘されていないので、石井俊輔氏は気づいていないかもしれません。
    枠の問題がなければ@okamo41さんの出版社の責任説も有力だと思いますが。

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  3. 調査委員への疑義に対して理研が公式に不正でないと発表していますが、この中の疑義2-2に対する説明の中で、
    「一部の+/+と-/-の対について、その領域の輝度が若干変更されていることが確認され」
    という文章があります。
    http://www.riken.jp/pr/topics/2014/20140513_1/

    1枚のゲルの中の一部の輝度を変更してしまうのはダメなのではないでしょうか?
    個人的には切り貼りより悪質だと思いますが。

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  4. 調査委員会の捏造発表は嘘だったという噂が流れています。
    当初1年だった検証実験を短縮したのは、STAP細胞の存在が証明されたら石井氏率いる
    調査委員会が嘘をついた事実がばれるかららしいです。
    研究は長い目で見るのが普通なのに、確かに変ですよね。

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    1. 検証実験とか全く関係なくて、すでに投稿した論文において、他所からとってきた全く違う実験の図やデータを流用してれば、それ自体で捏造&不正なんで、後から何が出てこようと、その時点で、小保方氏はアウトなんですよ。検証実験は科学音痴の文部科学大臣が望んでたんで、これも科学音痴のマスゴミ対策で、やってるだけで、論文不正の検証の観点からは、何の効力もない。仮に万が一スタップみたいなのが出てきても小保方氏が捏造&不正をしたという事実は消えない。「捏造発表が嘘」というフレーズ自体がまったく意味不明なんだけど、あれは誰の目で見ても明らかな不正を、理研として確認したというだけで、嘘になりようがない。

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    2. 検証実験は、STAP細胞研究が虚構であるということを科学音痴の日本国民と政治家に納得させるための儀式であるというのが、多くのプロの研究者の見方でしょうね。匿名2014年11月3日 16:10氏のコメントに全面同意します。ま、そのうち検証実験の結果が公表されるでしょう。

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    3. こんにちは、2014年11月3日 18:49の匿名さん。

      >STAP細胞研究が虚構であるということを科学音痴の日本国民と政治家に納得させるための儀式であるというのが、多くのプロの研究者の見方でしょうね。

      私も同意します。責任関係で言えば1月に理研が、科学音痴な政治家への受けを狙って、大げさで不正確な(iPS細胞との比較とかとても不正確でした)プレス発表を行い、科学音痴の日本国民の目を惹きつけていなければ、学会の中で「不正のあるダメ論文」として静かに消えていく程度の話にすぎません。そういう意味では理研が馬鹿な広報の尻拭いとして国民や政治家が納得するまで「STAP細胞はできません」とやるというのは、責任の首尾は一貫しているといえます。

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  5. 晴子さんのコピペばかりに目を奪われているとSTAP細胞の意味するところを見落す。

    匿名2014年11月3日 16:10
    検証実験とか全く関係なくて、すでに投稿した論文において、他所からとってきた全く違う実験の図やデータを流用してれば、それ自体で捏造&不正なんで、後から何が出てこようと、その時点で、小保方氏はアウトなんですよ。
    ーーーーーーーーーーーーーーーー
    ★ それはその通りですが、STAP細胞が「2012年ノーベル生理学医学賞! テーマは「リプログラミング」! http://blog.miraikan.jst.go.jp/topics/201210082012-5.html に関係していれば理研CDBの検証実験もあながち無謀とは思えません。

    体細胞からの個体形成
    ―細胞のリプログラミングの現状と課題―
    今井 裕(京都大学大学院 農学研究科 生殖生物学研究室)
    http://ocw.kyoto-u.ac.jp/ja/faculty-of-agriculture-jp/5112000/pdf/11.pdf

    引用
    前者の血清飢餓処理とは、体細胞を培養する際、通常培養液中に添加している
    10%の血清を、その二十分の一にあたる 0.5%にまで低下させて細胞を培養するこ
    とである。このことによって、細胞内の遺伝子発現やタンパク質合成能は低下し、
    細胞は G0 期とよばれる細胞周期に誘導される。この状態は、細胞としては休止
    状態にある未受精卵の状態と似ており、このことがリプログラミングに有効であ
    ると考えたのである。

    つまり細胞培養の過程で何らかのストレスがあれば細胞は「初期化」される、という経験がこのリプログラミングの拠り所らしい。

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  6. 早稲田大は関係者の処分を発表したが全ての博士論文を見直すという公約は未だ果たしていない。

    従って先日公表された処分(停職減給)は晴子さんの博士論文に関しての処分であって全ての博士論文の調査結果によっては新たな処分をしなければならない。

    早稲田大学は疑惑の研究室の博士論文の調査結果を速やかに発表しなければならない。

    調査結果と処分を公表しなければ博士論文審査規定の改訂でいい加減な論文審査を糊塗し誤魔化していると世間では思う。

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  7. 酸性溶液に浸すのが間違いでアルカリ性溶液ならばSTAP細胞は出来るかもしれない。

    或いは電気刺激も有効かもしれない。

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  8. 晴子さんは一人で監視されながら実験しているそうだがそれは嘘だと思う。

    晴子さんは「追い出し部屋」に居るのだと思う。

    今日のニュースではユニットリーダーからヒラ研究員に降格処分になったそうだ。

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    1. >晴子さんは一人で監視されながら実験しているそうだがそれは嘘だと思う。
      >晴子さんは「追い出し部屋」に居るのだと思う。

      どうだっていいじゃん。彼女はもはや研究の世界からは駆逐されてるんだし。

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  9. 理研のSTAP細胞実験は未だ終了していない。

    晴子さんがユニットリーダーからヒラ研究員に格下げされたのは理研の組織改編(STAP細胞ユニット解散)に伴う人事であって晴子さんの利権職員としての地位権利は微動だにしていない。

    晴子さんを法的に適性な理由なく「追い出し部屋」に閉じ込めるのは重大な労働基準法違反になる。

    理研はSTAP細胞特許申請を取り下げていないので晴子さんの利権職員の地位も揺るがない。

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  10. 何回も書き込まれていたら御免なさい。

    11jigen さん、こんにちは。

    今 STAP 細胞騒動について少々調べものをしています。小谷太郎と申します。

    お伺いしたいのですが、Obokata et al. 2014, Nature, v505, p641 の Fig. 2d、2e が Obokata 2010, PhD Thesis からの流用であることを発見したのは 11jigen さんという理解でよろしいでしょうか。

    それを発表したのは 2014/03/09 で間違いないでしょうか。

    よろしければ、https://twitter.com/tarokotani または taro.kotani@gmail.com にお返事をいただけないでしょうか。

    御多忙と存じますが、どうぞよろしくお願いします。

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  11. この人達が真実を知っているのではないのか?⇒ http://aasj.jp/news/watch/1697
    小保方氏を告発した人物もコメントしてるぞ。消される前に魚拓必須だな。

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